İçeriğe atla

Gammaproteobacteria

Gammaproteobacteria
Vibrio cholerae
Biyolojik sınıflandırma Bu sınıflandırmayı düzenle
Üst âlem:Bacteria
Şube:Proteobacteria
Sınıf:Gammaproteobacteria
Garrity et al. 2005
Takımlar
  • Acidiferrobacterales Kojima et al. 2015
  • Aeromonadales Martin-Carnahan and Joseph 2005
  • Alteromonadales Bowman and McMeekin 2005
  • Arenicellales Teramoto et al. 2015
  • Cardiobacteriales Garrity et al. 2005
  • Cellvibrionales Spring et al. 2015
  • Chromatiales Imhoff 2005
  • Enterobacterales Adeolu et al. 2016
  • Immundisolibacterales Corteselli et al. 2017
  • Legionellales Garrity et al. 2005
  • Lysobacterales Christensen and Cook 1978 (Approved Lists 1980)
  • Methylococcales Bowman 2005
  • Nevskiales Naushad et al. 2015
  • Oceanospirillales Garrity et al. 2005
  • Orbales Kwong and Moran 2013
  • Pasteurellales Garrity et al. 2005
  • Pseudomonadales Orla-Jensen 1921 (Approved Lists 1980)
  • Thiotrichales Garrity et al. 2005
  • "Vibrionales" Garrity and Holt 2001
  • Familyaincertae sedis
    • Thorselliaceae Kämpfer et al. 2015
  • Cins incertae sedis
    • Arsukibacterium Schmidt et al. 2016
    • "Candidatus Azoamicus" Graf et al. 2021
    • Litorivivens Park et al. 2015
    • Plasticicumulans Jiang et al. 2011
Sinonimler
  • "Chromatiia" Cavalier-Smith 2020

Gammaproteobacteria, Pseudomonadota (Eş anlamlısı Proteobacteria) şubesinde yer alan bir bakteri sınıfıdır. Yaklaşık 250 cins içerir ve böylece Prokaryotların cins açısından en zengin taksonunu oluşturur.[1] Tıbbi, ekolojik ve bilimsel açıdan önemli birçok bakteri grubu bu sınıfta yer alır. Tümü Gram-negatif bakterilerden oluşur ve filogenetik ve fizyolojik olarak en çeşitli Proteobacteria sınıfıdır.[2]

Bu mikroorganizmalar, hidrotermal menfezler gibi aşırı ortamlar da dahil olmak üzere çeşitli karasal ve deniz ortamlarında yaşayabilirler. Genellikle farklı şekillere sahiptirler. Çubuklar, kavisli çubuklar, koklar, spirilla ve filamentler [3] ve serbest yaşayan bakteriler, biyofilm oluşturucular, kommensaller ve simbiyotikleri içerir.[4] Bazıları ayrıca biyolüminesan gösterme gibi ayırt edici özelliklere sahiptir.[5] Farklı cinslerde bulunan bakterilerin metabolizmalar çok farklıdır; hem aerobik hem de anaerobik (zorunlu veya fakültatif) türler vardır. Ayrıcakemolitoototrofikler, kemoorganotrofikler, fotoototroflar ve heterotroflar türler de mevcuttur.[6]

Etimoloji

" Gamma " (Yunan alfabesinin üçüncü harfi) öğesi, sınıfın Bergey's Manual of Systematic Bacteriology (Cilt. II, sayfa 1) kitabına göre Sınıf III olduğunu belirtir. Proteus, şeklini değiştirebilen Yunan deniz tanrısını ifade eder. Bakteriler (Yunanca βακτήριον; "çubuk" "küçük çubuk"), etimolojik tarih açısından Basiller'e (çubuk şeklindeki bakteriler) atıfta bulunur.[7]

Filogeni

Birçok farklı sınıflandırma farklı yaklaşımlara dayanmaktadır. Örneğin genomik temelli Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, İsimlendirmede Yer Alan Prokaryotik İsimler Listesi, ribozomal RNA'ya dayalı ARB-Silva Veritabanı [8] veya bir çoklu protein yaklaşımı sınıflandırmalar vardır. Bu bakteri sınıfının soyoluşunu çözmek hala sorunludur.[4]

Aşağıda, Gammaproteobacteria sınıfı için 356 protein ailesinden oluşan bir diziye dayanan bir sınıflama rapor edilmektedir.

