İçeriğe atla

Deoksiroboznükleaz I

Deoksiribonükleaz I (genellikle DNaz I olarak adlandırılır), insanı geni DNAZ1 tarafından kodlanan bir endonükleazdır.[1] DNaz I, DNA'yı tercihen bir pirimidin nükleotidine bitişik fosfodiester bağlarında bölen bir nükleazdır. Tek sarmallı DNA, çift sarmallı DNA ve kromatin üzerinde etki eder. Atık yönetimi endonükleazı rolüne ek olarak, apoptoz sırasında DNA parçalanmasından sorumlu deoksiribonükleazlardan biri olduğu ileri sürülmüştür.[2]

DNaz I, hücre iskeletindeki protein aktine bağlanır. Çok yüksek (sub-nanomolar) afiniteye sahip aktin monomerlerine ve düşük afiniteye sahip aktin polimerlerine bağlanır. Bu etkileşimin işlevi belirsizdir. Bununla birlikte, aktine bağlı DNaz I enzimatik olarak inaktif olduğu için, DNase-aktin kompleksi, genetik bilgilerin hasar görmesini önleyen bir DNase I depolama formu olabilir.

Bu gen, DNase ailesinin bir üyesini kodlar. Bu protein çekirdek zarının proenzim granüllerinde depolanır ve DNA'yı endonükleolitik bir şekilde parçalayarak işlevini gerçekleştirir. DNASE1*1 ila DNASE1*6 arasında en az altı otozomal kodominant aleli karakterize edilmiştir. Bu gendeki mutasyonlar ve enzim ürününü inaktive eden faktör, bir otoimmün hastalık olan sistemik lupus eritematozus (SLE) ile ilişkilendirilmiştir.[3][4] Bu proteinin rekombinant bir formu, balgamda hücre dışı DNA'yı hidrolize ederek ve viskozitesini azaltarak kistik fibroz semptomlarından birini tedavi etmek için kullanılır.[5] Bu genin alternatif transkripsiyonel ekleme varyantları gözlenmiştir, ancak tam olarak karakterize edilmemiştir.[1]

Genomikte

Genomikte, DNaz I aşırı duyarlı bölgelerin açık, erişilebilir kromatin ile karakterize edildiği düşünülmektedir; bu nedenle, bir DNaz I duyarlılık analizi, genomun hangi bölgelerinin aktif gen içerme olasılığını belirlemek için genomikte yaygın olarak kullanılan bir metodolojidir.[6]

DNaz I Sekans Özgüllüğü

Son zamanlarda, DNaz I'in deneysel koşullara bağlı olabilen bazı dizi özgüllük seviyeleri gösterdiği bildirilmiştir.[7] Yüksek substrat spesifisitesine sahip diğer enzimlerin aksine, DNase I kesinlikle mutlak bir sekans spesifitesi ile ayrılmaz. Bununla birlikte, 3' uçlarında C veya G içeren bölgelerdeki bölünme daha az etkilidir.

Kaynakça

  1. ^ a b Entrez Gene: DNASE1 deoxyribonuclease I 26 Haziran 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. Erişim tarihi: 17 Nisan 2020
  2. ^ Samejima, K & Earnshaw, W.C. (2005). "Trashing the genome: the role of nucleases during apoptosis". Nat Rev Mol Cell Biol. (İngilizce) 6: 677–88. doi:10.1038/nrm1715.
  3. ^ "Impairment of neutrophil extracellular trap degradation is associated with lupus nephritis". Proc Natl Acad Sci U S A. 107 (21). 2010. ss. 9813-8. 
  4. ^ "Mutation of DNASE1 in people with systemic lupus erythematosus". Nat. Genet. 28 (4). 2001. ss. 313-4. 
  5. ^ "Recombinant human DNase I reduces the viscosity of cystic fibrosis sputum". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87 (23). 1991. ss. 9188-92. 
  6. ^ "High-resolution mapping and characterization of open chromatin across the genome". Cell. Cilt 132. 2008. ss. 311-322. 
  7. ^ Koohy (26 Temmuz 2013). "Chromatin Accessibility Data Sets Show Bias Due to Sequence Specificity of the DNase I Enzyme". PLoS ONE. 8 (7). ss. e69853. 

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">DNA</span> Canlıların genetik bilgilerini barındıran molekül

Deoksiriboz nükleik asit veya kısaca DNA, tüm organizmaların ve bazı virüslerin canlılık işlevleri ve biyolojik gelişmeleri için gerekli olan genetik talimatları taşıyan bir nükleik asittir. DNA'nın başlıca rolü bilgiyi uzun süre saklamasıdır. Protein ve RNA gibi hücrenin diğer bileşenlerinin inşası için gerekli olan bilgileri içermesinden dolayı DNA; bir kalıp, şablon veya reçeteye benzetilir. Bu genetik bilgileri içeren DNA parçaları gen olarak adlandırılır. Bazı DNA dizilerinin yapısal işlevleri vardır, diğerleri ise bu genetik bilginin ne şekilde kullanılacağının düzenlenmesine yararlar.

