Kuşların evrimi, Jura döneminde başlamış, en eski kuşlar Paraves adlı bir teropod dinozor kladından evrimleşmiştir. Kuşlar, biyolojik olarak Aves sınıfında yer alır. Yaklaşık 150 yıl önce, Geç Jura dönemine yaşamış theropod cinsi dinozor Archaeopteryx lithographica, uzun bir süre en eski kuş olarak kabul edilmiştir. Modern soy bilimciler, kuşları bir dinozor kladı olan Theropoda'ya dahil etmiştir. Yaygın kanıya göre, Aves ve yakın akrabası olan Timsahlar takımı, Archosauria (arkozor) olarak bilinen bir "sürüngen" kladının yaşayan tek üyeleridir. 66 milyon yıl önce yaşanan Kretase-Tersiyer yok oluşundan dört farklı kuş soyu hayatta kaldı ve deve kuşlarına ve akrabalarına (Paleognathae), ördeklere ve akrabalarına (Anseriformes), uçamayan kümes hayvanlarına (Galliformes) ve "modern kuşlara" (Neoaves) hayat verdi.
Kladogram, canlılar arasındaki evrimsel ilişkileri göstermek için kladistikte kullanılan diyagramlardır. Atalar ile soyundan gelenlerin nasıl ilişkili olduklarını ve ne kadar değiştiklerini göstermediğinden ötürü bir kladogram evrim ağacı değilse de birçok evrim ağacı tek bir kladogramdan çıkarılabilir. Kladogram farklı yönlerde dallanarak uzayan ve en son ortak atası olan bir grup organizma olan kladlarda sonlanan ve dal adı verilen çizgilerden oluşur. Çok çeşitli kladogram şekilleri olsa da hepsinin ortak özelliği diğer çizgilerden dallanan çizgilerdir. Çizgiler dallandıkları noktaya kadar izlenebilirler. Bu bağlantı noktaları üstündeki taksonlar tarafından paylaşılan ortak özellikleri gösterdiği sonucuna varılmış varsayımsal ataları temsil eder. Bu varsayımsal ata farklı özelliklerin, adaptasyonların ve diğer evrimsel özelliklerin evrimleşme sırası hakkında ipuçları verebilir. Her ne kadar böyle kladogramlar geleneksel olarak morfolojik özellikler temelinde şekillendirildiyse de DNA ve RNA dizileme verileri ile birlikte işlemsel filogenetik artık kladogramların oluşturulmasında tek başına ya da morfolojik özelliklerle bir arada kullanılmaktadır.
Ağaçsıl hareket ya da ağaçsıl lokomosyon, hayvanların ağaçlarda hareket etmelerini tanımlayan bir terimdir. Ağaçların bulunduğu habitatlarda hayvanlar ağaçlar üzerinde hareket etmek üzere evrimleşmişlerdir. Bazı hayvanlar ağaçlara ara sıra çıkarken bazıları ise tamamen ağaçlarda yaşarlar. Habitatlar içlerinde hareket eden hayvanlar için anatomik, davranışsal ve ekolojik sonuçları olan ve farklı türler arasında farklılaşmayı getiren sayısız mekanik zorluk içerir. Aynı prensipler ağaçlara tırmanmanın yanı sıra kayalıklara ya da dağlara tırmanmak için de kullanılabilir.
Biyolojik kural ya da biyolojik kanun, canlılarda görülen örüntüleri tanımlamak için formüle edilmiş, genelleştirilmiş ilkeler ve kanunlardır. Biyolojik kurallar, dünya üzerinde bitki ve hayvan türlerinin ekolojisi ve biyocoğrafi dağılımları hakkında karmaşık fenomenlerin ya da dikkati çeken gözlemlerin kısa ve öz ama geniş çaplı olarak uygulanabilecek şekilde geliştirilir. Ekoloji ve biyocoğrafyada görülen bu tür düzenlilikler genellikle bunu ilk olarak tanımlayan biyologların adıyla anılır.
