İçeriğe atla

Endojen viral element

Endojen viral element, viral olmayan bir organizmanın germ hattında varlığını sürdüren, bir virüsten gelen DNA sekansıdır. EVE'ler, viral genomun tamamı (provirus) veya bir kısmı olabilir. Bir viral DNA sekansı, hayata tutanabilir bir organizmayı meydana getirecek germ hücresinin genomuna entegre olur. Bu yeni yerleşmiş viral element, konakçı türde bir alel olarak bir nesilden bir sonrakine aktarılabilir ve hatta fiksasyona (popülasyonun genetik dağılımında kalıcı hale gelme) tabi olabilir.

Endojen retrovirüsler ve provirüsler olarak ortaya çıkan diğer EVE'ler potansiyel olarak, endojen durumlarında bulaşıcı virüs üretme yeteneğine sahip olabilir. Retrovirüsler haricindeki diğer virüslerin çoğu için germ hattı entegrasyonu nadir, anormal bir olay gibi görünmektedir ve var olan EVE'ler genellikle yalnızca ana virüs genomunun parçalarıdır. Bu tür parçalar genellikle bulaşıcı virüsler üretme yeteneğine sahip değildir ancak protein veya RNA ve hatta hücre yüzeyi reseptörü üretebilir.

Çeşitlilik ve dağılım

EVE'lere hayvanlarda, bitkilerde ve mantarlarda rastlanmıştır.[1][2][3][4] Omurgalılarda, retrovirüslerden gelen EVE'ler görece daha yaygındır çünkü replikasyon döngülerinin doğal bir parçası olarak konakçı hücrenin nükleer genomuna entegre olduklarından, konakçı germ hattına girmeye yatkındırlar. Buna ek olarak, omurgalı genomlarında parvovirüsler, filovirüsler, bornavirüsler ve sirkovirüslerle bağlantılı EVE'lere rastlanmıştır. Bitki genomlarında, pararetrovirüs elementleri görece daha yaygındır. Ayrıca, Geminiviridae gibi retrotranskripsiyon yapmayan diğer virüs ailelerinden gelen EVE'lere de bitki genomlarında rastlanmıştır. Dahası, Aureococcus anophagefferens virus'e (AaV) benzeyen, Nucleocytoviricota (NCLDV) şubesinin dev virüslerinden gelen EVE'ler (diğer adıyla GEVE'ler) 2019/2020'de tespit edildi.[5]

Kaynakça

  1. ^ Taylor DJ, Bruenn J (December 2009). "The evolution of novel fungal genes from non-retroviral RNA viruses". BMC Biology. Cilt 7. s. 88. doi:10.1186/1741-7007-7-88. PMC 2805616 $2. PMID 20021636. 
  2. ^ Koonin EV (January 2010). "Taming of the shrewd: novel eukaryotic genes from RNA viruses". BMC Biology. Cilt 8. s. 2. doi:10.1186/1741-7007-8-2. PMC 2823675 $2. PMID 20067611. 
  3. ^ Katzourakis A, Gifford RJ (November 2010). "Endogenous viral elements in animal genomes". PLOS Genetics. 6 (11). ss. e1001191. doi:10.1371/journal.pgen.1001191. PMC 2987831 $2. PMID 21124940. 
  4. ^ Feschotte C, Gilbert C (March 2012). "Endogenous viruses: insights into viral evolution and impact on host biology" (PDF). Nature Reviews. Genetics. 13 (4). ss. 283-296. doi:10.1038/nrg3199. PMID 22421730. 20 Eylül 2022 tarihinde kaynağından arşivlendi (PDF). Erişim tarihi: 18 Temmuz 2024. 
  5. ^ Moniruzzaman M, Weinheimer AR, Martinez-Gutierrez CA, Aylward FO (December 2020). "Widespread endogenization of giant viruses shapes genomes of green algae". Nature. 588 (7836). ss. 141-145. Bibcode:2020Natur.588..141M. doi:10.1038/s41586-020-2924-2. PMID 33208937. 22 Eylül 2022 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Temmuz 2024. 

