Kyoto, Japonya'nın Kyoto prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Şehrin nüfusu yaklaşık 1,5 milyondur. 794-1868 yılları arasında ülkenin başkenti olup bin yıllık başkent olarak anılmaktadır. Kyoto, Osaka ve Kobe ile birlikte Keihanshin metropolitan alanını oluşturur. Ayrıca Kyoto protokolü de ismini bu şehirden almaktadır.
Sapporo, Japonya'nın Hokkaidō prefektörlüğünün merkezi ve bölgenin en büyük şehridir.
Saitama prefektörlüğü, Japonya'nın prefektörlüklerinden biridir. Prefektörlük Kantō bölgesinde yer almaktadır. Prefektörlüğün yüzölçümü 3,798.08 km² olan prefektörlüğün nüfusu 1 Ekim 2014 tarihi itibarı ile 7,237,734'tür. Prefektörlüğün merkezi Saitama şehridir.
Kumamoto, Japonya'nın Kumamoto prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Yüzölçümü 389.53 km² olan şehrin nüfusu 1 Mart 2010 tarihi itibarı ile 731,286'dır. Kumamoto 1 Nisan 1889 yılında kurulmuş olup 1 Nisan 2012 yılında belirlenmiş şehir statüsü almıştır.
Hakodate, Japonya'nın Hokkaidō prefektörlüğüne bağlı Oshima alt prefektörlüğünün merkezi ve Hokkaidō'nun üçüncü büyük şehridir. Yüzölçümü 677.89 km² olan şehrin nüfusu 31 Mayıs 2011 tarihi itibarı ile 279,851'dir.
Wakayama, Japonya'nın Wakayama prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Yüzölçümü 210,25 km² olan şehrin nüfusu 1 Ekim 2010 itibarı ile 369.088'dir.
Yamagata, Japonya'nın Yamagata prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Yüzölçümü 381,34 km² olan şehrin nüfusu Kasım 2013 itibarı ile 254.146'dır.
Miyazaki, Japonya'nın Miyazaki prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Şehir 1 Nisan 1924 tarihinde kurulmuştur. Yüzölçümü 286,96 km² olan şehrin nüfusu Kasım 2010 itibarı ile 399.834'tür.
Naha, Japonya'nın Okinawa prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Şehir Okinawa Adası'nın güney kısmında Doğu Çin Denizi kıyısında yer almaktadır. Yüzölçümü 38,99 km² olan şehrin nüfusu Kasım 2012 tarihi itibarı ile 321.467'dir.
Kōriyama, Japonya'nın Fukuşima prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir prefektörlüğün ortasında yer almaktadır. Yüzölçümü 757.06 km² olan şehrin nüfusu Şubat 2015 tarihi itibarı ile 329,339'dur.
Kawasaki, Japonya'nın Kanagawa prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir prefektörlüğün kuzeydoğusunda Yokohama ile Tokyo arasında yer almaktadır. Yüzölçümü 142.70 km² olan şehrin nüfusu 1 Haziran 2012 itibarı ile 1,437,266'tır. Kawasaki Japonya'nın dokuzuncu büyük şehri olup Büyük Tokyo Metropolü'nün bir parçasıdır.
Kawagoe, Japonya'nın Saitama prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Yüzölçümü 109.16 km² olan şehrin nüfusu 1 Kasım 2014 itibarı ile 349,907'dir.
Toyohashi, Japonya'nın Aichi prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir prefektörlüğün güneydoğusunda, Atsumi Yarımadası'nın girişinde ve Mikawa Körfezi kıyısında yer almakta olup Shizuoka prefektörlüğü ile komşudur. Yüzölçümü 261.86 km² olan şehrin nüfusu 1 Ocak 2010 itibarı ile 372,710'dur. Toyohashi, 1 Ağustos 1906 tarihinde kurulmuştur.
Tomakomai, Japonya'nın Hokkaidō prefektörlüğüne bağlı Iburi alt prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Yüzölçümü 561,49 km² olan şehrin nüfusu 29 Şubat 2012 itibarı ile 174.216 olup Hokkaidō'nun en büyük beşinci şehridir.
Hirakata, Japonya'nın Osaka prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir prefektörlüğün kuzeydoğusunda, Osaka ile Kyoto'nun arasında ve Yodo Nehri'nin kıyısında yer almaktadır. Yüzölçümü 65.08 km² olan şehrin nüfusu 1 Ağustos 2011 tarihi itibarı ile 407,465'tir.
Neyagawa, Japonya'nın Osaka prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir 3 Mayıs 1951 tarihinde kurulmuştur. Yüzölçümü 24.73 km² olan şehrin nüfusu 2010 yılı itibarı ile 238,549'dur. Şehre Keihan Electric Railway'in Ana ile JR West'in Katamachi hatları hizmet vermektedir.
Ishikari, Japonya'nın Hokkaidō prefektörlüğüne bağlı Ishikari alt prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Yüzölçümü 721.86 km² olan şehrin nüfusu 31 Mart 2015 itibarı ile 59,275'dir.
Eniwa, Japonya'nın Hokkaidō prefektörlüğüne bağlı Ishikari alt prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir, Ishikari Ovası'nda Chitose'nin 8 km kuzeyinde ve prefektörlük merkezi Sapporo'nun 26 km güneyinde yer almaktadır. Yüzölçümü 294.87 km² olan şehrin nüfusu Ekim 2013 tarihi itibarı ile 68,883'tür.
Tosa, Japonya'nın Kōchi prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir 1 Ocak 1959 tarihinde kurulmuştur. Yüzölçümü 91.59 km² olan şehrin nüfusu 1 Kasım 2011 tarihi itibarı ile 28,897'dir.
Ishikari alt prefektörlüğü, Japonya'nın Hokkaidō prefektörlüğüne bağlı bir alt prefektörlüktür. Yüzölçümü 3,539.86 km² olan alt prefektörlüğün nüfusu 31 Aralık 2011 tarihi itibarı ile 2,334,241'dir. Merkezi aynı zamanda prefektörlükün de merkezi olan Sapporo şehridir.