İçeriğe atla

BioLinux

BioLinux aşağıdaki metodların birini veya birden fazlasını kullanarak bir Linux platformunda biyoinformatik yazılımlarına erişimi daha kolay yapmayı hedefleyen çeşitli projeler için kullanılan terimdir:

  • Komple sistem temini
  • Biyoinformatik yazılım depolarının sağlanması
  • Biyoinformatik paketlerin standart dağıtımlara eklenmesi
  • Biyoinformatik yazılımlarını içeren Live DVD / CD'ler
  • Topluluk oluşturma ve destek sistemleri

Artık hem Linux sistemlerinde hem de diğer Unix sistemlerinde benzer amaçlara sahip çeşitli projeler var ve bunların bir kısmı aşağıda verilmiştir. Ayrıca, Kanada Biyoinformatik Yardım Masası Bülteni'nde[1] bazı Linux tabanlı projelerin ayrıntılarını içeren bir özet bulunmaktadır.

Paket depoları

Red Hat

Paket depoları genellikle biyoinformatikçinin kullandığı Linux dağıtımına özgüdür. Biyoinformatik çalışmalarında bir dizi Linux çeşidi yaygındır. Fedora, ticari Red Hat sisteminin serbest dağıtılmış bir sürümüdür. Red Hat, ticari destek ve eğitim paketleri sundukları için kurumsal dünyada yaygın olarak kullanılmaktadır. Fedora Core, topluluk tarafından desteklenen bir Red Hat türevidir ve Red Hat'in sistemini sevip fakat ticari desteğe ihtiyaç duymayanlar arasında popülerdir. Biyoinformatik uygulamalarının çoğu kullanıcısı, Red Hat Enterprise Linux sistemlerine yükleyebilenebilmesi olası Fedora ile çalışmak üzere tasarlanmış RPM'ler (Red Hat'in paket formatı) üretmiştir. Mandriva ve SUSE gibi diğer dağıtımlar da RPM kullanır, bu nedenle bu paketler bu dağıtımlar üzerinde de çalışabilir.

Debian

Debian, pek çok akademik kurumda kullanılan çok popüler bir Linux dağıtımıdır ve bazı biyoinformatikçiler bu dağıtım için kendi yazılım paketlerini deb formatında kullanıma sunmuşlardır.

Slackware

Slackware daha az kullanılan Linux dağıtımlarından biridir . Linux işletim sistemi hakkında daha iyi bilgiye sahip olan ve mevcut çeşitli GUI'lerden ise komut satırını tercih edenler arasında popülerdir. Paketler tgz veya tgx formatındadır. Slackware'e dayanan en yaygın kullanımdaki dağıtım Slax'dır ve biyoinformatik dağılımların çoğu için bir üs olarak kullanılmıştır.

  • BioSLAX

Apple / Mac

Pek çok Linux paketi Mac OS X ile uyumludur ve seçilen Linux paketlerini (bioinformatik yazılımı dahil) Mac OS X çalıştıran bir bilgisayara kurmayı kolaylaştıran birçok proje vardır (kaynak? )

Live DVD / CD

Live DVD'ler veya CD'ler, bir CD / DVD sürücüsünden çalıştıkları için biyoinformatik işlevleri sağlamak için ideal bir yol değildir. Bu, geleneksel bir sabit disk kurulumundan daha yavaş olduklarını ve yapılandırılma yeteneklerinin kısıtlı olduğu anlamına gelir. Buna rağmen, başka hiçbir Linux erişiminin mevcut olmadığında geçici çözümler sunmak için uygun olabilir ve hatta Linux kurulumu için temeli olarak kullanılabilir.

İyi biyoinformatik desteği olan standart dağıtımlar

Genel olarak, Linux dağıtımları geniş bir yelpazede resmi paketlere sahiptir, ancak bu genellikle bilimsel destek yöntemini içermez. Aşağıda ayrıntılandırılanlar gibi istisnalar vardır.

Gentoo Linux

Gentoo Linux, uygulamaları kaynak kodundan alan ebuild'ler şeklinde 156'nın üzerinde biyoinformatik uygulaması (ana ağaçtaki Gentoo bilim biyolojisi sürüsü 26 Şubat 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. ) sunar. Ek 315 paket Gentoo bilim yer paylaşımında 26 Şubat 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. (test için) mevcuttur.