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">RNA</span> nükleotitlerden oluşan polimer

Ribonükleik asid (RNA), bir nükleik asittir, nükleotitlerden oluşan bir polimerdir. Her nükleotit bir azotlu baz, bir riboz şeker ve bir fosfattan oluşur. RNA pek çok önemli biyolojik rol oynar, DNA'da taşınan genetik bilginin proteine çevirisi (translasyon) ile ilişkili çeşitli süreçlerde de yer alır. RNA tiplerinden olan mesajcı RNA, DNA'daki bilgiyi protein sentez yeri olan ribozomlara taşır, ribozomal RNA ribozomun en önemli kısımlarını oluşturur, taşıyıcı RNA ise protein sentezinde kullanılmak üzere kullanılacak aminoasitlerin taşınmasında gereklidir. Ayrıca çeşitli RNA tipleri genlerin ne derece aktif olduğunu düzenlemeye yarar.

<span class="mw-page-title-main">Virüs</span> canlı ve ya cansız arası mikroskobik enfeksiyon etkeni

Virüs, sadece canlı hücreleri enfekte edebilen ve böylece replike olabilen mikroskobik enfeksiyon etkenleri. Virüsler; hayvanlardan ve bitkilerden, bakterilerin ve arkelerin de içinde bulunduğu mikroorganizmalara kadar her türlü canlı şekillerine bulaşabilirler.

<span class="mw-page-title-main">Viral hastalık</span>

Viral hastalık, bir organizmanın vücudu patojenik virüsler tarafından istila edildiğinde ve enfeksiyöz virüs partikülleri (virionlar) duyarlı hücrelere bağlanıp girdiğinde ortaya çıkar.

Bir polimeraz, merkezî işlevi RNA ve DNA gibi nükleik asit polimerleri ile ilgili olan bir enzimdir. Bir polimerazın esas fonksiyonu, mevcut bir DNA veya RNA kalıbı kullanarak, ikileşme veya transkripsiyon süreci içinde, yeni bir DNA veya RNA'nın polimerizasyonudur. Bu enzimler, bir grup başka enzim veya protein eşliğinde, çözeltide bulunan nükleotitleri alırlar ve baz eşleşme etkileşimlerinden yararlanarak, bir polinükleotit iplikçiğin karşısında yeni bir polinükleotit iplikçiğinin sentezini katalizler.

<span class="mw-page-title-main">Ters transkriptaz</span> RNA şablonundan DNA üreten bir enzim

Biyokimyada bir ters transkriptaz veya RNA'ya bağımlı DNA polimeraz, tek iplikli bir RNA molekülü okuyup tek iplikli DNA üreten bir DNA polimeraz enzimidir. Bu enzim, ayrıca, RNA tek iplikli cDNA şeklinde okunduktan sonra çift iplikli DNA oluşmasında da görev alır. Normal transkripsiyon DNA'dan RNA sentezidir; dolayısıyla ters transkripsiyon bu sürecin tersidir.

Viral vektör, moleküler biyologlar tarafından hücre içine genetik malzeme ulaştırmak için kullanılan bir araçtır. Bu işlem canlı organizmanın içinde veya hücre kültüründe yapılabilir. Virüsler, enfekte ettikleri hücrelerin içine genomlarını verimli şekilde taşımak için özelleşmiş moleküler mekanizmalar evrimleştirmiştir. Bir virüs tarafından genlerin aktarımı transdüksiyon olarak adlandırılır, bu yolla enfekte olmuş hücrelerin de transdüklenmiş olduğu söylenir. Moleküler biyologlar bu mekanizmayı ilk defa 1970'lerde kontrol altına almayı becermiştir. Paul Berg bakteriyofaj lambda DNA'sı içeren değiştirilmiş bir SV40 virüsü kullanarak kültürlenmiş maymun böbrek hücrelerini enfekte etmiştir.

