Jüpiter'in bilinen 95 doğal uydusu vardır. Bu uydular yörüngeleri, boyut ve fiziksel özellikleri ve bu verilere göre tahmin edilebilecek oluşum mekanizmaları ile çok büyük çeşitlilik göstermektedir. Jüpiter'in, halkaları, manyetik alanı ve uyduları ile birlikte oluşturduğu ve küçük bir güneş sistemini andıran bu karmaşık yapı, Güneş Sistemi'nin evrimini aydınlatabilecek çok sayıda ipuçları barındırmaktadır. İç uyduları olan İo, Europa, Ganymede ve Callisto büyük ve aydın iken diğerleri soluk ve küçüktür.
İo veya Io, Jüpiter'in Galilei uydularından yörüngesi en içte bulunanı ve üçüncü en büyük olanıdır. Güneş Sisteminin en büyük dördüncü uydusudur. 1610 yılında Galileo Galilei tarafından keşfedilmiştir. Adını Yunan mitolojisinde Zeus'un sevgililerinden biri olan "Io" karakterinden alır. Güneş Sistemi'nde üzerinde sürekli olarak gazlar ve lav püskürten yanardağlar bulunan tek uydudur.
Europa, Jüpiter'in yörüngesinde bulunan dört Galilei uydusunun en küçüğüdür. Galileo Galilei tarafından keşfedilen dört büyük uydudan gezegene yakınlık açısından ikinci sırada bulunur, bu nedenle Jüpiter'in "II" numaralı uydusu olarak adlandırılmıştır. Jüpiter'in bilinen 80 uydusu arasında gezegene en yakın altıncı uydudur ve ayrıca Ay'dan biraz küçük olan 3.100 kilometrelik çapı ile Güneş Sistemi'ndeki altıncı en büyük uydudur. 1610 yılında Galileo Galilei tarafından keşfedildi ve adını Girit Kralı Minos'un Fenikeli annesi ve Zeus'un sevgilisi olan Europa'dan aldı.
Ganymede, Jüpiter'in doğal uydularından biridir. Jüpiter'in ve aynı zamanda Güneş Sistemi'nin en büyük uydusudur. Merkür gezegeninden çap olarak daha büyüktür, ancak kütlesinin yalnızca yarısı kadardır. Ganymede'nin yoğunluğu çok daha azdır. 7 Ocak 1610 tarihinde Galileo Galilei tarafından bulunmuş ve o dönemde tanımlanan 4 Galilei uydusu arasında gezegene yakınlık açısından üçüncü sırada bulunması nedeniyle Jüpiter'in 'III' numaralı uydusu olarak adlandırılmıştır. Galile Uyduları grubuna Io, Europa ve Callisto da dahildir.
Amalthea, Jüpiter'in doğal uydularından biridir. Düzenli iç yörünge grubunun üyesidir. Galilei uydularından sonra ilk bulunan Jüpiter uydusudur. Bu nedenle 'Jüpiter V' adını almıştır.
Elara, Jüpiter'in doğal uydularından biridir. Yörüngesi açısından Himalia düzensiz grubunun üyelerindendir. Charles Dillon Perrine tarafından 1905 yılında keşfedilmiştir. Jüpiter'in 8. en büyük uydusudur. İsmi Zeus'un sevgililerinden Elera'dan gelmektedir. 1975'e dek Jüpiter VII olarak adlandırılmıştır.
Triton, Neptün gezegeninin en büyük doğal uydusudur. 10 Ekim 1846'da İngiliz gök bilimci William Lassell tarafından keşfedilen ilk Neptün uydusuydu. Güneş Sistemi'nde, gezegeninin tersi yönünde bir yörüngeye sahip tek büyük uydudur. Ters yön yörüngesi ve Plüton'a benzer kompozisyonu nedeniyle Kuiper kuşağından yakalanan bir cüce gezegen olduğu düşünülmektedir.
Titan, Satürn'ün en büyük uydusu ve yoğun bir atmosferi olduğu bilinen tek doğal uydudur. Dünya dışında, yüzeyinde kararlı sıvı bulundurduğu kanıtlanan 2. gök cismi olan Titan'daki büyük su kütleleri gibi görünen okyanusların, metan gazının sıvı hali olduğu görülmüştür.
Galilei uyduları, Jüpiter'in en büyük dört uydusu olan Io, Europa, Ganymede ve Callisto'dur. Klasik gezegenlerin en sönüğü olan Satürn'den sonra çıplak gözle en kolay görülebilen Güneş Sistemi cisimleridir. Parlak Jüpiter'e olan yakınlıkları çıplak gözle gözlemi çok zorlaştırsa da, yüksek ışık kirliliği olan gece gökyüzü koşullarında bile sıradan dürbünlerle kolayca görülebilirler. Teleskobun icadı, uyduların 1610 yılında keşfedilmesini sağladı. Bu sayede, insanlar klasik gezegenleri takip etmeye başladığından beri keşfedilen ilk Güneş Sistemi cisimleri ve Dünya'nın ötesindeki herhangi bir gezegenin yörüngesinde bulunan ilk cisimler oldular.
