İçeriğe atla

DNA-DNA hibridizasyon

DNA-DNA hibridizasyon, genellikle moleküler biyolojide DNA havuzlarındaki sıraların genetik olarak benzerliklerini ölçmek için kullanılan bir tekniktir.

Hibridizasyon yöntemini anlatan bir idiogram

Genellikle, iki tür arasındaki genetik uzaklığın bulunmasında kullanılır. Ne zaman birkaç tür bu yolla kıyaslansa, benzerlik değerleriyle filogenetik ağaçta yer almalarına izin verir, moleküler sistematikten daha doğru olan bir yöntem günümüzde görülmemektedir.

Charles Sibley ve Jon Alqhuist, tekniğin yapımcıları, DNA-DNA hibridizasyonunu, kuşlar ve primatlar arasındaki filogenetik akrabalıkları sınıflandırmada kullanmışlardır.[1][2]

Eleştirmenler, tekniğin yakın türlerin akrabalık kıyaslamalarında tam olarak doğru işleyemediğini, doğru dizilerin sıraları arasındaki farklılıkların, bir canlının genomuyla yapılan mantıksız sıralarla, hibridizasyon tarafından baskılandığını savunmuşlardır.[3] DNA sıraları ve dizilerin kıyaslanması, artık günümüzde mikrobiyolojide bakterilerin tanımlanmasında bile kullanılan bir tekniktir.[4]

Yöntem

Yöntem, Sibley ve Ahlquist tarafından geliştirilmiş, örneğin eritilip, tekrar kendini eşlemesi ve bu şekilde çoğaltımı sağlayan bir tekniktir.[5] Yöntemde, iki türün DNA'sı çıkarılır, parçalar küçük baz çiftlerine kesilir, arındırılır sonra kıyaslanabilir. İşaretlenmiş canlı DNA'sı, karıştırılıp, karşısına gelen işaretlenmemiş DNA ile eşleştirilir. Karışımın inkübasyonu, DNA zincirlerinin ayrılıp tekrar birleşmelerine ve hibrit çift zincirli DNA moleküllerinin oluşmasına olanak tanır.

Birbirlerine yüksek oranda benzeyen hibrit sıralar, daha kuvvetli bağlanırlar ve onları ayırmak için daha çok enerjiye gerek duyulur, örneğin; farklı zincirler yüksek sıcaklıklarda ısıtıldıkları zaman, "DNA erimesi" olarak bilinir ve ayrılırlar.

Hibrit DNA'nın profilinin anlanması için, çift zincirli DNA diziler ve karışım küçük adımlarla ısıtılır. Her adımda artıklar yıkanır, eritilen diziler tek zincirli ve artıklarından arınmış hale gelir. Sonuçlar, canlılar arasındanki benzerliklerin anlaşılmasında kullanılır.

Ayrıca bakınız

  • Hibridizasyon
  • PCR
  • Klon

Kaynakça

  1. ^ "Genetic Similarities: Wilson, Sarich, Sibley, and Ahlquist". 16 Ocak 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 25 Ekim 2007. 
  2. ^ Sibley, C. G.; Ahlquist, J. E. (1984). "The Phylogeny of the Hominoid Primates, as Indicated by DNA-DNA Hybridization". Journal of Molecular Evolution. Cilt 20. ss. 2-15. 
  3. ^ "DNA hybridization in the apes -- Technical issues". 9 Mayıs 2007 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 25 Ekim 2007. 
  4. ^ S.S. Socransky, A.D. Haffajee, C. Smith, L. Martin, J.A. Haffajee, N.G. Uzel, J. M. Goodson (2004). "Use of checkerboard DNA–DNA hybridization to study complex microbial ecosystems". Oral Microbiology and Immunology. 19 (6). ss. 352-362. 
  5. ^ "THE DNA-DNA HYBRIDIZATION TECHNIQUE: Methods and discussions about groups, by Dr. Charles G. Sibley". 29 Ocak 2010 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 25 Ekim 2007. 
  • Graur, D. & Li, W-H. 1991 (2nd ed. 1999). Fundamentals of Molecular Evolution. (a good text on these topics)

