İçeriğe atla

Amira (yazılım)

Amira
Geliştirici(ler)Zuse Institute Berlin
Thermo Fisher Scientific
İlk yayınlanmaEkim 1999 (25 yıl önce) (1999-10)
Güncel sürüm2020.3
İşletim sistemiWindows XP SP3, Windows Vista, Windows 7
OS X 10.5, OS X 10.6, OS X 10.7
RHEL 5.5
PlatformIA-32, x64
Erişilebilirlikİngilizce
Tür3D veri görselleştirme ve işleme
LisansTrialware
Resmî sitesithermofisher.com/amira-avizo

Amira (telaffuz: Ah-meer-ah), 3B ve 4B veri görselleştirme, işleme ve analiz için bir yazılım platformudur. Thermo Fisher Scientific tarafından Zuse Institute Berlin (ZIB) ile işbirliği içinde aktif olarak geliştirilmekte ve Thermo Fisher Scientific tarafından ticari olarak dağıtılmaktadır.

Genel bakış

Amira,[1] bilimsel görselleştirme, veri analizi ve 3B ve 4B verilerin sunumu için genişletilebilir bir yazılım sistemidir. Dünya çapında akademi ve endüstride binlerce araştırmacı ve mühendis tarafından kullanılmaktadır. Esnek kullanıcı arayüzü ve modüler mimarisi, onu çeşitli modalitelerden gelen verilerin işlenmesi ve analizi için evrensel bir araç haline getirmiştir. Mikro-CT,[2] PET,[3] Ultrason[4] kullanım alanlarına örnek verilmektedir. Sürekli genişleyen işlevselliği, onu biyoloji ve malzeme biliminde mikroskopi, moleküler biyoloji,[5] kuantum fiziği,[6] astrofizik,[7] hesaplamalı akışkanlar dinamiği (CFD),[8] sonlu gibi birçok alanda uygulanabilir ve kullanılan çok yönlü bir veri analizi[9] ve görselleştirme çözümü haline getirmiştir.[10] Eleman modelleme (FEM),[11] tahribatsız test (NDT)[12] ve çok daha fazlası mevcuttur. Veri görselleştirmenin yanı sıra kilit özelliklerden biri de Amira'nın görüntü bölütleme[13] ve geometri yeniden yapılandırma araçları setidir. Bu, kullanıcının otomatik, yarı otomatik ve manuel araçları kullanarak 3B görüntü hacimlerindeki yapıları ve ilgi alanlarını işaretlemesine (veya segmentlere ayırmasına) olanak tanımaktadır.[14] Segmentasyon daha sonra hacimsel analiz, yoğunluk analizi,[4] şekil analizi[15][16] veya görselleştirme,[17] sayısal simülasyonlar[18] veya hızlı prototipleme[19] veya 3B baskı için 3B bilgisayar modellerinin oluşturulması gibi çeşitli sonraki görevler için kullanılabilmektedir.[20] Diğer önemli Amira özellikleri, çok düzlemli ve hacim görselleştirme,[21] görüntü kaydı,[16] filament izleme, hücre ayırma ve analizi,[22] tetrahedral ağ oluşturma, difüzyon tensör görüntüleme (DTI)[23] verilerinden fiber izleme,[24] iskeletleştirme, uzaysal grafik analizi ve 3D'nin stereoskopik görüntülenmesidir. CAVE'ler dahil olmak üzere birden fazla ekran ve sürükleyici sanal gerçeklik ortamları üzerinden[25] veri işlenebilmektedir. Ticari bir ürün olarak Amira, bir lisans veya akademik abonelik satın alınmasını gerektirmektedir.[26] Zaman sınırlı, ancak tam özellikli bir değerlendirme sürümü ücretsiz olarak indirilebilmektedir

Tarihçesi

1993–1998: Yazılımı araştırma

Amira'nın kökleri 1993'e ve Berlin Zuse Enstitüsü'ndeki (ZIB) Hans-Christian Hege başkanlığındaki Bilimsel Görselleştirme Departmanına kadar uzanmaktadır. ZIB, matematik ve bilişim için bir araştırma enstitüsüdür. Bilimsel Görselleştirme bölümünün misyonu, tıp, biyoloji, mühendislik ve malzeme biliminde hesaplama ve bilimsel olarak zorlu görevlerin çözülmesine yardımcı olmaktır. Bu amaçla 2D, 3D ve 4D veri görselleştirme ve görsel destekli keşif ve analiz için algoritmalar ve yazılımlar geliştirmektedir. O zaman, ZIB'deki genç görselleştirme grubu, genişletilebilir, veri akışı odaklı görselleştirme ortamları apE,[27] IRIS Explorer[28] ve Advanced Visualization Studio (AVS) ile deneyime sahiptir. Ancak bu ürünlerin etkileşimi, esnekliği ve kolaylığından bilgisayar dışı bilim adamları için kullanımda memnun kalınmamıştır

