Linux ; Linux çekirdeğine dayalı, açık kaynak kodlu, Unix benzeri bir işletim sistemi ailesidir. GNU Genel Kamu Lisansı versiyon 2 ile sunulan ve Linux Vakfı çatısı altında geliştirilen bir özgür yazılım projesidir. Linux ismi ilk geliştiricisi olan Linus Torvalds tarafından 1991 yılında verilmiştir. Günümüzde süper bilgisayarlarda, akıllı cihazların ve internet altyapısında kullanılan cihazların işletim sistemlerinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Bunlardan en popüler olanı Google tarafından geliştirilen Android işletim sistemidir.
Özgür yazılım, kullanıcısına yazılımı herhangi bir amaç için çalıştırma, inceleme, değiştirme ve dağıtma özgürlükleri tanıyan yazılım türüdür. Tersi, özel mülk yazılımdır.
GNU; çekirdeği, sistem araçlarını, açıcılarını, kütüphanelerini ve son kullanıcı yazılımlarını içeren, GNU Tasarısı kapsamında geliştirilen bir işletim sistemidir. İsminin açılımı "GNU's Not Unix" dir. Bu ismi almasındaki sebep de tasarımının Unix'e benzerken kendisinin özgür yazılım olması ve herhangi bir UNIX kodunu içermemesidir.
GNU Genel Kamu Lisansı yaygın kullanılan bir özgür yazılım lisansı. İlk sürümü 1989 yılında Richard Stallman tarafından GNU Tasarısı için kaleme alınmıştır. Üçüncü ve son sürüm ise Richard Stallman'ın yöneticisi olduğu Özgür Yazılım Vakfı (FSF), Eben Moglen ve Yazılım Özgürlüğü Hukuk Merkezi tarafından kaleme alındı ve özgür yazılım topluluklarının çeşitli itiraz ve katkılarıyla son hâlini aldı.
Açık kaynak, kaynak kodun; kopyalanması, değiştirilebilmesi ve yeniden dağıtım için serbestçe kullanıma sunulmasıdır. Açık kaynak yalnızca kaynak koda erişim anlamına gelmez. Kodların başkaları tarafından herhangi bir telif ücreti ödemeden kullanılabilmesi, değiştirilmesi ve yeniden dağıtımı gibi çeşitli haklar vermesi gerekir. Bunun için ürün, açık kaynak tanımına uyan bir lisans kullanmalıdır.
IBM, merkezi Armonk, New York, ABD'de olan, dünyanın en büyük bilişim teknolojisi şirketlerinden biridir. 410.000'i aşkın çalışanı ile 170'ten fazla ülkede faaliyet göstermektedir. Faaliyet gösterdiği alanlar arasında bilgisayar, middleware ve donanım üretimi, yazılım, internet barındırma hizmeti, kuantum hesaplama, bulut depolama, bulut bilişim, bulut veritabanı, yapay zekâ, otomasyon, robotik, sunucu servisleri, danışmanlık ve AR-GE bulunmaktadır. Dünyada her yıl en fazla yeni patent alan şirket durumundadır.
Fedora Linux, açık kaynak kodlu ve özgür bir Linux dağıtımı. Dünya çapında bir özgür yazılım topluluğu olan Fedora Projesi tarafından geliştirilmekte ve yönetilmekte, Red Hat tarafından desteklenmektedir.
Biyobilişim veya Biyoenformatik, biyolojinin çeşitli dalları, ancak özellikle moleküler biyoloji ile bilgisayar teknolojisini ve bununla ilişkili veri işleme aygıtlarını bünyesinde barındıran bilimsel disiplin. Bir diğer tanımla, karmaşık biyolojik verilerin derlenmesi ve analiz edilmesi bilimidir.
İstanbul Kültür Üniversitesi, 9 Temmuz 1997'de Bakırköy, İstanbul'da kurulan vakıf üniversitesidir.
