İçeriğe atla

Crenarchaeota

Crenarchaeota
Belirli bir virüs STSV-1 ile enfekte Archaea Sulfolobus
Korunma durumu
Değerlendirilmedi (IUCN 3.1)
Biyolojik sınıflandırma Bu sınıflandırmayı düzenle
Üst âlem:Archaea
Şube:Crenarchaeota
[1]
Sinonimler
Eocyta
Eocytes
Thermoproteaeota (Oren vd. 2015)
"Thermoproteota" (Whitman, 2018)

Crenarchaeota, Archaea âlemine bağlı ökaryotlarla ilişkili bir algae şubesidir.[2][3][4][5] Başlangıçta, Crenarchaeota'nın kükürt bağımlı ekstremofiller olduğu düşünülüyordu, ancak son çalışmalar, organizmaların deniz ortamında en bol bulunan arke olabileceğini gösteren karakteristik Crenarchaeota çevresel rRNA'sını tanımladı.[6] Başlangıçta, rRNA dizilerine dayalı olarak diğer arkelerden ayrılmışlardı; bazı crenarchaea'ların histonlara sahip olduğu tespit edilmesine rağmen, histon eksikliği gibi diğer fizyolojik özellikler bu bölünmeyi desteklemiştir.[7] Yakın zamana kadar kültürlenmiş tüm Crenarchaealar, bazıları 113 °C'ye kadar büyüme yeteneğine sahip olan termofilik veya hipertermofilik organizmaların.[8] Bu organizmalar gram negatif boyanır ve morfolojik olarak çeşitlidir; çubuk, kok, ipliksi ve tuhaf şekilli hücrelere sahiptir.[9]

Taksonomi

Crenarchaeota şubesine bağlı sınıflar (2022):

Sulfolobus

Crenarcheota'nın en iyi karakterize edilmiş üyelerinden biri Sulfolobus solfataricus'tur. Bu organizma orijinal olarak İtalya'daki jeotermal olarak ısıtılan sülfürik kaynaklardan izole edilmiştir ve 80 °C'de ve 2-4 pH'da büyür.[10] Termofil ve arke araştırmalarında bir öncü olan Wolfram Zillig tarafından ilk karakterizasyonundan bu yana, aynı cinse ait benzer türler dünya çapında bulunmuştur. Kültürlü termofillerin büyük çoğunluğunun aksine, Sulfolobus aerobik ve kemoorganotrofik olarak büyür (enerjisini şekerler gibi organik kaynaklardan alır). Bu faktörler, laboratuvar koşullarında anaerobik organizmalardan çok daha kolay bir büyümeye izin verir ve Sulfolobus'un hipertermofiller ve bunların içinde çoğalan çok çeşitli virüslerin incelenmesi için model bir organizma haline gelmesine yol açmıştır.

Deniz türleri

1992'den başlayarak, deniz ortamlarında Crenarchaea'ya ait gen dizilerini bildiren veriler yayınlandı.[11][12] O zamandan beri, açık okyanustan alınan Crenarchaea zarlarından bol miktarda lipidlerin analizi, bu “düşük sıcaklıklı Crenarchaea” konsantrasyonunu belirlemek için kullanılmıştır (Bkz. TEX-86). İmza lipitlerinin bu ölçümlerine dayanarak, Crenarchaea'nın çok bol olduğu ve karbonun sabitlenmesine ana katkıda bulunanlardan biri olduğu düşünülmektedir.[] Crenarchaea'dan gelen DNA dizileri toprak ve tatlı su ortamlarında da bulunmuştur, bu da bu filumun çoğu ortamda her yerde bulunduğunu düşündürmektedir.[13]

2005 yılında, ilk kültürlü "düşük sıcaklıklı Crenarchaea”nın kanıtı yayınlandı. Nitrosopumilus maritimus adlı, bir deniz akvaryumu tankından izole edilen ve 28 yaşında yetiştirilen amonyak oksitleyici bir organizmadır. °C.[14]

Eosit hipotezi[15]

Eosit hipotezi

1980'lerde James Lake tarafından önerilen eosit hipotezi, ökaryotların prokaryotik eositler içinde ortaya çıktığını öne sürer.

