İçeriğe atla

Gıda mikrobiyolojisi

Mikrobiyoloji, mikroorganizmaları inceleyen biyolojinin alt dallarından biridir. Mikro; gözle görülemeyecek kadar küçük, -biyo; canlı ve -loji; bilim anlamına gelmektedir. Mikrobiyoloji; mikroorganizmaların yapısı, çeşitliliği ve bunların toprak, su, bitki, gıda, hayvan ve insan vücudundaki faaliyetleriyle ilgilenmektedir.[1]

Gıda mikrobiyolojisi ise, gıdayı inhibe eden (gelişimini engelleyen), oluşturan veya kontamine (bulaşma) eden mikroorganizmaların incelenmesini esas almaktadır. Gıdaların doğal yapısında bulunan ve bir süre sonra bozulmaya neden olan mikroorganizmalar; uygun pişirme ve saklama sağlanamayan gıdalardaki hastalık yapıcı patojenler; peynir, yoğurt, ekmek, bira ve şarap gibi fermente gıdalar üretmek için kullanılan mikroplar ve probiyotik üretmek gibi diğer yararlı rollere sahip mikroplar gıda mikrobiyolojisi çatısı altında incelenmektedir.[2][3][4][5]

Tarihçe

Mikroskobun bulunmadan önceki döneminde mikroorganizmalar ile ilgili bir bilgi mevcut değildir. Ancak farklı uygarlıkların yaşam koşulları nedeniyle elde etikleri ürünler olduğu bilinmektedir. Örneğin; bira yapımının ilk kez M.Ö. 5000 - 7000 yıllarında Babil' de uygulandığına dair farklı bulgular mevcuttur.

Sümerlilerin ise tereyağını elde eden ilk kavim oldukları saptanmıştır. Ayrıca Sümerlilerin etleri ve balıkları tuzladıkları da bilinmektedir. M.Ö. 3000 yılında ise Mısırlıların süt, tereyağı ve peyniri kullanmış oldukları bulunmuştur. M.Ö. 1000 civarında ise Romalılar deniz ürünlerinin muhafazasında kardan yararlandıkları bilinmektedir.

M.S. 943 yılında ise Fransa'da ilk gıda zehirlenmesi görülmüştür. Çavdar veya diğer hububatların tüketilmesi sonucu "Claviceps purpurea" ile bulaşmış ve 40.000 kişinin öldüğü belirlenmiştir. Ergotizm diye adlandırılan bu zehirlenmeye daha önceki dönemlerde de rastlanmaktadır. İsviçre'de ise ilk kez etlerin satılabilir veya satılamaz olarak nitelendirilmesi yapılmıştır. 13.yüzyılda etlerin kalitesi artmış olmakla beraber, bu kalite ile mikroorganizmalar arsındaki ilişkisi bilinmemektedir.[6]

Mikroorganizmaları tanımaya yardımcı "mikroskop" kavramı ise ilk olarak 1625 yılında kullanılmıştır.

1632-1723 yıllarında Antony van Leeuwenhoek mikroskobik canlıları mikroskop altında gören ve çizen ilk kişidir.

1822- 1895 yıllarında Louis Pasteur şarap ve biranın bozulma nedenlerinin mikroorganizmalar olduğunu bunun da engellenmesi için ortamların mutlaka Pastörize edilmesi gerekliliğini ortaya koymuştur. Kuduz hastalığının mikrobunu izole etmiş ve kuduz aşısını bulmuştur.

1830 yılında Lister modern mikrobun prensiplerini ortaya koymuştur.

1843- 1910 yıllarında Robert Koch mikroorganizmaları saf halde üretebilmek için katı besiyeri geliştirmiş ve bunları katı besiyerinden izole etmiştir. Bakterileri boyama tekniklerini ve verem hastalığının nedeni olan mikrobun (Mycobacterium tuberculosis) özelliklerini bulmuştur.

1889 yılında Cohn tarafından süt teknolojisinde bugünkü anlamda starter olarak bakterilerin kullanımı gerçekleşmiş ve yararlı etkileri ortaya konmuştur.