 

Betaproteobacteria

 
Gammaproteobacteria
 

Xanthomonadales

 
 
 

Chromatiales

 
 

Methylococcus

 
 

Beggiatoa

 
 
 

Legionellales

 
 

Ruthia, Vesicomyosocius, Thiomicrospira, Dichelobacter, Francisella

 
 
 
 

Moraxellaceae, Alcanivorax

 
 
 

Saccharophagus

 
 
 

Oceanospirillaceae

 
 
 

Marinobacter

 
 

Pseudomonadaceae

 
 
 
 
 
 
 

Pseudoalteromonadaceae, Alteromonas, Idiomarinaceae

 
 
 

Shewanellaceae

 
 
 

Psychromonadaceae

 
 
 

Aeromonadales

 
 
 

Vibrionales

 
 
 

Pasteurellales

 
 

Enterobacterales

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Phylogeny of Gammaproteobacteria after[9] Not all orders are monophyletic, consequently families or genera are shown for the Pseudomonadales, Oceanospirillales, and Alteromonadales. In the case of singleton orders, the genus is shown. (In bacterial taxonomy, orders have the suffix -ales, while families have -aceae.)

Bazı bakteriler, Gammaproteobacteria'nın üyeleri olarak tanımlanmış ancak henüz bir takım veya aileye atanmamıştır. Bunlar, Alkalimonas, Gallaecimonas, Ignatzschineria, Litorivivens, Marinicella, Plasticicumulans, Pseudohongiella, Sedimenticola, Thiohalobacter, Thiohalorhabdus, Thiolapillus ve Wohlfahrtiimonas cinsi bakterileri içerir.[10]

Patojenler

Gammaproteobacteria, Enterobacteriaceae, Vibrionaceae ve Pseudomonadaceae familyaları gibi tıbbi ve bilimsel açıdan önemli birkaç bakteri grubunu içermektedir. Yersinia pestis, Vibrio cholerae, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli ve bazı Salmonella türleri dahil olmak üzere bir dizi insan patojeni bu sınıftadırlar. Deniz ortamında, bu sınıftan birkaç tür, balıkları, karidesleri, mercanları veya istiridyeleri etkileyen Vibrio cinsi [11] ve gri fokları (Halichoerus grypus ) etkileyen Salmonella türleri gibi farklı deniz organizmalarını enfekte etmektedir.[12][13]

