Bakteri (İngilizce telaffuz: [bækˈtɪəriə] (
dinle); tekil isim: bacterium), tek hücreli mikroorganizma grubudur. Tipik olarak birkaç mikrometre uzunluğunda olan bakterilerin çeşitli şekilleri vardır, kimi küresel, kimi spiral şekilli, kimi çubuksu, kimi virgül şeklinde olabilir. Yeryüzündeki her ortamda bakteriler mevcuttur. Toprakta, deniz suyunda, okyanusun derinliklerinde, yer kabuğunda, deride, hayvanların bağırsaklarında, asitli sıcak su kaynaklarında, radyoaktif atıklarda büyüyebilen tipleri vardır. Tipik olarak bir gram toprakta bulunan bakteri hücrelerinin sayısı 40 milyon, bir mililitre tatlı suda ise bir milyondur; toplu olarak dünyada beş nonilyon (5×1030) bakteri bulunmaktadır, bunlar dünyadaki biyokütlenin çoğunu oluşturur. Bakteriler gıdaların geri dönüşümü için hayati bir öneme sahiptirler ve gıda döngülerindeki çoğu önemli adım, atmosferden azot fiksasyonu gibi, bakterilere bağlıdır. Ancak bu bakterilerin çoğu henüz tanımlanmamıştır ve bakteri şubelerinin sadece yaklaşık yarısı laboratuvarda kültürlenebilen türlere sahiptir. Bakterilerin araştırıldığı bilim bakteriyolojidir, bu, mikrobiyolojinin bir dalıdır.
Mycobacterium leprae, hareketsiz, sporsuz 1 – 8 mm boyunda ve 0,3 - 0,4 mm eninde, düz veya hafif kıvrık çomakçık şeklinde bir bakteri. Mikroskobik incelemelerde çalı demetleri gibi kümeler şeklinde görülür. Basillerin bu şekilde toplu halde bulunmaları zooglea adı verilen yapışkan bir madde meydana getirmelerinden dolayı oluşmakta ve bu bakteri topluluğuna globi adı verilmektedir.
Acetobacter, Acetobacteraceae familyasından, asetik asit bakterilerini içeren bir bakteri cinsidir. Genç hücreleri gram negatif, yaşlı hücreleri gram değişken özellikte, spor oluşturmayan, oksijenli solunum yapan, katalaz pozitif, çubuk şeklinde bakterilerdir. Hareketli ve hareketsiz türleri vardır.
Streptokok (Streptococcus). Streptococcaceae ailesinde yer alan gram-pozitif, yuvarlak şekilli, fakültatif anaerop, katalaz negatif, sporsuz ve hareketsiz bakterilerdir.
Gram pozitif bakteri, gram boyama prosedüründen geçtikten sonra mikroskop altında mavi-siyah veya mor renk alan bakterilerdir. Bu rengin sebebi Gram pozitif bakterilerin hücre duvarlarının kristal viyole/iyot karışımını tutmasıdır. Gram negatif bakterilerin aksine Gram pozitif bakterilerin hücre duvarlarının dışında "dış zar" bulunmaz. Peptidoglikan hücre duvarı daha kalın olan gram pozitiflerin boyaları tutma kuvvetleri fazladır.
Bağırsak florası sindirim sisteminde yaşayıp konak organizmanın sindirimiyle ilgili çeşitli yararlı işlevler gören mikroorganizmalardır.
Bacillus subtilis, Gram pozitif, Katalaz-pozitif, spor oluşturan bir bakteridir. Bugüne kadar zorunlu aerob olarak bilinmesine rağmen, fakültatif anaerob olabildiği de gösterilmiştir. Üreme sıcaklığı 20-30 °C'dir. Vejetatif şekilleri yüksek ısıya dayanıksız olsa da, sporları bazen kaynama derecelerinde birkaç saat dayanabilirler. B. subtilis üzerinde en fazla çalışma yapılmış Gram-pozitif bakteri türü olarak bilinir ve bakteriyel kromozom replikasyonu ve hücre farklılaşması için bir model organizmadır. En fazla enzim üreten bakterilerden biridir ve biyoteknoloji firmaları tarafından endüstriyel ölçekte kullanılmaktadır. Panoftalmi ve iridosiklit gibi göz enfeksiyonlarına neden olur.