Mükemmel topluluk desteğine sahip çok esnek bir sistem olmasına rağmen, kaynaktan yükleme zorunluluğu, Gentoo sistemlerinin kurulmasının yavaş olduğu ve ciddi bakım gerektirdiği anlamına gelir.İkili paketler üretmek için merkezi bir sunucu kullanarak derleme süresinin bir kısmını azaltmak mümkündür. Diğer taraftan, işlemcinizin en iyisini kullanarak en yüksek hızda çalışacak şekilde ince ayar yapabilirsiniz (örneğin, aslında SSE ve AVX ve AVX2 CPU talimatlarını kullanılabilir). İkili tabanlı dağıtımlar genellikle yalnızca i686 veya yalnızca i386 komut setleri kullanan ikili dosyalar sunar.

FreeBSD

FreeBSD bir Linux dağıtımı değildir fakat Unix'in bir versiyonu olduğu için Linux'e çok benzerdir. Portları Gentoo'nun ebuild'lerine benziyor ve aynı uyarılar geçerli. Bununla birlikte, önceden derlenmiş ikili paketler de mevcuttur. 60'ın üzerinde biyolojik bilimler uygulaması vardır ve bunlar Taze Portlar[2] sitesinde listelenmiştir.

Debian

Yüzün üzerinde biyoinformatik paket standart Debian kurulumunun bir parçası olarak sunulur. NEBC Bio-Linux[3] paketleri, bio-linux taban paketi kurulduğu sürece, standart bir Debian sistemine kurulabilir. Bu, diğer paketlerimizin yazılımlarını yüklediği bir / usr / local / bioinf dizini oluşturur. Debian paketleri, Ubuntu Linux veya diğer Debian kaynaklı kurulumlarda da çalışabilir.

Topluluk oluşturma ve destek sistemleri

Destek ve dokümantasyon sağlamak, herhangi bir BioLinux projesinin önemli bir parçası olmalıdır; böylece BT uzmanı olmayan bilim insanlarının, spesifik sorunlarına hızlı bir şekilde cevap verilmiş olunur. Destek forumları veya e-posta listeleri de araştırma topluluğundaki bilgileri yaymak için kullanışlıdır. Bu kaynaklardan bazıları buraya bağlıdır.

Ayrıca bakınız

  • Açık kaynaklı biyoinformatik yazılımı listesi
  • Biyomedikal sibernetik yazılımı listesi

Kaynakça

  1. ^ overview in the Canadian Bioinformatics Helpdesk Newsletter 15 Aralık 2005 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. Webarşiv şablonunda hata: |url= value. Boş.
  2. ^ "Fresh Ports". 26 Şubat 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 26 Şubat 2019. 
  3. ^ "NEBC Bio-Linux". 22 Nisan 2006 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 26 Şubat 2019. 

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Linux</span> Bir işletim sistemi çekirdeği

Linux ; Linux çekirdeğine dayalı, açık kaynak kodlu, Unix benzeri bir işletim sistemi ailesidir. GNU Genel Kamu Lisansı versiyon 2 ile sunulan ve Linux Vakfı çatısı altında geliştirilen bir özgür yazılım projesidir. Linux ismi ilk geliştiricisi olan Linus Torvalds tarafından 1991 yılında verilmiştir. Günümüzde süper bilgisayarlarda, akıllı cihazların ve internet altyapısında kullanılan cihazların işletim sistemlerinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Bunlardan en popüler olanı Google tarafından geliştirilen Android işletim sistemidir.

<span class="mw-page-title-main">Debian</span> Linux çekirdeği kullanan işletim sistemi

Debian, 1993 yılında başlatılmış, Dünya'nın çeşitli bölgelerindeki gönüllüler tarafından hazırlanan; GNU/Hurd, GNU/Linux gibi farklı çekirdek seçeneklerine dayalı tamamen özgür bir Linux dağıtımıdır. En yaygın GNU/Linux dağıtımlarından biri konumundaki Debian, aynı zamanda Elive, Knoppix, Linux Mint, Mepis, Pardus, Parsix, Ubuntu, Peppermint OS ve Xandros gibi birçok GNU/Linux dağıtımına da kaynak teşkil etmekte ve Google başta olmak üzere iyi tanınan birçok Web sitesinde de tercih edilmektedir. Debian, farklı işletim sistemi çekirdekleriyle birlikte AMD64, ARM, DEC Alpha, i386, IA-64, PowerPC, SPARC, MIPS, HPPA, S390 gibi çok sayıda donanım platformunda da çalışabilmektedir. Desteklediği donanım ve çekirdek zenginliğinin yanı sıra Debian'ı diğer dağıtımlara nispetle özgün kılan en önemli husus, dağıtım kapsamındaki yazılımların bütünüyle özgür lisans şartlarına sahip olması, yazılım özgürlüğünü denetlemek ve sürekli kılmaya yönelik bir Debian Sosyal Sözleşmesi'nin bulunmasıdır.