Crenarchaea ve ökaryotlar arasında yakın bir ilişkiyi destekleyen olası bir kanıt, Crenarchea'da RNA polimeraz alt birimi Rbp-8'in bir homologunun varlığıdır, ancak bu Euryarchaeota'da bulunmaz.[16]

Ayrıca bakınız

Dış bağlantılar

Kaynakça

  1. ^ "Crenarchaeota". itis.gov. 
  2. ^ "ITIS". 30 Ekim 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 30 Temmuz 2022. 
  3. ^ See the NCBI webpage on Crenarchaeota 29 Ocak 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
  4. ^ C.Michael Hogan. 2010. Archaea. eds. E.Monosson & C.Cleveland, Encyclopedia of Earth. National Council for Science and the Environment, Washington DC. 11 Mayıs 2011 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
  5. ^ Data extracted from the "NCBI taxonomy resources". National Center for Biotechnology Information. 12 Ekim 2012 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 19 Mart 2007. 
  6. ^ Brock Biology of Microorganisms. 11th. Prentice Hall. 2005. ISBN 978-0-13-144329-7. 
  7. ^ "Histones in Crenarchaea". Journal of Bacteriology. 187 (15): 5482-5485. 2005. doi:10.1128/JB.187.15.5482-5485.2005. PMC 1196040 $2. PMID 16030242. 
  8. ^ "Pyrolobus fumarii, gen. and sp. nov., represents a novel group of archaea, extending the upper temperature limit for life to 113 °C". Extremophiles. 1 (1): 14-21. 1997. doi:10.1007/s007920050010. PMID 9680332. 
  9. ^ Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the Deeply Branching and Phototrophic Bacteria. 2nd. Springer. 2001. ISBN 978-0-387-98771-2. 
  10. ^ "The Sulfolobus-"Caldariellard" group: Taxonomy on the basis of the structure of DNA-dependent RNA polymerases". Arch. Microbiol. 125 (3): 259-269. 1980. doi:10.1007/BF00446886. 
  11. ^ "Novel major archaebacterial group from marine plankton". Nature. 356 (6365): 148-9. 1992. doi:10.1038/356148a0. PMID 1545865. 
  12. ^ DeLong EF (1992). "Archaea in coastal marine environments". Proc Natl Acad Sci USA. 89 (12): 5685-9. doi:10.1073/pnas.89.12.5685. PMC 49357 $2. PMID 1608980. 
  13. ^ "Perspectives on archaeal diversity, thermophily and monophyly from environmental rRNA sequences". Proc Natl Acad Sci USA. 93 (17): 9188-93. 1996. doi:10.1073/pnas.93.17.9188. PMC 38617 $2. PMID 8799176. 
  14. ^ "Isolation of an autotrophic ammonia-oxidizing marine archaeon". Nature. 437 (7058): 543-6. 2005. doi:10.1038/nature03911. PMID 16177789. 
  15. ^ Cox, C. J. (2008). "The archaebacterial origin of eukaryotes". Proc Natl Acad Sci USA. 105 (51): 20356-61. doi:10.1073/pnas.0810647105. PMC 2629343 $2. PMID 19073919. 
  16. ^ Kwapisz (2008). "Early evolution of eukaryotic DNA-dependent RNA polymerases". Trends Genet. 24 (5): 211-5. doi:10.1016/j.tig.2008.02.002. PMID 18384908. 

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">RNA</span> nükleotitlerden oluşan polimer

Ribonükleik asid (RNA), bir nükleik asittir, nükleotitlerden oluşan bir polimerdir. Her nükleotit bir azotlu baz, bir riboz şeker ve bir fosfattan oluşur. RNA pek çok önemli biyolojik rol oynar, DNA'da taşınan genetik bilginin proteine çevirisi (translasyon) ile ilişkili çeşitli süreçlerde de yer alır. RNA tiplerinden olan mesajcı RNA, DNA'daki bilgiyi protein sentez yeri olan ribozomlara taşır, ribozomal RNA ribozomun en önemli kısımlarını oluşturur, taşıyıcı RNA ise protein sentezinde kullanılmak üzere kullanılacak aminoasitlerin taşınmasında gereklidir. Ayrıca çeşitli RNA tipleri genlerin ne derece aktif olduğunu düzenlemeye yarar.

