Bakteri (İngilizce telaffuz: [bækˈtɪəriə] (
dinle); tekil isim: bacterium), tek hücreli mikroorganizma grubudur. Tipik olarak birkaç mikrometre uzunluğunda olan bakterilerin çeşitli şekilleri vardır, kimi küresel, kimi spiral şekilli, kimi çubuksu, kimi virgül şeklinde olabilir. Yeryüzündeki her ortamda bakteriler mevcuttur. Toprakta, deniz suyunda, okyanusun derinliklerinde, yer kabuğunda, deride, hayvanların bağırsaklarında, asitli sıcak su kaynaklarında, radyoaktif atıklarda büyüyebilen tipleri vardır. Tipik olarak bir gram toprakta bulunan bakteri hücrelerinin sayısı 40 milyon, bir mililitre tatlı suda ise bir milyondur; toplu olarak dünyada beş nonilyon (5×1030) bakteri bulunmaktadır, bunlar dünyadaki biyokütlenin çoğunu oluşturur. Bakteriler gıdaların geri dönüşümü için hayati bir öneme sahiptirler ve gıda döngülerindeki çoğu önemli adım, atmosferden azot fiksasyonu gibi, bakterilere bağlıdır. Ancak bu bakterilerin çoğu henüz tanımlanmamıştır ve bakteri şubelerinin sadece yaklaşık yarısı laboratuvarda kültürlenebilen türlere sahiptir. Bakterilerin araştırıldığı bilim bakteriyolojidir, bu, mikrobiyolojinin bir dalıdır.
Bacillaceae Bacillales takımına bağlı bir bakteri familyasıdır. Gıda mikrobiyolojisi açısından önemli bir bakteridir.Endospor oluşturmaları ve sıcaklık uygulamarına dayanıklı olmalarından dolayı diğer bakterilerden belirgin bir şekilde ayrılırlar. Spor oluşturmalarının yanı sıra enzimleri nedeniyle proteinlerin parçalanmasına neden olurlar. Bu familya içerisinde aerob özellikteki Bacillus ve anaerob Clostridium cinsleri ile beraber 106 farklı cins yer almaktadır. Hareketli türlerinde peritriş flagella karakteristik olarak bulunur. Çoğu patojenik değildir, fakat Bacillus ve Clostridium türleri insanlarda hastalık yaparlar.
Proteobakteriler (Proteobacteria), bakteriler üstaleminin ana gruplarından birisini meydana getiren ve önemli cins ve türleri içeren şubesidir. Çeşitli hastalık etmenleri ve başka çok bilinen cinsler bu gruba dahildir. Ayrıca doğada serbest yaşayan türleri ve azot fiksasyonundan sorumlu pek çok bakteri türünü de içerir. Bu grup ribozomal RNA (rRNA) dizinlerine göre tanımlanmıştır. Bakteri biçimlerinin çeşitliliğinden dolayı grup, ismini Yunan mitolojisinde yer alan, her şekle girebilen tanrı Proteus'tan almıştır.
Arkeler, Arkea veya Arkebakteriler, canlı organizmaların bir ana bölümüdür.
Chrysiogenaceae, monotipik Chyrsiogenetes sınıfının monotipik Chyrsiogenales takımında sınıflandırılan bakteri familyasıdır.
Hipertermofil, optimum gelişme sıcaklığı 80 °C veya daha yüksek dereceler olan mikroorganizmalardır.
Alphaproteobacteria, Proteobacteria şubesinde bir bakteri sınıfıdır. Üyeleri son derece çeşitlidir ve çok az benzerliğe sahiptir ancak yine de ortak bir atadandırlar. Tüm Proteobakteriler gibi, üyeleri gram-negatiftir fakat bazı hücre içi parazit üyeleri peptidoglikandan yoksundur ve bu nedenle gram değişkendir.
Rhodobacter, taksonomide Alphaproteobacteria sınıfında Rhodobacteraceae familyasına ait bir bakteri cinsidir. Rhodobacterin en ünlü türleri, bakteriyel fotosentezi incelemek için örnek organizmalar olarak kullanılan Rhodobacter sphaeroides ve Rhodobacter capsulatustur.
Asgard veya Asgardarchaeota, Lokiarchaeota, Thorarchaeota, Odinarchaeota ve Heimdallarchaeota'yı içeren bir arke üst şubesidir. Grubun bir temsilcisi yetiştirildi. Asgard üst şubesi, ökaryotların en yakın prokaryotik akrabalarını temsil eder. Ökaryotlar, muhtemelen simbiyogenez süreci boyunca bakterileri asimile ettikten sonra Asgardarchaeota'nın atalarının soyundan ortaya çıkmıştır.
