İçeriğe atla

Amplification Refractory Mutation System (ARMS-PCR)

Amplification Refractory Mutation System (ARMS) Türkçeye Amplifikasyona dirençli mutasyon sistemi olarak çevrilebilen bir polimeraz zincir reaksiyonudur (PCR).[1] Tek baz değişiklikleri veya küçük delesyonlar içeren herhangi bir mutasyonu tespit etmek için kullanılır. ARMS, numune içerisinde bulunan hedef alenin DNA zincirine özgü primerler yardımıyla yalnızca hedef allelin amplifikasyonuna izin verir.[2] Bir başka deyişle hedef diziye spesifik PCR primerlerinin kullanımına dayanarak sadece o zincirin kopyalanarak çoğaltılmasına izin verir. Bu yöntem genotipleme başta olmak üzere birçok hastalığın tanısında, virüs gibi hastalık etmenlerinin tespitinde ve genetik tarama testlerinde kullanılmaktadır.[3][4][5]

Kaynaklar

  1. ^ "A Possible Relationship Between Polymorphisms of - ProQuest". www.proquest.com. 14 Aralık 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 14 Aralık 2021. 
  2. ^ "ARMS-PCR in Disease Research: Principle, Sequence Variation Analysis, and Application - CD Genomics". www.cd-genomics.com. 14 Aralık 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 14 Aralık 2021. 
  3. ^ Ehnert; Linnemann; Braun; Botsch; Leibiger; Hemmann; Nussler (25 Temmuz 2019). "One-Step ARMS-PCR for the Detection of SNPs—Using the Example of the PADI4 Gene". Methods and Protocols. 2 (3): 63. doi:10.3390/mps2030063. ISSN 2409-9279. 
  4. ^ Islam, Mohammad Tanvir; Alam, ASM Rubayet Ul; Sakib, Najmuj; Hasan, Mohammad Shazid; Chakrovarty, Tanay; Tawyabur, Mohammad; Islam, Ovinu Kibria; Al-Emran, Hassan M.; Jahid, Mohammad Iqbal Kabir; Hossain, Mohammad Anwar (2021). "A rapid and cost-effective multiplex ARMS-PCR method for the simultaneous genotyping of the circulating SARS-CoV-2 phylogenetic clades". Journal of Medical Virology (İngilizce). 93 (5): 2962-2970. doi:10.1002/jmv.26818. ISSN 1096-9071. PMC 8014803 $2. PMID 33491822. 14 Aralık 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 14 Aralık 2021. 
  5. ^ Bulduk, Bengisu Kevser; Kiliç, Hasan Basri; Bekircan-Kurt, Can Ebru; Haliloğlu, Göknur; Erdem Özdamar, Sevim; Topaloğlu, Haluk; Kocaefe, Y. Çetin (Mart 2020). "A Novel Amplification-Refractory Mutation System-PCR Strategy to Screen MT-TL1 Pathogenic Variants in Patient Repositories". Genetic Testing and Molecular Biomarkers. 24 (3): 165-170. doi:10.1089/gtmb.2019.0079. ISSN 1945-0257. PMID 32167396. 14 Aralık 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 14 Aralık 2021. 

İlgili Araştırma Makaleleri

Mutasyon ya da değişinim, bir canlının genomu içindeki DNA ya da RNA diziliminde meydana gelen kalıcı değişmelerdir. Mutasyona sahip bir organizma ise mutant olarak adlandırılır.

<span class="mw-page-title-main">Polimeraz zincir reaksiyonu</span> Çalışma için bir DNA örneğini çoğaltmaya yönelik laboratuvar tekniği

Polimeraz zincirleme tepkimesi, DNA içerisinde yer alan, dizisi bilinen iki segment arasındaki özgün bir bölgeyi enzimatik olarak çoğaltmak için uygulanan tepkimelere verilen ortak bir isimdir.

<span class="mw-page-title-main">DNA dizileme</span> moleküler biyolojide bir teknik

DNA dizilemesi, bir DNA molekülündeki nükleotit bazlarının sırasının belirlenmesidir.

Mikrosatelitler, Basit dizi tekrarları veya Kısa Bitişik Tekrarlar DNA'da bulunan, 1-6 baz çifti uzunluğundaki tekrar eden dizilerdir.