<span class="mw-page-title-main">Arkea</span> aşırı şartlarda yaşayabilen mikroskobik canlılar

Arkeler, Arkea veya Arkebakteriler, canlı organizmaların bir ana bölümüdür.

<span class="mw-page-title-main">Euryarchaeota</span>

Euryarchaeota, Archaea âlemine bağlı bir algae şubesidir. Bu grup metanogenleri, halo bakterileri, bazı ekstrem termofilik aerobları ve ekstrem termofilik anaerobları içermektedir. Metanogenler metan üreten archaeonlar olup çoğu bağırsaklarda bulunmaktadır. Halobacteria sınıfına ait türler ekstrem tuz konsantrasyonlarında yaşayan archaeonlardır. Bu archaeonlar diğerlerinden rRNA sekans benzerlik ve farklılıklarına bakılarak ayrılmıştır.

<span class="mw-page-title-main">MikroRNA</span> yaklaşık 21-23 nükleotit uzunluğunda tek iplikli RNA molekülü türü

Genetikte, mikroRNA (miRNA) yaklaşık 21-23 nükleotit uzunluğunda tek iplikli RNA molekülü türüdür, gen ifadesinin düzenlenmesinde rol oynar. miRNA'lar kodlamayan RNA'lardandır, yani DNA'dan transkripsiyonu yapılan ama proteine çevirisi yapılmayan genler tarafından kodlanırlar. Pri-miRNA olarak adlandırılan primer transkriptler işlenerek, önce pre-miRNA adlı kısa sap-ilmik yapılarına, sonra da fonksiyonel miRNA'ya dönüşürler. Olgun miRNA moleküller bir veya daha çok mesajcı RNA (mRNA) ile kısmî tamamlayıcıdır ve başlıca işlevleri gen ifadesini aşağı ayarlamaktır. 1993'te Lee ve çalışma arkadaşları tarafından Victor Ambros laboratuvarında keşfedilmişlerdir, ancak mikroRNA terimi ilk 2001'de kullanıma girimiştir.

<span class="mw-page-title-main">Moleküler motor</span>

Moleküler motorlar canlı organizmalarda hareketi sağlayan biyolojik moleküler makinalardır. Genel olarak, bir motor enerji kullanıp onu hareket veya mekanik işe dönüştürür. Örneğin, çoğu protein-temelli moleküler motor ATP'nin hizdrolizi ile açığa çıkan serbet enerjisini kullanıp onu mekanik işe dönüştürür. Enerjetik verimlilik açısından bu tür motorlar hâlen mevcut insan yapımı motorlardan üstündürler. Moleküler motorlarla makroskopik motorlar arasındaki önemli bir fark, moleküler motorların termal banyo içinde çalışmalarıdır, bu ortamda termal gürültüden kaynaklanan fluktuasyonlar önemli düzeydedir.

<span class="mw-page-title-main">Mikroorganizma</span> mikroskobik bir organizma

Bir mikroorganizma veya mikrop mikroskobik bir organizmadır. Mikroorganizmaları inceleyen, Anton van Leeuwenhoek'un kendi tasarımı olan bir mikroskop kullanarak 1675'te mikroorganizmaları keşfetmesi ile başlayan bilim dalına mikrobiyoloji denir.

<span class="mw-page-title-main">Phillip Allen Sharp</span> Amerikalı biyolog

Phillip Allen Sharp, Amerikan genetikçi ve moleküler biyolog. RNA bağlanmasının kaşiflerinden biridir. Richard J. Roberts ile birlikte ökaryot hücrelerinin DNA dizelerindeki genlerin bitişik sırada olmadığını, aralarda intron denilen okunmayan ve protein sentezine katılmayan bölümlerin olduğunu keşfettiler. Bu sayede mRNA'lar aynı DNA dizesinden bu bölümleri farklı şekilde silmeleri ile farklı proteinleri kodlayabilmektedir. İkili bu keşifleri ile 1993 Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülünü kazanmışlardır.