Eosit varsayımı, arkeler içerisindeki bir şube olan Crenarchaeota içinde ortaya çıkan ökaryotları gösteren biyolojik bir sınıflandırmadır. Bu varsayım, ilk olarak James A. Lake ve meslektaşları tarafından 1984 yılında Crenarchaeota ve ökaryotlardaki ribozomların biçimlerinin bakterilere ya da arkelerin ikinci ana şubesi olan Euryarchaeota'ya göre birbirine daha çok benzediği bulgusuna dayanılarak önerildi.
Crenarchaeota, Archaea âlemine bağlı ökaryotlarla ilişkili bir algae şubesidir. Başlangıçta, Crenarchaeota'nın kükürt bağımlı ekstremofiller olduğu düşünülüyordu, ancak son çalışmalar, organizmaların deniz ortamında en bol bulunan arke olabileceğini gösteren karakteristik Crenarchaeota çevresel rRNA'sını tanımladı. Başlangıçta, rRNA dizilerine dayalı olarak diğer arkelerden ayrılmışlardı; bazı crenarchaea'ların histonlara sahip olduğu tespit edilmesine rağmen, histon eksikliği gibi diğer fizyolojik özellikler bu bölünmeyi desteklemiştir. Yakın zamana kadar kültürlenmiş tüm Crenarchaealar, bazıları 113 °C'ye kadar büyüme yeteneğine sahip olan termofilik veya hipertermofilik organizmaların. Bu organizmalar gram negatif boyanır ve morfolojik olarak çeşitlidir; çubuk, kok, ipliksi ve tuhaf şekilli hücrelere sahiptir.
Thermoplasmata, Euryarchaeota şubesine bağlı bir algae sınıfıdır.
Halobacteria, Euryarchaeota şubesine bağlı bir algae sınıfıdır.
Methanobacteria, Euryarchaeota şubesine bağlı bir algae sınıfıdır.
Methanomicrobia, Euryarchaeota şubesine bağlı bir algae sınıfıdır.
Methanopyri, Euryarchaeota şubesine bağlı bir algae sınıfıdır.
Halobacteriales, Halobacteria sınıfına bağlı bir algae takımıdır.
Üç üst âlem sistemi, Carl Woese, Otto Kandler ve Mark Wheelis tarafından 1990 yılında tanıtılan ve hücreli canlıları Arkeler, Bakteriler ve Ökaryotlar olmak üzere üç üst âleme ayıran biyolojik bir sınıflandırmadır. İki üst âlem sistemi ve beş âlem sınıflandırması gibi daha önceki sınıflandırmalardan temel ayrımı, arkelerin bütünüyle bakterilerden ayrılmış olmasıdır. Üç üst âlem sisteminin bilimsel anlamdaki rakibi, Ökaryotları bir arke grubu olarak kabul ederek, canlıları yalnızca Bakteriler ve Arkeler olarak ayıran "iki üst âlem sistemi"dir (en).
Son evrensel ortak ata, şu anda Dünya üzerinde yaşayan tüm organizmaların ortak bir atayı paylaştığı en son popülasyondur ve Dünya üzerindeki tüm mevcut yaşamın en yakın ortak atasıdır. Bu mevcut yaşama tüm hücresel organizmalar dahildir; virüslerin kökenleri belirsizdir ancak aynı genetik kodu paylaşırlar. SEOA muhtemelen çeşitli virüsleri de barındırıyordu. SEOA, Dünya üzerindeki ilk yaşam değildir fakat var olan tüm canlıların atalarının en son biçimidir.
Gammaproteobacteria, Pseudomonadota şubesinde yer alan bir bakteri sınıfıdır. Yaklaşık 250 cins içerir ve böylece Prokaryotların cins açısından en zengin taksonunu oluşturur. Tıbbi, ekolojik ve bilimsel açıdan önemli birçok bakteri grubu bu sınıfta yer alır. Tümü Gram-negatif bakterilerden oluşur ve filogenetik ve fizyolojik olarak en çeşitli Proteobacteria sınıfıdır.
Wikimedia Commons'ta Euryarchaeota ile ilgili çoklu ortam belgeleri bulunur.
Vikitür'de Euryarchaeota ile ilgili ayrıntılı taksonomik bilgiler bulunur.