Bu nedenle, tıbbi yönelimli, çok disiplinli işbirlikçi bir araştırma merkezindeki bir araştırma projesinde[29] yeni bir yazılım sisteminin geliştirilmesine başlanmıştır.[30] Tobias Höllerer'in 1993 sonlarında yeni grafik kitaplığı IRIS Inventor ile edindiği deneyimlere dayanarak,[31] bu kitaplığın kullanılmasına karar verilmiştir. Tıbbi planlama sisteminin geliştirilmesi, daha sonra Amira'nın baş yazılım mimarı olacak olan Detlev Stalling tarafından gerçekleştirilmiştir. Yeni yazılıma "HyperPlan" adı verildi ve başlangıçtaki hedef uygulaması olan hipertermi kanseri tedavisi için bir planlama sistemi vurgulanmıştır. Sistem, o zamanlar üst düzey grafik hesaplama için kullanılan standart iş istasyonları olan Silicon Graphics (SGI) bilgisayarlarında geliştirilmiştir. Yazılım, OpenGL (başlangıçta IRIS GL), Open Inventor (başlangıçta IRIS Inventor) ve grafik kullanıcı arabirimi kitaplıkları X11, Motif (yazılım) ve ViewKit gibi kitaplıklara dayanıyordu. 1998'de X11/Motif/Viewkit, Qt araç seti ile değiştirilmiştir.

HyperPlan çerçevesi, ZIB'de giderek daha fazla projenin temeli olarak hizmet etmiştir. İşbirliği yapan kurumlarda giderek artan sayıda araştırmacı tarafından kullanılmıştır. Projeler tıbbi görüntü hesaplama, tıbbi görselleştirme, nörobiyoloji, konfokal mikroskopi, akış görselleştirme, moleküler analitik ve hesaplamalı astrofizik uygulamalarını içermektedir.

1998-günümüz: Ticari olarak desteklenen ürün

ZIB'nin birincil görevi algoritmik araştırma olduğundan, sistemin artan kullanıcı sayısı, ZIB'nin yazılım dağıtımı ve desteği için ayırabileceği kapasiteleri aşmaya başlamıştır. Bu nedenle, bir yan şirket olan Indeed – Visual Concepts GmbH, yazılımın kapsamlı yeteneklerini dünya çapındaki endüstri ve akademi araştırmacılarının kullanımına sunma ve ürünü sağlama vizyonuyla Hans-Christian Hege, Detlev Stalling ve Malte Westerhoff tarafından kurulmultur. Günümüzün hızlı ve rekabetçi dünyasında ihtiyaç duyulan destek ve sağlamlık getirilmiştir.

Şubat 1998'de HyperPlan yazılımına yeni, uygulamadan bağımsız “Amira” adı verilmiştir. Bu isim bir kısaltma olmayıp, farklı dillerde telaffuz edilebildiği ve uygun bir çağrışım sağladığı için seçilmiştir.

Detlev Stalling ve Malte Westerhoff, yazılımı ticari olarak desteklenebilir bir ürün haline getirmek ve SGI olmayan bilgisayarlarda da kullanılabilir hale getirmek için yazılımın büyük bir yeniden tasarımını üstlenmiştir. Mart 1999'da ticari Amira'nın ilk versiyonu Almanya'nın Hannover kentindeki CeBIT fuarında SGI IRIX ve Hewlett-Packard UniX (HP-UX) stantlarında sergilenmiştir. Bunu takip eden on iki ay içinde Linux ve Microsoft Windows sürümleri izlemiştir. Daha sonra Mac OS X desteği eklenmiştir. Gerçekten – Visual Concepts GmbH, Amira'nın dünya çapındaki distribütörü olarak Bordeaux, Fransa ve San Diego, Amerika Birleşik Devletleri merkezli TGS, Inc.'i seçilmiştir. Sonraki dört yıl içinde beş ana yayın (versiyon 3.1'e kadar) tamamlanmıştır.