<span class="mw-page-title-main">RNA</span> nükleotitlerden oluşan polimer

Ribonükleik asid (RNA), bir nükleik asittir, nükleotitlerden oluşan bir polimerdir. Her nükleotit bir azotlu baz, bir riboz şeker ve bir fosfattan oluşur. RNA pek çok önemli biyolojik rol oynar, DNA'da taşınan genetik bilginin proteine çevirisi (translasyon) ile ilişkili çeşitli süreçlerde de yer alır. RNA tiplerinden olan mesajcı RNA, DNA'daki bilgiyi protein sentez yeri olan ribozomlara taşır, ribozomal RNA ribozomun en önemli kısımlarını oluşturur, taşıyıcı RNA ise protein sentezinde kullanılmak üzere kullanılacak aminoasitlerin taşınmasında gereklidir. Ayrıca çeşitli RNA tipleri genlerin ne derece aktif olduğunu düzenlemeye yarar.

Restriksiyon enzimi veya restriksiyon endonükleazı, çift zincirli DNA moleküllerindeki belli nükleotit dizilerini tanıyan ve her iki zinciri birlikte kesen bir enzim türüdür. Bu özel enzimler, bakteri ve arkelerde bulunurlar ve virüslere karşı bir savunma mekanizmasına aittirler. Konak bakteri hücresinde restriksiyon enzimleri seçici olarak yabancı DNA'ları keserler; konak DNA'yı restriksiyon enziminin etkinliğinden korunmak için bir değiştirme (modifikasyon) enzimi tarafından metillenir. Bu iki süreç toplu olarak restriksiyon modifikasyon sistemi olarak adlandırılır. Bir restriksiyon enzimi DNA'yı kesmek için DNA çift sarmalının her şeker-fosfat omurgasından birer kere olmak üzere iki kesme yapar.

<span class="mw-page-title-main">Louis Ignarro</span>

Louis J. Ignarro Amerikalı farmakolog. Nitrik oksitin etkileşimlerini gösteren çalışmasıyla Robert F. Furchgott ve Ferid Murad ile birlikte 1998 Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülü'nü almıştır. 1985 yılından beri UCLA Tıp Fakültesi'nde farmakoloji profesörü olarak çalışmaktadır. Araştırmaları konusunda birçok makale yayınlamış olan Ignarro, kardiyovasküler bilimin ilerlemesine yaptığı katkılar nedeniyle 1998'de Amerikan Kalp Derneği'nin Temel Araştırma Ödülü'nü de almıştır. Aynı yıl ABD Ulusal Bilimler Akademisi'ne, bir sonraki yıl ise Amerikan Sanat ve Bilimler Akademisi'ne kabul edilmiştir.

<span class="mw-page-title-main">Transpozon</span>

Transpozonlar bir hücrenin genomunda farklı yerlere, transpozisyon olarak adlandırılan bir süreçle hareket edebilen DNA dizileridir. Bu süreç ile mutasyonlara ve genomdaki DNA miktarının değişmesine neden olurlar. Çeşitli hareketli genetik elemanlar mevcuttur, bunlar transpozisyon mekanizmalarına göre sınıflandırılırlar. Retrotranspozonlar bir RNA ara ürün aracılığıyla kendilerini kopyalayarak hareket ederler. DNA transpozonları bir RNA ara ürün kullanmaz. Tranpozonların kimi kendini kopyalayarak, kimi kendini çevreleyen DNA'dan kesip çıkarıp başka bir yere taşıyarak hareket eder. Bu özelliklerinden dolayı, bilim insanları transpozonları canlılardaki DNA'yı değiştirmek için bir araç olarak kullanırlar.

<span class="mw-page-title-main">MikroRNA</span> yaklaşık 21-23 nükleotit uzunluğunda tek iplikli RNA molekülü türü

Genetikte, mikroRNA (miRNA) yaklaşık 21-23 nükleotit uzunluğunda tek iplikli RNA molekülü türüdür, gen ifadesinin düzenlenmesinde rol oynar. miRNA'lar kodlamayan RNA'lardandır, yani DNA'dan transkripsiyonu yapılan ama proteine çevirisi yapılmayan genler tarafından kodlanırlar. Pri-miRNA olarak adlandırılan primer transkriptler işlenerek, önce pre-miRNA adlı kısa sap-ilmik yapılarına, sonra da fonksiyonel miRNA'ya dönüşürler. Olgun miRNA moleküller bir veya daha çok mesajcı RNA (mRNA) ile kısmî tamamlayıcıdır ve başlıca işlevleri gen ifadesini aşağı ayarlamaktır. 1993'te Lee ve çalışma arkadaşları tarafından Victor Ambros laboratuvarında keşfedilmişlerdir, ancak mikroRNA terimi ilk 2001'de kullanıma girimiştir.