<span class="mw-page-title-main">Dismenore</span>

Ağrılı adet veya adet krampları olarak da bilinen dismenore, günlük aktiviteleri engelleyecek düzeyde ağrılı âdet görme olarak tanımlanan jinekolojik bir hastalıktır. Adetin başladığı zaman civarında ortaya çıkar. Ağrı; aralıklı, kramp tarzı, suprapubik bölgede yoğunlaşmış, zaman zaman bulantı, kusma ve ishalle birlikte görülür. Belirtiler tipik olarak üç günden az sürer.

<span class="mw-page-title-main">Arkeogenetik</span>

Arkeogenetik, çeşitli moleküler genetik yöntemleri ve DNA kaynaklarını kullanarak antik DNA'yı inceleyen bir bilim dalıdır. Bu genetik analizler insan, hayvan ve bitki örnekleri üzerinde uygulanabilir. Antik DNA, kemikler, yumurta kabukları ve insan ile hayvan örneklerinde yapay olarak korunmuş dokular dahil olmak üzere çeşitli fosilleşmiş örneklerden elde edilebilir. Bitkilerde ise antik DNA, tohumlardan, dokulardan ve bazı durumlarda dışkıdan elde edilebilir. Arkeogenetik, eski nüfus grubu göçlerinin, evcilleştirmenin ve bitki ile hayvan evriminin genetik kanıtlarını sunar. Modern genetik popülasyonların DNA'sı ile antik DNA karşılaştırılabilir.

Nükleer DNA (nDNA) veya nükleer deoksiribo nükleik asit , ökaryot organizmanın hücre çekirdeklerinin her birinde bulunan DNA'dır. Nükleer DNA ökaryotlardaki genomun çoğunu kodlar. Geriye kalan kodlama ise mitokondriyal DNA ve plastit DNA'sında işlenir. Nükleer DNA, Mendel genetiğinde gösterildiği gibi aktarılır. DNA'daki bilgiler biri dişi diğeri erkek olmak üzere iki atadan gelir, Mitokondriyal DNA'da ise genetik bilgiler sadece anneden geçer.

<span class="mw-page-title-main">Sanger dizilemesi</span>

Sanger dizilemesi, in vitro DNA replikasyonu sırasında DNA polimeraz tarafından zincir sonlandırıcı dideoksinükleotidlerin seçici bir şekilde dahil edilmesine dayanan bir DNA dizileme yöntemidir. İlk olarak 1977'de Frederick Sanger ve meslektaşları tarafından geliştirildikten sonra, yaklaşık 40 yıldır en yaygın kullanılan dizileme yöntemi haline geldi. İlk olarak 1986 yılında Applied Biosystems tarafından ticarileştirildi. Daha yakın zamanlarda, daha yüksek hacimli Sanger dizilemesi, özellikle büyük ölçekli, otomatik genom analizleri için "Gelecek-Nesil" dizileme yöntemleriyle değiştirildi. Bununla birlikte, Sanger yöntemi, daha küçük ölçekli projeler ve Gelecek-Nesil sonuçların doğrulanması için yaygın olarak kullanılmaktadır. Yine de, kısa okumalı dizileme teknolojilerine göre, >500 nükleotidlik DNA dizisi okumaları üretebilme avantajına sahiptir.

Alan hedefli mutajenez, bir genin DNA dizisinde ve herhangi bir gen ürününde spesifik ve kasıtlı değişiklikler yapmak için kullanılan bir moleküler biyoloji yöntemidir. Ayrıca alana özgü mutajenez veya oligonükleotide yönelik mutajenez olarak da adlandırılan bu, DNA, RNA ve protein moleküllerinin yapısını ve biyolojik aktivitesini araştırmak ve protein mühendisliği için kullanılır.

<span class="mw-page-title-main">Opisthokont</span>

Opisthokontlar, hem hayvan hem de mantar alemlerini içeren geniş bir ökaryot grubudur. Daha önce "Fungi / Metazoa grubu" olarak adlandırılan opisthokontlar, genellikle bir sınıf olarak tanınır. Opisthokontlar, Apusomonadida ve Breviata ile birlikte daha büyük Obazoa kladını oluşturur.

