Bakteri (İngilizce telaffuz: [bækˈtɪəriə] (
dinle); tekil isim: bacterium), tek hücreli mikroorganizma grubudur. Tipik olarak birkaç mikrometre uzunluğunda olan bakterilerin çeşitli şekilleri vardır, kimi küresel, kimi spiral şekilli, kimi çubuksu, kimi virgül şeklinde olabilir. Yeryüzündeki her ortamda bakteriler mevcuttur. Toprakta, deniz suyunda, okyanusun derinliklerinde, yer kabuğunda, deride, hayvanların bağırsaklarında, asitli sıcak su kaynaklarında, radyoaktif atıklarda büyüyebilen tipleri vardır. Tipik olarak bir gram toprakta bulunan bakteri hücrelerinin sayısı 40 milyon, bir mililitre tatlı suda ise bir milyondur; toplu olarak dünyada beş nonilyon (5×1030) bakteri bulunmaktadır, bunlar dünyadaki biyokütlenin çoğunu oluşturur. Bakteriler gıdaların geri dönüşümü için hayati bir öneme sahiptirler ve gıda döngülerindeki çoğu önemli adım, atmosferden azot fiksasyonu gibi, bakterilere bağlıdır. Ancak bu bakterilerin çoğu henüz tanımlanmamıştır ve bakteri şubelerinin sadece yaklaşık yarısı laboratuvarda kültürlenebilen türlere sahiptir. Bakterilerin araştırıldığı bilim bakteriyolojidir, bu, mikrobiyolojinin bir dalıdır.
Ribozom, tüm canlı hücrelerde bulunan karmaşık moleküler yapıya sahip ve protein oluşturma sürecinde hayati bir rol oynayan bir organeldir. Bu süreç, mRNA çevirisi olarak bilinen bir biyolojik mekanizma aracılığıyla gerçekleşir. Kısaca ribozomlar, haberci RNA (mRNA) molekülleri tarafından sağlanan talimatları takip ederek amino asitleri birbirine bağlar ve polipeptit adı verilen amino asit zincirlerini oluşturur.
Ribozomal RNA (rRNA), ribozomlarda bulunan bir RNA tipidir, ribozomun protein senteziyle ilişkili katalitik fonksiyonundan sorumludur. Ribozomal RNA'nın görevi, mRNA'daki bilginin translasyon süreci sırasında amino asit dizisine çevrilmesi için taşıyıcı RNA (tRNA) ile etkileşmek ve uzayan peptit zincirine amino asit takmaktır. Hücre sitoplazmasında serbest halde bulunan RNA'nın %80'i rRNA'dan oluşur.
Bacillaceae Bacillales takımına bağlı bir bakteri familyasıdır. Gıda mikrobiyolojisi açısından önemli bir bakteridir.Endospor oluşturmaları ve sıcaklık uygulamarına dayanıklı olmalarından dolayı diğer bakterilerden belirgin bir şekilde ayrılırlar. Spor oluşturmalarının yanı sıra enzimleri nedeniyle proteinlerin parçalanmasına neden olurlar. Bu familya içerisinde aerob özellikteki Bacillus ve anaerob Clostridium cinsleri ile beraber 106 farklı cins yer almaktadır. Hareketli türlerinde peritriş flagella karakteristik olarak bulunur. Çoğu patojenik değildir, fakat Bacillus ve Clostridium türleri insanlarda hastalık yaparlar.
Enterobacteriaceae, Salmonella ve Escherichia coli gibi ünlü hastalık etkenlerini de içeren büyük bir bakteri ailesidir. Genetik araştırmalar, bu aileyi, Proteobacteria şubesine koyar. Enterobacteriales takımının içinde yer alan tek familyadır. Bilimsel yayınlarla doğrulanmış 32 cinsi mevcuttur.
Proteobakteriler (Proteobacteria), bakteriler üstaleminin ana gruplarından birisini meydana getiren ve önemli cins ve türleri içeren şubesidir. Çeşitli hastalık etmenleri ve başka çok bilinen cinsler bu gruba dahildir. Ayrıca doğada serbest yaşayan türleri ve azot fiksasyonundan sorumlu pek çok bakteri türünü de içerir. Bu grup ribozomal RNA (rRNA) dizinlerine göre tanımlanmıştır. Bakteri biçimlerinin çeşitliliğinden dolayı grup, ismini Yunan mitolojisinde yer alan, her şekle girebilen tanrı Proteus'tan almıştır.
