Deoksiriboz nükleik asit veya kısaca DNA, tüm organizmaların ve bazı virüslerin canlılık işlevleri ve biyolojik gelişmeleri için gerekli olan genetik talimatları taşıyan bir nükleik asittir. DNA'nın başlıca rolü bilgiyi uzun süre saklamasıdır. Protein ve RNA gibi hücrenin diğer bileşenlerinin inşası için gerekli olan bilgileri içermesinden dolayı DNA; bir kalıp, şablon veya reçeteye benzetilir. Bu genetik bilgileri içeren DNA parçaları gen olarak adlandırılır. Bazı DNA dizilerinin yapısal işlevleri vardır, diğerleri ise bu genetik bilginin ne şekilde kullanılacağının düzenlenmesine yararlar.
Kuş; tüyleri, dişsiz gagaları, yumurtladıkları sert kabuklu yumurtalar yoluyla üreyen, yüksek metabolizma hızına sahip, dört odacıklı kalpleri ve hafif ama güçlü bir iskelet yapısına sahip, Aves sınıfını oluşturan sıcakkanlı omurgalı hayvanlar grubudur. Tüm dünyada yaygın olarak yaşayan kuşların boyutları arı sinek kuşunda 5 cm ila deve kuşunda 2,75 m arasında değişir. On bin kadar yaşayan kuş türü bulunur ve bunların yarısından fazlasını ötücü kuşlar oluşturur. Kuşların türlere göre farklılık gösteren kanatları vardır ve kanatsız olduğu bilinen tek grup kivi kuşu ve soyları tükenmiş olan moa ile fil kuşudur. Ön ayakların evrimleşerek kanatlara dönüşmesi kuşlara uçma yeteneği sağlamış ancak daha sonra yine evrimin devam etmesiyle penguenler, deve kuşları ve adalarda endemik olan bazı türler uçma yeteneğini kaybetmişlerdir. Kuşların sindirim ve solunum sistemleri de uçma yeteneğine uyum sağlamıştır. Özellikle deniz kuşları ve bazı su kuşları gibi kuşlar ayrıca evrimleşerek yüzme yeteneği de kazanmıştır.
Palaeognathae kuşlar sınıfının ana alt sınıflarından birisidir. Struthioniformes, Rheiformes, Tinamiformes, Casuariiformes ve Apterygiformes takımlarını bir araya getirir. Bu alt sınıf içinde yaşayan 60 tür ile 5 familya ve 14 cinsi kapsar. Deve kuşları haricindeki diğer tüm takımlar Notopalaeognathae kladı içinde sınıflandırılır. Deve kuşları ise kendi alt kladlarına sahiptir.
Ötleğengiller ya da Sylviidae, ötücü kuşlar (Passeriformes) takımına bağlı bir kuş familyasıdır.
Rallidae, Gruiformes takımına bağlı bir kuş familyasıdır.
Pycnonotidae, Passeriformes takımına bağlı Afrika'da ve tropikal Asya'da yerleşim gösteren bir kuş familyasıdır.
Falconiformes, halen mevcut Falconidae (doğangiller) familyası ile birlikte birkaç Paleojen türünü içeren bir kuş takımıdır. Geleneksel olarak diğer gündüz yırtıcı kuşları Cathartidae, Sagittariidae, Pandionidae ve Accipitridae familyaları da Falconiformes takımı içinde sınıflandırılırdı. 2008 yılından beri yayımlanan çeşitli genomik araştırmalar ise Avustralaves kladının varlığını öne sürdü. Avustralaves kladı içinde Falconiformes'in en yakın akrabası Psittacopasserea kladıdır ve birlikte Eufalconimorphae kladını oluştururlar.
Neognathae kuşlar sınıfının iki alt sınıfından birisidir. Yaklaşık 10.000 türü vardır. Geç Kretase'den beri fosilleri bilinmektedir.
