Fenerbahçe Boks Şubesi 1959-60 sezonunda İstanbul Kulüplerarası Boks Şampiyonası'nda ikinci oldu.
Fenerbahçe Boks Şubesi 1964-65 sezonunda İstanbul Ferdi Boks Şampiyonası'nda şampiyon olurken, İstanbul Kulüplerarası Boks Şampiyonası'nda ikinci oldu ve ilk kez düzenlenen Türkiye Kulüplerarası Boks Şampiyonası'na katılma şansı yakalayamadı.
Fenerbahçe Boks Şubesi 1982-83 sezonunda son yıllardaki çıkışını sürdürdü ve 1970-71 sezonundan sonra ilk kez İstanbul Ferdi Boks Şampiyonası şampiyonluğuna ulaştı.
Fenerbahçe Boks Şubesi 1983-84 sezonunda İstanbul Ferdi Boks Şampiyonası'nda üçüncü olurken, Türkiye Ferdi Boks Şampiyonası'nda 5 madalya kazanarak büyük bir başarıya imza attı.
Fenerbahçe Boks Şubesi 1986-87 sezonunda İstanbul Kulüplerarası Boks Şampiyonası'nda en büyük rakibi Tekel'i açık farkla geride bırakarak tarihinde 15. kez İstanbul şampiyonu olurken, Türkiye Ferdi Boks Şampiyonası'nda 1984-85 sezonunda eline geçirdiği üstünlüğü sürdürdü ve takımlar şampiyonluğuna ulaştı.
Fenerbahçe Boks Şubesi 1987-88 sezonunda İstanbul Kulüplerarası Boks Şampiyonası, İstanbul Ferdi Boks Şampiyonası, Türkiye Ferdi Boks Şampiyonası ve altı sezon aradan sonra gerçekleştirilen Türkiye Kulüplerarası Boks Şampiyonası'nda şampiyonluğa ulaşarak çok başarılı bir sezonu geride bıraktı.
Fenerbahçe Boks Şubesi 1992-93 sezonunda İstanbul Ferdi Boks Şampiyonası ve Türkiye Ferdi Boks Şampiyonası'nda şampiyon oldu.
Fenerbahçe Boks Şubesi 1994-95 sezonunda İstanbul Ferdi Boks Şampiyonası'nda şampiyon oldu. Türkiye Ferdi Boks Şampiyonası ve Türkiye Kulüplerarası Boks Şampiyonası'nın tek organizasyon olarak düzenlendiği sezonda 11. Türkiye şampiyonluğuna ulaştı.
Fenerbahçe Boks Şubesi 1995-96 sezonunda İstanbul Ferdi Boks Şampiyonası'nda şampiyon oldu. Hem Türkiye Ferdi Boks Şampiyonası, hem de Türkiye Kulüplerarası Boks Şampiyonası'nda ise ikinci sırayı aldı.
Fenerbahçe Boks Şubesi 1996-97 sezonunda Türkiye Ferdi Boks Şampiyonası'nda ve Türkiye Kulüplerarası Boks Şampiyonası'nda şampiyon olarak çok başarılı bir sezonu geride bıraktı.
Fenerbahçe Boks Şubesi 1997-98 sezonuna İstanbul Ferdi Boks Şampiyonası'nda şampiyon olarak başladı. Türkiye Ferdi Boks Şampiyonası'ndan çekilen sarı-lacivertliler Türkiye Kulüplerarası Boks Şampiyonası'nda şampiyon oldu.
Fenerbahçe Boks Şubesi 1998-99 sezonuna İstanbul Ferdi Boks Şampiyonası'nda şampiyon olarak başladı. Türkiye Ferdi Boks Şampiyonası'nda şampiyon olan sarı-lacivertliler Türkiye Kulüplerarası Boks Şampiyonası'nda aynı başarıya ulaşarak müteakip sezon Avrupa Şampiyon Kulüpler Kupasında mücadele etme hakkı kazandı.
Fenerbahçe Boks Şubesi 1999-2000 sezonunda Avrupa Şampiyon Kulüpler Kupasında ikinci oldu. Türkiye Ferdi Boks Şampiyonası'nda 1 altın ve 5 gümüş madalya aldı, 2000 Yaz Olimpiyatları'nda altı kişilik ulusal takıma dört boksör verdi.
Fenerbahçe Boks Şubesi 2000-01 sezonunda Türkiye Ferdi Boks Şampiyonası'nda bir yıl aradan sonra şampiyon olurken, Türkiye Kulüplerarası Boks Şampiyonası'nda ikinci oldu.
Fenerbahçe Boks Şubesi 2002-03 sezonunda gençleşmiş kadrosuyla mücadele etti. Türkiye Ferdi Boks Şampiyonası'nda 1983'ten beri 20 yıldır sürdürdüğü üstünlüğü kaybeden sarı-lacivertli takım altyapıda başarılı sonuçlar aldı. Genç takım Türkiye şampiyonu olurken, bu dönemde yetişen sporcular 2004 yılından sonra kazanılan ulusal ve uluslararası başarıların dayanağı oldular.
Fenerbahçe Boks Şubesi 2003-04 sezonunda iki yıl önce gençleştirdiği kadronun meyvelerini toplamaya başladı. Türkiye Ferdi Boks Şampiyonası'nda 3 altın madalyayla Tekel ve Trabzon Belediyesi'nin ardından Türkiye üçüncüsü oldu.
Fenerbahçe Boks Şubesi 2004-05 sezonunda Türkiye'deki lider konumuna tekrar kavuştu ve önce altı sezon aradan sonra Türkiye Kulüplerarası Boks Şampiyonası'nda yedinci kez şampiyonluğa ulaştı. Ardından Türkiye Ferdi Boks Şampiyonası'nda da ilk sırayı alarak çifte Türkiye şampiyonluğuyla sezonu kapattı.
Fenerbahçe Boks Şubesi 2005-06 sezonunda bir sezon öne kazandığı çifte Türkiye şampiyonluğuna bir kez daha ulaştı. Türkiye Ferdi Boks Şampiyonası'nda on üçüncü kez birinci sırayı alan sarı-lacivertli takım Türkiye Kulüplerarası Boks Şampiyonası'nda sekizinci kez şampiyon oldu.
Fenerbahçe Boks Şubesi 20087-09 sezonunda naşarılarını sürdürdü. Erkek takımı İstanbul Şampiyonası'nda ikinci olmasına rağmen, Türkiye Ferdi Boks Şampiyonası ve Türkiye Kulüplerarası Boks Şampiyonası'nda şampiyonluğa ulaştı. Kadın takımı da bir sezon önce eline geçirdiği Türkiye şampiyonluğunu korumayı başardı.
Fenerbahçe Boks Şubesi 2009-10 sezonunda başarılarını sürdürdü. Erkek takımı İstanbul Şampiyonası, Türkiye Ferdi Boks Şampiyonası ve Türkiye Kulüplerarası Boks Şampiyonası'nda şampiyonluğa ulaştı. Kadın takımı da iki sezondur elinde tuttuğu Türkiye şampiyonluğunu korumayı başardı.