Zatürre, pnömoni ya da batar, akciğerde görülen yangılardır. Klasik pnömonilerde, akciğerlerin hava geçitlerindeki son bölüm ve hava kesecikleri (alveoller) etkilenir. İnterstisiyel pnömonilerde, hava kesecikleri (alveoller) arasındaki bölmeler yoğunlukla etkilenen alanlardır. Akciğerler günde 10.000 litre havayı süzer. Kan dolaşımına oksijen taşıyan solunum havasıyla birlikte çok sayıda katı ve sıvı partikül ile zararlı gazlar da akciğerlere ulaşır. Solunum havası içindeki zararlı etkilere verilen tepkilerin büyük bölümü canlı etkenlerden kökenli infeksiyon hastalıklarıdır. Toksik gazların ve sıvıların büyük bölümü “kimyasal pnömoniler” olarak nitelenir.

Antibiyotik, bakterilere karşı aktif olan bir tür antimikrobiyal maddedir. Bakteriyel enfeksiyonlarla savaşmak için en önemli antibakteriyel ajan türüdür ve antibiyotik ilaçlar bu tür enfeksiyonların tedavisinde ve önlenmesinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Bakterileri öldürebilir ya da büyümelerini engelleyebilirler. Sınırlı sayıda antibiyotik de antiprotozoal aktiviteye sahiptir. Antibiyotikler soğuk algınlığı veya gribe neden olan virüsler gibi virüslere karşı etkili değildir; virüslerin büyümesini engelleyen ilaçlar antibiyotik yerine antiviral ilaçlar veya antiviraller olarak adlandırılır. Mantarlara karşı da etkili değildirler; mantarların büyümesini engelleyen ilaçlara antifungal ilaçlar denir.

Plazmidler; bakteriler, arkeler ve ökaryotlar arasında birçok mikroorganizmada bulunan dairesel veya çizgisel ekstrakromozomal replikonlardır. Bakterilerin genetik bilgiyi aktarması, hızlı evrimleşmelerini ve adaptasyonlarını kolaylaştırması için önemli araçlardır. Hedeflenen genleri ekleyerek, değiştirerek veya silerek mikroorganizmaları manipüle etmek ve analiz etmek için önemli araçlar olarak hizmet eder. Prokaryotik hücrelerde bulunurlar ve kromozomlardan bağımsız olarak çoğalırlar. Ek olarak, plazmidler hücreler arasında aktarılabilir, bu da onları prokaryotik evrimde önemli itici güçler olarak kabul eder ve onları yanal gen aktarımına aracılık eden güçlü ajanlar yapar. Antibiyotik direnci gibi yeni işlevler sağlayarak konakçı evrimini hızlandırmakla kalmazlar, aynı zamanda artan gen ifade seviyeleri ve kopya sayısı değişiklikleri yoluyla mutasyonların edinim oranlarına da yol açabilirler. Plazmid genomları genellikle, aynı aileden ilgili plazmidler arasında korunan ve replikasyon ve hareketlilik gibi önemli plazmide özgü işlevlerle ilişkili çekirdek lokusların bir omurgasını içerir. Etkili yatay gen transfer (HGT) vektörleri olarak görev yapar.

Penisilinler aslen Penicillium küflerinden, özellikle de P. chrysogenum ve P. rubens'ten elde edilen bir grup β-laktam antibiyotiktir. Klinik kullanımdaki penisilinlerin çoğu P. chrysogenum tarafından derin tank fermantasyonu kullanılarak sentezlenir ve daha sonra saflaştırılır. Bir dizi doğal penisilin keşfedilmiştir, ancak sadece iki saflaştırılmış bileşik klinik kullanımdadır: penisilin G ve penisilin V. Penisilinler, stafilokok ve streptokokların neden olduğu birçok bakteriyel enfeksiyona karşı etkili olan ilk ilaçlar arasındaydı. Günümüzde farklı bakteriyel enfeksiyonlar için hala yaygın olarak kullanılmaktadırlar, ancak birçok bakteri türü yoğun kullanımın ardından direnç geliştirmiştir.
Bağırsak florası sindirim sisteminde yaşayıp konak organizmanın sindirimiyle ilgili çeşitli yararlı işlevler gören mikroorganizmalardır.