Linux dağıtımı ; Linux çekirdeği, GNU araçları ve bir masaüstü ortamının bir araya gelmesiyle, bu birlikteliği sürdürülebilir şekilde yönetecek bir yapılandırma araçları seti, yazılım güncelleme araçları vb. ile oluşturularak tam teşekküllü bir işletim sistemi haline gelen uygulamalar bütününü ifade eder.

<span class="mw-page-title-main">Gentoo Linux</span> kaynak kod temelli bir GNU/Linux dağıtımı

Gentoo, kaynak kod temelli bir Linux dağıtımıdır. Kaynak kod tabanlı kurulumunun zorluğu sebebiyle, diğer Linux dağıtımları kadar popüler olamasa da; kaynak kurulumlu dağıtımlar arasında en popüleridir. Özelleşmiş Linux dağıtımları hazırlanırken temel olarak kullanılmaya uygundur. Gentoo, adını bir çeşit penguen olan Gentoo Pengueni'nden almıştır.

<span class="mw-page-title-main">Knoppix</span>

Knoppix, Debian işletim sistemi üzerinde kurulmuş bir Linux dağıtımıdır. En önemli özelliği ise sabit diske kurulum gerektirmeden, canlı sistem olarak çalışabilmesidir. İşletim sisteminin tüm paket ve dosyaları CD/DVD üzerinden okunarak bilgisayarın geçici belleğine (RAM'de) yazılır. Dolayısıyla CD/DVD'de sıkıştırılmış halde bulunan işletim sistemi her açılışta tekrar çözülerek başlatılır.

<span class="mw-page-title-main">Fedora Linux</span> GNU/Linux dağıtımı

Fedora Linux, açık kaynak kodlu ve özgür bir Linux dağıtımı. Dünya çapında bir özgür yazılım topluluğu olan Fedora Projesi tarafından geliştirilmekte ve yönetilmekte, Red Hat tarafından desteklenmektedir.

Debian Sosyal Sözleşmesi, Debian projesinin ahlaki çerçevesini belirleyen bir belgedir. Sözleşmenin bir parçası olan Debian Özgür Yazılım Yönergeleri (DFSG), uyulacağı kabul edilen tahaddütler olarak hazırlanmış, ardından Açık Kaynak Tanımı'nın temelleri olarak özgür yazılım topluluğuna bırakılmıştır.

<span class="mw-page-title-main">Red Hat Linux</span>

Red Hat Linux, Red Hat firmasının 1995 ve 2004 yılları arasında geliştirdiği, döneminin popüler Linux tabanlı işletim sistemidir. Geliştirici firma, Red Hat Linux dağıtımından farklı olarak 2000 yılından itibaren ticari kullanıma yönelik ücretli Red Hat Enterprise Linux dağıtımını yayınlamaya başlamış, ücretsiz Red Hat Linux projesine ise 2004 yılında son vermiştir. Firma Red Hat Linux projesine son vermeden önce 2003 yılında; artık açık kaynak sürüm çıkartmayacağını, bunun yerine hiçbir kâr amacı gütmeyen ve mevcut Red Hat kaynağını alıp geliştirecek bir organizasyona destekçi olacağını açıkladı. Böylelikle topluluk destekli Fedora dağıtımı ortaya çıkmıştır.

<span class="mw-page-title-main">Slax</span>

Slax, Linux işletim sistemi barındıran küçük bir çalışan işletim sistemidir. Herhangi bir kuruluma ihtiyaç duymadan CD veya USB bellek üzerinden direkt olarak çalışır. Slax, Slackware Linux dağıtımı tabanlı bir işletim sistemidir.