Genetik materyali RNA olan virüslere RNA virüsü denir. Nükleik asitleri genellikle tek iplikçikli RNA (tiRNA) yapısındadır ancak çift iplikçikli olanlar da mevcuttur (çiRNA). Önemli insan hastalıklarına neden olan RNA virüslerine örnekler: ebola virüsü, SARS, nezle, grip, hepatit C, batı nil virüsü, çocuk felci ve kızamık.

<span class="mw-page-title-main">Kleine Feldhofer Mağarası</span>

Kleine Feldhofer Grotte, batı Almanya'daki Neandertal Vadisi'nde yer alan bir karstik kireç taşı mağarası ve paleoantropolojik bir sitedir. Ağustos 1856'da Neanderthal tipi örnek mağaradan çıkarıldı. Madenciler bir kafatası ve bir dizi kemiği Neanderthal etiketli olarak ortaya çıkardı. Kemikler en az üç farklı kişiye aitti.

<span class="mw-page-title-main">Peptid kütle parmak izi alma</span>

Peptid kütle parmak izi alma, protein tanımlama için analitik bir tekniktir, burada ilgilenilen bilinmeyen protein ilk olarak daha küçük peptitlere bölünür ve bunların mutlak kütleleri MALDI-TOF veya ESI-TOF gibi bir kütle spektrometresi ile doğru bir şekilde ölçülebilir. Yöntem, 1993 yılında birkaç grup tarafından bağımsız olarak geliştirildi. Peptit kütleleri, bilinen protein dizilerini içeren bir veritabanı veya hatta genom ile karşılaştırılır. Bu, organizmanın bilinen genomunu proteinlere çeviren, daha sonra teorik olarak proteinleri peptidlere ayıran ve her bir proteinden peptidlerin mutlak kütlelerini hesaplayan bilgisayar programları kullanılarak sağlanır. Daha sonra, bilinmeyen proteinin peptitlerinin kütleleri, genomda kodlanmış her bir proteinin teorik peptit kütleleri ile karşılaştırılır. En iyi eşleşmeyi bulmak için sonuçlar istatistiksel olarak analiz edilir.

Üst-alt proteomik, kütle ölçümü ve ardışık kütle spektrometresi (MS/MS) analizi için izole edilmiş bir protein iyonunu depolamak üzere bir iyon yakalayıcı kütle spektrometresi veya MS/MS ile birlikte iki boyutlu jel elektroforezi gibi diğer protein saflaştırma yöntemlerini kullanan bir protein tanımlama yöntemidir. Üst-alt proteomik, yekpare haldeki proteinlerin analizi yoluyla benzersiz proteoformları tanımlama ve niceleme yeteneğine sahiptir. Kütle spektrometresi sırasında yekpare haldeki proteinler tipik olarak elektrosprey iyonizasyon ile iyonize edilir ve bir Fourier dönüşümü iyon siklotron rezonansı, kuadrupol iyon tuzağı veya Orbitrap kütle spektrometresinde tutulur. Ardışık kütle spektrometresi için parçalanma, elektron yakalama ayrışması veya elektron transfer ayrışması ile gerçekleştirilir. Etkili bir parçalanma, kütle spektrometresi tabanlı proteomikten önce numunenin işleme safyası için kritiktir. Proteom analizi rutin olarak yekpare haldeki proteinlerin sindirilmesini ve ardından kütle spektrometresi (MS) kullanılarak elde edilen protein tanımlamasını içerir. Üst-alt MS (jelsiz) proteomik, protein yapısını, yekpare haldeki bir kütlenin ölçümü ve ardından gaz fazında doğrudan iyon ayrışması yoluyla sorgular.

<span class="mw-page-title-main">Proteoarchaeota</span> önerilmiş bir arke alemi

Proteoarchaeota, Ökaryotlarla yakından ilişkili olduğu düşünülen bir arke alemidir.

