İçeriğe atla

Dendrogram

Dendrogramma ile karıştırılmamalıdır.
Düğümlerin yüksekliğine sahip hiyerarşik bir kümelenmenin (UPGMA) dendrogramı (bakteriyel 5S rRNA dizisi verilerinden[1] uyarlanmıştır).
Sünger türlerinin varlığı/yokluğu kullanılarak deniz yerleşimlerinin hiyerarşik kümelenmesi için bir dendrogram çıktısı.[2]
Yaşam ağacının bir dendrogramı. Bu filogenetik ağaç, Woese ve diğ. rRNA analizi[3] çalışmasından uyarlanmıştır. Alttaki dikey çizgi, Son evrensel ortak atayı (LUCA) temsil eder.
Sol ve üst kenar boşluklarında iki dendrogramı gösteren RNA-Seq verilerinin ısı haritası.

Bir dendrogram veya dendogram, bir ağacı temsil eden bir diyagramdır. Bu şekilsel gösterim, farklı bağlamlarda sıklıkla kullanılır:

Dendrogram, Grekçe: δένδρον (déndron) "ağaç" anlamına gelen ve Grekçe: γράμμα (grámma) "çizim, matematiksel şekil" anlamına gelen iki antik yunan kelimesinden türemiştir.[7][8]

Kümeleme örneği

Kümeleme örneği için, beş taksonun ('dan 'ye) UPGMA tarafından genetik uzaklık matrisine göre kümelenmiştir. Hiyerarşik kümeleme dendrogramı, ilk verileri temsil eden beş düğümden oluşan bir sütun gösterecektir (burada ayrı taksonlar) ve geri kalan düğümler, mesafeyi (yani farklılığı) temsil eden oklarla birlikte verilerin ait olduğu kümeleri temsil eder. Birleştirilmiş kümeler arasındaki mesafe tekdüzedir ve birleşme düzeyiyle birlikte artar: arsadaki her bir düğümün yüksekliği, iki bağ (ilişki) arasındaki gruplar arası farklılığın değeriyle orantılıdır (sağdaki düğümler, tümü sıfır yükseklikte işaretlenmiş olan bireysel gözlemleri temsil eder.).

Ayrıca bakınız

  • Cladogram
  • Soyoluşta uzaklık matrisleri
  • Hiyerarşik kümeleme
  • Dendrogramları çizmek için bir ücretsiz yazılım olan MEGA
  • yEd, dendrogramları çizmek ve otomatik olarak düzenlemek için ücretsiz bir yazılım

Kaynakça

Alıntılar

  1. ^ Swofford, David L.; Olsen, Gary J.; Waddell, Peter J.; Hillis, David M. (1996). "Phylogenetic inference". Hillis, David M.; Moritz, Craig; Mable, Barbara K. (Ed.). Molecular Systematics (2. bas.). Sunderland, MA: Sinauer. ss. 407-514. ISBN 9780878932825. 
  2. ^ Van Soest, R.; Boury-Esnault, N.; Vacelet, J.; Dohrmann, M.; Erpenbeck, D.; De Voogd, N.; Santodomingo, N.; Vanhoorne, B.; Kelly, M.; Hooper, J. (27 Nisan 2012). Roberts, John Murray (Ed.). "Global Diversity of Sponges (Porifera)". PLOS One. Public Library of Science (PLoS). 7 (4): e35105. doi:10.1371/journal.pone.0035105. ISSN 1932-6203. PMC 3338747 $2. PMID 22558119. 
  3. ^ Woese, Carl R.; Kandler, O.; Wheelis, M. (1990). "Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya" (PDF). Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 87 (12): 4576-4579. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. PMC 54159 $2. PMID 2112744. 7 Kasım 2017 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi. Erişim tarihi: 29 Aralık 2020. 
  4. ^ Everitt, Brian (1998). Dictionary of Statistics. Cambridge, UK: Cambridge University Press. s. 96. ISBN 0-521-59346-8. 
  5. ^ Wilkinson, Leland; Friendly, Michael (Mayıs 2009). "The History of the Cluster Heat Map". The American Statistician. 63 (2): 179-184. doi:10.1198/tas.2009.0033. 
  6. ^ "Phylogenetic tree (biology)". Encyclopedia Britannica (İngilizce). 22 Ekim 2018 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 22 Ekim 2018. 
  7. ^ Bailly, Anatole (1 Ocak 1981). Abrégé du dictionnaire grec français. Paris: Hachette. ISBN 2010035283. OCLC 461974285. 
  8. ^ Bailly, Anatole. "Greek-french dictionary online". www.tabularium.be. 21 Nisan 2014 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 20 Ekim 2018. 