<span class="mw-page-title-main">Xgl</span>

Xgl, X Pencere Sistemi için geliştirilmiş ve günümüzde artık kullanılmayan bir görüntü sunucusudur; zamanının modern ekran kartlarının OpenGL sürücüleriyle birlikte sağladığı avantajları X Pencere Sistemi'ne kazandırabilmek amacıyla tasarlanmıştır. Linux masaüstüne çeşitli şeffaflaştırma, gölgelendirme, animasyon gibi görsel ögelerin ilâve olmasını sağlar. Bu ögelerin kullanılması, ekran kartını kullandığı için, işlemci gücüne ihtiyaç duymaz, böylece uygulanan efektler sistemin performansını düşürmez.

gOS Ubuntu temelli işletim sistemi

gOS, Debian dağıtımını temel alan Ubuntu dağıtımının, GNOME masaüstü ortamı yerine Enlightenment masaüstü ortamını kullanan bir sürümüdür. gOS aynı zamanda GNU/Linux dağıtımıdır. Ubuntu projesinin bir parçası sayılabilir ve aynı temeli kullanır.

<span class="mw-page-title-main">Nexenta OS</span>

Nexenta OS OpenSolaris projesi ile Oracle firmasının Solaris'in kaynak kodlarını açmasından sonra ortaya çıkan OpenSolaris dağıtımıdır. Nexenta OS, Solaris (SunOS) çekirdeğine sahiptir.

<span class="mw-page-title-main">LXDE</span> Masaüstü ortamı

LXDE, Unix benzeri işletim sistemleri için geliştirilen özgür ve açık kaynak kodlu bir masaüstü ortamıdır.

<span class="mw-page-title-main">Sabayon Linux</span> Gentoo tabanlı bir linux dağıtımı

Sabayon Linux veya Sabayon, Gentoo tabanlı bir linux dağıtımıdır. Gentoo'dan farklı olarak, Sabayon önceden derlenmiş olarak kurulur. x86 ve x86 64 işlemci mimarilerini desteklemektedir.

<span class="mw-page-title-main">UNetbootin</span>

UNetbootin, çeşitli Linux dağıtımlarının kalıp dosyasını bir USB belleğe yazdırarak, bilgisayar açılışında başlatılabilir özellikli Çalışan USB oluşturulmasını sağlayan çoklu platform destekli, özgür ve ücretsiz bir yazılımdır.

<span class="mw-page-title-main">Linux-libre</span>

Linux-libre, Linux çekirdeğinin değiştirilmiş sürümlerinden sağlanan bir GNU paketi ve işletim sistemi çekirdeğidir. Bu tasarının hedefi kaynak kodu olmayan, kod şaşırtması bulunan ve özgür olmayan her yazılımın Linux çekirdeğinden çıkarılmasıdır.

<span class="mw-page-title-main">RPM Paket Yöneticisi</span>

RPM Paket Yöneticisi ücretsiz ve açık kaynaklı bir paket yönetim sistemidir. RPM adı, .rpm dosya biçimini ve paket yöneticisi programının kendisini ifade eder. RPM, öncelikle Linux dağıtımları için tasarlanmıştı; dosya formatı, Linux Standard Base'in temel paket formatıdır.

Bu sayfada, kategorize edilmiş bir liste şeklinde önemli Linux dağıtımları hakkında genel bilgiler mevcuttur. Dağıtımlar, kökü olan ana dağıtım veya paket yönetim sistemine göre sınıflandırılır.

1980'lerde, çoğu dijital adli tıp araştırması, dijital medyayı doğrudan uzman olmayan araçlar kullanarak inceleyen "canlı analizden" oluşuyordu. 1990'larda, araştırmaların medyayı değiştirmeden gerçekleşmesine izin vermek için birkaç ücretsiz yazılım ve diğer özel araçlar oluşturuldu. Bu ilk araç seti temel olarak adli bilişime odaklandı, ancak son yıllarda mobil cihaz adli tıp alanında benzer araçlar gelişti. Bu liste, dijital adli araçların kayda değer örneklerini içerir.

<span class="mw-page-title-main">TeX Live</span> TeX ve ilgili uygulamaların dağıtımı

TeX Live, platformlar arası, ücretsiz bir yazılımdır. TeX ile ilgili başlıca programları, makro paketlerini ve yazı tiplerini içeren TeX dizgi sistemi için yazılım dağıtımıdır. Artık desteklenmeyen muadili teTeX'in yerine geçmiştir.


Bu sayfa, bu Vikipedi makalesine dayanmaktadır.
Metin, CC BY-SA 4.0 lisansı altında mevcuttur; ek koşullar uygulanabilir.
Görseller, videolar ve sesler kendi lisansları altında mevcuttur.