İçeriğe atla

BacDive

BacDive
İçerik
AçıklamaBakteriyel ve arkea suşlar hakkında bilgi
Yakalanan veri türlerimetaveri
İletişim
Araştırma merkeziLeibniz Institute DSMZ - German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH
Birincil alıntıPMID 34718743
Yayın tarihi2012
Erişim
İnternet sitesihttp://bacdive.dsmz.de/
Web hizmeti bağlantısıhttps://api.bacdive.dsmz.de/

BacDive (the Bacterial Diversity Metadatabase, Türkçe: Bakteriyel Çeşitlilik Metaveritabanı), bakteriyel ve arkeal biyoçeşitlilik hakkında suş bağlantılı bilgi sağlayan bir bakteriyel metaveritabanıdır.

Giriş

BacDive, taksonomi, morfoloji, fizyoloji, çevre ve moleküler biyoloji gibi farklı türde meta veriler için bir kaynaktır.[1][2][3][4][5][6][7][8] Verilerin çoğu manuel olarak açıklanmış ve düzenlenmiştir. Aralık 2022'deki sürümle BacDive, 19.313 tip suş dahil olmak üzere 93.254 suş için bilgi sunmaktadır.

Veritabanı, Leibniz Enstitüsü DSMZ - German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH tarafından barındırılmaktadır ve Alman Biyoinformatik Altyapı Ağı de.NBI'nin yanı sıra Avrupa Biyoinformatik Ağı Elixir'in bir parçasıdır. Aralık 2022'de BacDive, Global Biodata Coalition tarafından Global Core Biodata Resource (GCBR) olarak seçilmiştir. GCBR'ler, yaşam bilimleri ve biyotıp alanındaki küresel araştırma çabaları için kritik veri kaynakları olarak kabul edilmektedir.

İçerik

Veritabanı

Veri tabanının Aralık sürümü, "İsim ve taksonomik sınıflandırma", "Morfoloji", "Kültür ve büyüme koşulları", "Fizyoloji ve metabolizma", "İzolasyon, örnekleme ve çevresel bilgiler", "Güvenlik bilgileri", "Dizi bilgileri" ve "Suş mevcudiyeti" kategorilerine ayrılmış 1000'den fazla farklı veri alanını kapsıyordu. Veri tabanı, ilgili suş ve referansla bağlantılı 1.922.166 girişten oluşmaktadır.[9] Veriler, kültür koleksiyonlarının dahili açıklamalarından, uzmanlarca derlenen derlemelerden ve tür açıklamaları gibi birincil bilimsel literatürden alınmıştır.

Veri erişimi

Verilere bir GUI veya RESTful web hizmeti aracılığıyla erişilebilir. Kullanıcı GUI'yi kullanarak suşları isim, Kültür koleksiyon numarası, NCBI Vergi Kimliği veya INSDC sekans erişim numarasına göre aramak için basit bir arama arasında seçim yapabilir veya kullanıcı 130 veri alanında arama yapılmasını sağlayan ve birkaç alanı birleştirerek karmaşık sorgulara fırsat veren gelişmiş aramayı kullanabilir. Veriler PDF formatında (tek suşlar için) veya daha büyük veri setleri için CSV formatında (çoklu suşlar için) indirilebilir. RESTful web hizmeti portalı aracılığıyla BacDive içeriğine otomatik olarak erişilebilir (ücretsiz kayıt gereklidir).API kullanımını desteklemek için Python ve R dillerinde yazılım istemcileri mevcuttur.