Kaynaklar

Konuyla ilgili yayınlar

  • Sokal, Robert R.; Rohlf, F. James (1962), "The comparison of dendrograms by objective methods", Taxon, ss. 33-40 
  • Waterman, Michael S.; Temple, F. Smith (1978), "On the similarity of dendrograms", Journal of Theoretical Biology, 73 (4), ss. 789-800 
  • Petchey, Owen L.; Gaston, Kevin J. (2007), "Dendrograms and measuring functional diversity", Oikos, 116 (8), ss. 1422-1426 
  • Forina, M.; Armanino, C.; Raggio, V. (2002), "Clustering with dendrograms on interpretation variables", Analytica Chimica Acta, 454 (1), ss. 13-19 
  • Van Sickle, John (1997), "Using mean similarity dendrograms to evaluate classifications", Journal of Agricultural, Biological, and Environmental Statistics, ss. 370-388 
  • Murtagh, Fionn (1984), "Counting dendrograms: a survey", Discrete Applied Mathematics, 7 (2), ss. 191-199 
  • Lapointe, François-Joseph; Legendre, Pierre (1995), "Comparison tests for dendrograms: A comparative evaluation", Journal of Classification, 12 (2), ss. 265-282 

Dış bağlantılar

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Biyoloji</span> canlıları inceleyen bilim dalı

Biyoloji ya da dirim bilimi, yaşamın bilimsel olarak incelenmesidir. Geniş bir kapsama sahip bir doğa bilimidir ancak onu tek ve tutarlı bir alan olarak birbirine bağlayan birkaç birleştirici teması vardır. Örneğin, tüm organizmalar, gelecek nesillere aktarılabilen genlerde kodlanmış kalıtsal bilgileri işleyen hücrelerden oluşur. Bir diğer ana tema ise yaşamın birliğini ve çeşitliliğini açıklayan evrimdir. Enerji işleme, organizmaların hareket etmesine, büyümesine ve çoğalmasına izin verdiği için yaşam için de önemlidir. Son olarak, tüm organizmalar kendi iç ortamlarını düzenleyebilmektedir.

<span class="mw-page-title-main">Yarasa</span> Chiroptera takımında sınıflandırılan memeliler

Yarasalar, ön ayakları kanat olarak uyarlanmış ve doğal olarak gerçekten uçabilen Chiroptera takımında sınıflandırılan memelilerdir. Yarasalar, üzerleri zar ve patagium ile kaplı çok uzun ve yayılmış parmaklarıyla kuşlardan daha kolay manevra yaparak uçabilirler. En küçük yaşayan memeli olduğu da iddia edilen yabanarısı yarasası 29 ila 34 mm. boyunda, 15 cm. kanat açıklığına sahip ve 2 ila 2,6 gram ağırlığındadır. En büyük yarasalar da "uçan tilki" adı verilen Pteropus cinsi yarasalardır. Acerodon jubatus türü 1,6 kg ağırlığındadır ve kanat açıklığı 1,7 m'yi bulur.

<span class="mw-page-title-main">Parkinson hastalığı</span> beynin alt kısımlarındaki gri cevher çekirdeklerinin bozukluğuna bağlı bir sinir sistemi hastalığıdır

Parkinson hastalığı (PH) veya kısaca Parkinson, başlıca merkezî sinir sisteminin etkilendiği, uzun süreli bir nörodejeneratif hastalıktır ve hem motor hem de motor olmayan sistemleri etkiler. Semptomlar genellikle yavaş yavaş ortaya çıkar ve hastalık ilerledikçe motor olmayan semptomlar daha yaygın hale gelir.

<span class="mw-page-title-main">Viral hastalık</span>

Viral hastalık, bir organizmanın vücudu patojenik virüsler tarafından istila edildiğinde ve enfeksiyöz virüs partikülleri (virionlar) duyarlı hücrelere bağlanıp girdiğinde ortaya çıkar.

<span class="mw-page-title-main">Amoebozoa</span> Protozoon şubesi

Amoebozoa Protistler ve Protozoa âlemine bağlı bir şubedir. Amoeboid protistlerinin yaklaşık 2400 tanımlanmış türünü kapsayan büyük taksonomi grubudur.

