Bakteri (İngilizce telaffuz: [bækˈtɪəriə] (
dinle); tekil isim: bacterium), tek hücreli mikroorganizma grubudur. Tipik olarak birkaç mikrometre uzunluğunda olan bakterilerin çeşitli şekilleri vardır, kimi küresel, kimi spiral şekilli, kimi çubuksu, kimi virgül şeklinde olabilir. Yeryüzündeki her ortamda bakteriler mevcuttur. Toprakta, deniz suyunda, okyanusun derinliklerinde, yer kabuğunda, deride, hayvanların bağırsaklarında, asitli sıcak su kaynaklarında, radyoaktif atıklarda büyüyebilen tipleri vardır. Tipik olarak bir gram toprakta bulunan bakteri hücrelerinin sayısı 40 milyon, bir mililitre tatlı suda ise bir milyondur; toplu olarak dünyada beş nonilyon (5×1030) bakteri bulunmaktadır, bunlar dünyadaki biyokütlenin çoğunu oluşturur. Bakteriler gıdaların geri dönüşümü için hayati bir öneme sahiptirler ve gıda döngülerindeki çoğu önemli adım, atmosferden azot fiksasyonu gibi, bakterilere bağlıdır. Ancak bu bakterilerin çoğu henüz tanımlanmamıştır ve bakteri şubelerinin sadece yaklaşık yarısı laboratuvarda kültürlenebilen türlere sahiptir. Bakterilerin araştırıldığı bilim bakteriyolojidir, bu, mikrobiyolojinin bir dalıdır.
Pigment ya da boyar madde, suda tamamen veya hemen hemen çözünmeyen renkli bir malzemedir. Bunun tersine, boyalar genelde, en azından kullanımlarının bir aşamasında çözünürdür. Boyalar genellikle organik bileşik pigmentler ise genellikle inorganik bileşikdir. Tarih öncesi ve tarihi değeri olan pigmentler arasında koyu sarı, odun kömürü ve lapis lazuli bulunur. Sanayide olduğu kadar sanatta da kalıcılık ve istikrar istenen özelliklerdir. Kalıcı olmayan pigmentler kaçak olarak adlandırılır. Kaçak pigmentler zamanla veya ışığa maruz kaldıkça solarken bazıları sonunda kararır. Pigmentler boya, mürekkep, plastik, kumaş, kozmetik, gıda ve diğer malzemeleri renklendirmede kullanılır. İmalat ve görsel sanatlarda kullanılan çoğu pigment kuru renklendiricidir ve genellikle ince bir toz hâlinde öğütülür. Boyada kullanım için bu toz, pigmenti askıya alan görece nötr veya renksiz bir malzeme olan bağlayıcıya eklenir ve boyaya yapışkanlık verir. Genellikle aracında çözünmez olan bir pigment ile kendisi bir sıvı olan veya aracında çözünen boya arasında bir ayrım yapılır. Renklendirici, ilgili araca bağlı olarak bir pigment veya bir boya görevi görebilir. Bazı durumlarda pigment, bir metalik tuzla çözülebilir bir boyanın çökeltmesi ile boyadan üretilebilir. Oluşan pigmente göl pigmenti denir. Biyolojik pigment terimi, çözünürlüklerinden bağımsız olarak tüm renkli maddeler için kullanılır.
Mikrobiyoloji, mikrorganizmaları inceleyen bilim dalıdır. Bakteriler, archaea, virüsler, protistler, mayalar ve küfler gibi mikroorganizmalar mikrobiyolojinin konu alanını oluştururlar. Mikrobiyoloji bilim dalının aktif olarak kullanıldığı uygulama alanları tıp, tarım ve endüstridir.
Bacillaceae Bacillales takımına bağlı bir bakteri familyasıdır. Gıda mikrobiyolojisi açısından önemli bir bakteridir.Endospor oluşturmaları ve sıcaklık uygulamarına dayanıklı olmalarından dolayı diğer bakterilerden belirgin bir şekilde ayrılırlar. Spor oluşturmalarının yanı sıra enzimleri nedeniyle proteinlerin parçalanmasına neden olurlar. Bu familya içerisinde aerob özellikteki Bacillus ve anaerob Clostridium cinsleri ile beraber 106 farklı cins yer almaktadır. Hareketli türlerinde peritriş flagella karakteristik olarak bulunur. Çoğu patojenik değildir, fakat Bacillus ve Clostridium türleri insanlarda hastalık yaparlar.
Hematoksilin, Doğal Siyah 1 ya da C.I. 75290 olarak bilinen madde. Bakkam ağacının odunundan elde edilir. Okside olduğunda mavi-mor renkli hemateini oluşturur. Hematoksilin bu özelliği sayesinde, uygun bir boya sabitleyici ile birilikte kullanılarak, hücre çekirdeğini boyamak için kullanılır. Bu boyama tekniği, normalde saydam olan hücre ve dokuları mikroskop altında incelemede kolaylık sağlar. Hematoksilin ile boyanan yapılara bazofilik denir.
Eozin katrandan elde edilen turuncu-pembe renkli bir boyadır.
Gram boyama, bakterileri hücre duvarlarının kimyasal ve fiziksel özelliklerine göre iki büyük gruba ayırmak için kullanılan empirik bir yöntemdir.