Kaynakça

  1. ^ Garrity GM, Bell JA, Lilburn TG. (2005). Class III. Gammaproteobacteria class. nov. In: Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM (eds) Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd edn, vol. 2 Springer: New York, p 1
  2. ^ T. Gutierrez – 2019 - Institute of Mechanical, Process and Energy Engineering, School of Engineering and Physical Sciences, Heriot-Watt University, Edinburgh, UK
  3. ^ "Dense populations of a giant sulfur bacterium in Namibian shelf sediments". Science. 284 (5413): 493-5. April 1999. doi:10.1126/science.284.5413.493. PMID 10205058. 
  4. ^ a b "Phylogeny of gammaproteobacteria". Journal of Bacteriology. 192 (9): 2305-14. May 2010. doi:10.1128/JB.01480-09. PMC 2863478 $2. PMID 20207755. 
  5. ^ Marine Microbiology: Ecology & Applications (İngilizce). CRC Press. 26 Kasım 2019. ISBN 978-0-429-59236-2. 
  6. ^ "Proteobacteria | Microbiology". 20 Eylül 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. 
  7. ^ Stackebrandt (1988). "Proteobacteria classis nov., a Name for the Phylogenetic Taxon That Includes the "Purple Bacteria and Their Relatives"". International Journal of Systematic Bacteriology. 38 (3): 321-325. doi:10.1099/00207713-38-3-321. ISSN 0020-7713. 
  8. ^ "Silva". www.arb-silva.de. 10 Mart 2007 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 22 Kasım 2020. 
  9. ^ Williams KP, Gillespie JJ, Sobral BW, Nordberg EK, Snyder EE, Shallom JM, Dickerman AW (May 2010). "Phylogeny of gammaproteobacteria". Journal of Bacteriology. 192 (9). ss. 2305-14. doi:10.1128/JB.01480-09. PMC 2863478 $2. PMID 20207755. 
  10. ^ "Classification of domains and phyla - Hierarchical classification of prokaryotes (bacteria) - Gammaproteobacteria". List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature. 3 Aralık 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 13 Ocak 2017. 
  11. ^ "Ecology of type II secretion in marine gammaproteobacteria". Environmental Microbiology. 10 (5): 1101-7. May 2008. doi:10.1111/j.1462-2920.2007.01545.x. PMID 18218035. 
  12. ^ "Salmonella infection in grey seals (Halichoerus grypus), a marine mammal sentinel species: pathogenicity and molecular typing of Salmonella strains compared with human and livestock isolates". Environmental Microbiology. 18 (3): 1078-87. March 2016. doi:10.1111/1462-2920.13219. PMID 26768299. 
  13. ^ "Vibrio parahaemolyticus infections in the United States, 1973-1998". The Journal of Infectious Diseases. 181 (5): 1661-6. May 2000. doi:10.1086/315459. PMID 10823766. 

Dış bağlantılar

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Proteobakteriler</span>

Proteobakteriler (Proteobacteria), bakteriler üstaleminin ana gruplarından birisini meydana getiren ve önemli cins ve türleri içeren şubesidir. Çeşitli hastalık etmenleri ve başka çok bilinen cinsler bu gruba dahildir. Ayrıca doğada serbest yaşayan türleri ve azot fiksasyonundan sorumlu pek çok bakteri türünü de içerir. Bu grup ribozomal RNA (rRNA) dizinlerine göre tanımlanmıştır. Bakteri biçimlerinin çeşitliliğinden dolayı grup, ismini Yunan mitolojisinde yer alan, her şekle girebilen tanrı Proteus'tan almıştır.

<span class="mw-page-title-main">Enterobacterales</span>

Enterobacterales, enterik bakterileri içeren 7 adet familyadan oluşan, Proteobacteria şubesi, Gammaproteobacteria sınıfının içinde yer alan bakteri takımıdır. Takıma ait tipik özellikleri taşıyan familyası Enterobacteriaceae'dir

Bakteri ve virüslerin alt tür seviyesindeki birbirinden farklı çeşitlemelerine serovar veya serotip adı verilir. Bu, özellikle epidemiyoloji için önemlidir.

<span class="mw-page-title-main">Euryarchaeota</span>

Euryarchaeota, Archaea âlemine bağlı bir algae şubesidir. Bu grup metanogenleri, halo bakterileri, bazı ekstrem termofilik aerobları ve ekstrem termofilik anaerobları içermektedir. Metanogenler metan üreten archaeonlar olup çoğu bağırsaklarda bulunmaktadır. Halobacteria sınıfına ait türler ekstrem tuz konsantrasyonlarında yaşayan archaeonlardır. Bu archaeonlar diğerlerinden rRNA sekans benzerlik ve farklılıklarına bakılarak ayrılmıştır.

<span class="mw-page-title-main">Caulobacteraceae</span>

Caulobacteraceae Proteobacteria şubesinden bir bakteri familyasıdır. Diğer Proteobakteriler gibi, Caulobacteraceae familyası üyeleri de gram negatiftirler. Familyanın karakteristik özellikleri bakımından tip cinsi olan Caulobacter, ismini Caulobacterales takımına ve yakın zamanda oluşturulan Caulobacteridae altsınıfına da vermiştir.

<i>Salmonella</i>

Salmonella bakterisinin neden olduğu hastalık için Salmonellozis maddesine bakınız.