<span class="mw-page-title-main">Alzheimer hastalığı</span> günlük yaşamsal etkinliklerde azalma ve bilişsel yeteneklerde bozulmayla karakterize edilmiş, nöropsikiyatrik belirtilerin ve davranış değişikliklerinin eşlik ettiği nörodejeneratif bir hastalık

Alzheimer hastalığı (AH), genellikle yavaş yavaş başlayan ve giderek kötüleşen nörodejeneratif bir hastalıktır ve demans vakalarının %60-70'inin nedenidir. En sık görülen erken belirti yakın zamanda yaşanan olayları hatırlamada zorluktur.

<span class="mw-page-title-main">Peter Medawar</span> İngiliz-Brezilyalı biyolog (1915 – 1987)

Sir Peter Brian Medawar, Brezilyalı/İngiliz biyolog. Graft reddi ve kazanılmış immün tolerans ile ilgili keşifleri organ nakli uygulamalarında önemli bir yer edinmiştir. 1960 yılında Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülü'ne Sir Frank Macfarlane Burnet ile birlikte layık görüldü.

<span class="mw-page-title-main">Phillip Allen Sharp</span> Amerikalı biyolog

Phillip Allen Sharp, Amerikan genetikçi ve moleküler biyolog. RNA bağlanmasının kaşiflerinden biridir. Richard J. Roberts ile birlikte ökaryot hücrelerinin DNA dizelerindeki genlerin bitişik sırada olmadığını, aralarda intron denilen okunmayan ve protein sentezine katılmayan bölümlerin olduğunu keşfettiler. Bu sayede mRNA'lar aynı DNA dizesinden bu bölümleri farklı şekilde silmeleri ile farklı proteinleri kodlayabilmektedir. İkili bu keşifleri ile 1993 Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülünü kazanmışlardır.

<span class="mw-page-title-main">Frederick Sanger</span>

Frederick Sanger, İngiliz biyokimyager. 1958 ve 1980 yıllarında 2 kez Nobel Kimya Ödülü kazanmıştır. 1958 yılında "proteinlerin, özellikle de insülinin yapısı üzerine çalışmaları için" Nobel Kimya Ödülü kazanmıştır ve bu ödülü aynı kategoride 2 kez kazanan tek kişidir. 1980 yılında da "nükleik asitlerdeki baz dizilerinin belirlenmesiyle ilgili katkıları nedeniyle" Walter Gilbert ile birlikte bu ödülü kazanmıştır. Aynı yıl ayrıca Paul Berg, "nükleik asitlerin, özellikle de rekombinant DNA'nın biyokimyası üzerine temel çalışmaları için" ödülü kazanan diğer isim olmuştur.

<span class="mw-page-title-main">K-means kümeleme</span>

K-ortalama kümeleme ya da K-means kümeleme yöntemi N adet veri nesnesinden oluşan bir veri kümesini giriş parametresi olarak verilen K adet kümeye bölümlemektir. Amaç, gerçekleştirilen bölümleme işlemi sonunda elde edilen kümelerin, küme içi benzerliklerinin maksimum ve kümeler arası benzerliklerinin ise minimum olmasını sağlamaktır.

Kütle spektrometresi yazılımı, kütle spektrometresinde veri toplama, analizi veya temsil için kullanılan bir yazılımdır.

<span class="mw-page-title-main">Ecdysozoa</span>

Ecdysozoa, bir protostom hayvan grubu olup Arthropoda'nın da içinde bulunduğu, Nematoda ile birkaç küçük şubeyi içerir. İlk olarak Aguinaldo ve ark. 1997'de, esas olarak 18S ribozomal RNA genleri kullanılarak inşa edilen filogenetik ağaçlara dayanıyordu. Dunn ve ark. tarafından 2008'de yapılan büyük bir çalışma, Ecdysozoa'yı bir klad, yani ortak bir atadan ve onun tüm soyundan gelen bir grup olarak güçlü bir şekilde destekledi.