Şigelloz, ağır vakalarda basil dizanterisi olarak da bilinir, Shigella bakterisinin bağırsaklarda neden olduğu bulaşıcı bir hastalıktır. Belirtiler genelde bakterinin alınmasından bir-iki gün sonra başlar. İshal, ateş ve karın ağrısı ile bağırsakların boş olmasına rağmen dışkılama isteği (tenesmus) bazı belirtileridir. İshal kanlı olabilir. Belirtiler tipik olarak beş-yedi gün sürer, ancak bağırsakların normal düzenine dönmesi birkaç ayı bulabilir. Şigelloz komplikasyonları arasında reaktif artrit, sepsis, nöbetler ve hemolitik üremik sendrom bulunur. Hayvanlarda ender olarak görülür, başlıca insan ve primatların bir hastalığıdır.

Bakteriyofaj, bakterileri enfekte eden bir virüstür. Terim genelde kısaltılmış hali olan faj olarak kullanılır.

Lyme hastalığı veya Borreliosis, genelde Ixodes ricinus (sakırga) türü kenelerin ısırması ile insana geçen Borrelia burgdorferi adlı ve benzer bakterinin yol açtığı bir hastalıktır.

İdrar yolu enfeksiyonu (İYE), idrar yolunun bir bölümünü etkileyen bir enfeksiyondur. Alt idrar yollarını etkilediğinde mesane enfeksiyonu (sistit), üst idrar yollarını etkilediğinde ise böbrek enfeksiyonu (piyelonefrit) olarak bilinir. Alt idrar yolu enfeksiyonu belirtileri arasında idrar yaparken ağrı, sık idrara çıkma ve mesanenin boş olmasına rağmen idrar yapma ihtiyacı hissetme yer alır. Böbrek enfeksiyonu semptomları arasında genellikle alt İYE belirtilerine ek olarak ateş ve ağrı yer alır. Nadiren idrar kanlı görünebilir. Çok yaşlılarda ve çok gençlerde belirtiler belirsiz veya spesifik olmayabilir.

Tularemi, kemirgenlerde öldürücü nitelikte olan bu hastalığın etkeni Francisella tularensis'tir. Hastalık hayvanlardan doğrudan temasla geçebildiği gibi sinek ve kenelerle de taşınabilir. Kuluçka devresi, üç gündür. Türkiye'de Emen-Beyşehir ve Yukarçiğil-Ilgın (Konya) endemik bölgelerdir.

Staphylococcus aureus, Staphylococcaceae familyasından bakteri türüdür. Gram pozitiflerdendir. Yaklaşık 20 türü bulunur. Nozokomiyal etkenidir. İnsan cilt florasında kommensal olarak da bulunur. Staphylococcus aureus' un oksasilin'e dirençli olup olmaması onun tanımlanmasında etkilidir. Örneğin bu antibiyotiğe hassas olan bir S. aureus, MSSA adını alırken, buna dirençli olan suş, MRSA adını alır. Koyun kanlı agarda altın sarısı koloniler üretir. Bu yüzden tür adı, altın anlamına gelen Latince aureus'dan türetilmiştir. Bu bakterinin katalaz testi olumludur. Clumping factor ve tüp koagülaz testi pozitif sonuç verir. Çeşitli yüzeylerde glikokaliks denen oluşumlar üretir. Bakterinin bunu yayılma ve bulaşma için kullandığı düşünülmektedir. Bağışıklık sistemi zayıflamış kişilerde, asıl enfeksiyon etkeniyle beraber görülmesi, iyileşmeyi geciktirir. Stafilokoklar içerisinde sadece Stafilokok Aureus koagülaz pozitif sonuç verir. Streptokok türünden ayırt etmek için katalaz testi uygulanır.
ICD-10, Bölüm 22 (U00-U99): Özel amaçlara yönelik kodlar, ICD-10'un güncel (2007) sürümündeki 22. ve son bölümdür. Bu kategoride; biri şu an için yalnızca ağır akut solunum sendromunu, biri de antibiyotiklere dirençli bakteriyel ektenleri içeren iki grup bulunur:
- U00-U49: Etiyolojisi kesin olmayan yeni hastalıkların geçici kodlanması
- U80-U89: Antibiyotiklere dirençli bakteriyel etkenler

New Delhi metallo-beta-lactamase (NDM-1) bakterilerin karbapenem ailesi antibiyotiklere karşı dirençli olmasına neden olan bir gendir. Çıkış noktasının Hindistan'dır. Karbapenem olarak bilinen bir çeşit beta-lactamase enzimi kodlamaktadır. Şu anda NDM-1 durdurmak için araştırması yapılan herhangi bir çalışma yoktur. Şu ana kadar E.coli ve pnömoni etkeni olan Klebsiella pneumoniae bakterilerinin bazı nesilleri bu genin taşıyıcısı olduğu bilinmekteydi, fakat genler yatay gen transferi vasıtasıyla form değiştirmektedir.
Kanamisin aminoglikozid grubu bir antibiyotiktir. Oral, intravenöz ve intramusküler formları vardır ve enfeksiyon tedavisinde geniş bir yelpazedede kullanılılır. Kanamisin; Streptomyces kanamyceticus bakterisinden izole edilmiştir ve sülfatlı formunda kullanılır.
Çok ilaca dirençli tüberküloz, ilk basamak anti-TB ilaçların en güçlü iki üyesi olan İzoniazid (INH) ve Rifampisin (R) antibiyotiklerinin her ikisine birden direnç geliştirmiş tüberküloz basilleri için kullanılan terimdir. Bu iki ilaçtan sadece birisine direnç geliştirmiş basiller bu grupta yer almazlar. Bunun yanında birlikte başka bir ilaç direnci de olabilir.

