Eulipotyphla, filogenetik yapılandırmanın moleküler yöntemlerine daynark önerilmiş ve içinde artık geçerli olmayan polifiletik Lipothphla takımının Laurasiatheria kladında bulunan üyeleri içeren ama Afrotheria kladında bulunan üyelerini içermeyen memelilerden oluşan bir takımdır. Lipotyphla takımı da yine artık geçerli olmayan Insectivora takımından bir grup memelinin çıkarılmasıyla oluşturulmuş bir takımdı. Eulipotyphla, Latince "gerçek şişman ve kör" anlamına gelir.
Eutheria, keselilere göre etenelilerle daha yakından ilişkili olan tüm doğurgan memelileri (Theria) kapsayan bir kladdır.
Kuş kalçalı dinozorlar veya Ornithischia, kuşlarınkini andıran kalça yapılarıyla karakterize edilen ve çoğunlukla otçul dinozorlardan meydana gelen soyu tükenmiş bir klad. Ornithischia veya "kuş kalçalı" kelimesi Eski Yunanca "kuşa ait" anlamına gelen ornith- (ὀρνιθ-) ve "kalça eklemi" anlamına gelen ischion (ἴσχιον), çoğul haliyle ischia kelimelerinin birleşmesiyle oluşmuştur. Ancak kuşlar teropod dinozorlardan olduğu için bu grupla yalnızca uzaktan akrabadır.
Terapsitler (Therapsida), memelileri ve soyu tükenmiş akrabalarını içeren, gelişmiş bir sinapsit kladıdır. Başka bir deyişle terapsitler, Sinapsida'nın hayatta kalan tek sınıfı olan memelilerin tümünü ve onların soyu tükenmiş akrabalarını içeren sphenacodont grubudur. Ancak bu isim, daha çok memeli olmayan terapsitler için kullanılır.
Filogenetikte, bir soy ya da taksonun ilkel özelliği bir kladın ya da klad grubunun ortak atasından kalıtsal olarak geçmiş ve o zamandan beri de çok az değişikliğe uğramış bir özelliktir. Buna karşın klad grubunun içinde olduğu görünen bir özellik ise yani kladın içinde herhangi bir alt grupta görülen ama tamamında görülmeyen özellik ise gelişmiş ya da türemiş bir özelliktir. Klad, ortak ataları ve onun soyundan gelen organizmaların tamamının oluşturduğu bir gruptur.
Ağaçsıl hareket ya da ağaçsıl lokomosyon, hayvanların ağaçlarda hareket etmelerini tanımlayan bir terimdir. Ağaçların bulunduğu habitatlarda hayvanlar ağaçlar üzerinde hareket etmek üzere evrimleşmişlerdir. Bazı hayvanlar ağaçlara ara sıra çıkarken bazıları ise tamamen ağaçlarda yaşarlar. Habitatlar içlerinde hareket eden hayvanlar için anatomik, davranışsal ve ekolojik sonuçları olan ve farklı türler arasında farklılaşmayı getiren sayısız mekanik zorluk içerir. Aynı prensipler ağaçlara tırmanmanın yanı sıra kayalıklara ya da dağlara tırmanmak için de kullanılabilir.
Sinapsitler, memelileri ve memelilere, sürüngenler ve kuşlar gibi amniyot kladının diğer üyelerinden daha yakın olan her hayvanı içeren bir amniyot grubudur. Kafataslarının her iki yanında, gözün arka kısmında bulunan bir açıklığa sahiptirler. İsimlerini bu açıklıktan alırlar.
Sauropsida, büyük ölçüde Reptilia sınıfına eşdeğer olan bir amniyot grubudur. Sauropsida, memelileri içeren amniyotların kladı olan Synapsida'nın kardeş taksonudur. Erken sinapsidler tarihsel olarak "memeli benzeri sürüngenler" olarak anılsa da, tüm sinapsidler, herhangi bir modern sürüngenden çok memelilerle daha yakından ilişkilidir. Sauropsidler ise memelilerden çok modern sürüngenlerle daha yakından ilişkili tüm amniyotları içerir. Buna, Linnaean taksonomisinde başlangıçta ayrı bir sınıf olarak adlandırılmasına rağmen, şu anda arkosauriyen sürüngenlerinin bir alt grubu olarak tanınan Aves (kuşlar) dahildir.
Averostra, çoğu theropod dinozorun içinde bulunduğu, Ceratosauria ve Tetanurae'yi içeren bir teropod dinozor kladıdır. Her iki klad'da Kretase dönemine kadar hayatta kaldı. Kretase-Paleojen neslinin tükenmesi olayı meydana geldiğinde, ceratosaurianlar ve Tetanurae grubundan, tyrannosauroidler ve Maniraptoriformlar hala mevcuttu. Ancak yok oluştan sadece bir Maniraptoran alt grubu olan Aves, sağ çıktı ve özellikle Kretase Paleojen yok oluşu sonrası türleşerek günümüzedeki kuşları oluşturdu.
Romeriida, günümüzdeki temsilcileri kuşlar ve timsahlar olan diapsida kladını, Paleothyris cinsini ve Protorothyridae familyasındaki bazı türleri içeren bir sürüngen kladıdır. Laurin & Reisz (1995) tarafından filogenetik olarak Paleothyris ve diapsidlerin son ortak atası ve tüm soyundan gelenler olarak tanımlanmıştır. Klad, ismini yirminci yüzyılın önde gelen omurgalı paleontoloğu Alfred Romer'den almıştır.