<span class="mw-page-title-main">Asgard (archaea)</span>

Asgard veya Asgardarchaeota, Lokiarchaeota, Thorarchaeota, Odinarchaeota ve Heimdallarchaeota'yı içeren bir arke üst şubesidir. Grubun bir temsilcisi yetiştirildi. Asgard üst şubesi, ökaryotların en yakın prokaryotik akrabalarını temsil eder. Ökaryotlar, muhtemelen simbiyogenez süreci boyunca bakterileri asimile ettikten sonra Asgardarchaeota'nın atalarının soyundan ortaya çıkmıştır.

Hücrelerin evrimi, hücrelerin evrimsel kökenini ve daha sonraki evrimsel gelişimini ifade eder. Hücreler ilk olarak en az 3,8 milyar yıl önce, dünya oluştuktan yaklaşık 750 milyon yıl sonra ortaya çıktı.

<span class="mw-page-title-main">Eosit hipotezi</span>

Eosit varsayımı, arkeler içerisindeki bir şube olan Crenarchaeota içinde ortaya çıkan ökaryotları gösteren biyolojik bir sınıflandırmadır. Bu varsayım, ilk olarak James A. Lake ve meslektaşları tarafından 1984 yılında Crenarchaeota ve ökaryotlardaki ribozomların biçimlerinin bakterilere ya da arkelerin ikinci ana şubesi olan Euryarchaeota'ya göre birbirine daha çok benzediği bulgusuna dayanılarak önerildi.

<span class="mw-page-title-main">Rhizaria</span> Protistlerin alt âlemi

Rhizaria, eukaryote altında bulunan sınıflandırılmamış üstgrup bir kladdır.

<span class="mw-page-title-main">Üç üst âlem sistemi</span> Yaşamın sınıflandırılmasına ilişkin hipotez

Üç üst âlem sistemi, Carl Woese, Otto Kandler ve Mark Wheelis tarafından 1990 yılında tanıtılan ve hücreli canlıları Arkeler, Bakteriler ve Ökaryotlar olmak üzere üç üst âleme ayıran biyolojik bir sınıflandırmadır. İki üst âlem sistemi ve beş âlem sınıflandırması gibi daha önceki sınıflandırmalardan temel ayrımı, arkelerin bütünüyle bakterilerden ayrılmış olmasıdır. Üç üst âlem sisteminin bilimsel anlamdaki rakibi, Ökaryotları bir arke grubu olarak kabul ederek, canlıları yalnızca Bakteriler ve Arkeler olarak ayıran "iki üst âlem sistemi"dir (en).

<span class="mw-page-title-main">Neomura</span>

Neomura, Arkea ve Ökaryotlar üst âlemlerinden oluşan olası bir kladdır. Grup, 2002 yılında Thomas Cavalier-Smith tarafından adlandırıldı. Adı, bakteriden evrimleştiği hipotezini yansıtan "yeni duvarlar" anlamına gelir ve en büyük değişikliklerden biri, peptidoglikan hücre duvarlarının diğer glikoproteinlerle yer değiştirmesiydi. 2017 Ağustos ayından beri neomuran hipotezi bilim insanları tarafından genel kabul görmüş değildir. Moleküler filogenezler, ökaryotların tüm arkelerle bir klad oluşturmak yerine, bir arke grubuyla yakından ilişkili olduğunu, onlardan evrimleştiğini ve Arkeler ile Bakteriler'in kardeş gruplar olduğunu ortaya koymaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Süperagonist</span>

Farmakoloji alanında, bir süperagonist, hedef reseptör için endojen agonistten daha büyük bir maksimum tepki üretebilen ve dolayısıyla %100'ün üzerinde bir etkinliğe sahip olan bir agonist türüdür. Örneğin goserelin, gonadotropin salgılayan hormon reseptörünün bir süperagonistidir.

İlk evrensel ortak ata, her modern hücre dahil olmak üzere, son evrensel ortak atanın (LUCA) ve onun soyundan gelenlerin en eski atası olduğu düşünülen hücresel olmayan bir varlıktır. FUCA aynı zamanda LUCA'nın hiçbirinin modern torunları olmayan eski kardeş soylarının da atası olacaktır.