2003 yılında hem Indeed – Visual Concepts GmbH hem de TGS, Inc. Massachusetts merkezli Mercury Computer Systems, Inc. (NASDAQ:MRCY) tarafından satın alınmıştır. Mercury'nin daha sonra Visage Imaging olarak adlandırılan yeni kurulan yaşam bilimleri iş biriminin bir parçası olmuştur. 2009 yılında, Mercury Computer Systems, Inc., Visage Imaging'i yeniden üretti ve radyoloji bilgi sistemleri ve tıbbi BT çözümlerinin önde gelen sağlayıcısı olan Melbourne, Avustralya merkezli Promedicus Ltd'ye (ASX:PME) satmıştır. Bu süre boyunca, Amira Berlin, Almanya'da ve hala Amira'nın orijinal yaratıcıları tarafından yönetilen ZIB ile yakın işbirliği içinde geliştirilmeye devam etmiştir. Fransa, Bordeaux'da bulunan TGS, Mercury Computer Systems tarafından bir Fransız yatırımcıya satılmıştır. Ayrıca adı Visualization Sciences Group (VSG) olarak değiştirilmiştir. VSG, aynı kaynak koduna dayanan ancak malzeme bilimleri için özelleştirilmiş Avizo adlı tamamlayıcı bir ürün üzerinde çalışmaya devam etmiştir.

Ağustos 2012'de, o tarihe kadar Amira'nın en büyük OEM satıcısı olan FEI, VSG'yi ve Amira işini Promedicus'tan satın almıştır. Bu, iki yazılım kardeş Amira ve Avizo'yu tekrar bir araya getirmiştir. Ağustos 2013'te Görselleştirme Bilimleri Grubu (VSG), FEI'nin bir iş birimi haline gelmiştir. 2016 yılında FEI, Thermo Fisher Scientific tarafından satın almıştır. Ayırca, 2017 başlarında Malzeme ve Yapısal Analiz bölümünün bir parçası olmuştur.

Amira ve Avizo halen iki farklı ürün olarak pazarlanmaktadır. Yaşam bilimleri için Amira ve malzeme bilimi için Avizo kullanılmaktadır. Ancak geliştirme çabaları şimdi bir kez daha birleştirilmiştir. Bu arada Amira/Avizo yazılımını kullanan bilimsel makale sayısı 10 bin mertebesindedir. Başlangıçta olduğu gibi, Amira yol haritası, dünyanın dört bir yanındaki Amira kullanıcılarının, genellikle alanlarında öncü olan, yanıtlamaya çalıştıkları zorlu bilimsel sorular tarafından yönlendirilmeye devam etmektedir.

Amira seçenekleri

Amira seçenekleri

  • Mikroskopi verileri için özel okuyucular
  • Görüntü ters evrişim
  • Hemen hemen her mikroskoptan elde edilen 3D görüntülerin keşfi
  • Mikroskopi görüntülerinden filament ağlarının çıkarılması ve düzenlenmesi

DICOM okuyucu

  • Klinik ve klinik öncesi verilerin DICOM formatında içe aktarılması

Kafes seçeneği

  • Parçalı görüntü verilerinden 3B sonlu eleman (FE) ağlarının oluşturulması
  • Birçok son teknoloji FE çözücü formatı desteği
  • Skaler, vektör ve tensör alanı görüntüleme modüllerini kullanarak simülasyon ağı tabanlı sonuçların yüksek kaliteli görselleştirilmesi

İskeletleştirme seçeneği

  • Sinir ve damar ağlarının yeniden yapılandırılması ve analizi
  • İskeletleştirilmiş ağların görselleştirilmesi
  • Ağ bölümlerinin uzunluk ve çap ölçümü
  • Bir ağaç grafiğinde bölümlerin sıralanması
  • Bir ağaç grafiğinde bölümlerin sıralanması

Moleküler seçenekler

  • Molekül modellerinin görselleştirilmesi için gelişmiş araçlar
  • Donanım hızlandırmalı hacim oluşturma
  • Güçlü molekül düzenleyici
  • Karmaşık moleküler görselleştirme için özel araçlar

Geliştirici seçenekleri

  • Görselleştirme veya veri işleme için yeni özel bileşenlerin oluşturulması
  • Yeni dosya okuyucularının veya yazarlarının uygulanması
  • C++ programlama dili
  • Hızlı bir başlangıç için geliştirme sihirbazı

Nöro seçeneği

  • DTI ve beyin perfüzyonu için tıbbi görüntü analizi
  • Birkaç akış hattı tabanlı algoritmayı destekleyen fiber izleme
  • Kullanıcı tanımlı kaynak ve hedef bölgelere göre fiber demetlerine fiber ayırma
  • Tensör alanlarının hesaplanması, difüzyon ağırlıklı haritalar
  • Tensör alanlarının özdeğer ayrıştırması
  • Ortalama geçiş süresi, beyin kan akımı ve beyin kan hacminin hesaplanması

