Yeni kurulan Fenerbahçe 1944-45 sezonunda İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'nde mücadele etti. Elemeli olarak yapılan ligde ilk kez resmî maça çıkan Fenerbahçe çeyrek finalde şampiyonaya veda etti. Dörtler Kupası finalinde Beykoz'a yenildi.
Fenerbahçe 1945-46 sezonunda İstanbul İkinci Basketbol Ligi'nde şampiyon olarak İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'ne yükseldi.
Fenerbahçe 1946-47 sezonunda tarihinde ilk kez İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'nde mücadele etti ve ikinci oldu.
Fenerbahçe 1948-49 sezonunda İstanbul Basketbol İkinci Ligi'nde mücadele etti ve şampiyon olarak bir sezon aradan sonra tekrar İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'ne döndü. Federasyon Kupası'nda Havagücü'ne yenilen takım tarihinde ilk kez Türkiye Şampiyonası'na katılma fırsatını kullanamadı.
Fenerbahçe 1949-50 sezonunda İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'nde mücadele etti ve üçüncü oldu.
Fenerbahçe 1950-51 sezonunda İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'nde mücadele etti ve tarihinde ilk kez ikinci oldu.
Fenerbahçe 1951-52 sezonunda İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'nde mücadele etti ve dördüncü oldu.
Fenerbahçe 1953-54 sezonunda İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'nde mücadele etti. Galatasaray'ı ilk kez mağlup eden sarı-lacivertli takım Kadıköyspor'a sürpriz bir şekilde yenilince çok yaklaştığı şampiyonluğu kaçırdı.
Fenerbahçe 1954-55 sezonunda İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'nde tarihinde ilk kez şampiyon oldu.
Fenerbahçe 1955-56 sezonuna ilk kez kazandığı Teşvik Turnuvası birinciliğiyle girdi ve İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'nde tarihinde ikinci kez şampiyon oldu.
Fenerbahçe 1958-59 sezonunda İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'nde şampiyonluk şansını son iki maça kadar sürdürse de ligi üçüncü bitirdi.
Fenerbahçe 1959-60 sezonunda İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'nde şampiyonluğu son hafta Darüşşafaka'ya 1 sayıyla yenilerek kaçırdı ve ligi averajla üçüncü bitirdi.
Fenerbahçe 1960-61 sezonunda İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'nde uzun bir aradan sonra ilk kez şampiyonlukta iddialı olamadı ve ligi dördüncü bitirdi.
Fenerbahçe 1961-62 sezonunda İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'nde şampiyonlukta iddialı olamadı ve ligi beşinci bitirdi.
Fenerbahçe 1962-63 sezonunda kadrosunu yeniden kuvvetlendirdi ve İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'nde beş sezon aradan sonra şampiyon oldu.
Fenerbahçe 1963-64 sezonunda İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'nde tarihinde beşinci kez şampiyon oldu.
Fenerbahçe 1968-69 sezonunda Türkiye Basketbol Ligi'nde ilk yarıda aldığı yenilgilerle şampiyonluğa ortak olamadı ve altıncı oldu.
Fenerbahçe 1969-70 sezonunda Türkiye Basketbol Ligi'nde ikinci oldu.
Fenerbahçe 1981-82 sezonunda Türkiye Basketbol Ligi normal sezonda grubunda son sırada yer aldı ve Final Grubu'na kalamadı. Küme düşme korkusu yaşadığı Klasman Grubu'nda aldığı üst üste galibiyetlerle dördüncülüğe yükselen takım, Final Grubu'ndaki altı takım da dikkate alındığında ligi onuncu olarak tamamladı.
Fenerbahçe 1984-85 sezonunda Türkiye Basketbol Ligi'nde normal sezonu birinci bitirdi. Tarihinde ilk kez play-off finali oynayan sarı-lacivertli takım ezeli rakibi Galatasaray'a 2-1 yenilerek lig ikinciliğinde kaldı.