Yeni nesil dizileme; DNA, RNA dizileme ve varyant / mutasyon tespiti için yeni bir teknolojidir. Yeni nesil dizileme aynı zamanda büyük paralel sıralama veya ikinci nesil sıralama olarak da adlandırılmaktadır. Yeni nesil dizileme, DNA fragmanlarını aynı anda sıralamanın bir yöntemidir. Milyonlarca ila milyarlarca DNA nükleotidi paralel olarak sıralanabilmektedir. Giga baz boyutta okumaları oluşturmak için gereken süre yalnızca birkaç gün veya saattir. Parça klonlama yöntemlerine olan ihtiyacı en aza indirmektedir. Ayrıca, önemli ölçüde daha fazla verim sağlanmaktadır. İlk ticari yeni nesil dizileme teknolojisi, 2004 yılında 454 Life Sciences tarafından tanıtılmış, daha sonra Roche tarafından satın alınmıştır.

Moleküler patoloji, organlar, dokular veya vücut sıvıları içindeki genetik düzeydeki değişimlerin moleküler yöntemler aracılığıyla incelenmesi yoluyla hastalıkların araştırılmasına ve teşhisine odaklanan patoloji'nin yeni gelişmekte olan bir alt dalıdır Moleküler patoloji; tanıyı en uygun hale getirmek, tedaviyi ve hastalığın seyrini en iyi şekilde belirlemek için standart patolojik parametrelere ek olarak, genetik verilerin kullanımı olarak da tanımlanabilmektedir. Önemli bir husus, tanı hem dokulardaki morfolojik değişikliklere hem de moleküler testlere dayandığında daha hassas tanının mümkün olmasıdır.

<span class="mw-page-title-main">Holozoa</span>

Holozoa, hayvanları ve en yakın tek hücreli akrabalarını içeren ancak mantarları hariç tutan bir canlı grubudur. Holozoa ayrıca tunik cinsi Distaplia için kullanılan eski bir isimdir.

<span class="mw-page-title-main">Filozoa</span>

Filozoa, Opisthokonta içindeki monofiletik bir gruptur. Bunlar hayvanları ve onların en yakın tek hücreli akrabalarını içerir.

<span class="mw-page-title-main">Moleküler tanı</span>

Moleküler tanı, moleküler yöntemlerle hastalıklara tanı koymayı amaçlayan bir disiplindir. Moleküler tanı, genomdaki ve proteomdaki biyolojik belirteçleri ve hücrelerinin genlerini protein olarak nasıl ifade ettiğini, moleküler biyolojiyi tıbbi testlere uygulayarak analiz etmek için kullanılan tekniklerin bir koleksiyonudur. Tıpta hastalığı teşhis etmek ve izlemek, riski tespit etmek ve bireysel hastalar için en iyi hangi tedavilerin işe yarayacağına karar vermek ve tarımsal biyogüvenlikte benzer şekilde mahsul ve hayvan hastalıklarını izlemek, riski tahmin etmek ve hangi karantina önlemlerine karar vermek için kullanılmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Boreoeutheria</span> memeli kladı

Boreoeutheria, plasentalı memelilerin bir kladıdır. Grup iki kardeş taksondan oluşur: Laurasiatheria ve Euarchontoglires.

<span class="mw-page-title-main">Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu</span>

Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu, polimeraz zincir reaksiyonuna (PCR) dayanan bir moleküler biyoloji laboratuvar tekniğidir. Hedeflenen bir DNA molekülünün amplifikasyonunu geleneksel PCR'da olduğu gibi sonunda değil, PCR sırasında izler. Real-time PCR, kantitatif ve yarı-kantitatif olarak kullanılabilir.

<span class="mw-page-title-main">Kedi koronavirüsü</span>

Kedi koronavirüsü (FCoV), dünya çapında kedileri enfekte eden pozitif sarmallı bir RNA virüsüdür. Alphacoronavirus 1 türünden bir koronavirüstür. İki farklı formu vardır: bağırsakları enfekte eden kedi enterik koronavirüsü (FECV) ve kedi enfeksiyöz peritonit (FIP) hastalığına neden olan kedi enfeksiyöz peritonit virüsü (FIPV). Kedi koronavirüsü, mutasyon geçirerek FIP'e neden olabilir.

Mitokondriyal hastalık ya da mitokondri hastalıklıkları, insanlarda kalıtım yoluyla aktarılan ya da sonradan edinilen, mitokondri hasarının sonucunda ortaya çıkan ve bu hasar nedeniyle hücrenin enerji üretim mekanizmasını olumsuz etkileyen, genetik heterojenitenin görüldüğü hastalık grubudur.

MT-TL1 ya da mitokondriyal olarak kodlanmış tRNA lösin 1, insan mitokondri genomundan lösin (UUA/G) için kodlanan bir tRNA genidir.