Mammaliaformes, taç grup olan memelileri ve onların en yakın soyu tükenmiş akrabalarını içeren bir kladdır. Memelilere diğer mammaliamorflara göre daha yakın olan tüm taksonlar olarak tanımlanır. Klad, daha önce yaşamış probainognatiyenler ve sinodontların mirasçısı olarak tanımlanır.
Pygostylia, Confuciusornithidae ile Jinguofortisidae familyalarını, kuşları ve yakın akrabalarını içeren Ornithothoraces grubunu barındıran bir avialan kladıdır.
Boreoeutheria, plasentalı memelilerin bir kladıdır. Grup iki kardeş taksondan oluşur: Laurasiatheria ve Euarchontoglires.
Prozostrodontia, mammaliaformları ve bunların Tritheledontidae ve Tritylodontidae gibi en yakın akrabalarını içeren bir sinodont kladıdır. Liu ve Olsen (2010) tarafından düğüm tabanlı bir takson olarak dikildi ve Prozostrodon brasiliensis, Tritylodon langaevus, Pachygenelus monus ve Mus musculus'u içeren en az kapsayıcı klad olarak tanımlandı.
Sphenacodontoidea, Sphenacodontidae familyasını ve memelilerin dahil olduğu terapsitleri içeren bir sinapsit grubudur. Taksonun monofiletik bir grup olarak geçerliliği konusunda bilim insanları arasında genel bir fikir birliği yoktur.
Maniraptoromorpha, Ornitholestes, Compsognathidae ve Maniraptoriformes gibi taksonları içeren coelurosaurian theropod dinozorlarının bir dalıdır. En azından yukarıda bahsedilen Ornitholestes ile Maniraptoriformes gruplandırmasında destek gösteren birkaç filogenetik analiz yapılmıştır. Bu grup, onu "Vultur gryphus 'u içeren ve Tyrannosaurus rex 'i hariç tutan en kapsayıcı klad" olarak tanımlayan Andrea Cau tarafından seçildi.
Parareptiller, küçük kertenkele benzeri canlıların yanı sıra, bazıları sivri uçlar ve zırh plakaları ile kıllanan daha büyük hayvanları içeren sıra dışı sürüngenler grubuydu. Diğer sürüngenlerin çoğundan farklı olarak, birçok parareptilin kafasının arkasında fenestrae adı verilen delikler yoktu. Bu pencere açıklıkları, dinozorlar gibi daha gelişmiş sürüngenlerin kafataslarını hafifletmeye yardımcı oldu. Pek çok parareptil otçul, künt, peg benzeri dişlere sahip gibi görünürken diğerleri muhtemelen böcekleri ve diğer eklembacaklıları yemiştir. Muhtemelen en ilkel parareptil grubu, Geç Permiyen Güney Afrika'dan gelen kertenkele benzeri milleretidlerdi. Geleneksel olarak, kafataslarının arkasında da pencereleri olmayan kaplumbağalar parareptiller arasında yer alır. Parareptiller ilk olarak geç Karbonifer dönemde ortaya çıktılar ve Triyas-Jura soy tükenme olayında yok oldular.
Filogenetikte, apomorfi ve sinapomorfi bir kladın türemiş karakterlerini işaret eder; bu karakterler ya da özellikler evrimsel süreç boyunca atasal karakterlerden türemiştir. Apomorfi, soyun atasında bulunan biçimden farklı bir karakterdir ve kladı diğer kladlardan ayırt etmeye yarar. Sinapomorfi ise kladı diğer organizmalardan ayırt etmeye yarayan ve paylaşılan apomorfidir. Diğer bir deyişle sinapomorfi, monofiletik bir grubun üyeleri tarafından paylaşılan bir apomorfidir ve dolayısıyla en son ortak atada da bulunduğu varsayılır.
Archosauriformes, Geç Permiyen'de bir süre önce arkozoromorf atalarından gelişen diapsid sürüngenlerin bir kladıdır. Jacques Gauthier (1994) tarafından, Proterosuchidae ve Archosauria'nın [timsahları, teruzorları ve dinozorları içeren grup] son ortak atası ve tüm soyundan gelenler olarak tanımlandı. Phil Senter (2005), onu Proterosuchus ve Archosauria'yı içeren özel klad olarak tanımlar.
Laurasiatheria, Eulipotyphla takımı ile Scrotifera kladını içeren bir plasentalı memeliler üst takımıdır. Kardeş grubu Euarchontoglires ile birlikte Boreoeutheria magna takımını oluşturur. Laurasiatheria taksonu içinde sınıflandırılan hayvanların benzer gen dizilimlerine dayanarak keşfedildi. Grubu birleştirmek için ortak anatomik özellikler henüz ortaya konmadı. Laurasiatheria kladı DNA dizilim analizleri ve retrotranspozon varlık/yokluk verilerine göre temellendirildi. Üst takım, Pangea bölünmeye başladıktan sonra Gondvana'dan ayrılan Lavrasya süperkıtasında ortaya çıktı. En son ortak atasının yaklaşık olarak 76 ila 90 milyon yıl önce soyunun ayrıldığı varsayılmaktadır.