Kuşların evrimi, Jura döneminde başlamış, en eski kuşlar Paraves adlı bir teropod dinozor kladından evrimleşmiştir. Kuşlar, biyolojik olarak Aves sınıfında yer alır. Yaklaşık 150 yıl önce, Geç Jura dönemine yaşamış theropod cinsi dinozor Archaeopteryx lithographica, uzun bir süre en eski kuş olarak kabul edilmiştir. Modern soy bilimciler, kuşları bir dinozor kladı olan Theropoda'ya dahil etmiştir. Yaygın kanıya göre, Aves ve yakın akrabası olan Timsahlar takımı, Archosauria (arkozor) olarak bilinen bir "sürüngen" kladının yaşayan tek üyeleridir. 66 milyon yıl önce yaşanan Kretase-Tersiyer yok oluşundan dört farklı kuş soyu hayatta kaldı ve deve kuşlarına ve akrabalarına (Paleognathae), ördeklere ve akrabalarına (Anseriformes), uçamayan kümes hayvanlarına (Galliformes) ve "modern kuşlara" (Neoaves) hayat verdi.
Kladogram, canlılar arasındaki evrimsel ilişkileri göstermek için kladistikte kullanılan diyagramlardır. Atalar ile soyundan gelenlerin nasıl ilişkili olduklarını ve ne kadar değiştiklerini göstermediğinden ötürü bir kladogram evrim ağacı değilse de birçok evrim ağacı tek bir kladogramdan çıkarılabilir. Kladogram farklı yönlerde dallanarak uzayan ve en son ortak atası olan bir grup organizma olan kladlarda sonlanan ve dal adı verilen çizgilerden oluşur. Çok çeşitli kladogram şekilleri olsa da hepsinin ortak özelliği diğer çizgilerden dallanan çizgilerdir. Çizgiler dallandıkları noktaya kadar izlenebilirler. Bu bağlantı noktaları üstündeki taksonlar tarafından paylaşılan ortak özellikleri gösterdiği sonucuna varılmış varsayımsal ataları temsil eder. Bu varsayımsal ata farklı özelliklerin, adaptasyonların ve diğer evrimsel özelliklerin evrimleşme sırası hakkında ipuçları verebilir. Her ne kadar böyle kladogramlar geleneksel olarak morfolojik özellikler temelinde şekillendirildiyse de DNA ve RNA dizileme verileri ile birlikte işlemsel filogenetik artık kladogramların oluşturulmasında tek başına ya da morfolojik özelliklerle bir arada kullanılmaktadır.
Poecile, Baştankaragiller (Paridae) ailesinden olan bir baştankara kuşu cinsidir. Kuzey Amerika, Avrupa ve Asya'ya dağılmış olan 15 türü kapsamaktadır. Geçmişte, çoğu uzman Poecile'yi Parus cinsi içinde bir alt cins olarak tutmuştur; ancak ayrı bir cins sayılması Amerikan Ornitologlar Birliği tarafından başlatılmış olup bugün ayrı bir cins olduğu yaygın olarak kabul edilmiştir. Bu durumu, mtDNA sirokrom b dizi analizi ile desteklenmektedir.
Neoaves, Paleognathae ve Galloanserae hariç tüm modern kuşları içeren bir kladdır. Bilinen yaklaşık 10.000 modern kuş türünün neredeyse %95'i Neoaves kladına dahildir.
Accipitriformes, atmaca, şahin, kartal, akbaba ve çaylak da dahil olmak üzere gündüzcül çoğu yırtıcı kuşu içinde barındıran bir kuş takımıdır. Ancak doğanlar (Falconidae) bu gruba dahil değildir.
Homoplasi, biyoloji ve filogenetikte, evrim boyunca farklı soylarda birbirinden bağımsız olarak kazanılan ya da kaybedilen karakterleri tanımlamak için kullanılan terimdir. Ortak atadan kalma oldukları yakınlık analizi ile açıklanabilen homolojiden farklıdır. Homoplasi hem uyum sağlayan türlerde etkin olan benzer seçilim baskıları hem de genetik sürüklenme etkileri ile ortaya çıkabilir.