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Genetik</span> biyolojinin organizmalardaki kalıtım ve çeşitliliği inceleyen bir dalı

Genetik ya da kalıtım bilimi, biyolojinin organizmalardaki kalıtım ve genetik varyasyonu inceleyen bir dalıdır. Türkçeye Almancadan geçen genetik sözcüğü 1831 yılında Yunanca γενετικός - genetikos ("genitif") sözcüğünden türetildi. Bu sözcüğün kökeni ise γένεσις - genesis ("köken") sözcüğüne dayanmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">DNA</span> Canlıların genetik bilgilerini barındıran molekül

Deoksiriboz nükleik asit veya kısaca DNA, tüm organizmaların ve bazı virüslerin canlılık işlevleri ve biyolojik gelişmeleri için gerekli olan genetik talimatları taşıyan bir nükleik asittir. DNA'nın başlıca rolü bilgiyi uzun süre saklamasıdır. Protein ve RNA gibi hücrenin diğer bileşenlerinin inşası için gerekli olan bilgileri içermesinden dolayı DNA; bir kalıp, şablon veya reçeteye benzetilir. Bu genetik bilgileri içeren DNA parçaları gen olarak adlandırılır. Bazı DNA dizilerinin yapısal işlevleri vardır, diğerleri ise bu genetik bilginin ne şekilde kullanılacağının düzenlenmesine yararlar.

Genetik mühendisliği, canlıların kalıtsal özelliklerini değiştirerek, onlara yeni işlevler kazandırılmasına yönelik araştırmalar yapan bilim alanıdır. Bu uygulamalarla uğraşan bilim insanlarına "genetik mühendisi" denir. Genetik mühendisleri, genlerin yalıtılması, çoğaltılması, farklı canlıların genlerinin birleştirilmesi ya da genlerin bir canlıdan başka bir canlıya aktarılması gibi çalışmalarla uğraşırlar. Genetik mühendisliği için, rekombinant DNA teknolojisi, gen klonlaması, DNA klonlaması, genetik maniplasyon/modifikasyon veya gen ekleme (splays) birçok bilim insanınca eş anlamlı olarak kullanılabilmektedir.

<span class="mw-page-title-main">Kromozom</span> Dnaların kendini protein kılıfla kaplamasından sonra oluşan Dna sarmalı topluluğu

Kromozom, ; DNA'nın "histon" proteinleri etrafına sarılmasıyla, yoğunlaşarak oluşturduğu, canlılarda kalıtımı sağlayan genetik birimlerdir. Kromozomlar mikrometre boyutunda olup hücre bölünmesinin metafaz aşamasında ışık mikroskobu ile görüntülenebilmektedirler.

<span class="mw-page-title-main">Rekombinant DNA</span> Moleküler düzeyde insan eliyle oluşturulan ve yeni DNA dizileri üreten DNA molekülleri

Rekombinant DNA teknolojisi, doğada kendiliğinden oluşması mümkün olmayan, çoğunlukla farklı biyolojik türlerden elde edilen DNA moleküllerinin, genetik mühendislik teknolojisiyle kesilmesine ve elde edilen farklı DNA parçalarının birleştirilmesi işlemlerini kapsayan bir teknolojidir. Rekombinant DNA ise; bu işlem sonucu üretilmiş olan yeni DNA molekülüne verilen isimdir ve kısaca rDNA olarak yazılır.

<span class="mw-page-title-main">Evrimsel biyoloji</span> canlı çeşitliliğini ve gelişimini inceleyen bilim dalı

Evrimsel biyoloji; biyoloji konularını, canlıların evrimini göz önüne alarak inceleyen bilim dalıdır. Taksonomi biliminin temelinde evrimsel biyoloji yer almaktadır. Canlıları sistematik bir şekilde ayırmada, canlıların evrimsel akrabalıkları ve farklılıkları göz önüne alınır. Ayrıca birçok ekolojik ilişkinin açıklanmasında evrimsel biyoloji kullanılır. Moleküler biyolojide DNA ve RNA dizilerinin baz dizilişleri göz önüne alınarak canlıların hatta organellerin mikroorganizmalarla olan akrabalıkları incelenmekte ve bu incelemede evrimsel biyoloji temel alınmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Nükleik asit</span> bilinen tüm yaşam için gerekli olan büyük biyomoleküller sınıfı