1933 yılında ise ilk elektron mikroskobu yapılmıştır. Bu sayede bakteriyofajlar görüntülenmiş ve çalışmalar yapılmıştır.[7]

Besinleri etkileyen bakteri alt grupları

Gıdalardaki bakterilerin incelenmesinde önemli gruplar belirli özelliklere göre alt gruplara ayrılmışlardır. Bu gruplandırmalar taksonomik (canlı sınıflandırmasındaki ) öneme sahip değildir:[8]

Laktik asit bakterileriyle sütün yoğurda dönüştürülmesi. (bakteriler şekilleri temsilidir)

◆ Laktik asit bakterileri, laktik asit üretmek için karbonhidratları kullanan bakterilerdir. Ana cinsler Lactococcus (laktakok), Leuconostoc (Lökonostok), Pediococcus (Pediokok), Lactobacillus (Laktobasil) ve Streptococcus thermophilus bakterileridir.

◆ Acetobacter aceti (Asetobakter) gibi asetik asit bakterileri alkolü, asetik asite çeviren bakteri türleridir.

Propiyonik asit üreten Propionibacterium freudenreichii gibi bakteriler, süt ürünlerini fermente etmek için kullanılmaktadır.

◆Clostridium butyricum gibi bazı Clostridium türleri bütirik asit üretmektedir.

◆Proteolitik bakteriler (mikroorganizmalar), ekstraselüler proteinazları (proteazları) üreterek proteinleri hidrolize etmektedir. Bu grup, Micrococcus, Staphylococcus (Stafilokok), Bacillus, Clostridium, Pseudomonas, Alteromonas, Flavobacterium (Flavo bakterisi) ve Alcaligenes cinslerini içermektedir. Daha sınırlı olarak da Entereobacteriaceae ve Brevibacterium bakteri türlerini içermektedir.

◆Lipolitik bakteriler (yağ parçalıyıcı bakteriler), hücre dışı lipazlar üreterek trigliseritleri hidrolize etmektedir. Bu grup, Micrococcus, Staphylococcus, Pseudomonas, Alteromonas ve Flavobacterium cinslerinden bakteri türlerini içermektedir.

◆Sakkarolitik bakteriler kompleks karbonhidratları hidrolize eder. Bu grup, Bacillus, Clostridium, Aeromonas, Pseudomonas ve Enterobacter cinslerinden bakteri türlerini içermektedir.

◆Termofilik bakteriler (yüksek sıcaklıklarda gelişen bakteriler ), Bacillus, Clostridium, Pediococcus, Streptococcus ve Lactobacillus cinsleri de dahil olmak üzere 50 santigrat derecenin üzerindeki yüksek sıcaklıklarda gelişebilmektedir.

Sporlar da dahil olmak üzere termodurik bakteriler pastörizasyonda hayatta kalabilmektedir.

◆5 santigrat derecenin altındaki soğuk havalarda üreyen bakteriler psikotropik olarak adlandırılmaktadır. Alcaligenes, Serratia, Leuconostoc, Carnobacterium, Brochothrix, Listeria ve Yersinia dahil olmak üzere birçok türden bakteri türlerini içermektedir.

◆Halotolerant bakteriler (Halofiller), %10'dan fazla yüksek tuz konsantrasyonlarında hayatta kalabilmektedir. Vibrio ve Corynebacterium'dan bazı türleri içermektedir. Asidürik bakteriler düşük pH'da hayatta kalmaktadır.

◆Ozmofilik bakteriler, maya ve küflerden daha az ozmofilik olmakla birlikte, nispeten daha yüksek ozmotik ortamı tolere edebilmektedirler.

Aeroblar oksijene ihtiyaç duyarken, anaeroblar oksijen tarafından inhibe edilmektedir (engellenmektedir). Fakültatif (seçmeli) anaeroblar oksijenli ve oksijensiz olarak 2 şekilde büyüyebilmektedir.

◆Bazı bakteriler besinlerin metabolizması sırasında gaz üretebilir, bazıları ise polisakkaritleri sentezleyerek balçık üretmektedir.

◆Spor üreten bakteriler ayrıca aerobik, anaerobik, yassı ekşi, termofilik ve sülfür üreten alt gruplara ayrılmaktadır.

◆ Fekal koliformlar dahil olmak üzere koliformlar, sanitasyon (hijyen) ölçüsü olarak kullanılmaktadır. Enterik patojenler gastrointestinal enfeksiyona neden olabilir ve bu gruba dahil edilebilmektedir.