GNU Tasarısı, toplu işbirliğini temel alan bir özgür yazılım tasarısıdır. Richard Stallman tarafından Massachusetts Teknoloji Enstitüsü'nde 27 Eylül 1983 tarihinde kamuoyuna duyurulmuştur. Tasarının hedefi işbirliği yoluyla özgür yazılımlar geliştirip dağıtarak bilgisayar kullanıcılarının bilgisayarlarını ve benzeri araçlarını kendi istekleri doğrultusunda özgürce kullanmalarını sağlamaktır. Bu tasarının temelinde kullanıcıların yazılımı çalıştırma, paylaşma, inceleme ve değiştirme konularında özgür olmaları yatar. GNU yazılımları bu özgürlükleri dağıtıldıkları lisans ile yasal olarak güvence altına alır, dolayısıyla GNU yazılımları özgür yazılımlardır.
Debian Özgür Yazılım Yönergeleri, Debian Projesinin bir yazılım lisansının özgür yazılım lisansı olup olmadığını belirlemek için kullandığı bir dizi yönergedir. Bir yazılım parçasının Debian'a dahil edilip edilemeyeceğini belirlemek için kullanılır. DFSG, Debian Sosyal Sözleşmesinin bir parçasıdır.
Çatal ya da çatallama, bir yazılım projesinin mevcut kaynak kodları kopyalanarak başlatılan yeni projeye verilen addır. Özgür yazılım alanında yaygın bir şekilde görülmekle birlikte özel mülk yazılımlarda da örnekleri görülebilir.
Dock, macOS işletim sisteminin grafiksel kullanıcı arayüzünün belirgin bir özelliğidir. Uygulamaları başlatmak ve çalışan uygulamalar arasında geçiş yapmak için kullanılır. Dock ayrıca macOS'ten önceki NextStep ve OpenStep işletim sistemlerinin öne çıkan bir özelliğidir.
Qt Extended kişisel sayısal asistanlar, video projeksiyon ve cep telefonları gibi Gömülü Linux tabanlı mobil bilgi işlem cihazları için bir uygulama platformudur. Digia'nın bir yan kuruluşu olan Qt Software tarafından geliştirildi. Ücretsiz yazılım olduğu için Qt Extended projesini iptal ettiklerinde topluluk bunun bir çatalını yarattı, geliştirdi. QtMoko Debian tabanlı dağıtım, Openmoko topluluğunun çabalarıyla sürdürülen bu projelerin doğal ardılıdır.
Halihazırda mevcut olan protein-ligand yanaştırma programlarının sayısı yüksektir ve son on yılda giderek artmıştır. Aşağıdaki liste, en yaygın yanaştırma programlarının bir listesidir. Bu liste programların ilgili yayın yılı, ilgili kuruluş veya kurumu, web hizmetinin kullanılabilirliği ve lisansı ile alakalı genel bir bakış sunmaktadır.
Moleküler modelleme alanında, yanaştırma, bir molekülün ikinci bir moleküle kararlı bir kompleks oluşturmak için birbirine bağlandığında bağlandığında tercih ettiği oryantasyonu tahmin eden bir yöntemdir. Tercih edilen oryantasyon bilgisi iki molekül arasındaki birleşme veya bağlanma afinitesini tahmin etmek için kullanılabilir.
Protein–ligand yanaştırma bir moleküler modelleme tekniğidir. Protein–ligand yanaştırmanın amacı, bir ligandın bir protein reseptörüne veya enzime bağlandığındaki konumunu ve oryantasyonunu tahmin etmektir. Farmasötik araştırma, çeşitli amaçlarla, özellikle de olası ilaç adaylarını seçmek için mevcut kimyasalların geniş veritabanlarının sanal taranmasında, yanaştırma tekniklerini kullanır.
Bu liste, nükleik asit simülasyonları için kullanılan bilgisayar programlarının bir listesidir.
Yazılım kategorileri, yazılım gruplarıdır. Yazılımın bu kategoriler açısından anlaşılmasını sağlamaktadırlar. Farklı sınıflandırma şemaları, yazılımların farklı yönlerini dikkate alır.
AutoKey, Linux için ücretsiz, açık kaynaklı bir komut dosyası oluşturma uygulamasıdır.