Zatürre, pnömoni ya da batar, akciğerde görülen yangılardır. Klasik pnömonilerde, akciğerlerin hava geçitlerindeki son bölüm ve hava kesecikleri (alveoller) etkilenir. İnterstisiyel pnömonilerde, hava kesecikleri (alveoller) arasındaki bölmeler yoğunlukla etkilenen alanlardır. Akciğerler günde 10.000 litre havayı süzer. Kan dolaşımına oksijen taşıyan solunum havasıyla birlikte çok sayıda katı ve sıvı partikül ile zararlı gazlar da akciğerlere ulaşır. Solunum havası içindeki zararlı etkilere verilen tepkilerin büyük bölümü canlı etkenlerden kökenli infeksiyon hastalıklarıdır. Toksik gazların ve sıvıların büyük bölümü “kimyasal pnömoniler” olarak nitelenir.

Legionella, lejyoner hastalığına sebep olan bakterilerin yer aldığı bakteri cinsidir. Legionellaceae familyası sadece Legionella cinsinden ibarettir ve bu cinse ait bugüne kadar bildirilmiş 62 tür bulunmaktadır. En iyi bilinen türü olan Legionella pneumophila, gram negatif, kokobasil formunda, optimum üreme sıcaklığı 20-42 °C olan bir bakteridir. Ribozomal RNA analizi çalışmaları Legionellaceae familyasının Gamma Proteobacteria şubesine dahil olduğunu göstermiştir.

Klamidya, filum Chlamydiae türü bakterilerin neden olduğu cinsel yolla bulaşan bir hastalık türüdür. Chlamydia trachomatis, chlamydia muridarum ve chlamydia suis olmak üzere üç türü bulunur.

Chlamydia, Chlamydiaceae familyasında yer alan bir bakteri cinsidir.

Chlamydia trachomatis, Chlamydiaceae familyasında yer alan, gram-negatif, sadece konak hücre içerisinde çoğalabilen zorunlu parazit bir bakteri türüdür. İnsanlarda trahom, lenfogranüloma venereum, non-gonokokkal üretrit, servisit, pelvik inflamatuar hastalık gibi enfeksiyonlarına neden olur. C. trachomatis körlüğe en çok sebep olan enfeksiyon etkenidir ve cinsel yolla en fazla bulaşan bakteridir.

Enterobacterales, enterik bakterileri içeren 7 adet familyadan oluşan, Proteobacteria şubesi, Gammaproteobacteria sınıfının içinde yer alan bakteri takımıdır. Takıma ait tipik özellikleri taşıyan familyası Enterobacteriaceae'dir

Chlamydophila, Chlamydiae şubesinin Chlamydiaceae familyasında yer alan öbakteri cinslerinden biridir. Chlamydiae şubesinde sınıflanan diğer bakteriler gibi Chlamydophila türleri de üremek için ökaryot hücreleri enfekte etmek zorundadır ve bu yüzden de zorunlu hücre içi patojeni olarak sınıflanır.

Chlamydiaceae, Chlamydiae şubesinde sınıflanan bakteri familyalarından biridir. Bilimsel yayınlarla doğrulanmış ve sinonim olmayan tek bir cins ve 10 tür içerir:
- Tür: Chlamydia abortus
- Tür: Chlamydia avium
- Tür: Chlamydia felis
- Tür: Chlamydia gallinacea
- Tür: Chlamydia muridarum
- Tür: Chlamydia pecorum
- Tür: Chlamydia pneumoniae
- Tür: Chlamydia psittaci
- Tür: Chlamydia suis
- Tür: Chlamydia trachomatis

Spirillum, Proteobacteria şubesinden, sarmal şeklinde kıvrılmış hücre morfolojisine sahip bir bakteri cinsidir. Bu hücre morfolojisi tipi, bakteriler için, koklar ve basiller ile birlikte üçüncü belirgin hücre tipidir. Spirillum türleri mikroaerofildirler ve organik madde bakımından zengin, durgun, tatlı sularda bol bulunurlar.

