İçeriğe atla

ChemSpider

ChemSpider
TürCreative Commons Attribution Share-alike[1]
Genel merkezi
Raleigh, Kuzey Karolina
,
ABD
Hizmet alanları100 milyondan fazla yapıya, özelliğe ve ilgili bilgilere hızlı erişim sağlayan kimyasal yapıların veritabanı.
Önemli kişiler
  • Antony John Williams
  • Royal Society of Chemistry[2]
Web sitesichemspider.com
Dipnotlar / referanslar
App

ChemSpider, kimyasal maddelerin bir veritabanıdır. ChemSpider, Kraliyet Kimya Derneği'ne (Royal Society of Chemistry) aittir.[3][4][5][6][7]

Veri tabanı

Veritabanı, aşağıdakiler dahil 270'ten fazla veri kaynağından 100 milyondan fazla molekül içerir.[8]

Her kimyasala, karşılık gelen bir URL'nin parçasını oluşturan benzersiz tanıtıcı (unique identifier) verilir. Örneğin, aseton 175'tir ve bu nedenle http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.175.html 25 Ocak 2021 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. URL'sine sahiptir.

Kitle kaynak kullanımı

ChemSpider veritabanı, kimyasal yapı biriktirme, spektrum biriktirme ve kullanıcı küratörlüğü dahil olmak üzere kullanıcı katkılarıyla güncellenebilmektedir. Bu, çevrimiçi bir kimya veritabanı geliştirmek için kitle kaynaklı bir yaklaşımdır. Verilerin kitle kaynaklı küratörlüğü, biyomedikal ve kimya literatürünün metin madenciliği uygulamalarında kullanılan kimyasal yapılarla ilişkili bir kimyasal isim sözlüğü üretti.[10]

Ancak, veritabanı haklarından feragat edilmez ve veri indirme olanağı mevcut değildir; Aslında, SSS yalnızca sınırlı indirmelere izin verildiğini bile belirtilmiştir:[11] Bu nedenle çatallama hakkı garanti edilmez ve proje özgür / açık olarak değerlendirilemez.

Araştırma

Bir dizi mevcut arama modülü sağlanmıştır:

  • Standart arama, sistematik isimler, ticari isimler, eşanlamlılar ve kayıt numaraları için sorgulamaya izin verir.
  • Gelişmiş arama, moleküler formül ve moleküler ağırlık aralığı, CAS Kayıt Numaraları (Chemical Abstracts Service), tedarikçiler vb. kullanarak kimyasal yapıya, kimyasal altyapıya göre etkileşimli aramaya izin verir. Arama, bulunan sonuçları genişletmek veya kısıtlamak için kullanılabilir.
  • Mobil cihazlarda yapı araması, iOS (iPhone / iPod / iPad)[12] ve Android işletim sistemleri için ücretsiz uygulamalar kullanılarak yapılabilir.[13]

Kimya belgesi işaretlemesi

ChemSpider veritabanı, kimya belgesi işaretlemesinin temeli olarak metin madenciliği ile birlikte kullanılmıştır. ChemMantis, Kimya İşaretleme ve İsimlendirme Dönüşümü Entegre Sistemi, belgelerden ve web sayfalarından kimyasal isimleri tanımlamak ve çıkarmak için algoritmalar kullanır ve ChemSpider veri tabanındaki isim-yapı dönüştürme algoritmalarını ve sözlük aramalarını kullanarak kimyasal isimleri kimyasal yapılara dönüştürür. Sonuç olarak, ChemSpider aracılığıyla 150'den fazla veri kaynağında kimya dokümanları üzerine bilgi arama sağlayan entegre bir sistem oluşturulmuştur.

Tarihçe

ChemSpider, Royal Society of Chemistry (RSC) tarafından Mayıs 2009'da[14] satın alındı. RSC tarafından satın alınmadan önce, ChemSpider özel bir şirket olan ChemZoo Inc. tarafından kontrol ediliyordu. Sistem ilk olarak Mart 2007'de beta sürüm şeklinde piyasaya sürüldü ve Mart 2008'de piyasaya asıl sürümünü gerçekleştirdi. ChemSpider, bir kimya veritabanının genel desteğini, WiChempedia uygulaması aracılığıyla Vikipedi kimyasal yapı koleksiyonunun desteğini içerecek şekilde genişletti.