Gram pozitif bakteri, gram boyama prosedüründen geçtikten sonra mikroskop altında mavi-siyah veya mor renk alan bakterilerdir. Bu rengin sebebi Gram pozitif bakterilerin hücre duvarlarının kristal viyole/iyot karışımını tutmasıdır. Gram negatif bakterilerin aksine Gram pozitif bakterilerin hücre duvarlarının dışında "dış zar" bulunmaz. Peptidoglikan hücre duvarı daha kalın olan gram pozitiflerin boyaları tutma kuvvetleri fazladır.
Endospor, bir bakterinin uygun olmayan koşullar altında sitoplazma yüzeyini minimuma indirerek metabolizmasını en düşük halde çalıştırmasıyla ortamın dış etkilerinden korunması amaçlı olarak aldığı haldir.
Malahit yeşili, trifenilmetan boyalardan parlak yeşil katyonik bir boyadır. İlk kez 1877 yılında kimyager Otto Fischer tarafından sentezlendi. 1878 yılında Oskar Doebner de, Fischer'den bağımsız olarak aynı boyayı elde etti.
Endotoksinler bakteri gibi patojenlerin içinde bulunan, potansiyel olarak toksik olabilecek bileşiklerdir. Endotoksinler bakteri tarafından salgılanmazlar, ama bakterinin parçalanırsa ortama salınan, onun yapısal bir bileşenidirler. Endotoksinler ile enterotoksinler karıştırılmamalıdır.
Hoechst boyaları floresans mikroskopisinde ve akış sitometresinde DNA'yı işaretlemek için kullanılan floresan boyalardandır. Bu boyalar DNA'yı işaretlediği için, ayrıca mitokondrileri boyamakta da kullanılır. bis-benzimid türü olan bu boyalardan iki tanesi yaygın olarak kullanılır: Hoechst 33258 ve Hoechst 33342.
Mycobacterium ya da Mycobacteriaceae; aside dirençli, uzun veya kısa çomaklar halinde, hareketsiz, sporsuz, kapsülsüz ve aerobik özelliğe sahip mikroorganizmalardır. Mikobakteriler standart hücre duvarı yapısına sahip değildirler ve gram pozitif veya gram negatif olarak sınıflandırılamazlar. Bilinen anlamda kapsül bulunmamasına rağmen hücre duvarlarında çok fazla lipid bulunur. Bu madde mikroorganizmayı hem çevresel koşulların etkisinden korur hem de normal boyalarla boyanamama özelliğini de meydana getirir. Bu nedenle mikobakterileri boyamak için alttan hafifçe ısıtılmaları gerekir.
Hematoksilen - Eozin Boyama, rutin incelemelerde ve patoloji laboratuvarlarında vazgeçilmez bir histolojik boyama tekniğidir. Temel prensibi, mavi-mor renk veren hematoksilen ile, pembemsi kırmızı renk veren eozin'in hücreleri boyamasıdır.
Asit haslığı bakterilerin, laboratuvar boyama prosedürleri boyunca, özellikle asitler tarafından gerçekleştirilen renksizleştirmeye karşı dirençlerini ifade eden fiziksel özellik. Numunenin bir parçası boyandığında, bahsi geçen organizmalar, çoğu boyama protokolünde yaygın olan, asit veya etanol temelli renksizleştirme prosedürlerine karşı direnç gösterebilirler ve bundan dolayı asit has ismini alırlar.
Mikrobiyal kist, organizmanın olumsuz çevre koşullarında hayatta kalmasına yardımcı olan, genellikle bir bakteri veya protist veya nadiren omurgasız bir hayvanın dinlenme veya hareketsiz bir aşaması. Hücrenin metabolik işlemlerinin yavaşlatıldığı ve hücrenin beslenme, hareket gibi tüm aktiviteleri durdurduğu askıya alınmış bir animasyon durumu olarak düşünülebilir. Ayrıca kese içine alma, mikropların bir konakçıdan diğerine veya daha elverişli bir ortama kolayca dağılmasına yardımcı olur. Sarılmış mikrop, büyümesi ve hayatta kalması için uygun bir ortama ulaştığında, kist duvarı, ekskistasyon olarak bilinen bir işlemle parçalanır.
Giemsa boyası, adını Alman kimyager ve bakteriyolog Gustav Giemsa'dan alan, sıtma ve diğer parazitlerin histopatolojik tanısında ve sitogenetikte kullanılan bir nükleik asit boyasıdır.
Hücre zarfı, bir bakterinin iç hücre zarını ve hücre duvarını içerir. Gram-negatif bakterilerde bir dış zar da bulunur. Bu zarf, hücre duvarının bulunmadığı Mollicute'lerde mevcut değildir.
Masson Trikrom Boyası, histolojide kullanılan üç renkli bir boyadır. Kanadalı doktor Claude L. Pierre Masson tarafından geliştirilmiştir. Hücreleri bağ dokudan ayırmak için kullanılan bir boyadır.
Asit füksin veya Acid Violet 19, moleküler formül C20H17N3Na2O9S3 olan ve histolojide yaygın olarak kullanılan asidik magenta boyasıdır. Füksin(en) molekülünün sodyum sülfonatlı türevidir. Masson Trikrom Boyasında kullanılan boyalardan biridir. Bu boya genellikle hücre ve çekirdeklerini boyayarak kasları kollajenlerden ayırt etmek için kullanılır. Kaslar bu boya ile kırmızı renk alır. Karşı Boyaları(en) olan Metil Mavisi ve Light green SF birlikte kullanılabilir ki bunlar kollajenleri yeşil veya maviye boyar. Bakterilerin tanımlanmasında da kullanılabilir.
