Bakteri (İngilizce telaffuz: [bækˈtɪəriə] (
dinle); tekil isim: bacterium), tek hücreli mikroorganizma grubudur. Tipik olarak birkaç mikrometre uzunluğunda olan bakterilerin çeşitli şekilleri vardır, kimi küresel, kimi spiral şekilli, kimi çubuksu, kimi virgül şeklinde olabilir. Yeryüzündeki her ortamda bakteriler mevcuttur. Toprakta, deniz suyunda, okyanusun derinliklerinde, yer kabuğunda, deride, hayvanların bağırsaklarında, asitli sıcak su kaynaklarında, radyoaktif atıklarda büyüyebilen tipleri vardır. Tipik olarak bir gram toprakta bulunan bakteri hücrelerinin sayısı 40 milyon, bir mililitre tatlı suda ise bir milyondur; toplu olarak dünyada beş nonilyon (5×1030) bakteri bulunmaktadır, bunlar dünyadaki biyokütlenin çoğunu oluşturur. Bakteriler gıdaların geri dönüşümü için hayati bir öneme sahiptirler ve gıda döngülerindeki çoğu önemli adım, atmosferden azot fiksasyonu gibi, bakterilere bağlıdır. Ancak bu bakterilerin çoğu henüz tanımlanmamıştır ve bakteri şubelerinin sadece yaklaşık yarısı laboratuvarda kültürlenebilen türlere sahiptir. Bakterilerin araştırıldığı bilim bakteriyolojidir, bu, mikrobiyolojinin bir dalıdır.
Mycobacterium leprae, hareketsiz, sporsuz 1 – 8 mm boyunda ve 0,3 - 0,4 mm eninde, düz veya hafif kıvrık çomakçık şeklinde bir bakteri. Mikroskobik incelemelerde çalı demetleri gibi kümeler şeklinde görülür. Basillerin bu şekilde toplu halde bulunmaları zooglea adı verilen yapışkan bir madde meydana getirmelerinden dolayı oluşmakta ve bu bakteri topluluğuna globi adı verilmektedir.
Penisilinler aslen Penicillium küflerinden, özellikle de P. chrysogenum ve P. rubens'ten elde edilen bir grup β-laktam antibiyotiktir. Klinik kullanımdaki penisilinlerin çoğu P. chrysogenum tarafından derin tank fermantasyonu kullanılarak sentezlenir ve daha sonra saflaştırılır. Bir dizi doğal penisilin keşfedilmiştir, ancak sadece iki saflaştırılmış bileşik klinik kullanımdadır: penisilin G ve penisilin V. Penisilinler, stafilokok ve streptokokların neden olduğu birçok bakteriyel enfeksiyona karşı etkili olan ilk ilaçlar arasındaydı. Günümüzde farklı bakteriyel enfeksiyonlar için hala yaygın olarak kullanılmaktadırlar, ancak birçok bakteri türü yoğun kullanımın ardından direnç geliştirmiştir.
B12 vitamini veya kobalamin suda çözünen ve metabolik süreçlerde kullanılan bir vitamindir. B12 vitamini bir hidrojen alıcısı olarak koenzim görevi yapar ve çeşitli metabolizma faaliyetlerini yürütür. En önemli işlevlerinden biri gen kopyalanmasında koenzim olarak görev yapmasıdır. Ayrıca protein sentezi, aneminin önlenmesi, karbonhidrat ve yağ metabolizması için de gereklidir. En büyük ve kompleks yapıya sahip vitaminlerden biri olan B12 8 adet B vitamininden biridir. Siyanür zehirlenmelerinde bir antidot olarak kullanılabilir.
Dışkı, ince bağırsakta sindirilmeyen ve kalın bağırsakta bakteriler tarafından parçalanan katı veya yarı katı gıda kalıntılarıdır. Dışkı, bakteriyel olarak değiştirilmiş bilirubin gibi nispeten düşük miktarda metabolik atık ürünlerini ve bağırsak çeperinden gelen ölü epitel hücrelerini içerir.
Sir John Cowdery Kendrew, İngiliz biyokimyager ve kristalografi araştırmacısı. Max Perutz ile birlikte Cavendish Laboratuvarındaki hem-içeren proteinlerle ilgili çalışmaları nedeniyle 1962 Nobel Kimya Ödülünü almaya layık görülmüştür.