Diğer veritabanları

BacDive'ın odağı dışında kalan veriler için, suşla ilişkili verileri sağlayan diğer veritabanlarına bağlantılar verilmiştir:

Kaynakça

  1. ^ Söhngen, C; Boyke, B; Podstawka, A; Gleim, D; Overmann, J (13 Ekim 2013). "BacDive - The Bacterial Diversity Metadatabase". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue). ss. D592-D599. doi:10.1093/nar/gkt1058. PMC 3965005 $2. PMID 24214959. 
  2. ^ Fernández-Suárez, X. M.; Rigden, D. J.; Galperin, M. Y. (5 Aralık 2013). "The 2014 Nucleic Acids Research Database Issue and an updated NAR online Molecular Biology Database Collection". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue). ss. D1-D6. doi:10.1093/nar/gkt1282. PMC 3965027 $2. PMID 24316579. 
  3. ^ Cohan lab (23 Ekim 2015). "DSMZ's BacDive Bacterial Diversity Database". 7 Mayıs 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 6 Mayıs 2016. 
  4. ^ Abu-Jamous, Basel; Fa, Rui; Nandi, Asoke K. (2015). Integrative Cluster Analysis in Bioinformatics. John Wiley & Sons. s. 448. ISBN 9781118906552. 
  5. ^ Zhulin, I. B. (1 Ağustos 2015). "Databases for Microbiologists". Journal of Bacteriology. 197 (15). ss. 2458-2467. doi:10.1128/JB.00330-15. PMC 4505447 $2. PMID 26013493. 
  6. ^ Söhngen, C; Podstawka, A; Boyke, B; Gleim, D; Vetcininova, A; Reimer, LC; Ebeling, C; Pendarovski, C; Overmann, J (30 Eylül 2015). "BacDive - The Bacterial Diversity Metadatabase in 2016". Nucleic Acids Research. 44 (Database issue). ss. D581-D585. doi:10.1093/nar/gkv983. PMC 4702946 $2. PMID 26424852. 
  7. ^ Reimer, LC; Vetcininova, A; Sardà Carbasse, J; Söhngen, C; Gleim, D; Ebeling, C; Overmann, J (17 Eylül 2018). "BacDive in 2019: bacterial phenotypic data for High-throughput biodiversity analysis". Nucleic Acids Research. 47 (Database issue). ss. D631-D636. doi:10.1093/nar/gky879. PMC 6323973 $2. PMID 30256983. 
  8. ^ Reimer, LC; Sardà Carbasse, J; Koblitz, J; Ebeling, C; Podstawka, A; Overmann, J (7 Ocak 2022). "BacDive in 2022: the knowledge base for standardized bacterial and archaeal data". Nucleic Acids Research. 50 (Database issue). ss. D741-D746. doi:10.1093/nar/gkab961. PMC 8728306 $2. PMID 34718743. 
  9. ^ "DSMZ's BacDive Bacterial Diversity Database". 22 Aralık 2022. 16 Temmuz 2024 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 16 Temmuz 2024. 

Dış bağlantılar

İlgili Araştırma Makaleleri

Restriksiyon enzimi veya restriksiyon endonükleazı, çift zincirli DNA moleküllerindeki belli nükleotit dizilerini tanıyan ve her iki zinciri birlikte kesen bir enzim türüdür. Bu özel enzimler, bakteri ve arkelerde bulunurlar ve virüslere karşı bir savunma mekanizmasına aittirler. Konak bakteri hücresinde restriksiyon enzimleri seçici olarak yabancı DNA'ları keserler; konak DNA'yı restriksiyon enziminin etkinliğinden korunmak için bir değiştirme (modifikasyon) enzimi tarafından metillenir. Bu iki süreç toplu olarak restriksiyon modifikasyon sistemi olarak adlandırılır. Bir restriksiyon enzimi DNA'yı kesmek için DNA çift sarmalının her şeker-fosfat omurgasından birer kere olmak üzere iki kesme yapar.

Structural Classification of Proteins veritabanı, protein yapısal bölgelerinin amino asit dizleri ve üç boyutlu yapılarına dayanarak protein yapısal bölgelerinin (domain) elle yapılmış bir sınıflandırmasıdır. İlk kez 1995'te yayımlanmış olan bu veritabanı en az yılda bir yenilenmektedir.