- Bulaşma kaynağı: Toz, toprak, su gibi temel alanlarda yerleştiklerinden besin maddelerine kolaylıkla bulaşırlar.
- Ekmeğin iç kısmı pişerken 100 °C derece olur. Bu sıcaklıkta ölmezse bu bakteri, ekmekteki karbonhidratı kullanarak ekmeğin içinde lifli bir yapı oluştururlar.
- Özellikle sütte çoğaldıkları zaman kazeini parçalayarak zehirli maddeler açığa çıkarırlar. Diğer besin maddelerinde üredikleri zaman toksin oluştururlar.
- Kuluçka süresi: 2-18 saat.
- Sürfaktin sentezini yapar.
- En yüksek K2 vitamini içeren gıda olan Japonya'nın batı bölgelerinin yöresel yiyeceği natto, bu bakteri türünün bir varyantı ile mayalanmış soya fasulyesi daneleridir.
Streptococcus mutans çoğunlukla insan ağız boşluğunda bulunan gram-pozitif, fakültatif anaerobik bir bakteridir ve diş çürüğünün oluşumunda önemli bir etkendir. Mikroorganizma ilk kez 1924'te Clarke tarafından tanımlanmıştır.
Mycobacterium ya da Mycobacteriaceae; aside dirençli, uzun veya kısa çomaklar halinde, hareketsiz, sporsuz, kapsülsüz ve aerobik özelliğe sahip mikroorganizmalardır. Mikobakteriler standart hücre duvarı yapısına sahip değildirler ve gram pozitif veya gram negatif olarak sınıflandırılamazlar. Bilinen anlamda kapsül bulunmamasına rağmen hücre duvarlarında çok fazla lipid bulunur. Bu madde mikroorganizmayı hem çevresel koşulların etkisinden korur hem de normal boyalarla boyanamama özelliğini de meydana getirir. Bu nedenle mikobakterileri boyamak için alttan hafifçe ısıtılmaları gerekir.
Bakteriler, basit canlılar olmalarına karşın özel birçok biyolojik özelliklerden sorumlu çok iyi gelişmiş hücre yapısına sahiptir. Bu özelliklerden birçoğu sadece bakterilere özeldir ve arkelerde veya ökaryot canlılarda bulunmamaktadır. Bakteriler; kendilerinden daha büyük canlılara kıyasla daha basit yapılara sahip oldukları ve deneysel olarak kolayca değişime uğratılabildikleri için, yapıları çok iyi anlaşılmış ve kendisinden daha gelişmiş canlılarda da bulunan birçok biyokimyasal özelliğin bakterilerde bulunduğu ortaya çıkmıştır.
Klebsiella pneumoniae Gram negatif, kendiliğinden hareketi olmayan, kapsüllü, fermantasyon yapabilen bir bakteri türüdür.
Ziehl-Neelsen boyası, Ehrlich-Ziehl-Neelsen boyası veya asit-fast boyama bakteriyolojik tanılama için kullanılan bir boyama yöntemidir. İki Alman doktor: bakteriyolog Franz Ziehl (1859-1926) ve patolog Friedrich Neelsen (1854-1898) tarafından ilk kez tanımlanmıştır. Özellikle Mycobacteria türleri gibi asite dirençli mikroorganizmaları tanımlamak için kullanılan özel bir bakteriyolojik boyadır. Tüberküloz hastalığından sorumlu olduğu için en önemli kullanım alanı Mycobacterium tuberculosis'dir. İnsanlarda hastalığa neden olan diğer önemli Mycobacterium türleri, Mycobacterium leprae, Mycobacterium kansasii, Mycobacterium marinum, Mycobacterium avium kompleksin üyeleri içinde kullanılır. Aynı zamanda Nocardia gibi bazı diğer bakterilerin boyanmasında da kullanılabilirler. Mycobacterium tuberculosis gibi asit dirençli organizmalar hücre duvarları içinde mikolik asitler denilen lipid maddelerden büyük miktarda içerirler. Bu asitler Gram boyama gibi sıradan yöntemler ile boyanmaya dirençlidirler.. Ziehl-Neelsen boyamada kullanılan reaktifler karbol fuksin, asit alkol ve metilen mavisidir. Aside rezistant basil (ARB), boyama sonrası parlak kırmızı görünür.