Ziehl-Neelsen boyası, Ehrlich-Ziehl-Neelsen boyası veya asit-fast boyama bakteriyolojik tanılama için kullanılan bir boyama yöntemidir. İki Alman doktor: bakteriyolog Franz Ziehl (1859-1926) ve patolog Friedrich Neelsen (1854-1898) tarafından ilk kez tanımlanmıştır. Özellikle Mycobacteria türleri gibi asite dirençli mikroorganizmaları tanımlamak için kullanılan özel bir bakteriyolojik boyadır. Tüberküloz hastalığından sorumlu olduğu için en önemli kullanım alanı Mycobacterium tuberculosis'dir. İnsanlarda hastalığa neden olan diğer önemli Mycobacterium türleri, Mycobacterium leprae, Mycobacterium kansasii, Mycobacterium marinum, Mycobacterium avium kompleksin üyeleri içinde kullanılır. Aynı zamanda Nocardia gibi bazı diğer bakterilerin boyanmasında da kullanılabilirler. Mycobacterium tuberculosis gibi asit dirençli organizmalar hücre duvarları içinde mikolik asitler denilen lipid maddelerden büyük miktarda içerirler. Bu asitler Gram boyama gibi sıradan yöntemler ile boyanmaya dirençlidirler.. Ziehl-Neelsen boyamada kullanılan reaktifler karbol fuksin, asit alkol ve metilen mavisidir. Aside rezistant basil (ARB), boyama sonrası parlak kırmızı görünür.
Pirolizin Pyl ya da O şeklinde kısaltılır. Bu amino asit doğal olarak karşımıza çıkan genetik codlardan biri olup L-Lisinn'in türevlerindendir.
Asit haslığı bakterilerin, laboratuvar boyama prosedürleri boyunca, özellikle asitler tarafından gerçekleştirilen renksizleştirmeye karşı dirençlerini ifade eden fiziksel özellik. Numunenin bir parçası boyandığında, bahsi geçen organizmalar, çoğu boyama protokolünde yaygın olan, asit veya etanol temelli renksizleştirme prosedürlerine karşı direnç gösterebilirler ve bundan dolayı asit has ismini alırlar.
Kinyoun methodu veya Kinyoun boyama, Mycobacterium ve Nocardia cinslerine ait her türü boyama için kullanılan bir asit has prosedürü. Öncül boya, bir renksizleştirici ve bir karşıt boya. Ziehl-Neelsen boyamasına karşın, Kinyoun methodu için ısı gerekmez. Ziehl-Neelsen boyamasında, ısı fiziksel mordan olarak rol oynarken, fenol kimyasal mordan olarak görev alır. Kinyoun boyaması soğuk bir method olduğundan, kullanılan karbol fuşin konsantrasyonu yükseltilir.
Auramin-rodamin boyama (AR), Truant Auramin-rodamin boyama olarak da bilinir, asit has basiliyi, floresan mikroskopiyi kullanarak, görüntülemek için kullanılan bir histolojik teknik. Özellikle Mycobacterium cinsinin görüntülenmesinde kullanılır. Boyama sonrası Asit has organizmalar kırmızımsı-sarı floresan bir görünüm kazanırlar. Auramin-rhodamin boyama sadece asit has organizmalara özel bir uygulama değildir. Alternatifi olan Ziehl-Neelsen boyama daha zahmetli ve hassas bir yöntem olduğundan auramin-rhodamin boyama görüntüleme için sık kullanılır.