Gıdalarda mikroorganizma üremesini etkileyen faktörler

Gıdaları etkileyen farklı değişkenler, faktörler mikroorganizma üremesini etkilemektedir. Bu faktörler:

▶ Gıdaların yapısında doğal olarak bulunan ve bu nedenle üremeyi arttırıp azaltan maddeler

▶Gıdalarda, gıda koruyucusu olarak eklenen maddeler

▶Gıdanın oksidasyon (yükseltgeme) - redüksiyon (indirgeme) potansiyeli

▶Gıdada bulunan su aktivitesi

▶Gıdada bulunan "hidrojen iyonu aktivitesi" (pH)

▶Ortam sıcaklığı

▶Ortamda bulunan gazların bileşimi ve yoğunluğu olarak sıralanabilmektedir.[9]

Gıda güvenliği

Biyogüvenlik laboratuvarında çalışan bir mikrobiyolog, gıdalardaki yüksek riskli patojenleri test ediyor.

Gıda güvenliği, gıda mikrobiyolojisinin ana odak noktasıdır. Çok sayıda hastalık ve patojenler, bakteri ve virüsleri içeren gıdalar yoluyla kolayca bulaşabilmektedir.

Mikrobiyal toksinler bakteriler ve mantarlar dahil olmak üzere mikroorganizmalar tarafından üretilmektedir. Mikrobiyal toksinler, doğrudan konak dokulara zarar vererek ve bağışıklık sistemini devre dışı bırakarak enfeksiyonu ve hastalığı teşvik etmektedir.

Mikrobiyal toksinler ayrıca gıdaların olası kirleticileridir. Ancak mikroorganizmalar ve ürünleri de bu patojenik mikroplarla savaşmak için kullanılabilmektedir.

 Bakteriyosin üretenler de dahil olmak üzere probiyotik bakteriler patojenleri öldürebilir ve inhibe edebilmektedir. Alternatif olarak, nisin (E234) gibi saflaştırılmış bakteriyosinler doğrudan gıda ürünlerine eklenebilmektedir. Son olarak bakteriyofajlar, sadece bakterileri bulaştıran virüsler, bakteriyel patojenleri öldürmek için kullanılabilmektedir.

Doğru pişirme de dahil olmak üzere, yiyeceklerin kapsamlı bir şekilde hazırlanması çoğu bakteri ve virüsü ortadan kaldırmaktadır. Bununla birlikte, kontaminantlar tarafından üretilen toksinler, diğer güvenlik koşulları nedeniyle kontamine gıdanın ısıtılması veya pişirilmesiyle toksik olmayan formlara dönüşmeye meyilli olmayabilmektedir.[10]

Fermantasyon

Fermantasyon, gıdaları koruma ve kalitesini değiştirme yöntemlerinden biri olma özelliğini taşımaktadır. Maya, özellikle Saccharomyces cerevisiae, ekmek mayalamak, bira yapmak ve şarap yapmak için kullanılmaktadır. Laktik asit bakterileri de dahil olmak üzere belirli bakteriler, yoğurt, peynir, acı sos, turşu, fermente sosis ve kimchi (kimçi) gibi yemekler yapmak için kullanılmaktadır. Bu fermantasyonların ortak bir etkisi, gıda ürününün patojenler ve bozulmaya neden olan mikroorganizmalar dahil olmak üzere diğer mikroorganizmalara karşı daha az konuksever olması ve böylece gıdanın raf ömrünün uzamasıdır.  Bazı peynir çeşitlerinin olgunlaşması ve karakteristik lezzetlerini geliştirmesi için küflere ihtiyaç duymaktadır.

Mikrobiyal polimerler

Gıda endüstrisinde mikrobiyal olarak üretilen birkaç biyopolimer kullanılmaktadır.

Aljinat

Aljinatlar koyulaştırıcı ajanlar olarak kullanılabilir. Burada 'Mikrobiyal polisakkaritler' kategorisi altında listelenmesine rağmen, ticari alginatlar şu anda sadece Laminaria hyperborea veya L. japonica gibi kahverengi deniz yosunlarından ekstraksiyon yoluyla üretilmektedir.