<span class="mw-page-title-main">Tyrannoraptora</span> teropod kladı

Tyrannoraptora, "Tyrannosaurus rex ve Passer domesticus'un son ortak atasının tüm torunları" olarak tanımlanan bir teropod dinozor kladıdır. Klad, ilk kez 1999 yılında Amerikalı paleontolog Paul Sereno tarafından tanımlandı; ancak ilk başta Tyrannoraptora, sadece Tyrannosauroidea ve Pennaraptora'yı içeriyordu. Filogenetik analizlerle birklikte; Compsognathidae, Ornithomimosauria, Alvarezsauroidea ve Therizinosauria kladları da bu klada dahil edildi.

<span class="mw-page-title-main">Opisthokont</span>

Opisthokontlar, hem hayvan hem de mantar alemlerini içeren geniş bir ökaryot grubudur. Daha önce "Fungi / Metazoa grubu" olarak adlandırılan opisthokontlar, genellikle bir sınıf olarak tanınır. Opisthokontlar, Apusomonadida ve Breviata ile birlikte daha büyük Obazoa kladını oluşturur.

Otomatik kümeleme algoritmaları, veri kümeleri hakkında önceden bilgi sahibi olmadan kümeleme yapabilen algoritmalardır. Diğer küme analizi tekniklerinin aksine, otomatik kümeleme algoritmaları, gürültü ve aykırı noktaların varlığında bile en iyi küme sayısını belirleyebilir.

<span class="mw-page-title-main">Percomorpha</span>

Percomorpha, ton balığı, denizatı, kaya balığı, çiklit, yassı balık, lapina, levrek, fener balığı ve kirpi balığını içeren ışınsal yüzgeçli balık grubu.

<span class="mw-page-title-main">Homoplasi</span>

Homoplasi, biyoloji ve filogenetikte, evrim boyunca farklı soylarda birbirinden bağımsız olarak kazanılan ya da kaybedilen karakterleri tanımlamak için kullanılan terimdir. Ortak atadan kalma oldukları yakınlık analizi ile açıklanabilen homolojiden farklıdır. Homoplasi hem uyum sağlayan türlerde etkin olan benzer seçilim baskıları hem de genetik sürüklenme etkileri ile ortaya çıkabilir.

<span class="mw-page-title-main">Parafili (filogenetik)</span>

Taksonomide eğer bir grup en son ortak atası ve soyundan gelenlerin tamamını içeriyor ama genellikle bir ya da iki monofiletik alt grubu kapsamıyorsa bu grup dışarıda bırakılan alt gruplara nazaran parafiletik olarak adlandırılır. Parafiletik bir grup bir klad ya da ortak ata ile birlikte soyundan gelen tüm türlerin yer aldığı bir tür grubu olan monofiletik bir grup olamaz. Parafiletik grubun bir ya da daha fazla üyesi, dışarıda bırakılan grup ya da gruplara, parafiletik gruptan daha yakın akrabadır. Terim filogenetikte ve dilbilimde yaygın olarak kullanılır. Parafiletik gruplar sinapomorfiler ve simplesiomorfilerin birleşimi ile tanımlanırlar.

<span class="mw-page-title-main">Üç üst âlem sistemi</span> Yaşamın sınıflandırılmasına ilişkin hipotez

Üç üst âlem sistemi, Carl Woese, Otto Kandler ve Mark Wheelis tarafından 1990 yılında tanıtılan ve hücreli canlıları Arkeler, Bakteriler ve Ökaryotlar olmak üzere üç üst âleme ayıran biyolojik bir sınıflandırmadır. İki üst âlem sistemi ve beş âlem sınıflandırması gibi daha önceki sınıflandırmalardan temel ayrımı, arkelerin bütünüyle bakterilerden ayrılmış olmasıdır. Üç üst âlem sisteminin bilimsel anlamdaki rakibi, Ökaryotları bir arke grubu olarak kabul ederek, canlıları yalnızca Bakteriler ve Arkeler olarak ayıran "iki üst âlem sistemi"dir (en).

<span class="mw-page-title-main">Protein-protein etkileşimi</span>

Protein-protein etkileşimleri (PPE), iki veya daha fazla protein molekülü arasında kurulan yüksek spesifikliğe sahip fiziksel temaslardır. Hidrojen bağı, elektrostatik kuvvetler ve hidrojen bağı gibi etkileşimlerin yönlendirdiği biyokimyasal olaylardır.


Bu sayfa, bu Vikipedi makalesine dayanmaktadır.
Metin, CC BY-SA 4.0 lisansı altında mevcuttur; ek koşullar uygulanabilir.
Görseller, videolar ve sesler kendi lisansları altında mevcuttur.