Bergmann kuralı geniş dağılımı olan taksonomik kladlarda daha büyük popülasyonların ve türlerin daha soğuk ortamlarda, daha küçük olanların ise daha sıcak ortamlarda bulunduğunu belirten bir biyolojik kuraldır. Her ne kadar ilk olarak bir cins içindeki türler için tanımlandıysa da sıklıkla bir tür içindeki popülasyonlar içinde kullanılır. Yine sıklıkla enlem temelli olarak da belirtilir. Turbinicarpus gibi bazı bitkilere de bu kuralın uygulanması mümkündür.
Rosids, yaklaşık 70.000 türü içeren geniş bir çiçekli bitkiler sınıfının büyük bir kladının üyeleri olan bitkileridir. Bu bitki grubu tüm kapalı tohumluların dörtte birinden fazlasını içerir.
Arkozorlar (Archosauria), kuşların ve timsahların yaşayan tek temsilcileri olduğu bir diapsid kladı. Arkozorlar genel olarak sürüngen olarak sınıflandırılır. Kladistik bakımdan kuşlar da sürüngenlere dahil edilir. Soyu tükenmiş arkozorlar arasında kuş olmayan dinozorlar, pterozorlar ve timsahların soyu tükenmiş akrabaları bulunur. Modern paleontologlar, Arkozorları yaşayan kuşların, timsahların ve onların soyundan gelenlerin en son ortak atasını ve onun soyundan gelenleri içeren bir taç grubu olarak tanımlar. Arkozorlar iki ana klada ayrılır: timsahlar ve soyu tükenmiş akrabalarını içeren Pseudosuchia kladı ve yine aynı şekilde kuşlar ve soyu tükenmiş yakın akrabalarını içeren Avemetatarsalia kladı.
Edward Drinker Cope Amerikalı bir paleontolog ve karşılaştırmalı anatomist, aynı zamanda ünlü bir herpetolog ve ihtiyologdur. Neo-Lamarkizm düşünce okulunun kurucusudur. Zengin bir Quaker ailesinde doğan Cope, kendisini bilime ilgi duyan dahi bir çocuk olarak tanımlamış; ilk bilimsel makalesini de 19 yaşında yayınlamıştır. Babası, Cope'u soylu bir çiftçi olarak yetiştirmeye çalışsa da, sonunda oğlunun bilime olan tutkusunu kabullendi. Cope, kuzeniyle evlendi ve bir çocuğu oldu; aile Philadelphia'dan Haddonfield, New Jersey'e taşındı, ancak Cope daha sonraki yıllarda Philadelphia'da bir konut ve müze inşa edecekti.
Tetanurae, günümüz kuşlarına Ceratosaurus'tan daha yakın akraba olan tüm teropod dinozorları içeren, geniş bir dinozor grubudur. Tetanurae, Triyas'ın sonlarında muhtemelen kardeş grubu Ceratosauria'dan ayrıldı. Tetanuranlar fosil kayıtlarında ilk olarak Erken Jura devri'nde, yaklaşık 190 myö, ortaya çıktı ve Orta Jura döneminde küresel olarak dağıldı.
Sauropsida, büyük ölçüde Reptilia sınıfına eşdeğer olan bir amniyot grubudur. Sauropsida, memelileri içeren amniyotların kladı olan Synapsida'nın kardeş taksonudur. Erken sinapsidler tarihsel olarak "memeli benzeri sürüngenler" olarak anılsa da, tüm sinapsidler, herhangi bir modern sürüngenden çok memelilerle daha yakından ilişkilidir. Sauropsidler ise memelilerden çok modern sürüngenlerle daha yakından ilişkili tüm amniyotları içerir. Buna, Linnaean taksonomisinde başlangıçta ayrı bir sınıf olarak adlandırılmasına rağmen, şu anda arkosauriyen sürüngenlerinin bir alt grubu olarak tanınan Aves (kuşlar) dahildir.
Opisthokontlar, hem hayvan hem de mantar alemlerini içeren geniş bir ökaryot grubudur. Daha önce "Fungi / Metazoa grubu" olarak adlandırılan opisthokontlar, genellikle bir sınıf olarak tanınır. Opisthokontlar, Apusomonadida ve Breviata ile birlikte daha büyük Obazoa kladını oluşturur.