Poliglutamik asit

Bacillus'un çeşitli suşları tarafından üretilen poliglutamik asit, gıda endüstrisinde koyulaştırıcı olarak potansiyel uygulamalara sahiptir.[11][12][13]

Gıda testi

Gıda Teknolojisi Fakültesi, Letonya Yaşam Bilimleri ve Teknolojileri Üniversitesi Gıda mikrobiyoloji laboratuvarı

Gıda ürünlerinin güvenliğini sağlamak için patojenler ve bozulma organizmaları gibi mikroorganizmalar için mikrobiyolojik testler gereklidir. Bu sayede normal kullanım koşullarında kontaminasyon riski incelenebilir ve gıda zehirlenmesi salgınları önlenebilmektedir. Ürünlerin olası kusurları üretimin her aşamasında meydana gelebileceğinden, gıda ürünlerinin ve bileşenlerinin test edilmesi tüm tedarik zinciri boyunca önemlidir. Bu ihtiyacı karşılamak için, çoğu büyük ticari gıda üreticisi, ürünlerinin patojenler için düzenli olarak test edilmesi için kendi gıda test laboratuvarlarına sahiptir. Bozulmayı tespit etmenin yanı sıra, mikrobiyolojik testler ayrıca mikrop içeriğini belirleyebilir, maya ve küfleri ve salmonellayı tanımlayabilir. Bilim adamları ayrıca Salmonella için benzersiz Salmonella varyantlarını tanımlayabilen hızlı ve taşınabilir teknolojiler geliştirmektedirler..[14][15][16]

Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR), DNA'nın belirli bir parçasının tüp içinde çoğaltılması işlemidir. Ayrıca hızlı ve ucuz bir yöntemdir. Bu nedenle bilim adamları, benzersiz DNA modellerine dayalı olarak HIV ve şarbon gibi hastalıklara neden olan farklı virüs veya bakteri türlerini tespit etmek için PCR kullanılmaktadır. Gıda patojeni nükleik asitlerin ekstraksiyonu, PCR tespiti ve farklılaşmasına yardımcı olmak için ticari olarak çeşitli kitler mevcuttur. Gıda ürünlerindeki bakteri zincirlerinin tespiti, gıda kaynaklı hastalıkların oluşmasını önlemeye yardımcı olduğu için dünyadaki herkes için çok önemlidir. Bu nedenle, PCR, farklı işlenmiş gıdalardaki patojenik bakterilerin varlığını yükseltmek ve izlemek için bir DNA dedektörü olarak tanınmaktadır.[17][18]

Kaynakça

  1. ^ "GIDA TEKNOLOJİSİ TEMEL MİKROBİYOLOJİ" (PDF). 19 Şubat 2018 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi. 
  2. ^ Fratamico PM (2005). Bayles DO (ed.). Foodborne Pathogens: Microbiology and Molecular Biology. Caister Academic Press.
  3. ^ Tannock GW, ed. (2005). Probiotics and Prebiotics: Scientific Aspects. Caister Academic Press
  4. ^ Ljungh A, Wadstrom T, eds. (2009). Lactobacillus Molecular Biology: From Genomics to Probiotics. Caister Academic Press.
  5. ^ "Mayo, B (2010). van Sinderen, D (ed.). Bifidobacteria: Genomics and Molecular Aspects. Caister Academic Press". 15 Aralık 2010 tarihinde kaynağından arşivlendi. 
  6. ^ "Gıda mikrobiyolojisi- Ankara.edu.tr" (PDF). 24 Kasım 2020 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi. 
  7. ^ "Mikrobiyolojinin tarihçesi ve gelişimi" (PDF). 22 Aralık 2018 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi. 
  8. ^ Ray, B. Fundamental Food Microbiology, 3rd Ed. (2005), pp 29-32
  9. ^ "Besin mikrobiyolojisine giriş- Necmettin Erbakan Üniversitesi" (PDF). 10 Haziran 2021 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi. 
  10. ^ "Sillankorva, Sanna M.; Oliveira, Hugo; Azeredo, Joana (2012). "Bacteriophages and Their Role in Food Safety". International Journal of Microbiology. 2012: 863945. doi:10.1155/2012/863945. PMC 3536431. PMID 23316235". 20 Şubat 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. 
  11. ^ Rehm BHA, ed. (2009). Microbial Production of Biopolymers and Polymer Precursors: Applications and Perspectives. Caister Academic Press.
  12. ^ Remminghorst & Rehm (2009). "Microbial Production of Alginate: Biosynthesis and Applications". Microbial Production of Biopolymers and Polymer Precursors. Caister Academic Press
  13. ^ Shih & Wu (2009). "Biosynthesis and Application of Poly(gamma-glutamic acid)". Microbial Production of Biopolymers and Polymer Precursors. Caister Academic Press.
  14. ^ "Global Food Safety Resource". 17 Temmuz 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi. 
  15. ^ "food science technology network". 20 Ekim 2011 tarihinde kaynağından arşivlendi. 
  16. ^ "FDATrack/track-proj?program=cfsan&id=CFSAN-ORS-Rapid-Testing-and-Identification-of-Salmonella-in-Foods". 15 Mayıs 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 10 Haziran 2021. 
  17. ^ "Süt endüstrisi- Yalova.edu.tr" (PDF). 11 Haziran 2021 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi. 
  18. ^ "Wikipedia- Food microbiology". 13 Eylül 2006 tarihinde kaynağından arşivlendi. 


İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Fermantasyon</span> kimyasal çürüme

Fermantasyon, hücre içinde oksijen yokluğunda meydana gelen metabolik bir faaliyet olarak ‘NAD+'yi yeniden oluşturmak için glikozun glikoliz yoluyla kısmi oksidasyonunu takip eden metabolik adımlar’ şeklinde tanımlanmaktadır. Fermantasyon anaerobik şartlarda, yani oksidatif fosforilasyon olamadığı durumlarda, glikoliz yoluyla ATP üretimini sağlayan önemli bir biyokimyasal süreçtir. Biyokimyanın fermantasyonla ilgilenen dalı zimolojidir.

<span class="mw-page-title-main">Mikrobiyoloji</span> mikroskobik organizmaların incelenmesi

Mikrobiyoloji, mikrorganizmaları inceleyen bilim dalıdır. Bakteriler, archaea, virüsler, protistler, mayalar ve küfler gibi mikroorganizmalar mikrobiyolojinin konu alanını oluştururlar. Mikrobiyoloji bilim dalının aktif olarak kullanıldığı uygulama alanları tıp, tarım ve endüstridir.

<span class="mw-page-title-main">Bruselloz</span>

Bruselloz, Malta humması veya Akdeniz humması, da denilen Brucella spp. bakterileri yüzünden ortaya çıkan bulaşıcı bir hastalıktır.

<span class="mw-page-title-main">Bacillaceae</span>

Bacillaceae Bacillales takımına bağlı bir bakteri familyasıdır. Gıda mikrobiyolojisi açısından önemli bir bakteridir.Endospor oluşturmaları ve sıcaklık uygulamarına dayanıklı olmalarından dolayı diğer bakterilerden belirgin bir şekilde ayrılırlar. Spor oluşturmalarının yanı sıra enzimleri nedeniyle proteinlerin parçalanmasına neden olurlar. Bu familya içerisinde aerob özellikteki Bacillus ve anaerob Clostridium cinsleri ile beraber 106 farklı cins yer almaktadır. Hareketli türlerinde peritriş flagella karakteristik olarak bulunur. Çoğu patojenik değildir, fakat Bacillus ve Clostridium türleri insanlarda hastalık yaparlar.

<i>Clostridium</i>

Clostridium, gram pozitif, çoğu hareketli, zorunlu anaerob, katalaz negatif, fermentatif, endospor üreten çubuk şeklinde bakterilerden oluşan bir bakteri cinsidir. Bilimsel yayınlarla doğrulanmış 151 türü bulunmaktadır. Karbonhidratları parçalayarak, butirik asit, asetik asit, aseton, bütanol, izopropanol, etil alkol ve karbondioksit oluştururlar. Ayrıca, proteolitik etkiye sahip türleri de mevcuttur. Psikrotrof, mezofil ve termofil türlere sahiptirler. Endosporlar ısıya karşı çok dayanıklı olduklarından konserve besinlerin üretim teknolojisinde önem taşırlar. Bu özellikleri dolayısıyla bazı besinlerin sterilizasyonu için gerekli ısı-zaman düzenlerinin belirlenmesinde indikatör mikroorganizma olarak kullanılmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Enterobacteriaceae</span> bakteri ailesi

Enterobacteriaceae, Salmonella ve Escherichia coli gibi ünlü hastalık etkenlerini de içeren büyük bir bakteri ailesidir. Genetik araştırmalar, bu aileyi, Proteobacteria şubesine koyar. Enterobacteriales takımının içinde yer alan tek familyadır. Bilimsel yayınlarla doğrulanmış 32 cinsi mevcuttur.