Bir polimeraz, merkezî işlevi RNA ve DNA gibi nükleik asit polimerleri ile ilgili olan bir enzimdir. Bir polimerazın esas fonksiyonu, mevcut bir DNA veya RNA kalıbı kullanarak, ikileşme veya transkripsiyon süreci içinde, yeni bir DNA veya RNA'nın polimerizasyonudur. Bu enzimler, bir grup başka enzim veya protein eşliğinde, çözeltide bulunan nükleotitleri alırlar ve baz eşleşme etkileşimlerinden yararlanarak, bir polinükleotit iplikçiğin karşısında yeni bir polinükleotit iplikçiğinin sentezini katalizler.

Moleküler biyolojide 7SK, metazoan'da bol bulunan küçük bir nükleer RNA`dır. Pozitif transkripsiyon uzatma faktörünün P-TEFb kontrol transkripsiyonunu düzenlemede önemli bir rol oynar. 7SK kompleksinin stabilitesi ve fonksiyonunu düzenleyen diğer proteinler küçük bir nükleer ribonükleoprotein kompleksinde (snRNP) bulunur.

TERC olarak da bilinen telomeraz RNA bileşeni ökaryotlarda bulunan ve telomerazın bir bileşeni olan Kodlamayan RNA'dır. TERC, telomeraz ile telomer replikasyonu için bir kalıp görevi görür. Telomeraz RNA'ları dizi ve yapı açısından omurgalılar, siliatlar ve mayalar arasında büyük farklılıklar gösterir, ancak şablon dizisine yakın bir 5 'sahte düğüm yapıyı paylaşmaktadırlar. Omurgalı telomeraz RNA'larının, 3 'H / ACA snoRNA benzeri alanı vardır.

Arthrobacter bambusae bir Gram-pozitif, aerobik ve çubuk şeklinde olan bir Arthrobacter cinsi üyesi. Kore'de bir bambu koruluğunda izole edilmiştir. Açık gri bir renge sahiptir.

Paeniglutamicibacter cryotolerans, Aktinobakteriler sınıfından bir bakteri türüdür. Psikrotolerant, halotolerant, Gram-pozitif, hareketli ve fakültatif anaerobiktir. Bir basil-kok döngüsüne sahiptir.

Mycoplasma capricolum, Mikoplazma cinsinin üyesi olan bir bakteri türüdür. Öncelikle bir keçi patojeni olmakla birlikte koyun ve ineklerde de bulunmuştur.

Bu liste, nükleik asit simülasyonları için kullanılan bilgisayar programlarının bir listesidir.

LPSN, Prokaryotların nomenklatür ve taksonomileri hakkında bilgi sağlayan, taksonomik gereklilikleri ve Prokaryotların isimlendirilmesi için Uluslararası kuralları izleyen online bir veritabanıdır

Memeli Promotör Veritabanı (MPromDb) ChIP-SEQ sayesinde belirlenmiş gen promoterlerini içeren bir veriritabanıdır Yakın promotör bölgesi (akışyukarısına çekirdek promotör bölgesinin yukarısa) çoğu transkripsiyon faktörlerinin (TFS) cis-düzenleyici elementlerini ihtiva eder.

Pleomorfizm mikrobiyolojide bazı mikroorganizmaların çevresel koşullara tepki olarak morfolojilerini, biyolojik işlevlerini veya üreme modlarını değiştirme yeteneğidir. Deinococcaceae bakteri ailesinin bazı üyelerinde pleomorfizm gözlenmiştir. Bakteriyoloji bağlamında pleomorfizmin modern tanımı daha önce sanıldığı gibi bu karakterlerin kalıtsal bir değişikliğinden ziyade tek tek hücrelerin morfolojisinin veya fonksiyonel işlevlerinin varyasyonuna dayanmaktadır.