Sinope, Jüpiter'in düzensiz uydularından birisidir. S. B. Nicholson tarafından 1914 yılında keşfedildi. İsmini Yunan mitolojisinden almıştır. Jüpiter'in birçok uydusu gibi Sinope de ismini 1975 yılına kadar almamıştır. Daha önceden Jüpiter IX veya Hades olarak isimlendirilmişti. Megaclite 2000 yılında keşfedilinceye kadar Jüpiter'in bilinen en uzaktaki uydusuydu.
Carme, Jüpiter'in düzensiz uydularından birisidir. Seth Barnes Nicholson tarafından Haziran 1938'de Mount Wilson Observatory Kaliforniya'da keşfedildi. Daha sonra Yunan Mitolojisinden Carme ismi verildi. Birçok Jüpiter uydusu gibi 1975'e kadar günümüzdeki ismi kullanılmadı, 1955-1975 arasında ise daha çok Jupiter XI olarak adlandırıldı. Bazen de "Pan" olarak isimlendirildi..
Ananke Jüpiter'in düzensiz uydularından birisidir. Seth Barnes Nicholson tarafından 1951 yılında keşfedildi ve mitolojik ihtiyaç, zorunluluk ve kader Tanrıçası Ananke'nin ismi verildi. Günümüzdeki ismini 1975'te almıştır. Daha önceden Jupiter XII olarak biliniyordu, şu anda Jüpiter'in başka bir uydusu olan "Adrastea" olarak da adlandırılırdı.
Adrastea veya Jüpiter XV, Jüpiter'in uzaklık bakımından ikinci, büyüklük bakımından dördüncü büyük uydusudur. Voyager 2 tarafından 1979 yılında fotoğraflanmıştır. Adını Yunan mitolojisi karakteri Adrastea'dan almıştır.
Leda (/ˈliːdə/) ya da Jupiter XIII bir Himalia grubu üyesidir ve sadece 14 km çapındadır. Jüpiter'in düzensiz bir uydusudur. Jüpiter etrafındaki bir tam turu 240,9 gün alır. Charles T. Kowal tarafından 1974 yılında keşfedilmiştir. İsmini 1975 yılında almıştır. Jüpiter'e çok uzak olmasına rağmen bu gezegene çarpma yörüngesinde olan bir kuyruklu yıldız hemen Leda'nın yanından geçmiştir.
Harpalyke, Jüpiter'in ters yön yörüngeye sahip düzensiz uydusudur. 2000 yılında Hawaii Üniversitesi'nden Scott S. Sheppard liderliğindeki bir grup astronom tarafından keşfedilmiş ve geçici olarak S/2000 J 5 adı verilmiştir. Ağustos 2003'te, bazı anlatılarda Zeus (Jüpiter) ile de sevgili olan, Clymenus'un ensest kızı Harpalyke'nin adını almıştır.
Ananke grubu, Jüpiter uydularının ters yön yörüngeli düzensiz bir grubudur. Ananke ile benzer yörüngeleri sebebiyle ortak bir kökene sahip oldukları düşünülmektedir.
Carme grubu Jüpiter uyduları arasında Carme ile benzer ters yön yörüngeli bir grup düzensiz uydudur. Benzer yörüngeleri ve yapıları sebebiyle ortak bir kökene sahip oldukları düşünülmektedir.
Jüpiter'in halkaları ya da Jüpiter halka sistemi, Güneş Sistemi'ndeki en büyük gezegen olan Jüpiter'in çevresinde bulunan halka sistemidir. Satürn ve Uranüs sistemlerinden sonra Güneş Sistemi'nde keşfedilen üçüncü halka sistemiydi. İlk olarak 1979'da Voyager 1 uzay aracı tarafından gözlemlendi ve 1990'larda Jüpiter yörüngesine giren Galileo uzay aracı tarafından araştırıldı. Hubble Uzay Teleskobu ve Dünya'dan da uzun süre gözlemlenmiştir. Halkaların Dünya'dan gözlemlenmesi, mevcut en büyük teleskopları gerektirir.
Pasiphae grubu, Pasiphae'ye benzer yörüngeleri takip eden ve ortak bir kökene sahip olduğu düşünülen, Jüpiter'in ters yön yörüngede hareket eden düzensiz uydularından oluşan bir gruptur.
Gezegen kütleli uydular, gezegen kütlesine sahip olan ancak aynı zamanda birincil başka bir gezegenin doğal bir uydusu olan gök cisimleridir. Şekilsel olarak oldukça büyük,elipsoit ya da küreseldirler. Uydular, kimi durumlarda bir yüzey altı okyanus oluşumu meydana getirebilecek gelgit veya radyojenik ısıma sebebiyle hidrostatik denge noktasında olabilirler. Güneş sisteminde yer alan iki doğal uydu olan Ganymede ve Titan, Merkür gezegeninden daha az kütleli olmakla birlikte daha büyüktür. Aynı zamanda cüce gezegenler Plüton ve Eris'ten daha büyük ve kütleli olan yedi adet doğal uydu bulunmaktadır.