Çift toynaklılar, memelilerin eteneliler (Placentalia) infra sınıfına ait bir takım. Takım, su aygırları, domuzlar, pekariler, geyikler, koyun ve keçiler gibi karasal canlıların yanında balinaları da içerir. Yaklaşık 270 adet karada yaşayan çift toynaklı türü mevcuttur. Bunlardan özellikle boynuzlugiller familyasına ait türler, insanlar için ticari açıdan çok önemlidir. Çift toynaklılar, günümüzün en başarılı otçul kara canlılarındanlardır.
Tylopoda veya Topuktabanlılar, Artiodactyla takımına ait karasal otçul çift toynaklıların bir alt takımıdır. Mevcut topuktabanlılar; Avustralya vahşi develeri tanıtılırken, vahşi doğada Güney Amerika ve Asya'daki doğal dağılımında bulunurlar. Grubun Kuzey Amerika ve Avrasya'da uzun bir fosil geçmişi vardır. Topuktabanlılar, yaklaşık 46.2 milyon yıl önce, Eosen döneminde ortaya çıktı.
Eutheria, keselilere göre etenelilerle daha yakından ilişkili olan tüm doğurgan memelileri (Theria) kapsayan bir kladdır.
Toynaklılar, memelilerin Ferungulata grubundan, pençelerini toynak biçiminde geliştirmiş bir memeli üst takımıdır.
Whippomorpha, su aygırları ve balinaları içeren bir çift toynaklı memeli grubu. İlk kez Waddell ve arkadaşları tarafından 1999 yılında bilimsel olarak tanımlanmıştır.
Pigme ispermeçet balinası, Kogiidae familyasının bilinen iki türünden birisidir. Genellikle denizlerde görünmezler ve bu tür hakkında bilinen çoğu şey gövdelerinin araştırmalarından gelmektedir.
Scrotifera, 5 farklı memeli takımını ve onların ortak atalarını içeren bir plasental memeli grubudur.Bunlar: Chiroptera, Carnivora, Pholidota, Perissodactyla ve Cetartiodactyla(geleneksel sınıflandırmada Artiodactyla ve Cetacea)takımlarını içerir. Scrotifera, Eulipotyphla'nın dışında kalan bir gruptur ve birlikte Laurasiatheria'yı oluştururlar. Scrotifera'nın son ortak atasının 73.1 ila 85.5 milyon yıl önce yaşadığı düşünülüyor.
Anthracotheriidae, su aygırları ve balinalarla ilişkili soyu tükenmiş, su aygırı benzeri çift toynaklıların parafiletik bir familyasıdır. En eski cins olan Elomeryx, ilk olarak Orta Eosen'de Asya'da ortaya çıktı. Familya Afrika ve Avrasya'da dağıldı ve birkaç tür Oligosen sırasında Kuzey Amerika'ya ulaştı.
Mesonyx, Eosen'de Kuzey Amerika ve Çin'de yaşamış bir mezonikid memeli cinsi.
Mesonychia, erken Paleosen ila Oligosen dönemleri arasında yaşamış arkaik toynaklı memelileri kapsayan bir etçil memeli grubudur.
Mezonikidler, Paleosen ile Oligosen devirleri arasında Avrupa, Asya ve Kuzey Amerika'da yaşamış etçil toynaklıları içeren bir familyadır.
Hyopsodus, Eosen döneminde Avrasya ve Kuzey Amerika'da yaşamış toynaklı memeli cinsi. Bu cinsin fosilleri, Kuzey Amerika'da, özellikle Amerika Birleşik Devletleri'nin Bighorn Havzası bölgesinde bulunmuştur. Hızlı ve çevik olduğuna, yuvalarda yaşadığına ve belki de ekolokasyonu kullanabildiğine inanılıyor.
Boreoeutheria, plasentalı memelilerin bir kladıdır. Grup iki kardeş taksondan oluşur: Laurasiatheria ve Euarchontoglires.
Andrewsarchus, Çin'in İç Moğolistan bölgesinde orta Eosen döneminde yaşamış, soyu tükenmiş bir plasentalı memeli cinsidir. Genellikle sadece bir tür tanınır, A. mongoliensis, 1923'te Amerikan Doğa Tarihi Müzesi Orta Asya'ya yapılan keşifler sırasında keşfedilen büyük boyutlu tek bir kafatasından bilinmektedir. Orijinal tanımından bu yana genellikle bir mezonikid olarak sınıflandırılırdı, ancak en son çalışmalar onu bir çift toynaklı olarak sınıflandırır. Bir çalışma, Andrewsarchus'u özellikle entelodontlar, su aygırları ve deniz memelileri ile yakından ilişkili olan Cetancodontamorpha soyunun bir üyesi olarak sınıflandırır.
Entelodontlar, batı bölgelerinde doğudan daha yaygın olmalarına ve geç Eosen'den erken Miyosen dönemlerine Avrasya'da daha yaygın olmalarına rağmen, Kuzey Amerika ormanlarında ve ovalarında yaşamış, domuz benzeri hepçil çift toynaklı ailesidir.
Basilosaurus, küçük arka ayaklara sahip bir Orta Eosen arkaik balinasıdır. Modern balinalarınki gibi küçük pelvis, omur sütununa olan bağlantısını kaybetmiştir. Ön ayakları da küçüktür ve sadece dalgalı yüzmenin kontrolünde işlev görebilirdi. Bu yüzden, Basilosaurus, bir balina kuyruğuna sahip olmalıdır ve kendisi ile birlikte modern deniz memelilerinin hareket tarzı nihayet evrimleşmişti. Basilosaurus fosilleri; ABD, Fas, Pakistan, Ürdün, Tunus ve Mısır'da bulundu.
Protoceratidae, Eosen döneminden erken Pliyosen dönemine kadar Kuzey Amerika'da yaşamış bir çift toynaklı ailesidir.
Hapalodectes, Eosen döneminde Kuzey Amerika'da yaşamış mesonychian toynaklı memeli cinsidir.
Kondilartlar (Condylarthra), öncelikle Paleosen ve Eosen dönemlerinden bilinen, soyu tükenmiş plasentalı memelilerin resmi olmayan bir grubudur - daha önce bir takım olarak kabul edilmiştir. Erken, ilkel toynaklılar olarak kabul edilirler. Artık, Perissodactyla veya Cetartiodactyla'nın bir parçası olarak açıkça belirlenmemiş olan toynaklıları sınıflandırmak için bir çöplük olarak hizmet eden ve bu nedenle birçok ilgisiz soydan oluşan bir çöp sepeti taksonu olarak kabul edilmektedir.
Laurasiatheria, Eulipotyphla takımı ile Scrotifera kladını içeren bir plasentalı memeliler üst takımıdır. Kardeş grubu Euarchontoglires ile birlikte Boreoeutheria magna takımını oluşturur. Laurasiatheria taksonu içinde sınıflandırılan hayvanların benzer gen dizilimlerine dayanarak keşfedildi. Grubu birleştirmek için ortak anatomik özellikler henüz ortaya konmadı. Laurasiatheria kladı DNA dizilim analizleri ve retrotranspozon varlık/yokluk verilerine göre temellendirildi. Üst takım, Pangea bölünmeye başladıktan sonra Gondvana'dan ayrılan Lavrasya süperkıtasında ortaya çıktı. En son ortak atasının yaklaşık olarak 76 ila 90 milyon yıl önce soyunun ayrıldığı varsayılmaktadır.
