Proteinler, bir veya daha fazla uzun amino asit artık zincirini içeren büyük biyomoleküller ve makromolekül'lerdir. Proteinler organizmalar içinde, hücrelere yapı ve organizmalar sağlayarak ve molekülleri bir konumdan diğerine taşıyarak metabolik reaksiyonları katalizleme, DNA kopyalama, uyaranlara yanıt verme dahil olmak üzere çok çeşitli işlevler gerçekleştirir. Proteinler, genlerinin nükleotit dizisi tarafından dikte edilen ve genellikle faaliyetini belirleyen özel 3D yapıya protein katlanmasıyla sonuçlanan amino asit dizilimlerinde birbirlerinden farklıdır.
Renk ya da tüs, ışığın gözün ağ katmanına değişik biçimde ulaşması ile ortaya çıkan bir algılamadır. Bu algılama, ışığın maddeler üzerine çarpması ve kısmen soğurulup kısmen yansıması nedeniyle çeşitlilik gösterir ki bunlar renk tonu veya renk olarak adlandırılır. Tüm dalgaboyları birden aynı anda göze ulaşırsa bu ak, hiç ışık ulaşmazsa kara olarak algılanır. İnsan gözü 380 nm ile 780 nm arasındaki dalga boylarını algılayabilir. Bu sebepten elektromanyetik spektrumun bu bölümüne görünür ışık denir. Renkler için genelde kulak ile duyulan ince ve kalın ses analojisi yapılsa da, ses algısının aksine aynı anda gelen ışık frekansları değişik kanallardan algılanamaz, dolayısıyla aynı anda ince ve kalın sesleri birbirine karıştırmadan duyulmasına karşın göz için bu "çok seslilik" söz konusu olmadığından, değişik ışık frekanslarının sadece kombinasyonları algılanabilir. Bu prensibi açıklamak veya pratik uygulamalarda kullanmak için çeşitli renk modelleri geliştirilmiştir.
Kromozom, ; DNA'nın "histon" proteinleri etrafına sarılmasıyla, yoğunlaşarak oluşturduğu, canlılarda kalıtımı sağlayan genetik birimlerdir. Kromozomlar mikrometre boyutunda olup hücre bölünmesinin metafaz aşamasında ışık mikroskobu ile görüntülenebilmektedirler.
Asit, pH derecesi 7'den düşük olup, değişen oranlarda yakıcı ve/veya aşındırıcı özelliğe sahip olan ve oldukça geniş kullanım alanına sahip kimyasal maddelere verilen isimdir. Suda çözündüklerinde hidrojen iyonu derişimini artırarak çözeltiyi asidik yapar. Mavi turnusol kâğıdının rengini kırmızıya çeviren asitlere eski Türkçede hamız veya ekşit denir.
Hücre bir canlının yapısal ve işlevsel özellikler gösterebilen en küçük birimidir. Hücre kelimesi, ; Latince küçük odacık anlamına gelen "cellula" kelimesinden Robert Hooke tarafından türetilmiştir. Hücrenin içerisinde "Solunum, Boşaltım, Beslenme, Sindirim" gibi yaşamsal faaliyetler gerçekleşir.
Pigment ya da boyar madde, suda tamamen veya hemen hemen çözünmeyen renkli bir malzemedir. Bunun tersine, boyalar genelde, en azından kullanımlarının bir aşamasında çözünürdür. Boyalar genellikle organik bileşik pigmentler ise genellikle inorganik bileşikdir. Tarih öncesi ve tarihi değeri olan pigmentler arasında koyu sarı, odun kömürü ve lapis lazuli bulunur. Sanayide olduğu kadar sanatta da kalıcılık ve istikrar istenen özelliklerdir. Kalıcı olmayan pigmentler kaçak olarak adlandırılır. Kaçak pigmentler zamanla veya ışığa maruz kaldıkça solarken bazıları sonunda kararır. Pigmentler boya, mürekkep, plastik, kumaş, kozmetik, gıda ve diğer malzemeleri renklendirmede kullanılır. İmalat ve görsel sanatlarda kullanılan çoğu pigment kuru renklendiricidir ve genellikle ince bir toz hâlinde öğütülür. Boyada kullanım için bu toz, pigmenti askıya alan görece nötr veya renksiz bir malzeme olan bağlayıcıya eklenir ve boyaya yapışkanlık verir. Genellikle aracında çözünmez olan bir pigment ile kendisi bir sıvı olan veya aracında çözünen boya arasında bir ayrım yapılır. Renklendirici, ilgili araca bağlı olarak bir pigment veya bir boya görevi görebilir. Bazı durumlarda pigment, bir metalik tuzla çözülebilir bir boyanın çökeltmesi ile boyadan üretilebilir. Oluşan pigmente göl pigmenti denir. Biyolojik pigment terimi, çözünürlüklerinden bağımsız olarak tüm renkli maddeler için kullanılır.