<span class="mw-page-title-main">Poliovirüs</span> virüs çeşidi

Çocuk felcinin etkeni olan poliovirüs veya çocuk felci virüsü, Picornaviridae ailesinde yer alan Enterovirüs C türünün bir serotipidir. Üç poliovirüs serotipi vardır: tip 1, 2 ve 3.

<span class="mw-page-title-main">Baltimor sınıflandırması</span>

Baltimor sınıflandırması, David Baltimore tarafından geliştirilmiştir. Virüs ailelerini genom türlerine ve replikasyon yöntemlerine bağlı olarak gruplara bölen bir virüs sınıflandırma sistemidir.

Genetik materyali RNA olan virüslere RNA virüsü denir. Nükleik asitleri genellikle tek iplikçikli RNA (tiRNA) yapısındadır ancak çift iplikçikli olanlar da mevcuttur (çiRNA). Önemli insan hastalıklarına neden olan RNA virüslerine örnekler: ebola virüsü, SARS, nezle, grip, hepatit C, batı nil virüsü, çocuk felci ve kızamık.

<span class="mw-page-title-main">Viral giriş</span>

Viral giriş, viral hayat döngüsündeki enfeksiyon aşamasının en erken evresidir, virüs konak hücre ile temasa geçer ve viral materyaller hücreye girer. Viral girişteki aşamalar şu şekillerdedir. Virüsler arasında çeşitlilik olmasına rağmen, viral girişin birkaç ortak şekli vardır.

<span class="mw-page-title-main">Viral protein</span> virüslerde bulunabilen bir protein türü

Viral protein, virüsün hem bir bileşeni hem de bir ürünüdür. Viral proteinler işlevlerine göre yapısal proteinler, yapısal olmayan proteinler, düzenleyici ve yardımcı proteinler olarak gruplandırılırlar. Virüsler canlı değildir ve kendi başlarına çoğalma araçlarına sahip değildirler. Çoğalmak için konakçı hücrelerinin enerji metabolizmalarına, enzimlerine ve yapı öncüllerine bağlıdırlar. Bu nedenle, virüsler kendi viral proteinlerinin birçoğunu kodlamazlar, aksine çoğaltma için ihtiyaç duydukları viral proteinleri üretmek için konakçı hücrenin organellerini ve döngülerini kullanırlar.

Hücrelerin evrimi, hücrelerin evrimsel kökenini ve daha sonraki evrimsel gelişimini ifade eder. Hücreler ilk olarak en az 3,8 milyar yıl önce, dünya oluştuktan yaklaşık 750 milyon yıl sonra ortaya çıktı.

<span class="mw-page-title-main">Santral dogma (moleküler biyoloji)</span> Biyolojik bir sistem içindeki genetik bilgi akışının açıklanması

Moleküler biyolojinin santral (merkezi) dogması, biyolojik bir sistem içindeki genetik bilgi akışının bir açıklamasıdır. Orijinal anlamı bu olmasa da, genellikle "DNA RNA'yı, RNA proteini yapar" şeklinde ifade edilir İlk olarak 1957'de Francis Crick tarafından ifade edilmiş, 1958'de ise yayınlanmıştır.

Kedi köpüklü virusü veya Kedi sinsi virusü bir retrovirüstür ve Retroviridae ailesine ve Spumaretrovirinae alt familyasındandır. Felispumavirus cinsini sadece Puma kedi köpüklü virüsü ile paylaşır. Virüs, etkilenen kedilerde genellikle asemptomatik olduğundan ve hastalığa neden olmadığından FeFV'nin patojenik olup olmadığı konusunda tartışmalar olmuştur. Ancak, FeFV'den etkilenen kedilerde zaman içinde böbrek ve akciğer dokusunda doğrudan ilişkili olabilen veya olmayabilen bazı değişiklikler gözlenmiştir. Bu virüs oldukça yaygındır ve enfeksiyon oranları kedinin yaşıyla birlikte kademeli olarak artar. Antikor incelemelerinden ve PCR analizinden elde edilen çalışma sonuçları, 9 yaşın üzerindeki kedigillerin %70'inden fazlasının Feline köpüklü virüsü için seropozitif olduğunu göstermiştir. Viral enfeksiyonlar, evcilleştirilmiş erkek ve dişi kediler arasında benzerdir, oysa vahşi, daha vahşi dişi kediler FeFV'den etkilenir.