VR seçenekleri

  • Büyük döşemeli ekranlarda veya sürükleyici Sanal Gerçeklik (VR) ortamlarında verilerin görselleştirilmesi
  • 3D navigasyon cihazlarının desteği
  • Hızlı çok iş parçacıklı ve dağıtılmış işleme

Çok büyük veri seçeneği

  • Verimli çekirdek dışı veri yönetimi kullanarak mevcut ana belleği aşan görüntü verilerinin görselleştirilmesi için destek
  • Çekirdek dışı veriler üzerinde çalışmak için ortogonal ve eğik dilimleme, hacim oluşturma ve eş yüzey oluşturma gibi birçok standart modülün uzantıları

Uygulama alanları

Kaynakça

  1. ^ Stalling, D.; Westerhoff, M.; Hege, H.-C. (2005). C.D. Hansen and C.R. Johnson (Ed.). "Amira: A Highly Interactive System for Visual Data Analysis". The Visualization Handbook: 749-767. CiteSeerX 10.1.1.129.6785 $2. doi:10.1016/B978-012387582-2/50040-X. ISBN 9780123875822. 
  2. ^ Adam, R.; Smith, A.R.; Sieren, J.C.; Eggleston, T.; McLennan, G. (2010). "Characterization Of The Airways And Lungs For The FABP/CFTR-Knockout Mouse Using Micro-Computed Tomography And Large Image Microscope Array" (PDF). American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. 181: A6264. doi:10.1164/ajrccm-conference.2010.181.1_meetingabstracts.a6264. 
  3. ^ Awasthi, V.; Holter, J.; Thorp, K.; Anderson, S.; Epstein, R. (2010). "F-18-fluorothymidine-PET evaluation of bone marrow transplant in a rat model". Nuclear Medicine Communications. 31 (2): 152-158. doi:10.1097/mnm.0b013e3283339f92. PMID 19966596. 
  4. ^ a b Ayers, G.D.; McKinley, E.T.; Zhao, P.; Fritz, J.M.; Metry, R.E.; Deal, B.C.; Adlerz, K.M.; Coffey, R.J.; Manning, H.C. (2010). "Volume of Preclinical Xenograft Tumors Is More Accurately Assessed by Ultrasound Imaging Than Manual Caliper Measurements". Journal of Ultrasound in Medicine. 29 (6): 891-901. doi:10.7863/jum.2010.29.6.891. PMC 2925269 $2. PMID 20498463. 2 Ağustos 2012 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 28 Haziran 2021. 
  5. ^ Dlasková, A.; Spacek, T.; Santorová, J.; Plecitá-Hlavatá, L.; Berková, Z.; Saudek, F.; Lessard, M.; Bewersdorf, J.; Jezek, P. (2010). "4Pi microscopy reveals an impaired three-dimensional mitochondrial network of pancreatic islet beta-cells, an experimental model of type-2 diabetes". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics. 1797 (6–7): 1327-1341. doi:10.1016/j.bbabio.2010.02.003. PMID 20144584. 
  6. ^ Clark, N.D.L.; Daly., C. (2010). "Using confocal laser scanning microscopy to image trichome inclusions in amber" (PDF). Journal of Paleontological Techniques. 8. 4 Mart 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi (PDF). Erişim tarihi: 28 Haziran 2021. 
  7. ^ Amstalden van Hove, E.R.; Blackwell, T.R.; Klinkert, I.; Eijkel, G.B.; Heeren, R.; Glunde, K. (2010). "Multimodal Mass Spectrometric Imaging of Small Molecules Reveals Distinct Spatio-Molecular Signatures in Differentially Metastatic Breast Tumor Models". Cancer Research. 70 (22): 9012-9021. doi:10.1158/0008-5472.can-10-0360. PMC 5555163 $2. PMID 21045154. 
  8. ^ Sherman, D.M. (2010). "Metal complexation and ion association in hydrothermal fluids: insights from quantum chemistry and molecular dynamics". Frontiers in Geofluids. Geofluids. 10. ss. 41-57. doi:10.1002/9781444394900.ch4. ISBN 9781444394900. 6 Ocak 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. 
  9. ^ O'Neill, S.M.; Jones, T.W. (2010). "Three-Dimensional Simulations of Bi-Directed Magnetohydrodynamic Jets Interacting with Cluster Environments". The Astrophysical Journal. 710 (1): 180-196. arXiv:1001.1747 $2. Bibcode:2010ApJ...710..180O. doi:10.1088/0004-637x/710/1/180. 
  10. ^ Baharoglu, M.I.; Schirmer, C.M.; Hoit, D.A.; Gao, B.L.; Malek, A.M. (2010). "Aneurysm Inflow-Angle as a Discriminant for Rupture in Sidewall Cerebral Aneurysms". Morphometric and Computational Fluid Dynamic Analysis. 22 Haziran 2010 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 17 Mayıs 2012. 