Nükleik asitler, bütün canlı hücrelerde ve virüslerde bulunan, nükleotid birimlerden oluşmuş polimerlerdir. En yaygın nükleik asitler deoksiribonükleik asit (DNA) ve ribonükleik asit (RNA)'dır. İnsan kromozomlarını oluşturan DNA milyonlarca nükleotitten oluşur. Nükleik asitlerin başlıca işlevi genetik bilgi aktarımını sağlamaktır.
Eozin katrandan elde edilen turuncu-pembe renkli bir boyadır.
Baz, suda iyonlaştıklarında ortama OH− (hidroksit) iyonu ve elektron çifti verebilen maddelerdir. Bazlar da, asitler gibi tehlikeli maddelerdir. Suda iyonlaştıklarında hidroksit (OH−) iyonu derişimini arttıran maddelere baz denir. Bilinen en güçlü baz Sezyum hidroksittir (CsOH).
Turnusol kâğıdı, kimyada kullanılan ayıraçlardan bir tanesidir. Çözeltilerdeki asit ve bazları ayırt etmekte kullanılır. Turnusol, asitle temas ettiğinde kırmızı, bazla temas ettiğinde mavi renk verir. Turnusol belirli likenlerden (kuzukulağı) elde edilen, içeriğinde orsein bulunan ve suda çözünen bir boyadır. Çözelti olarak veya bir filtre kâğıdına emdirilerek kullanılır. Bu kâğıda pH belirteci denir ve maddelerin asitliğini ölçmek için kullanılır. Mavi turnusol kâğıdı asidik ortamlarda kırmızıya ve kırmızı turnusol kâğıdı bazik ortamlarda maviye döner. Renk değişimi 4,5-8,3 pH aralığında menekşe tonlarında olur (25 °C'de). Turnusolün aktif maddesi eritrolitmindir. Düşük pH değerli maddeler asit olarak ve yüksek değerliler alkali olarak adlandırılır. Sadece asit ve bazlar değil, bazı çözünen tuzlar da turnusol kâğıdını mavi veya kırmızıya dönüştürür. Kuvvetli asit ve zayıf bazdan oluşan tuzlar asidik, zayıf asit ve kuvvetli bazdan oluşan tuzlar bazik özellik gösterdiğinden turnusolü boyarlar (hidroliz).
Boşaltım veya atılım, metabolik atıkların organizmadan atıldığı bir süreçtir. Omurgalılarda bu işlem öncelikle akciğerler, böbrekler ve deri tarafından gerçekleştirilir. Boşaltım, maddenin hücreyi terk ettikten sonra belirli görevleri olabileceği salgılamanın tersidir. Boşaltım, tüm yaşam formlarında önemli bir süreçtir. Örneğin memelilerde idrar, boşaltım sisteminin bir parçası olan üretra yoluyla dışarı atılır. Tek hücreli organizmalarda, atık ürünler doğrudan hücre yüzeyinden boşaltılır.
Kabartma tozu, karbonat veya bikarbonat ve bir zayıf asit karışımı kuru kimyasal bir mayalandırma maddesidir. Kabartma tozu pişirilen gıdaların hacmini artırmak ve hafifletmek için kullanılmaktadır. Toz, karbondioksit gazını sulu bir hamur ile karışmasıyla veya bir asit-baz reaksiyonu yoluyla hamur haline getirerek ıslak karışımdaki kabarcıkların genleşmesini ve böylelikle karışımın şişmesini sağlar.