<span class="mw-page-title-main">Botulizm</span>

Botulizm veya botulismus, Clostridium botulinum bakterisinin ürettiği toksinden kaynaklanan bir zehirlenme türü. Çoğunlukla, evde hazırlanmış ve uygun şekilde sterilize edilmemiş konservelerden kaynaklanır. Bununla birlikte açık yaralardan da enfeksiyon kapılabilir. C. botulinum bakterisi toprak altında oksijensiz ortamda yaşar ve ısıya dayanıklı sporlar üretir. Sporların tamamen yokedilmesi için, gıdaların en az 120 °C sıcaklıkta kaynatılması gerekir ki bu sıcaklığa ancak düdüklü tencerede veya endüstriyel ocaklarda ulaşılır. Normal tencerede kaynatma yeterince güvenli değildir. Ancak, konservede üreyen bakterilerin ürettiği zehir ısıya çok dayanıklı değildir ve gıdalar yemeden önce en az 2 dakika 70 °C sıcaklıkta pişirilirse toksinler tamamen yokolur.

Bağırsak florası sindirim sisteminde yaşayıp konak organizmanın sindirimiyle ilgili çeşitli yararlı işlevler gören mikroorganizmalardır.

<span class="mw-page-title-main">Gıda zehirlenmesi</span>

Gıda kaynaklı hastalık, içine yabancı etmen karışmış besin tüketimi sonucu meydana gelen herhangi bir hastalıktır. Genelde gıda zehirlenmesi de kullanılsa da bu genelde hatalıdır.

Kapsül, bakteri hücre duvarının dışında yer alan bir tabakanın ismidir. Genelde polisakkaritlerden oluşmakla beraber içinde başka tür malzeme de bulunabilir. Kapsül bakterinin fagositoz yapmasını engeller, ayrıca içinde bulunan su bakteriyi kurumaya karşı korur. Kapsüller fajları dışlarlar, ayrıca deterjanlar gibi çoğu hidrofobik maddenin bakteriye ulaşmasına engel olurlar.

<span class="mw-page-title-main">Çürük</span>

Diş çürüğü, bakterilerin ürettikleri asitle dişin sert yapısını oluşturan diş minesi, dentin ve sement tabakalarına hasar verdiği bir hastalıktır. Bu dokularda bakterilerin çalışması sonucu zamanla dişlerde kaviteler meydana gelmektedir. İki grup bakterinin bunların meydana gelmesinden sorumlu olduğu düşünülmektedir: Streptococcus mutans ve Lactobacillus.

<span class="mw-page-title-main">Doğuştan gelen bağışıklık sistemi</span> omurgalılarda bulunan iki ana bağışıklık stratejisinden biri

Doğuştan gelen bağışıklık sistemi ya da doğal bağışıklık diğer organizmaların enfeksiyonlarına karşı spesifik olmayan yolla koruma yapan ev sahibinin savunmasındaki hücreleri ve mekanizmaları kapsayan bir bağışıklık sistemi çeşididir.

<span class="mw-page-title-main">Koliform bakteri</span>

Koliform bakteriler gıda ve suların sıhhi durumunu gösteren göstergeç bakterilerdir. Tanım olarak çubuksu, Gram-negatif olup 35-37 °C'de laktoz fermante ederek asit ve gaz üretirler. Koliformlar sıcak kanlı hayvanların dışkılarında bolca bulunurlar, ama sulak ortamlarda, toprakta ve bitkilerde de bulunurlar. Çoğu zaman kloliformalar kendileri hastalığa neden olmazlar ama kolay kültürlenirler ve varlıkları dışkı kaynaklı zararlı patojenlerin de mevcut olabileceğine işaret eder. Dışkıya ait (fekal) patojenlere bakteriler, virüsler, protozoalar ve parazitler dahildir.