  11. ^ Bardyn, T.; Gédet, P.; Hallermann, W.; Büchler., P. (2010). "Prediction of dental implant torque with a fast and automatic finite element analysis: a pilot study". Oral Surgery, Oral Medicine, Oral Pathology, Oral Radiology, and Endodontology. 109 (4): 594-603. doi:10.1016/j.tripleo.2009.11.010. PMID 20163974. 
  12. ^ Shearing, P.R.; Gelb, J.; Yi, J.; Lee, W.K.; Drakopolous, M.; Brandon, N.P. (2010). "Analysis of Triple Phase Contact in Ni-YSZ Microstructures Using Non-destructive X-ray Tomography with Synchrotron Radiation". Electrochemistry Communications. 12 (8): 1021-1024. doi:10.1016/j.elecom.2010.05.014 Özgürce erişilebilir. 
  13. ^ Jährling, N.; Becker, K.; Schönbauer, C.; Schnorrer, F.; Dodt, H.U. (2010). "Three-dimensional reconstruction and segmentation of intact Drosophila by ultramicroscopy". Frontiers in Systems Neuroscience. 4: 1. doi:10.3389/neuro.06.001.2010. PMC 2831709 $2. PMID 20204156. 
  14. ^ Zheng, G. (2010). "Statistical shape model-based reconstruction of a scaled, patient-specific surface model of the pelvis from a single standard AP x-ray radiograph". Medical Physics. 37 (4): 1424-1439. Bibcode:2010MedPh..37.1424Z. doi:10.1118/1.3327453. PMID 20443464. 11 Temmuz 2012 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 15 Mayıs 2019. 
  15. ^ Rodriguez-Soto, A.E.; Fritscher, K.D.; Schuler, B.; Issever, A.S.; Roth, T.; Kamelger, F.; Kammerlander, C.; Blauth, M.; Schubert, R.; Link, T.M. (2010). "Texture Analysis, Bone Mineral Density, and Cortical Thickness of the Proximal Femur: Fracture Risk Prediction". Journal of Computer Assisted Tomography. 34 (6): 949-957. doi:10.1097/rct.0b013e3181ec05e4. PMID 21084915. 
  16. ^ a b Leischner, U.; Schierloh, A.; Zieglgänsberger, W.; Dodt, H.U. (2010). "Formalin-Induced Fluorescence Reveals Cell Shape and Morphology in Biological Tissue Samples". PLOS ONE. 5 (4): e10391. Bibcode:2010PLoSO...510391L. doi:10.1371/journal.pone.0010391. PMC 2861007 $2. PMID 20436930. 
  17. ^ Felts, R.L.; Narayan, K.; Estes, J.D.; Shi, D.; Trubey, C.M.; Fu, J.; Hartnell, L.M.; Ruthel, G.T.; Schneider, D.K.; Nagashima, K. (2010). "3D visualization of HIV transfer at the virological synapse between dendritic cells and T cells". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107 (30): 13336-13341. Bibcode:2010PNAS..10713336F. doi:10.1073/pnas.1003040107. PMC 2922156 $2. PMID 20624966. 
  18. ^ Taylor, D.J.; Doorly, D.J.; Schroter, R.C. (2010). "Inflow boundary profile prescription for numerical simulation of nasal airflow". Journal of the Royal Society Interface. 7 (44): 515-527. doi:10.1098/rsif.2009.0306. PMC 2842801 $2. PMID 19740920. 
  19. ^ Lucas, B.C.; Bogovic, J.A.; Carass, A.; Bazin, P.L.; Prince, J.L.; Pham, D.L.; Landman, B.A. (2010). "The Java Image Science Toolkit (JIST) for Rapid Prototyping and Publishing of Neuroimaging Software". Neuroinformatics. 8 (1): 5-17. doi:10.1007/s12021-009-9061-2. PMC 2860951 $2. PMID 20077162. 
  20. ^ Dasgupta, S.; Feleppa, E.; Ramachandran, S.; Ketterling, J.; Kalisz, A.; Haker, S.; Tempany, C.; Porter, C.; Lacrampe, M.; Isacson, C. (2007). "8A-4 Spatial Co-Registration of Magnetic Resonance and Ultrasound Images of the Prostate as a Basis for Multi-Modality Tissue-Type Imaging". 2007 IEEE Ultrasonics Symposium Proceedings. ss. 641-643. doi:10.1109/ULTSYM.2007.166. ISBN 978-1-4244-1383-6. 
  21. ^ Oberlaender, M.; Bruno, R.M.; Sakmann, B.; Broser, P.J. (2007). "Transmitted light brightfield mosaic microscopy for three-dimensional tracing of single neuron morphology". Journal of Biomedical Optics. 12 (6): 064029. Bibcode:2007JBO....12f4029O. doi:10.1117/1.2815693. PMID 18163845. 18 Temmuz 2012 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 15 Mayıs 2019. 
  22. ^ Lamecker, H.; Mansi, T.; Relan, J.; Billet, F.; Sermesant, M.; Ayache, N.; Delingette., H. (2009). "Adaptive Tetrahedral Meshing for Personalized Cardiac Simulations". CiteSeerX 10.1.1.698.4292 $2. 