Moleküler klonlamada vektör, yabancı bir nükleik diziyi yapay olarak çoğaltılabileceği ve/veya ifade edilebileceği başka bir hücreye taşımak için bir araç olarak kullanılan herhangi bir parçacıktır. Yabancı DNA içeren bir vektör rekombinant DNA olarak adlandırılır. Dört ana vektör türü plazmidler, viral vektörler, kozmidler ve yapay kromozomlardır. Bunlar arasında en yaygın kullanılan vektörler plazmidlerdir. Tüm tasarlanmış vektörlerde ortak olan bir replikasyon orijini, bir çoklu klonlama bölgesi ve seçilebilir bir işaretleyicidir.

<span class="mw-page-title-main">Viral uyku</span>

Viral uyku, patojenik bir virüsün, viral yaşam döngüsünün lizojenik kısmı olarak belirtilen, bir hücre içinde uykuda kalma yeteneğidir. Gizli bir viral enfeksiyon, kronik bir viral enfeksiyondan ayrılan bir tür kalıcı viral enfeksiyondur. Gecikme, belirli virüslerin yaşam döngülerinde, ilk enfeksiyondan sonra virüs parçacıklarının çoğalmasının durduğu aşamadır. Bununla birlikte, viral genom ortadan kaldırılmamıştır. Virüs, konakçının dışarıdan yeni bir virüs ile tekrar enfekte olmasına gerek duymadan yeniden aktifleşebilir ve büyük miktarlarda viral nesil üretmeye başlayabilir ve süresiz olarak konakçı içinde kalabilir.

<span class="mw-page-title-main">Sitopatik etki</span>

Sitopatik etki veya sitopatojenik etki, konakçı hücrelerde viral istilanın neden olduğu yapısal değişiklikleri ifade eder. Enfekte olan virüs, konakçı hücrenin parçalanmasına neden olur veya hücrenin çoğalamaması nedeniyle hücre parçalanmadan (lysis) ölür. Bu etkilerin her ikisi de CPE'ler nedeniyle ortaya çıkar. Bir virüs, konakçı hücrede bu morfolojik değişikliklere neden oluyorsa, buna sitopatojenik denir. SPE'nin yaygın örnekleri, enfekte olmuş hücrenin yuvarlaklaşmasını, bitişik hücrelerle sinsitya oluşturmak için füzyonu ve nükleer veya sitoplazmik inklüzyon cisimciklerinin görünümünü içerir.

Bunyavirales, esas olarak üçlü genomlara sahip, segmentli negatif sarmallı RNA virüslerinin bir takımıdır. Bu takımdaki virüsler, eklembacaklıları, bitkileri, protozoaları ve omurgalıları enfekte ederler. Ellioviricetes sınıfındaki tek takımdır. Bunyavirales adı, Bunyamwera ortobunyavirüs orijinal tipinin ilk keşfedildiği yer olan Bunyamwera'dan türemiştir. Ellioviricetes, bunyavirüsler üzerindeki ilk çalışmalarından dolayı merhum virolog Richard M. Elliott'un onuruna isim olarak seçilmiştir.

İlk evrensel ortak ata, her modern hücre dahil olmak üzere, son evrensel ortak atanın (LUCA) ve onun soyundan gelenlerin en eski atası olduğu düşünülen hücresel olmayan bir varlıktır. FUCA aynı zamanda LUCA'nın hiçbirinin modern torunları olmayan eski kardeş soylarının da atası olacaktır.

<span class="mw-page-title-main">Litik döngü</span>

Litik döngü, viral üremenin iki döngüsünden biridir, diğeri lizojenik döngüdür. Litik döngü, enfekte olmuş hücrenin ve zarının tahrip olmasıyla sonuçlanır. Yalnızca litik döngüden geçebilen bakteriyofajlara virülan fajlar denir.