Virülans, bir mikrobun patojenliği, yani onun hastalığa neden olma yeteneğidir. Patojenlik terimi mutlak anlamda hastalığa neden olma yeteneği için kullanılır, virülans ise bir patojenin ne derecede hastalık yapabileceğini ifade etmek için kullanılır. Virülansın sıfat hali virülandır. Ekolojik bir bakış açısıyla virülans, bir parazitin neden olduğu, konak organizmadaki evrimsel uyum azalmasıdır.

<span class="mw-page-title-main">Mikroorganizma</span> mikroskobik bir organizma

Bir mikroorganizma veya mikrop mikroskobik bir organizmadır. Mikroorganizmaları inceleyen, Anton van Leeuwenhoek'un kendi tasarımı olan bir mikroskop kullanarak 1675'te mikroorganizmaları keşfetmesi ile başlayan bilim dalına mikrobiyoloji denir.

<span class="mw-page-title-main">Denitrifikasyon</span>

Denitrifikasyon ya da nitrat solunumu, nitrat ve nitrit bileşiklerinin, anaerobik koşullarda mikroorganizmalar tarafından redüksiyona Uğratılarak elementer azota dönüştürülmesi olayı.

<i>Alkalihalobacillus clausii</i> bakteri türü

Alkalihalobacillus clausii(Sinonim: Bacillus clausii); toprakta yaşayan, çubuk şeklinde, gram-pozitif, hareketli ve spor forma sahip bir bakteridir. Bakteri türü 2020 yılında Alkalihalobacillus cinsine taşınmış ve B.clausii ismi sinonim olarak kalmıştır.

<span class="mw-page-title-main">Su mikrobiyolojisi</span>

Su Mikrobiyolojisi suda yaşayan mikroorganizmaları tüm biyolojik yönleriyle inceleyen bilim dalıdır. Fakat su mikrobiyolojisi terimi daha çok insani tüketim amacıyla kullanılan veya insan sağlığı için önem arz eden sularda bulunan mikroorganizmaların özellikleri, tespit edilmesi ve dezenfeksiyonu çalışmaları için kullanılmaktadır. Doğada tatlı sular, nehir ağızları, okyanuslar gibi sucul ortamlardaki mikroorganizmaları ayrıntılı inceleyen bilim dalı ise aquatik mikrobiyolojidir. Yaşamın başlangıç noktası olan sucul ortamlar virüsler, arkeler, bakteriler, protozoalar, funguslar ve algler başta olmak üzere pek çok mikroorganizma barındırırlar.

<span class="mw-page-title-main">Clostridium perfringens</span>

Clostridium perfringens, Clostridium cinsine ait Gram pozitif, çubuk şeklinde, anaerobik, spor oluşturan patojenik bir bakteridir. C. perfringens doğada yaygındır ve çürüyen bitki örtüsünde, deniz tortusunda, insanların ve diğer omurgalıların bağırsaklarında, böceklerde ve toprakta normal olarak bulunabilir. Thioglycolate besiyerinde 6,3 dakika bir bölünerek, herhangi bir organizma için bildirilen en kısa jenerasyon süresine sahip bakteri türüdür.

Mikrobiyal toksinler, bakteriler, mantarlar, protozoalar, dinoflagellatlar ve virüsler dahil olmak üzere mikroorganizmalar tarafından üretilen toksinlerdir. Birçok mikrobiyal toksin, konakçı dokulara doğrudan zarar vererek ve bağışıklık sistemini devre dışı bırakarak hastalık oluşturur. Endotoksinler en yaygın olarak Gram-negatif bakterilerin dış plazma zarında bulunan lipopolisakarit (LPS) veya lipooligosakarit (LOS) yapılarından oluşur. Öncelikle Clostridium botulinum tarafından ve daha az sıklıkla diğer Clostridium türleri tarafından üretilen botulinum toksini, dünyada bilinen en toksik maddedir. Bununla birlikte, mikrobiyal toksinlerin tıpta ve bilimsel araştırmalarda önemli kullanımları da vardır. Günümüzde bu toksinleri daha iyi izole etmek ve anlamak için bakteriyel toksinleri saptamaya yönelik yeni yöntemler geliştirilmektedir. Toksin araştırmasının potansiyel uygulamaları arasında mikrobiyal virülansla mücadele, yeni kanser ilaçların ve diğer ilaçların geliştirilmesi ve toksinlerin nörobiyoloji ve hücresel biyolojide araç olarak kullanılması yer almaktadır.