Mycobacterium microti

KEGG, genomlar, biyolojik yollar, hastalıklar, ilaçlar ve kimyasal maddelerle ilgili bir veritabanı koleksiyonudur. KEGG, genomik, metagenomik, metabolomik ve diğer omik çalışmalarındaki veri analizi, sistem biyolojisinde modelleme ve simülasyon ve ilaç geliştirmede translasyonel araştırma dahil olmak üzere biyoinformatik araştırma ve eğitim için kullanılır.

Chemical Entities of Biological Interest, kısaca ChEBI, Avrupa Biyoenformatik Enstitüsü'ndeki (EBI) Açık Biyomedikal Ontolojiler (OBO) çabasının bir parçası olan, 'küçük' kimyasal bileşiklere odaklanan moleküler varlıkların bir kimyasal veritabanı ve ontolojisidir. "Moleküler varlık" terimi, ayrı ayrı ayırt edilebilir bir varlık olarak tanımlanabilen, yapısal veya izotopik olarak farklı herhangi bir atom, molekül, iyon, iyon çifti, radikal, radikal iyon, kompleks, konformer vb. anlamına gelir. Söz konusu moleküler varlıklar ya doğal ürünler ya da potansiyel biyoaktiviteye sahip sentetik ürünlerdir. Proteolitik bölünme yoluyla proteinlerden türetilen nükleik asitler, proteinler ve peptidler gibi doğrudan genom tarafından kodlanan moleküller, kural olarak ChEBI'ye dâhil değildir.

<span class="mw-page-title-main">Helen M. Berman</span> Amerikalı kimyager

Helen Miriam Berman, Rutgers Üniversitesi'nde Kimya ve Kimyasal Biyoloji alanında Yönetim Kurulu Profesörü ve RCSB Protein Veri Bankası'nın eski yöneticisidir. Yapısal bir biyolog olan çalışmaları, protein-nükleik asit komplekslerinin yapısal analizini ve suyun moleküler etkileşimlerdeki rolünü içermektedir. Aynı zamanda Nükleik Asit Veritabanının kurucusu ve yöneticisidir ve Protein Yapısı Girişimi Yapısal Genomik Bilgi Tabanını yönetmiştir.

<span class="mw-page-title-main">Protein-protein etkileşimi</span>

Protein-protein etkileşimleri (PPE), iki veya daha fazla protein molekülü arasında kurulan yüksek spesifikliğe sahip fiziksel temaslardır. Hidrojen bağı, elektrostatik kuvvetler ve hidrojen bağı gibi etkileşimlerin yönlendirdiği biyokimyasal olaylardır.

ChEMBL veya ChEMBLdb, biyoaktif moleküllerin manuel olarak küratörlüğünü yapılan bir kimyasal veritabanıdır.

<span class="mw-page-title-main">Biyolojik veritabanı</span> biyolojik bilgi veritabanı

Biyolojik veritabanları, bilimsel deneylerden, yayınlanmış literatürden, yüksek verimli deney teknolojisinden ve hesaplamalı analizlerden toplanan biyolojik bilimler kütüphaneleridir. Genomik, proteomik, metabolomik, mikroarray gen ifadesi ve filogenetik gibi araştırma alanlarından bilgiler içerirler. Biyolojik veritabanlarında yer alan bilgiler arasında gen fonksiyonu, yapısı, lokalizasyonu, mutasyonların klinik etkilerinin yanı sıra biyolojik dizilerin ve yapıların benzerlikleri yer almaktadır.

Moleküler biyolojide 5' başlığı ökaryotlarda mRNA'ların 5' ucuna ters 5'-5'-trifosfat bağıyla eklenen bir 7-metilguanozin molekülüyken bakterilerde NADP gibi dinükleotit polifosfatlar bu işi görür. Transkripsiyonda mRNA'ya yapılan ilk değişikliktir.


Bu sayfa, bu Vikipedi makalesine dayanmaktadır.
Metin, CC BY-SA 4.0 lisansı altında mevcuttur; ek koşullar uygulanabilir.
Görseller, videolar ve sesler kendi lisansları altında mevcuttur.