El dezenfektanı, eldeki mikropları azaltmak için kullanılan genelde sıvı ya da jel halde bulunan bir maddedir. Alkol bazlı olanlar, sağlık ortamında su ve sabunla el yıkamak için tercih edilir. Mikroorganizmaları öldürmede su ve sabundan daha etkilidir. Tuvaletten sonra veya gözle görülebilir bir kirlenme varsa jel dışında el yıkamaya da dikkat edilmelidir. Alkolsüz tipin genel kullanımı tavsiye edilmez. Sağlık ortamları haricinde genellikle el yıkama tercih edilir. Ayrıca norovirüs ve Clostridium difficile mikroorganizmaları için daha az etkilidirler. Sıvı, jel ve köpük halleri mevcuttur.
Klindamisin, osteomiyelit (kemik) veya eklem enfeksiyonları, pelvik inflamatuar hastalık, boğaz ağrısı, zatürre, akut otitis media ve endokardit dahil olmak üzere bir dizi bakteriyel enfeksiyonun tedavisinde kullanılan bir antibiyotik ilaçtır. Ayrıca akne, ve metisiline dirençli bazı Staphylococcus aureus (MRSA) vakalarını tedavi etmek için de kullanılabilir. Kinin ile kombinasyon halinde sıtma tedavisinde kullanılabilir. Ağız yoluyla, damar içine enjeksiyon yoluyla ve cilde veya vajinaya uygulanmak üzere krem veya jel olarak mevcuttur.

Beta-laktamazlar, beta-laktam antibiyotiklere karşı bakteriyel dirençte rol oynayan bir enzim ailesidir. Beta-laktam antibiyotiklere karşı bakteriyel dirençte, bakteriler beta-laktam halkalarını bozarak antibiyotiği etkisiz hale getiren beta-laktamazlara sahiptir. Ancak beta-laktamaz inhibitörleri ile bakteri üzerindeki bu enzimler inhibe edilerek antibiyotiğin etki göstermesi sağlanır. Bu direnç biçimiyle mücadele stratejileri, bölünmeye karşı daha dirençli yeni beta-laktam antibiyotiklerin geliştirilmesini ve beta-laktamaz inhibitörleri olarak adlandırılan enzim inhibitörleri sınıfının geliştirilmesini içermektedir. β-laktamaz inhibitörlerinin kendi başlarına çok az antibiyotik aktivitesi olmasına rağmen, beta-laktam antibiyotiklerin bakteriyel bozulmasını önlerler ve böylece ilaçların etkili olduğu bakteri yelpazesini genişletirler.

Amoksisilin/klavulanik asit, diğerlerinin yanı sıra Augmentin markası altında satılan ko-amoksisilav veya amoks-klav olarak da bilinir, bir dizi bakteriyel enfeksiyonun tedavisinde kullanılan bir antibiyotik ilaçtır. Bir β-laktam antibiyotik olan amoksisilin ve bir β-laktamaz inhibitörü olan potasyum klavulanattan oluşan bir kombinasyondur. Özellikle orta kulak iltihabı, streptokok farenjiti, pnömoni, selülit, idrar yolu enfeksiyonları ve hayvan ısırıkları için kullanılır. Ağız yoluyla veya damar içine enjeksiyon yoluyla alınır.

Üst solunum yolu enfeksiyonu (ÜSYE), burun, sinüsler, farenks, larenks veya trakea dahil olmak üzere üst solunum yollarını tutan akut bir enfeksiyonun neden olduğu bir hastalıktır. Bu genellikle burun tıkanıklığı, boğaz ağrısı, bademcik iltihabı, farenjit, larenjit, sinüzit, orta kulak iltihabı ve soğuk algınlığını içerir. Enfeksiyonların çoğu doğası gereği viraldir ve diğer durumlarda neden bakteriyeldir. ÜSYE'ler mantar veya helmintik kaynaklı da olabilir, ancak bunlar daha az yaygındır.