Kinyoun methodu veya Kinyoun boyama, Mycobacterium ve Nocardia cinslerine ait her türü boyama için kullanılan bir asit has prosedürü. Öncül boya, bir renksizleştirici ve bir karşıt boya. Ziehl-Neelsen boyamasına karşın, Kinyoun methodu için ısı gerekmez. Ziehl-Neelsen boyamasında, ısı fiziksel mordan olarak rol oynarken, fenol kimyasal mordan olarak görev alır. Kinyoun boyaması soğuk bir method olduğundan, kullanılan karbol fuşin konsantrasyonu yükseltilir.
Auramin-rodamin boyama (AR), Truant Auramin-rodamin boyama olarak da bilinir, asit has basiliyi, floresan mikroskopiyi kullanarak, görüntülemek için kullanılan bir histolojik teknik. Özellikle Mycobacterium cinsinin görüntülenmesinde kullanılır. Boyama sonrası Asit has organizmalar kırmızımsı-sarı floresan bir görünüm kazanırlar. Auramin-rhodamin boyama sadece asit has organizmalara özel bir uygulama değildir. Alternatifi olan Ziehl-Neelsen boyama daha zahmetli ve hassas bir yöntem olduğundan auramin-rhodamin boyama görüntüleme için sık kullanılır.
Auramin O florensan boya olarak kullanılan bir diarilmetan boya. Saf halinde sarı iğne kristalleri olarak görünür. Suda ve etanolde oldukça iyi çözünür..
Mikrobiyal kist, organizmanın olumsuz çevre koşullarında hayatta kalmasına yardımcı olan, genellikle bir bakteri veya protist veya nadiren omurgasız bir hayvanın dinlenme veya hareketsiz bir aşaması. Hücrenin metabolik işlemlerinin yavaşlatıldığı ve hücrenin beslenme, hareket gibi tüm aktiviteleri durdurduğu askıya alınmış bir animasyon durumu olarak düşünülebilir. Ayrıca kese içine alma, mikropların bir konakçıdan diğerine veya daha elverişli bir ortama kolayca dağılmasına yardımcı olur. Sarılmış mikrop, büyümesi ve hayatta kalması için uygun bir ortama ulaştığında, kist duvarı, ekskistasyon olarak bilinen bir işlemle parçalanır.
Giemsa boyası, adını Alman kimyager ve bakteriyolog Gustav Giemsa'dan alan, sıtma ve diğer parazitlerin histopatolojik tanısında ve sitogenetikte kullanılan bir nükleik asit boyasıdır.
Su Mikrobiyolojisi suda yaşayan mikroorganizmaları tüm biyolojik yönleriyle inceleyen bilim dalıdır. Fakat su mikrobiyolojisi terimi daha çok insani tüketim amacıyla kullanılan veya insan sağlığı için önem arz eden sularda bulunan mikroorganizmaların özellikleri, tespit edilmesi ve dezenfeksiyonu çalışmaları için kullanılmaktadır. Doğada tatlı sular, nehir ağızları, okyanuslar gibi sucul ortamlardaki mikroorganizmaları ayrıntılı inceleyen bilim dalı ise aquatik mikrobiyolojidir. Yaşamın başlangıç noktası olan sucul ortamlar virüsler, arkeler, bakteriler, protozoalar, funguslar ve algler başta olmak üzere pek çok mikroorganizma barındırırlar.
İndol, C8H7N formülüne sahip aromatik bir heterosiklik organik bileşiktir. Beş üyeli bir pirol halkasına kaynaşmış altı üyeli bir benzen halkasından oluşan bisiklik bir yapıya sahiptir. İndol, doğal ortamda yaygın olarak bulunur ve çeşitli bakteriler tarafından üretilebilir. Hücreler arası bir sinyal molekülü olarak indol, spor oluşumu, plazmit stabilitesi, ilaçlara direnç, biyofilm oluşumu ve virülans dahil olmak üzere bakteri fizyolojisinin çeşitli yönlerini düzenler. Amino asit triptofan bir indol türevidir ve nörotransmiter serotoninin öncüsüdür.
Hücre zarfı, bir bakterinin iç hücre zarını ve hücre duvarını içerir. Gram-negatif bakterilerde bir dış zar da bulunur. Bu zarf, hücre duvarının bulunmadığı Mollicute'lerde mevcut değildir.