  23. ^ Boretius, S.; Michaelis, T.; Tammer, R.; Ashery-Padan, R.; Frahm, J.; Stoykova, A. (2009). "In vivo MRI of altered brain anatomy and fiber connectivity in adult pax6 deficient mice". Cerebral Cortex. 19 (12): 2838-2847. doi:10.1093/cercor/bhp057 Özgürce erişilebilir. PMID 19329571. 
  24. ^ Kohjiya, S.; Katoh, A.; Suda, T.; Shimanuki, J.; Ikeda, Y. (2006). "Visualisation of carbon black networks in rubbery matrix by skeletonisation of 3D-TEM image". Polymer. 47 (10): 3298-3301. doi:10.1016/j.polymer.2006.03.008. 
  25. ^ Clements, R.J.; Mintz, E.M.; Blank, J.L. (2009). "High resolution stereoscopic volume visualization of the mouse arginine vasopressin system". Journal of Neuroscience Methods. 187 (1): 41-45. doi:10.1016/j.jneumeth.2009.12.011. PMID 20036282. 
  26. ^ Ohno, N.; Kageyama., A. (2009). "Region-of-interest visualization by CAVE VR system with automatic control of level-of-detail". Computer Physics Communications. 181 (4): 720-725. Bibcode:2010CoPhC.181..720O. doi:10.1016/j.cpc.2009.12.002. 
  27. ^ Dyer, D.S. (1990). "A dataflow toolkit for visualization". Computer Graphics and Applications. 10 (4): 60-69. doi:10.1109/38.56300. 
  28. ^ Foulser, D. (1995). "IRIS Explorer: A framework for investigation". Computer Graphics. 29 (2): 13-16. doi:10.1145/204362.204365. 
  29. ^ "DFG Project: Algorithmen zur Planung und Kontrolle von Hyperthermiebehandlungen". DFG Deutsche Forschungsgemeinschaft. 20 Eylül 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 28 Ocak 2015. 
  30. ^ "DFG Project SFB 273: Hyperthermia: Methodics and Clinics". DFG Deutsche Forschungsgemeinschaft. 20 Eylül 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 28 Ocak 2015. 
  31. ^ Strauss, P.S. (1993). "IRIS Inventor, a 3D graphics toolkit". ACM SIGPLAN Notices. 28 (10): 192-200. doi:10.1145/167962.165889. 
  32. ^ a b c de Boer, B.A.; Soufan, A.T.; Hagoort, J.; Mohun, T.J.; van den Hoff, M.J.B; Hasman, A.; Voorbraak, F.P.J.M.; Moorman, A.F.M.; Ruijter, J.M. (2011). "The interactive presentation of 3D information obtained from reconstructed datasets and 3D placement of single histological sections with the 3D portable document format". Development. 138 (1): 159-167. doi:10.1242/dev.051086. PMC 2998169 $2. PMID 21138978. 
  33. ^ Specht, M.; Lebrun, R.; Zollikofer, C.P.E. (2007). "Visualizing shape transformation between chimpanzee and human braincases" (PDF). The Visual Computer: International Journal of Computer Graphics Archive. 23 (9): 743-751. CiteSeerX 10.1.1.108.7163 $2. doi:10.1007/s00371-007-0156-1. 22 Eylül 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi (PDF). Erişim tarihi: 28 Haziran 2021. 
  34. ^ a b c Gaemers, I.C.; Stallen, J.M.; Kunne, C.; Wallner, C.; van Werven, J.; Nederveen, A.; Lamers, W.H. (2011). "Lipotoxicity and steatohepatitis in an overfed mouse model for non-alcoholic fatty liver disease" (PDF). Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Basis of Disease. 1812 (4): 447-458. doi:10.1016/j.bbadis.2011.01.003. PMID 21216282. 28 Haziran 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi (PDF). Erişim tarihi: 28 Haziran 2021. 
  35. ^ a b Kudryashev, Mikhail; Cyrklaff, Marek; Alex, Björn; Lemgruber, Leandro; Baumeister, Wolfgang; Wallich, Reinhard; Frischknecht, Friedrich (2011). "Evidence of direct cell–cell fusion in Borrelia by cryogenic electron tomography". Cellular Microbiology (İngilizce). 13 (5): 731-741. doi:10.1111/j.1462-5822.2011.01571.x. ISSN 1462-5822. 28 Haziran 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 28 Haziran 2021. 
  36. ^ Meisslitzer-Ruppitsch, C.; Röhrl, C.; Ranftler, C.; Neumüller, J.; Vetterlein, M.; Ellinger, A.; Pavelka, M. (2011). "The ceramide-enriched trans-Golgi compartments reorganize together with other parts of the Golgi apparatus in response to ATP-depletion". Histochemistry and Cell Biology. 135 (2): 159-171. doi:10.1007/s00418-010-0773-z. PMID 21225431. 