<i>Vibrio cholerae</i>

Vibrio cholerae, insanlarda koleraya sebep olan bir eğilmiş-çubuk şekilli gram negatif bakteridir. Vibrio cholerae ve diğer türler, Proteobacteria'nın gamma alt bölümüne mensup olan Vibrio cinsine aittir. İlk olarak 1854 yılında İtalyan anatomist Filippo Pacini tarafından koleranın nedeni olarak izole edilmiştir ama Robert Koch'a kadar geniş ölçüde bilinmiş değildi, bağımsız olarak otuz yıl çalıştıktan sonra Koch bu bilgiyi ve hastalıkla savaşmanın yollarını tanıttı.

Epulopiscium fishelsoni cerrahbalığı ile simbiyotik bir ilişkisi olan Gram-pozitif bir bakteridir. Bu bakteriler en çok 200-700 mikron arasında değişen büyük boyutları ile bilinirler. 1999 yılında Thiomargarita namibiensis keşfine kadar bu bakteri bilinen en büyük bakteri idi. Laboratuvarda kültürü yapılamamıştır ancak mikroskobik analizi ile hakkında bilgi edinilebilmektedir.

<i>Spirillum</i>

Spirillum, Proteobacteria şubesinden, sarmal şeklinde kıvrılmış hücre morfolojisine sahip bir bakteri cinsidir. Bu hücre morfolojisi tipi, bakteriler için, koklar ve basiller ile birlikte üçüncü belirgin hücre tipidir. Spirillum türleri mikroaerofildirler ve organik madde bakımından zengin, durgun, tatlı sularda bol bulunurlar.

Chrysiogenaceae, monotipik Chyrsiogenetes sınıfının monotipik Chyrsiogenales takımında sınıflandırılan bakteri familyasıdır.

Arthrobacter castelli, Arthrobacter cinsine bağlı bir bakteri türüdür.

Arthrobacter tecti, Arthrobacter cinsine bağlı bir bakteri türüdür.

Arthrobacter psychrochitiniphilus, Arthrobacter cinsine bağlı bir bakteri türüdür.

Arthrobacter psychrolactophilus, Arthrobacter cinsine bağlı bir bakteri türüdür.

Arthrobacter monumenti, Arthrobacter cinsine bağlı bir bakteri türüdür.

Arthrobacter pigmenti, Arthrobacter cinsine bağlı bir bakteri türüdür.

Arthrobacter luteolus, Arthrobacter cinsine bağlı bir bakteri türüdür.

<i>Campylobacter</i>

Campylobacter, genellikle spiral ve s harfi şeklinde, ince ve uzun bir yapıya sahip gram negatif bakteri cinsidir. Kampilobakterler bulaşıcı ishal hastalıklarına yol açabilirler. İnsanlarda en çok hastalık yapan türleri C. jejuni ve C. coli'dir. Ancak, daha az görülse de, C. lari ve C. upsaliensis türleri de hastalığa yol açabilir. Kampilobakter semptomları ilk olarak Theodor Escherich tarafından 1886'da tanımlanmıştır. Doğrulanmış 34 türü bulunmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Alphaproteobacteria</span>

Alphaproteobacteria, Proteobacteria şubesinde bir bakteri sınıfıdır. Üyeleri son derece çeşitlidir ve çok az benzerliğe sahiptir ancak yine de ortak bir atadandırlar. Tüm Proteobakteriler gibi, üyeleri gram-negatiftir fakat bazı hücre içi parazit üyeleri peptidoglikandan yoksundur ve bu nedenle gram değişkendir.

Rhodobacter, taksonomide Alphaproteobacteria sınıfında Rhodobacteraceae familyasına ait bir bakteri cinsidir. Rhodobacterin en ünlü türleri, bakteriyel fotosentezi incelemek için örnek organizmalar olarak kullanılan Rhodobacter sphaeroides ve Rhodobacter capsulatustur.


Bu sayfa, bu Vikipedi makalesine dayanmaktadır.
Metin, CC BY-SA 4.0 lisansı altında mevcuttur; ek koşullar uygulanabilir.
Görseller, videolar ve sesler kendi lisansları altında mevcuttur.