Enterobacterales, enterik bakterileri içeren 7 adet familyadan oluşan, Proteobacteria şubesi, Gammaproteobacteria sınıfının içinde yer alan bakteri takımıdır. Takıma ait tipik özellikleri taşıyan familyası Enterobacteriaceae'dir
Arkeler, Arkea veya Arkebakteriler, canlı organizmaların bir ana bölümüdür.
Euryarchaeota, Archaea âlemine bağlı bir algae şubesidir. Bu grup metanogenleri, halo bakterileri, bazı ekstrem termofilik aerobları ve ekstrem termofilik anaerobları içermektedir. Metanogenler metan üreten archaeonlar olup çoğu bağırsaklarda bulunmaktadır. Halobacteria sınıfına ait türler ekstrem tuz konsantrasyonlarında yaşayan archaeonlardır. Bu archaeonlar diğerlerinden rRNA sekans benzerlik ve farklılıklarına bakılarak ayrılmıştır.
Baykuşgiller (Strigidae), tüm baykuşların sınıflandığı Strigiformes takımını oluşturan familyalardan biridir ve tipik baykuş türlerini içerir.
Caulobacteraceae Proteobacteria şubesinden bir bakteri familyasıdır. Diğer Proteobakteriler gibi, Caulobacteraceae familyası üyeleri de gram negatiftirler. Familyanın karakteristik özellikleri bakımından tip cinsi olan Caulobacter, ismini Caulobacterales takımına ve yakın zamanda oluşturulan Caulobacteridae altsınıfına da vermiştir.
Pseudomonadales Gammaproteobakteriler sınıfının bir takımıdır. Pseudomonadales 16S rRNA dizilerine göre tanımlanmıştır.
Yatay gen transferi, bir organizmanın, ikinci bir organizmadan türemeden, o ikinci organizmaya ait genetik malzeme edinmesini sağlayan herhangi bir süreçtir. Buna karşın, dikey transfer bir organizmanın kendi atalarından genetik malzeme edinmesidir. Genetik bilimi bu iki transfer biçiminden daha yaygını olan dikey transfere odaklanmış olmakla beraber, yakın zamanda yatay transferin de anlamlı bir olgu olduğu bilincine varılmıştır. Yatay gen transferinin yapay biçimi bir genetik mühendislik şeklidir.
Lactobacillales, laktik asit bakterilerini kapsayan gram-pozitif bir bakteri takımıdır.
Micrococcaceae, Micrococcineae alttakımına bağlı bir bakteri familyasıdır.
Alphaproteobacteria, Proteobacteria şubesinde bir bakteri sınıfıdır. Üyeleri son derece çeşitlidir ve çok az benzerliğe sahiptir ancak yine de ortak bir atadandırlar. Tüm Proteobakteriler gibi, üyeleri gram-negatiftir fakat bazı hücre içi parazit üyeleri peptidoglikandan yoksundur ve bu nedenle gram değişkendir.
Rhodobacter, taksonomide Alphaproteobacteria sınıfında Rhodobacteraceae familyasına ait bir bakteri cinsidir. Rhodobacterin en ünlü türleri, bakteriyel fotosentezi incelemek için örnek organizmalar olarak kullanılan Rhodobacter sphaeroides ve Rhodobacter capsulatustur.
Bernieridae, Passeriformes takımında sınıflandırılan bir kuş familyasıdır. Familyada sekiz cins içinde on bir tür bulunur. Hepsi Madagaskar'a endemik küçük orman kuşlarıdır.
Enterococcaceae Lactobacillales takımına bağlı bir bakteri familyasıdır.
Gammaproteobacteria, Pseudomonadota şubesinde yer alan bir bakteri sınıfıdır. Yaklaşık 250 cins içerir ve böylece Prokaryotların cins açısından en zengin taksonunu oluşturur. Tıbbi, ekolojik ve bilimsel açıdan önemli birçok bakteri grubu bu sınıfta yer alır. Tümü Gram-negatif bakterilerden oluşur ve filogenetik ve fizyolojik olarak en çeşitli Proteobacteria sınıfıdır.