  37. ^ Bevan, R.L.T.; Sazonov, I.; Saksono, P.H.; Nithiarasu, P.; van Loon, R.; Luckraz, H.; Ashral, S. (2011). "Patient-specific blood flow simulation through an aneurysmal thoracic aorta with a folded proximal neck". Numerical Methods in Biomedical Engineering. 27 (8): 1167-1184. doi:10.1002/cnm.1425. 
  38. ^ Jiang, Y.; Johnson, G.A. (2010). "Microscopic Diffusion Tensor Imaging of the Mouse Brain". NeuroImage. 50 (2): 465-471. doi:10.1016/j.neuroimage.2009.12.057. PMC 2826147 $2. PMID 20034583. 
  39. ^ Bujotzek, A.; Shan, M.; Haag, R.; Weber, M. (2011). "Towards a rational spacer design for bivalent inhibition of estrogen receptor". Journal of Computer-Aided Molecular Design. 25 (3): 253-262. Bibcode:2011JCAMD..25..253B. doi:10.1007/s10822-011-9417-1. PMID 21331802. 
  40. ^ a b Cai, W.; Lee, E.Y.; Vij, A.; Mahmood, S.A.; Yoshida, H. (2011). "MDCT for Computerized Volumetry of Pneumothoraces in Pediatric Patients". Academic Radiology. 18 (3): 315-23. doi:10.1016/j.acra.2010.11.008. PMC 3072076 $2. PMID 21216160. 
  41. ^ a b Irving, S.; Moore, D.R.; Liberman, M.C.; Sumner, C.J. (2011). "Olivocochlear Efferent Control in Sound Localization and Experience-Dependent Learning". Journal of Neuroscience. 31 (7): 2493-2501. doi:10.1523/jneurosci.2679-10.2011. PMC 3292219 $2. PMID 21325517. 
  42. ^ Kübel, C.; Voigt, A.; Schoenmakers, R.; Otten, M.; Su, D.; Lee, TC.; Carlsson, A.; Bradley, J. (2005). "Recent Advances in Electron Tomography: TEM and HAADF-STEM Tomography for Materials Science and Semiconductor Applications". Microsc. Microanal. 11 (5): 378-400. doi:10.1017/S1431927605050361. OSTI 888597. PMID 17481320. 
  43. ^ Chan, S.; Li, P.; Locketz, G.; Salisbury, K.; Blevins, N.H. (2016). "High-fidelity haptic and visual rendering for patient-specific simulation of temporal bone surgery". Computer Assisted Surgery. 11 (1): 85-101. doi:10.1080/24699322.2016.1189966 Özgürce erişilebilir. PMID 2797394. 
  44. ^ a b Obenaus, A.; Hayes, P. (2011). Drill hole defects: induction, imaging, and analysis in the rodent. Methods in Molecular Biology. 690. ss. 301-314. doi:10.1007/978-1-60761-962-8_20. ISBN 978-1-60761-961-1. PMID 21043001. 
  45. ^ Ertürk, A.; Mauch, C.P.; Hellal, F.; Förstner, F.; Keck, T.; Becker, K.; Jährling, N.; Steffens, H.; Richter, M.; Hübener, M.; Kramer, E.; Kirchhoff, F.; Dodt; Bradke, F. (2011). "Three-dimensional imaging of the unsectioned adult spinal cord to assess axon regeneration and glial responses after injury". Nature Medicine. 18 (1): 166-171. doi:10.1038/nm.2600. PMID 22198277. 15 Eylül 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 28 Haziran 2021. 
  46. ^ Carlson, K.J.; Wrangham, R.W.; Muller, M.N.; Sumner, D.R.; Morbeck, M.E.; Nishida, T.; Yamanaka, A.; Boesch, C. (2011). Comparisons of Limb Structural Properties in Free-ranging Chimpanzees from Kibale, Gombe, Mahale, and Tai Communities. Primate Locomotion. ss. 155-182. doi:10.1007/978-1-4419-1420-0_9. ISBN 978-1-4419-1419-4. 
  47. ^ Hartwig, T.; Streitparth, F.; Gro, C.; Müller, M.; Perka, C.; Putzier, M.; Strube, P. (2011). "Digital 3-Dimensional Analysis of the Paravertebral Lumbar Muscles After Circumferential Single-level Fusion". Journal of Spinal Disorders & Techniques. 30 (6): E702-E706. doi:10.1097/BSD.0000000000000249. PMID 28632556. 
  48. ^ Lee, J.; Eddington, D.K.; Nadol, J.B. (2011). "The Histopathology of Revision Cochlear Implantation". Audiology and Neurotology. 16 (5): 336-346. doi:10.1159/000322307 Özgürce erişilebilir. PMC 7265424 $2. PMID 21196725. 
  49. ^ Han, M.; Kim, C.; Mozer, P.; Schafer, F.; Badaan, S.; Vigaru, B.; Tseng, K.; Petrisor, D.; Trock, B.; Stoianovici, D. (2011). "Tandem-robot Assisted Laparoscopic Radical Prostatectomy to Improve the Neurovascular Bundle Visualization: A Feasibility Study" (PDF). Urology. 77 (2): 502-6. doi:10.1016/j.urology.2010.06.064. PMC 3051397 $2. PMID 21067797. 15 Şubat 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi (PDF). Erişim tarihi: 28 Haziran 2021. 