Nükleik asitler, bütün canlı hücrelerde ve virüslerde bulunan, nükleotid birimlerden oluşmuş polimerlerdir. En yaygın nükleik asitler deoksiribonükleik asit (DNA) ve ribonükleik asit (RNA)'dır. İnsan kromozomlarını oluşturan DNA milyonlarca nükleotitten oluşur. Nükleik asitlerin başlıca işlevi genetik bilgi aktarımını sağlamaktır.

Biyolojide filogenetik çeşitli organizma grupları arasındaki evrimsel ilişkinin araştırmasıdır. Bu ilişkiler filogeni olarak adlandırılır. Filogenetik terimi Yunanca kökenlidir, "kabile, ırk" anlamına gelen file veya filon (φυλή/φῦλον) ve doğumla ilişkili anlamındaki genetikos (γενετικός) terimlerinden türetilmiştir. Organizmaların sınıflandırması ve adlandırması olan taksonomi, filogenetikten büyük miktarda etkilenmiştir ama yöntemsel ve mantıksal olarak farklıdır. Bu iki saha, "kladizm" veya "kladistik" olarak bilinen filogenetik sistematik bilim dalında örtüşürler. Filogenetik sistematikte taksonları birbirinden ayırt etmek için sadece filogenetik ağaçlar kullanılır. Evrimsel hayat ağacının araştırılması için filogenetik analiz yöntemleri vazgeçilmez hâle gelmiştir.

<span class="mw-page-title-main">Pelikansılar</span>

Pelikansılar ya da Pelecaniformes orta ve büyük boyda su kuşlarının oluşturduğu kuşlar sınıfına ait bir takımdır. Geleneksel olarak dört parmakları arasında perde bulunan tüm kuşları içeren takım olarak tanımlanmış olsa da bu tanım doğru değildir. Daha önceleri kullanılan kürek ayaklılar ya da kürek ayaklı kuşlar adlandırması da bu yanlış tanımlamadan gelir. Çoğunun boğazlarındaki deri tüysüzdür ve burun delikleri işlevi olmayan yarıklar hâline dönüşmüş ve bu nedenle ağızdan soluma yapmaktadırlar. Balık, kalamar benzeri deniz hayvanlarıyla beslenirler. Koloniler hâlinde yuva yaparlar ancak bireysel çiftler tek eşlidir. Yavruları yumurtadan tüysüz ve gözleri açılmamış olarak çıkar, bakıma ihtiyaçları vardır.

<span class="mw-page-title-main">Krosover</span> Hücresel süreç

Crosover veya krossing over ya da parça değişimi mayoz bölünmenin profaz I evresinde görülen, çift halde bulunan kromozomların yaptığı parça değişimine verilen addır. Bunun sonucunda genetik rekombinasyon meydana gelir. Yani farklı kromozomlarda bulunan genlerin alelleri birbiriyle yer değiştirir.

Genetik çeşitlenme veya rekombinasyon, genetik materyalin bir zincirinin kırılması ve sonrasında farklı bir DNA molekülüne katılmasıyla oluşan süreçtir. Ökaryotlarda çeşitlilik genellikle mayoz sırasında, kromozom çiftleri arasındaki kromozomal parça değişimiyle meydana gelir. Bu süreç döllerin ebeveynlerinden farklı gen dizilimlerine sahip olmasına ve daha önce olmayan yeni alleler üretmesine öncülük eder.

<span class="mw-page-title-main">Gen yalıtımı</span>

Gen yalıtımı veya izolasyonu, rekombinant DNA teknolojisinde, bir canlıya herhangi bir genin istenilen yön ve biçimde yeni bir düzenleme içine sokulmasındaki ilk aşamadır. Bu yöntemle ilgilenilen geni taşıyan DNA parçaları elde edilir. İşlem için değişik yollar kullanılabilir. Bu yöntemler şu şekilde sıralanabilir:

1. Genellikle kullanılan yöntemlerden biri, bir canlıdan yalıtılan ve saflaştırılan DNA moleküllerini, çift zincirli yapılarını bozmadan parçalamaktadır.