<span class="mw-page-title-main">Nükleaz</span>

Nükleaz, nükleik asitleri kısmen veya tamamen parçalayan bir enzim tipidir. Bu enzimler gerek sindirim sisteminde, gerek de hücre içinde, örneğin hata tamiri, gen regülasyonu, viral savunma gibi önemli işlevlerin gerçekleşmesinde rol oynarlar. Nükleazlar, tiplerine bağlı olarak, DNA ve RNA zincirlerini çeşitli biçimlerde kesebilirler. Gen mühendisliğinde farklı nükleazlar DNA moleküllerinin arzu edilen biçime sokulmasında, ayrıca DNA ve RNA moleküllerinin yapılarının anlaşılmasında birer araç olarak kullanılır.

C değeri muamması veya C değeri paradoksu, ökaryotik türlerin çekirdek genomu büyüklüğündeki büyük çeşitliliğe değinmek için kullanılan bir terimdir. C değeri muammasının temelinde yatan gözlem, genom büyüklüğünün organizma kompleksliği ile ilintili olmadığıdır; örneğin, bazı tek hücreli protistalarin genomları insanınkinden çok daha büyüktür.

Endonükleazlar bir polinükleotit zincirindeki fosfodiester bağını kesen enzimlerdir. Buna karşın eksonükleazlar polinükleotit zincirinin sadece en ucundaki fosfodiester bağını keser. Doğada endonükleazlar çeşitli hücresel işlevlere sahiptir. Bu enzimlerin bazıları moleküler biyoloji laboratuvarlarında birer araç olarak da kullanılır.

<span class="mw-page-title-main">RAD51</span>

RAD51, bir insan genidir, bu genin ürünü olan ve aynı isme sahip olan protein DNA çift iplikçikli kesiklerini tamir eder. Bu protein RAD51 protein ailesinin üyelerinden biridir. RAD51 protein ailesi üyeleri bakteriyel RecA ve maya Rad51 ile homologdur. Protein, mayadan insana kadar çoğu ökaryotta korunmuştur.

<span class="mw-page-title-main">Moleküler motor</span>

Moleküler motorlar canlı organizmalarda hareketi sağlayan biyolojik moleküler makinalardır. Genel olarak, bir motor enerji kullanıp onu hareket veya mekanik işe dönüştürür. Örneğin, çoğu protein-temelli moleküler motor ATP'nin hizdrolizi ile açığa çıkan serbet enerjisini kullanıp onu mekanik işe dönüştürür. Enerjetik verimlilik açısından bu tür motorlar hâlen mevcut insan yapımı motorlardan üstündürler. Moleküler motorlarla makroskopik motorlar arasındaki önemli bir fark, moleküler motorların termal banyo içinde çalışmalarıdır, bu ortamda termal gürültüden kaynaklanan fluktuasyonlar önemli düzeydedir.

<span class="mw-page-title-main">Somatik hipermutasyon</span>

Somatik hipermutasyon veya SHM, edinilmiş bağışıklık sisteminin bir parçası olarak, sistemin yabancı cisimlere karşı durmasında görev alan hücre içi bir mekanizmadır. İlginlik olgunlaşmasının ana bileşenlerinden biridir.

<span class="mw-page-title-main">CD3D</span>

T hücresi yüzey glikoproteini CD3 delta zinciri, CD3D geni tarafından kodlanan bir insan proteinidir.

<span class="mw-page-title-main">B3GAT3</span>

Galaktozilgalaktozilksilozilprotein 3-beta-glukuronoziltransferaz 3, insanlarda B3GAT3 geni tarafından kodlanan bir enzimdir.

<span class="mw-page-title-main">CD248</span>

Endosiyalin, insanlarda CD248 geni tarafından kodlanan bir proteindir.

<span class="mw-page-title-main">AASDHPPT</span> Homo sapiens türünde protein kodlayıcı gen

L-aminoadipat-semialdehit dehidrojenaz-fosfopanteteinil transferaz, insanlarda AASDHPPT geni tarafından kodlanan bir enzimdir.

<span class="mw-page-title-main">LARGE</span> Homo sapiens türünde protein kodlayıcı gen

Glikoziltransferaz benzeri protein LARGE1, insanlarda LARGE geni tarafından kodlanan bir enzimdir.

<span class="mw-page-title-main">Dornaz alfa</span> bir ilaç

Dornase alfa, DNA'yı seçici bir şekilde parçalayan bir enzim olan rekombinant insan deoksiriboznükleaz I'in (rhDNaz) yüksek derecede saflaştırılmış bir çözeltisidir. Dornaz alfa, kistik fibroz hastalarının balgam / mukusunda bulunan DNA'yı hidrolize eder ve akciğerlerdeki viskoziteyi azaltır ve salgıların daha iyi temizlenmesini sağlar. Bu protein terapötik maddesi, Çin hamsteri yumurtalık hücrelerinde üretilir.

<span class="mw-page-title-main">ACER3</span>

Alkalin seramidaz 3, insanların 11. kromozomunda yer alan ACER3 geni tarafından kodlanan bir seramidaz enzimidir.

<span class="mw-page-title-main">ALDH3B2</span>

Aldehit dehidrogenaz aile 3, üye B2, insanların 11. kromozomunda yer alan ALDH3B2 geni tarafından kodlanan bir enzimdir.