Malahit yeşili, trifenilmetan boyalardan parlak yeşil katyonik bir boyadır. İlk kez 1877 yılında kimyager Otto Fischer tarafından sentezlendi. 1878 yılında Oskar Doebner de, Fischer'den bağımsız olarak aynı boyayı elde etti.
Mycobacterium ya da Mycobacteriaceae; aside dirençli, uzun veya kısa çomaklar halinde, hareketsiz, sporsuz, kapsülsüz ve aerobik özelliğe sahip mikroorganizmalardır. Mikobakteriler standart hücre duvarı yapısına sahip değildirler ve gram pozitif veya gram negatif olarak sınıflandırılamazlar. Bilinen anlamda kapsül bulunmamasına rağmen hücre duvarlarında çok fazla lipid bulunur. Bu madde mikroorganizmayı hem çevresel koşulların etkisinden korur hem de normal boyalarla boyanamama özelliğini de meydana getirir. Bu nedenle mikobakterileri boyamak için alttan hafifçe ısıtılmaları gerekir.
Mavi, çakır veya gök, resim boyamada ve geleneksel renk teorisi ve RGB renk modelindeki üç ana renkler pigmentlerinden biridir. Görünür ışığın tayfı üzerinde menekşe ve yeşil arasında uzanır. Göz yaklaşık 450 ile 495 nanometre arasında baskın dalga boyu olan ışığı gözlemlerken maviyi algılar. Çoğu mavi, diğer renklerin hafif bir karışımını içerir; gök mavisi biraz yeşil içerirken lacivert biraz menekşe içerir. Açık gündüz gökyüzü ve derin deniz Rayleigh saçılması olarak bilinen optik bir etki nedeniyle mavi görünür. Tyndall etkisi adı verilen bir optik etki, mavi gözler 'i açıklar. Havadan perspektif adı verilen başka bir optik etki nedeniyle uzaktaki nesneler daha mavi görünür. Karşıt rengi turuncu'dur.
Hematoksilen - Eozin Boyama, rutin incelemelerde ve patoloji laboratuvarlarında vazgeçilmez bir histolojik boyama tekniğidir. Temel prensibi, mavi-mor renk veren hematoksilen ile, pembemsi kırmızı renk veren eozin'in hücreleri boyamasıdır.
Potasyum ferrisiyanür K3[Fe(CN)6] formülü ile gösterilen inorganik bileşiktir. Bu parlak kırmızı tuz, oktahedral olarak koordine edilmiş [Fe(CN)6]3− iyonu içerir. Suda çözünür ve çözeltisi bir miktar yeşil-sarı flüoresans gösterir. 1822 yılında Leopold Gmelin tarafından keşfedilmiştir ve başlangıçta ultramarin boyalarının üretiminde kullanılmıştır.
Giemsa boyası, adını Alman kimyager ve bakteriyolog Gustav Giemsa'dan alan, sıtma ve diğer parazitlerin histopatolojik tanısında ve sitogenetikte kullanılan bir nükleik asit boyasıdır.
Laboratuvarda boyama, numunelerde genellikle mikroskobik düzeyde kontrastı artırmak için kullanılan tekniktir. Boyalar, histolojide, sitolojide ve hastalıkların mikroskobik düzeyde incelenmesine ve teşhisine odaklanan histopatoloji, hematoloji ve sitopatoloji gibi tıp alanlarında sıklıkla kullanılır. Boyalar biyolojik dokuları, hücre tiplerini veya tek tek hücreler içindeki organelleri tanımlamak için kullanılabilir.
Asit füksin veya Acid Violet 19, moleküler formül C20H17N3Na2O9S3 olan ve histolojide yaygın olarak kullanılan asidik magenta boyasıdır. Füksin(en) molekülünün sodyum sülfonatlı türevidir. Masson Trikrom Boyasında kullanılan boyalardan biridir. Bu boya genellikle hücre ve çekirdeklerini boyayarak kasları kollajenlerden ayırt etmek için kullanılır. Kaslar bu boya ile kırmızı renk alır. Karşı Boyaları(en) olan Metil Mavisi ve Light green SF birlikte kullanılabilir ki bunlar kollajenleri yeşil veya maviye boyar. Bakterilerin tanımlanmasında da kullanılabilir.