Rodamin B bir boya ve kimyasal bileşik. Su içindeki aktarımı, akış yönünü ve hızını belirlemek için izleyici boya olarak kullanılır. Rodamin boyalar floresans gibi parlar ve bundan dolayı ucuz bir şekilde florometre denilen aletle kolayca gözlemlenir. Rodamin boyalar floresans mikroskopisi, akış sitometrisi, floresans
Kalsiyum görüntüleme tekniği hücre, doku ya da ortamdaki kalsiyum (Ca2+) durumunu görüntülemek amacıyla kullanılan bir bilimsel teknik. Kalsiyum görüntüleme teknikleri floresan özelliği taşıyan, fakat Ca2+ ile bağlandığında floresan özelliği değişen kalsiyum belirteçlerinden faydalanır. İki temel tip kalsiyum belirteci mevcuttur: kimyasal belirteçler ve genetik olarak kodlanmış belirteçler. Kalsiyum görüntüleme, canlı hayvanlarda hücre içi kalsiyumu optik olarak görüntülemek için kullanılabilir. Bu teknik geniş çapta hücre tipinin ve sinir devrelerindeki yüzlerce gliya hücrelerinin ve sinir hücrelerinin sinirsel aktivite görüntüleme çalışmalarına izin verir.
Metil hippürik asit bir karboksilik asit ve organik bileşiktir. Metil hippürik asit üç izomere sahiptir. İzomerler 2-, 3- ve 4-metil hippürik asiti içerir.
Kütle spektrometrisinde, matris destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyonu (MALDI), minimum parçalanma ile büyük moleküllerden iyonlar oluşturmak için bir lazer enerjisi emici matris kullanan bir iyonizasyon tekniğidir. Daha geleneksel iyonizasyon yöntemleriyle iyonize edildiğinde kırılgan olma ve parçalanma eğiliminde olan biyomoleküllerin ve büyük organik moleküllerin analizinde uygulanmıştır. Gaz fazında büyük moleküllerin iyonlarını elde etmenin nispeten yumuşak bir yolu olması bakımından elektrosprey iyonizasyonuna (ESI) benzer, ancak MALDI tipik olarak çok daha az sayıda çok-yüklü iyon üretir.
Yeşil floresan protein (GFP), mavi ila ultraviyole aralığında ışığa maruz kaldığında parlak yeşil floresan sergileyen 238 amino asitten oluşan bir proteindir. Yeşil renkte parlayan benzer proteinler birçok deniz organizmasında bulunur, ancak GFP etiketi geleneksel olarak bu özel proteine atıfta bulunur. Bu protein ilk olarak denizanası Aequorea victoria'dan izole edilmiştir ve bazen -hassasiyet gerektiğinde- avGFP olarak adlandırılır.
Giemsa boyası, adını Alman kimyager ve bakteriyolog Gustav Giemsa'dan alan, sıtma ve diğer parazitlerin histopatolojik tanısında ve sitogenetikte kullanılan bir nükleik asit boyasıdır.
Mycobacterium microti
- Mycobacterium tuberculosis kompleksinin (MTBC) üyesi
- 'Tarla faresi basili' olarak da bilinir
- Etimoloji: M. microtus, tarla faresi gibi küçük alan kemirgenlerinde bulunan bir bakteri cinstir. Bu mycobacterium türü, ilk olarak İngiltere'deki tarla farelerinde bulunan bir patojen olarak tanımlanmıştır.
Hücre zarfı, bir bakterinin iç hücre zarını ve hücre duvarını içerir. Gram-negatif bakterilerde bir dış zar da bulunur. Bu zarf, hücre duvarının bulunmadığı Mollicute'lerde mevcut değildir.
Beta-laktamazlar, beta-laktam antibiyotiklere karşı bakteriyel dirençte rol oynayan bir enzim ailesidir. Beta-laktam antibiyotiklere karşı bakteriyel dirençte, bakteriler beta-laktam halkalarını bozarak antibiyotiği etkisiz hale getiren beta-laktamazlara sahiptir. Ancak beta-laktamaz inhibitörleri ile bakteri üzerindeki bu enzimler inhibe edilerek antibiyotiğin etki göstermesi sağlanır. Bu direnç biçimiyle mücadele stratejileri, bölünmeye karşı daha dirençli yeni beta-laktam antibiyotiklerin geliştirilmesini ve beta-laktamaz inhibitörleri olarak adlandırılan enzim inhibitörleri sınıfının geliştirilmesini içermektedir. β-laktamaz inhibitörlerinin kendi başlarına çok az antibiyotik aktivitesi olmasına rağmen, beta-laktam antibiyotiklerin bakteriyel bozulmasını önlerler ve böylece ilaçların etkili olduğu bakteri yelpazesini genişletirler.