Hizmetler

Sistemin bir dizi hizmeti çevrimiçi olarak sunulur. Bunlar arasında kimyasal adların kimyasal yapılara dönüştürülmesi, SMILES ve InChI dizilerinin oluşturulması ve birçok fiziksel kimya parametresinin tahmin edilmesi ve Nükleer manyetik rezonans (NMR) tahminine izin veren bir web hizmetine entegrasyon yer alır.

Sentetik Sayfalar

SyntheticPages, Royal Society of Chemistry tarafından işletilen sentetik kimya prosedürlerinin ücretsiz, etkileşimli bir veritabanıdır.[15]

Kullanıcılar kendi yaptıkları sentetik prosedürleri sitede yayınlanmak üzere sunarlar. Bu prosedürler orijinal çalışmalar olabilir, ancak daha çok literatüre dayanmaktadır. Orijinal yayınlanmış prosedüre atıflar uygun olduğunda yapılır. Yayınlanmadan önce bilimsel bir editör tarafından kontrol edilirler. Sayfalar, bilimsel bir dergi makalesi gibi resmî hakem incelemesinden geçmez, ancak oturum açmış kullanıcılar tarafından yorum yapılabilir. Yorumlar ayrıca bilimsel editörler tarafından yönetilmektedir. Amaç, laboratuvarda yararlı kimyasal sentezin nasıl yapılacağına dair pratik deneyim toplamaktır. Sıradan bir akademik dergide yayınlanan deneysel yöntemler resmî olarak kısaca listelenirken, ChemSpider SyntheticPages'deki prosedürler daha pratik ayrıntılarla verilmektedir. Kayıt dışılık teşvik edilir. Gönderenlerin yorumları da buna dahildir. Karşılaştırılabilir miktarda ayrıntıya sahip diğer yayınlar arasında Organik Sentezler ve İnorganik Sentezler sayılabilir. SyntheticPages sitesi ilk olarak Profesörler Kevin Booker-Milburn (Bristol Üniversitesi), Stephen Caddick (University College London), Peter Scott (Warwick Üniversitesi) ve Dr Max Hammond tarafından kurulmuştur.

Şubat 2010'da ChemSpider | SyntheticPages (CS | SP) oluşumuyla birleşme duyuruldu.[16]

OpenPHACTS

ChemSpider, bir Yenilikçi İlaç Girişimi olan OpenPHACTS projesinin bir parçası olarak kimyasal bileşik deposu olarak da hizmet vermektedir. Open PHACTS, küçük moleküllü ilaç keşiflerindeki -farklı bilgi kaynakları, standartların eksikliği ve aşırı bilgi yüklemesi gibi- darboğazları ele almak için açık standartlar, açık erişim, anlamsal ağ yaklaşımı uygulamaktadır.[17]