DNA denatürasyonu, iki iplikçikli DNA'nın bazları arasındaki hidrojen bağlarının kırılması sonucu, çözülüp, iplikçiklerinin birbirinden ayrılması sürecidir. Her iki terim de, çözeltideki DNA'nın ısıtılması sonucu iplikçiklerin ayrılması için kullanılır ancak denatürsayon, üre gibi kimyasallar tarafından da meydana gelebilir. Çok sayıda DNA molekülünden söz edilirken, ergime sıcaklığı (Tm), DNA iplikçiklerinin yarısının ikili sarmal, yarısının ise rastgele sarım hâlinde olduğu sıcaklıktır. Ergime sıcaklığı, molekülün uzunluğuna ve onun nükleotit bileşimine bağlıdır.

Markör destekli seleksiyon (MAS), agronomik ve ekonomik olarak önem arz eden ve birden fazla gen veya lokus tarafından kontrol edilen karakterlerin hızlı bir şekilde aktarımı sağlamak, yüksek verimli, kaliteli bitkisel ürün elde etmek amacıyla klasik bitki ıslahında karşılaşılan sorunları çözmek için kullanılan alternatif ve yardımcı bir tekniktir.

Kladogenez, bir türün iki farklı türe evrilerek klad oluşturduğu evrimsel ayrılma olayı.

Moleküler evrim, nesiller boyu aktarılacak şekilde, DNA, RNA ve protein gibi hücresel moleküllerin diziliminin değiştirilmesi işlemidir ya da bununla ilgilenen bilim dalıdır. Moleküler evrimin alanı, bu değişimlerdeki kalıpları açıklamak için evrimsel biyoloji ve popülasyon genetiği ilkelerini kullanır. Moleküler evrim başlıca, nükleotid değişimlerinin oranları ve etkilerini, nötr evrimi, doğal seçilimi, yeni genlerin kökenlerini, karmaşık özelliklerin genetik yapısını, türleşmenin genetik temelini, gelişim evrimini ve evrimin genomik ve fenotipik değişikliklere neden olan etkilerini inceler.

Moleküler patoloji, organlar, dokular veya vücut sıvıları içindeki genetik düzeydeki değişimlerin moleküler yöntemler aracılığıyla incelenmesi yoluyla hastalıkların araştırılmasına ve teşhisine odaklanan patoloji'nin yeni gelişmekte olan bir alt dalıdır Moleküler patoloji; tanıyı en uygun hale getirmek, tedaviyi ve hastalığın seyrini en iyi şekilde belirlemek için standart patolojik parametrelere ek olarak, genetik verilerin kullanımı olarak da tanımlanabilmektedir. Önemli bir husus, tanı hem dokulardaki morfolojik değişikliklere hem de moleküler testlere dayandığında daha hassas tanının mümkün olmasıdır.

<span class="mw-page-title-main">Galloanserae</span>

Galloanserae anatomik ve moleküler özellikleri birbirine benzer olan Galliformes ve Anseriformes takımlarının oluşturduğu kladtır. İlk olarak Galloanseri olarak adlandırılan grubun adı Latince "horoz" anlamına gelen gallus ve "kaz" anlamına gelen ānser sözcüklerinden oluşturulmuştur. Bu klad morfolojik ve DNA dizileme verileri ile olduğu kadar retrotranspozon varlık/yokluk verisi ile de desteklenmektedir.

<span class="mw-page-title-main">Sylvioidea</span>

Sylvioidea, Passeriformes takımında sınıflandırılan bir kuş üst familyasıdır. Klad içinde yer alan kuşlar dünya üzerinde yayılmıştır ancak Amerika kıtasında bulunan tür sayısı daha azdır.

Evrimsel bir soy, atadan toruna sürekli bir hatla bağlanan geçici bir popülasyon, organizma, hücre veya gen dizisidir. Soylar, evrimsel yaşam ağacının alt kümeleridir ve genellikle moleküler filojeni teknikleriyle belirlenir.