Taksonomide eğer bir grup en son ortak atası ve soyundan gelenlerin tamamını içeriyor ama genellikle bir ya da iki monofiletik alt grubu kapsamıyorsa bu grup dışarıda bırakılan alt gruplara nazaran parafiletik olarak adlandırılır. Parafiletik bir grup bir klad ya da ortak ata ile birlikte soyundan gelen tüm türlerin yer aldığı bir tür grubu olan monofiletik bir grup olamaz. Parafiletik grubun bir ya da daha fazla üyesi, dışarıda bırakılan grup ya da gruplara, parafiletik gruptan daha yakın akrabadır. Terim filogenetikte ve dilbilimde yaygın olarak kullanılır. Parafiletik gruplar sinapomorfiler ve simplesiomorfilerin birleşimi ile tanımlanırlar.
Archosauriformes, Geç Permiyen'de bir süre önce arkozoromorf atalarından gelişen diapsid sürüngenlerin bir kladıdır. Jacques Gauthier (1994) tarafından, Proterosuchidae ve Archosauria'nın [timsahları, teruzorları ve dinozorları içeren grup] son ortak atası ve tüm soyundan gelenler olarak tanımlandı. Phil Senter (2005), onu Proterosuchus ve Archosauria'yı içeren özel klad olarak tanımlar.
Tityridae, Neotropikal biyocoğrafik bölgesinde ormanlarda ve ağaçlık alanlarda yaşayan kuşlardan oluşan, Passeriformes takımında sınıflandırılan bir kuş familyasıdır. Bu familya yer alan 45 tür önceden Tyrannidae, Pipridae ve Cotingidae familyalarında sınıflandırılıyordu. Hepsi küçük ve orta boylarda kuşlardır. Iodopleura pipra türünün boyu 9,5 cm, ağırlığı 10 g. iken Tityra semifasciata türünün boyu 24 cm. ağırlığı da 88 g. civarındadır. Çoğunun kuyruğu görece kısa, kafaları da büyüktür.
Artamidae, Avustralya, Hint-Pasifik bölgesi ve Güney Asya'da yaşayan kuşların bulunduğu, Passeriformes takımında sınıflandırılan bir kuş familyasıdır. Üç alt familya içerisinde, altı cinse dağılmış yaşayan 24 türü vardır. Yalnızca Artamus cinsini içeren monotipik familya iken 1994 yılında Cracticidae familyası da dahil edilerek genişlemiştir. Yine de bazı takson otoriteleri iki familyayı ayrı olarak kabul etmeye devam etmektedir. Bu familya içinde yeralan türlerin bazıları güzel şakımalaıryla bilinir.
Enantiornithineler veya enantiornitheanlar olarak da bilinen Enantiornithes, Mezozoik Çağ'dan bilinen en bol ve çeşitli soyu tükenmiş avialan grubudur. Neredeyse tümünün dişleri ve kanatlarında pençe parmakları vardı, ancak bunun dışında dışarıdan modern kuşlara çok benziyorlardı. Seksenden fazla enantiornithine türü adlandırılmıştır, ancak bazı isimler yalnızca tek kemikleri temsil eder, bu nedenle hepsinin geçerli olmaması muhtemeldir. Enantiornithes, Kretase-Paleojen sınırında hesperornithidler ve diğer tüm kuş olmayan dinozorlarla birlikte yok oldu.
Zosteropidae, Passeriformes familyasına bağlı bir hayvan altfamilyasıdır. Sahraaltı Afrikası, Asya'nın güneyi ve doğusu ile Avustralasya'da yaşar. Hint Okyanusu'nda, Pasifik Okyanusu'nun batısında ve Gine Körfezi'nde bulunan tropikal adaların çoğunda da yaşarlar. Zosterops cinsinin yaygın dağılıma sahip üyelerinin dışında kalan türlerin çoğu adalara ya da takımadalara endemiktir.