Ayrıca bakınız

Kaynakça

  1. ^ "ChemSpider Blog  » Blog Archive  » ChemSpider Adopts Creative Commons Licenses". www.chemspider.com (İngilizce). 2 Nisan 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Mart 2014. 
  2. ^ Van Noorden, R. (2012). "Chemistry's web of data expands". Nature (İngilizce). 483 (7391): 524. Bibcode:2012Natur.483..524V. doi:10.1038/483524a Özgürce erişilebilir. PMID 22460877. 
  3. ^ Antony John Williams (Ocak–Şubat 2008). "ChemSpider and Its Expanding Web: Building a Structure-Centric Community for Chemists". Chemistry International (İngilizce). 30 (1). 25 Mayıs 2011 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 20 Nisan 2021. 
  4. ^ Williams (2008). "Public chemical compound databases". Current Opinion in Drug Discovery & Development (İngilizce). 11 (3): 393-404. PMID 18428094. 
  5. ^ Brumfiel (2008). "Chemists spin a web of data". Nature (İngilizce). 453 (7192): 139. doi:10.1038/453139a. PMID 18464701. 
  6. ^ "Chemspider: A Platform for Crowdsourced Collaboration to Curate Data Derived from Public Compound Databases". Collaborative Computational Technologies for Biomedical Research (İngilizce). 2011. ss. 363-386. doi:10.1002/9781118026038.ch22. ISBN 978-1-11802-603-8. 
  7. ^ Pence (2010). "ChemSpider: An Online Chemical Information Resource". Journal of Chemical Education (İngilizce). 87 (11): 1123. doi:10.1021/ed100697w. 
  8. ^ "Data Sources". ChemSpider (İngilizce). 5 Mayıs 2007 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 16 Mayıs 2019. 
  9. ^ "ChemSpider Blog » Blog Archive » The US EPA DSSTox Browser Connects to ChemSpider" (İngilizce). ChemSpider. 23 Ağustos 2008. 7 Kasım 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 7 Kasım 2017. 
  10. ^ Hettne (2010). "Automatic vs. Manual curation of a multi-source chemical dictionary: The impact on text mining". Journal of Cheminformatics (İngilizce). 2 (1): 3. doi:10.1186/1758-2946-2-3. PMC 2848622 $2. PMID 20331846. 
  11. ^ "ChemSpider Blog » Blog Archive  » Who Would Like to Have the Entire ChemSpider Database?". www.chemspider.com (İngilizce). 24 Eylül 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 18 Nisan 2014. 
  12. ^ "ChemSpider on the App Store". App Store (İngilizce). 13 Kasım 2011 tarihinde kaynağından arşivlendi. 
  13. ^ "ChemSpider Mobile - Android Apps on Google Play". play.google.com (İngilizce). 13 Mayıs 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. 
  14. ^ "RSC acquires ChemSpider" (İngilizce). Royal Society of Chemistry. 11 Mayıs 2009. 22 Aralık 2014 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 11 Mayıs 2009. 
  15. ^ "ChemSpider SyntheticPages". ChemSpider SyntheticPages (İngilizce). Royal Society of Chemistry. 18 Şubat 2010 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 26 Haziran 2012. 
  16. ^ "ChemSpider and SyntheticPages support synthetic chemistry". RSC Publishing (İngilizce). Royal Society of Chemistry. 5 Şubat 2010. 26 Temmuz 2012 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 26 Haziran 2012. 
  17. ^ Williams (2012). "Open PHACTS: Semantic interoperability for drug discovery". Drug Discovery Today (İngilizce). 17 (21-22): 1188-1198. doi:10.1016/j.drudis.2012.05.016. PMID 22683805. 

İlgili Araştırma Makaleleri

CAS kayıt numaraları kimyasal bileşikler, polimerler, biyolojik dizinler, karışımlar ve alaşımlar için kullanılan tek tanımlayıcı (unique) sayılardır. CAS numarası olarak da bilinirler.

DrugBank veritabanı, Alberta Üniversitesi'nde bulunan özellikle kimyasal, farmakolojik ve farmasötik ilaçların etki mekanizması, kimyasal yapısı vs... hakkında kapsamlı bilgiler içeren biyoenformatik ve kimya-enformatik tek kaynaktır. Veritabanı 1000'den fazla FDA onaylı küçük moleküllü, 110 FDA onaylı protein/peptid, 100'den fazla diyetetik ve 3200'den fazla deneysel olmak üzere yaklaşık 4100 ilaç içerir. Bunlara ek olarak 15000'den fazla protein bu ilaçlara yönlendirilmiştir. Her bir ilaç kartı, yarısı ilacın kimyasal özellikleri ile diğer yarısı ise ilacın etki mekanizması ve protein özellikleri ile ilgili olan 80'den fazla alanda bilgi içerir. Kullanıcılar bu bilgilere DrugBank numaralandırma sistemi ile ulaşmaktadır. Veritabanı David Wishart tarafından korunmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Bruce Merrifield</span> Amerikalı biyokimyager (1921 – 2006)

Robert Bruce Merrifield Amerikan biyokimyager ve akademisyen. Önceden belirlenmiş bir sıralamaya göre amino asit zincirleri ya da polipeptit sentezlenmesine yönelik geliştirdiği metot sayesinde 1984 yılında Nobel Kimya ödülünün sahibi olmuştur.