Ferae, Carnivora ve Pholidota takımlarından oluşan bir memeli kladıdır. Carnivora ve Pholidota'nın bir grubu için alternatif bir isim olan Ostentoria da önerildi. Moleküler genetik çalışmalarca, günümüze kadar gelen Ferae'nin son ortak atasının yaklaşık olarak 78.9 milyon yıl önce yaşadığı tahmin edilmiştir. Creodonta gibi soyu tükenmiş birkaç takım da Ferae'nin üyeleridir.
Holozoa, hayvanları ve en yakın tek hücreli akrabalarını içeren ancak mantarları hariç tutan bir canlı grubudur. Holozoa ayrıca tunik cinsi Distaplia için kullanılan eski bir isimdir.
Carnivoraformes, çağdaş Carnivora takımını ve soyu tükenmiş kök akrabalarını içeren plasentalı memelilerin bir kladıdır.
Carnivoramorpha, çağdaş Carnivora takımını ve soyu tükenmiş kök akrabalarını içeren plasentalı memelilerin bir kladıdır.
Olfactores, Vetulicolia, Tunicata (Urochordata) ve Vertebrata'yı içeren kordalılar içinde bir daldır. Olfactores, Chordata şubesinin ezici çoğunluğunu temsil eder, çünkü Cephalochordatlar, dalda yer almayan tek kordalılardır.
Kondilartlar (Condylarthra), öncelikle Paleosen ve Eosen dönemlerinden bilinen, soyu tükenmiş plasentalı memelilerin resmi olmayan bir grubudur - daha önce bir takım olarak kabul edilmiştir. Erken, ilkel toynaklılar olarak kabul edilirler. Artık, Perissodactyla veya Cetartiodactyla'nın bir parçası olarak açıkça belirlenmemiş olan toynaklıları sınıflandırmak için bir çöplük olarak hizmet eden ve bu nedenle birçok ilgisiz soydan oluşan bir çöp sepeti taksonu olarak kabul edilmektedir.
Taksonomide eğer bir grup en son ortak atası ve soyundan gelenlerin tamamını içeriyor ama genellikle bir ya da iki monofiletik alt grubu kapsamıyorsa bu grup dışarıda bırakılan alt gruplara nazaran parafiletik olarak adlandırılır. Parafiletik bir grup bir klad ya da ortak ata ile birlikte soyundan gelen tüm türlerin yer aldığı bir tür grubu olan monofiletik bir grup olamaz. Parafiletik grubun bir ya da daha fazla üyesi, dışarıda bırakılan grup ya da gruplara, parafiletik gruptan daha yakın akrabadır. Terim filogenetikte ve dilbilimde yaygın olarak kullanılır. Parafiletik gruplar sinapomorfiler ve simplesiomorfilerin birleşimi ile tanımlanırlar.
Novialoidea en geç Erken Jura'dan en geç Geç Kretase'ye kadar yaşamış, fosilleri Antarktika hariç tüm kıtalarda bulunmuş, soyu tükenmiş bir macronychopteran teruzor kladıdır.
Laurasiatheria, Eulipotyphla takımı ile Scrotifera kladını içeren bir plasentalı memeliler üst takımıdır. Kardeş grubu Euarchontoglires ile birlikte Boreoeutheria magna takımını oluşturur. Laurasiatheria taksonu içinde sınıflandırılan hayvanların benzer gen dizilimlerine dayanarak keşfedildi. Grubu birleştirmek için ortak anatomik özellikler henüz ortaya konmadı. Laurasiatheria kladı DNA dizilim analizleri ve retrotranspozon varlık/yokluk verilerine göre temellendirildi. Üst takım, Pangea bölünmeye başladıktan sonra Gondvana'dan ayrılan Lavrasya süperkıtasında ortaya çıktı. En son ortak atasının yaklaşık olarak 76 ila 90 milyon yıl önce soyunun ayrıldığı varsayılmaktadır.