Agrobacterium, H. J. Conn tarafından keşfedilmiş, yatay gen transferini kullanarak bitkilerde tümörlere sebep olan bir Gram- negatif bakteri cinsidir. Geçerli 11 türü bulunmaktadır ve bunlar arasında üzerinde en çok çalışma yapılanı ve bilineni A. radiobacter 'dir. Agrobacterium türleri aynı zamanda kendi DNA'larını bitkilerin DNA'sına aktarma yeteneği ile de iyi bilinirler ve bu sebepten dolayı genetik mühendisliğinde önemli bir araç haline gelmişlerdir.
Paenarthrobacter, Aktinobakteriler sınıfından, Micrococcaceae familyasına ait bir bakteri cinsidir.
Paenarthrobacter ureafaciens, Paenarthrobacter cinsine ait bir bakteri türü. Bu türün polar lipid profili hakkında bilgi mevcut değildir.
Paeniglutamicibacter cryotolerans, Aktinobakteriler sınıfından bir bakteri türüdür. Psikrotolerant, halotolerant, Gram-pozitif, hareketli ve fakültatif anaerobiktir. Bir basil-kok döngüsüne sahiptir.
Paeniglutamicibacter, Aktinobakteriler sınıfının Micrococcaceae familyasından bir bakteri cinsidir. 7 türü bulunmaktadır.
Mikoplazma penetrans, Gram pozitif bir bakteri türüdür. Patojeniktir, ancak enfekte olduğu birçok durumda belirti göstermez. Cinsel yolla bulaşan bir hastalıktır, bununla birlikte bir bebek doğum sırasında enfekte olabilir.

Alphaproteobacteria, Proteobacteria şubesinde bir bakteri sınıfıdır. Üyeleri son derece çeşitlidir ve çok az benzerliğe sahiptir ancak yine de ortak bir atadandırlar. Tüm Proteobakteriler gibi, üyeleri gram-negatiftir fakat bazı hücre içi parazit üyeleri peptidoglikandan yoksundur ve bu nedenle gram değişkendir.

Enterobacter Gram negatif, fakültatif anaerobik, çubuk şeklinde, spor oluşturmayan, Enterobacteriaceae familyasına ait bakteri cinsidir. Enterobacterales takımının tip özelliklerini taşıyan cinsidir. 20 türü bulunmaktadır. Yakın zamanlı çalışmalarla bu cinse ait bazı türler farklı cinsler altında sınıflandırılmıştır, örneğin E. aerogenes, Klebsiella aerogenes olarak değiştirilmiştir. Bu cinsin klinik öneme sahip tek türü E. cloacae'dir.
Chlamydia felis, kedileri enfekte eden Gram negatif, zorunlu hücre içi bakteriyel bir patojendir. Dünya çapında evcil kediler arasında endemiktir ve öncelikle kedi konjonktiva iltihabına, rinit ve solunum problemlerine neden olur. C. felis mideden ve üreme yolundan alınabilir. İnsanlarda C. felis ile zoonotik enfeksiyon bildirilmiştir. FP Pring ve FP Cello suşları kromozom dışı bir plazmide sahipken FP Baker suşu yoktur. FP Viyolonsel farelerde ölümcül hastalık üretirken FP Baker yapmaz. Bir zayıflatılmış FP Baker suşu ve bir zayıflatılmış 905 suşu, kediler için canlı aşılar olarak kullanılır.
Leptospira az sayıda patojenik ve saprofitik türü içeren bir spiroket bakteri cinsidir. Leptospira ilk kez 1907'de "sarı humma"dan öldüğü açıklanan bir leptospiroz kurbanının böbrek dokusu dilimlerinde gözlemlenmiştir.
Yürüyen zatürre de denen atipik pnömoni, hastalıkla en sık ilişkilendirilen patojenlerden birinin neden olmadığı her türlü pnömoni veya zatürre’dir. Klinik görünümü "tipik" pnömonininkiyle çelişir. Çeşitli mikroorganizma’lar bu hastalığa neden olabilir. Başka bir hastalıktan bağımsız olarak geliştiğinde primer atipik pnömoni (PAP) denir.