<span class="mw-page-title-main">Cyril Hinshelwood</span> İngiliz kimyager (1897-1967; Nobel Kimya Ö. 1956)

Cyril Norman Hinshelwood, İngiliz kimyager, Nikolay Semyonov ile birlikte 1956 yılı Nobel Kimya Ödülü sahibi akademisyen. Özellikle kimyasal tepkime mekanizmaları üzerine çalışmalarıyla tanınmıştır. Hidrojen'in yanması, oksijen'in su oluşturması gibi zincir tepkimelerin tepkime hızı ve mekanizmaları üzerine araştırmalar yapmıştır. Son dönem araştırmaları daha sonra antibiyotik araştırmalarında kullanılacak bakteriyel hücre duvarlarında meydana gelen kimyasal değişiklikler üzerine olmuştur.

<span class="mw-page-title-main">Alan R. Battersby</span> İngiliz kimyager

Sir Alan Rushton Battersby, B12 vitamininin biyosentezindeki kimyasal reaksiyon ara ürünleri ve enzimlerin reaksiyon mekanizmalarını tanımlayan İngiliz organik kimyacıydı.

Dalton Transactions, inorganik, biyoinorganik ve organometalik bileşiklerin kimyasının tüm yönleri hakkında orijinal (birincil) araştırma ve inceleme makaleleri yayınlayan, hakemli bir bilimsel dergidir. Royal Society of Chemistry tarafından haftalık olarak yayınlanmaktadır. Dergi, modern atom teorisi üzerine yaptığı çalışmalarla tanınan İngiliz kimyager John Dalton'un adını aldı. Yazarlar, makaleleri açık erişim olarak yayınlamayı seçebilirler. Editör Andrew Shore'dur. Dalton Transactions, 2006 yılında Thomson Scientific'ten In-cites tarafından "yükselen yıldız" olarak adlandırıldı.

Organik sentez, kimyasal sentezin özel bir dalıdır ve organik bileşiklerin kasıtlı olarak yapılandırılmasıyla ilgilidir. Organik moleküller genellikle inorganik bileşiklerden daha karmaşıktır ve sentezleri organik kimyanın en önemli dallarından biri haline gelmiştir. Genel organik sentez alanı içinde birkaç ana araştırma alanı vardır: tam sentez, yarı sentez ve metodoloji.

Bourke Ödülü, İngiltere dışındaki akademisyenlere de açık olan yıllık bir kimya ödülüdür. Başlangıçta Faraday Topluluğu tarafından kurulan ve "Bourke Dersleri" olarak bilinen 2000 sterlinlik ödül, fiziksel kimya veya kimyasal fizik uzmanlarının çalışmalarını İngiltere'de sunmalarına fırsat verir. Kazanan ayrıca bir hatıra madalyası alır.

Bu liste maddesi, Kraliyet Kimya Topluluğu tarafından yayımlanan dergileri listeler.

Polanyi Madalyası, gaz kinetiği alanına olağanüstü katkılarından dolayı Kraliyet Kimya Derneği'nin iki yılda verdiği bir kimya ödülüdür. Madalya, ödül sahibi tarafından verilen genel bir konferansın ardından Uluslararası Gaz Kinetiği Sempozyumu'nda takdim edilir.

Perkin Organik Kimya Ödülü, organik kimyanın herhangi bir alanında yapılan araştırmalarda sürdürülebilir, özgünlük ve başarı için 2008 yılında Royal Society of Chemistry tarafından kurulan prestijli bir kimya ödülüdür.

Longstaff Ödülü, kimya biliminin ilerlemesine en çok katkıda bulunan Royal Society of Chemistry üyelerine verilen bir ödüldür. İlk defa 1881 yılında verilmeye başlandı, başlangıçta Chemical Society tarafından veriliyordu ve Longstaff Nişanı olarak biliniyordu.

Steven Victor Ley, Cambridge Üniversitesi Kimya Bölümü'nde Organik Kimya Profesörü. Cambridge Trinity College üyesi. Kraliyet Kimya Derneği (2000–2002) Başkanı. Ocak 2002'de Britanya İmparatorluk Nişanı verildi. 2011 yılında The Times tarafından "İngiliz bilimindeki en önemli 100 kişi" listesine dahil edildi.

Gibson-Fawcett Ödülü, malzeme kimyası alanındaki olağanüstü çalışmaları takdir etmek için her iki yılda bir Kraliyet Kimya Derneği tarafından verilir. Ödül için, özellikle yapılan işin özgünlüğü ve bağımsızlığı vurgulanmaktadır. Ödül 2008 yılında oluşturuldu ve Malzeme Kimyası Bölümü Ödül Komitesi tarafından verildi. Yalnızca 40 yaşın altındaki araştırmacılara verilebilmektedir.

İlk olarak 2001 yılında verilen Yeşil Kimya Ödülü, çevre odaklı kimyadaki gelişmeler için Kraliyet Kimya Derneği (RSC) tarafından her iki yılda bir verilmektedir. Yeşil Kimya Ödülü, tehlikeli maddelerin kullanımını ve üretimini azaltma veya ortadan kaldırma potansiyeline sahip yeni kimyasal ürünlerin veya işlemlerin tasarımı, geliştirilmesi veya uygulanması içindir. 2000 sterlinlik bir ödüle ek olarak, ödülün kazananları İngiltere merkezli bir konferans turunu tamamlar. Bu ödül, Royal Society of Chemistry’nin tanınma programlarının bağımsız bir incelemesinin ardından yapılan bir dizi değişikliğin bir parçası olarak 2020 yılında sona erdirilmiştir.

Jubilee of the Chemical Society, güncel adıyla Journal of the Chemical Society, 1849 yılında Chemical Society tarafından Quarterly Journal of the Chemical Society adıyla yayına başlayan bilimsel bir dergidir. İlk editör Edmund Ronalds idi. Dergi, tarihi boyunca birçok yeniden adlandırma, bölünme ve birleşmeye uğradı. 1980'de Kimya Derneği, Kraliyet Kimya Derneği'ne katıldı. Derginin devamlılığı, tümü Royal Society of Chemistry tarafından yayınlanan Chemical Communications, Dalton Transactions, Faraday Transactions ve Perkin Transactions dergileri ile sağlanmaktadır.

Sir George Stokes Ödülü adını George Gabriel Stokes'tan alır ve iki yılda bir Kraliyet Kimya Derneği analitik bölümü tarafından verilir. Analitik kimyanın multidisipliner doğasını tanımak için 1999 yılında kurulmuş ve verilmiştir.

Chartered Chemist, Birleşik Krallık'ta Royal Society of Chemistry (RSC), Avustralya'da Avustralya Kraliyet Kimya Enstitüsü (RACI), İtalya Eğitim Bakanlığı, Sri Lanka'da Seylan Kimya Enstitüsü (IChemC), ve Nijerya'da Nijerya Yeminli Kimyacılar Enstitüsü tarafından verilen imtiyazlı bir statüdür.

Bu liste maddesi, Royal Society of Chemistry tarafından dikilen mavi plakaların bir listesidir.

<span class="mw-page-title-main">Carolyn R. Bertozzi</span> Amerikalı kimyager

Carolyn Ruth Bertozzi, Amerikalı kimyager. Hem kimya hem de biyolojiyi kapsayan geniş kapsamlı çalışmaları ile tanınmaktadır.


Bu sayfa, bu Vikipedi makalesine dayanmaktadır.
Metin, CC BY-SA 4.0 lisansı altında mevcuttur; ek koşullar uygulanabilir.
Görseller, videolar ve sesler kendi lisansları altında mevcuttur.