Ek bağlantılar

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Antibiyotik</span> bakteriyel enfeksiyonların tedavisinde ve önlenmesinde kullanılan ilaç

Antibiyotik, bakterilere karşı aktif olan bir tür antimikrobiyal maddedir. Bakteriyel enfeksiyonlarla savaşmak için en önemli antibakteriyel ajan türüdür ve antibiyotik ilaçlar bu tür enfeksiyonların tedavisinde ve önlenmesinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Bakterileri öldürebilir ya da büyümelerini engelleyebilirler. Sınırlı sayıda antibiyotik de antiprotozoal aktiviteye sahiptir. Antibiyotikler soğuk algınlığı veya gribe neden olan virüsler gibi virüslere karşı etkili değildir; virüslerin büyümesini engelleyen ilaçlar antibiyotik yerine antiviral ilaçlar veya antiviraller olarak adlandırılır. Mantarlara karşı da etkili değildirler; mantarların büyümesini engelleyen ilaçlara antifungal ilaçlar denir.

<span class="mw-page-title-main">Parkinson hastalığı</span> beynin alt kısımlarındaki gri cevher çekirdeklerinin bozukluğuna bağlı bir sinir sistemi hastalığıdır

Parkinson hastalığı (PH) veya kısaca Parkinson, başlıca merkezî sinir sisteminin etkilendiği, uzun süreli bir nörodejeneratif hastalıktır ve hem motor hem de motor olmayan sistemleri etkiler. Semptomlar genellikle yavaş yavaş ortaya çıkar ve hastalık ilerledikçe motor olmayan semptomlar daha yaygın hale gelir.

<span class="mw-page-title-main">Kalp krizi</span> Kalbin bir kısmına kan akışının kesilmesi

Kalp krizi, kalp enfarktüsü ya da akut miyokard enfarktüsü, kan akımının azalması veya durması sonucunda koroner arterlerden birinde meydana gelen enfarktüs ile karakterize edilir. Tipik belirtiler arasında, sıklıkla sol omuz, kol veya çeneye yayılan, göğüs kemiğinin arkasında (retrosternal) göğüs ağrısı veya rahatsızlığı bulunur. Bu ağrı, bazen mide yanması gibi algılanabilir.

Pozitron emisyon tomografisi adı verilen ve damar yolu ile enjekte edilen metabolik radyoaktif ajanların biriktiği normal veya patolojik dokuları görüntüleyen bir sintigrafi ve tomografi tekniği. Genel anlamda metabolik veya fonksiyonel görüntüleme için kullanılır.

<span class="mw-page-title-main">Alzheimer hastalığı</span> günlük yaşamsal etkinliklerde azalma ve bilişsel yeteneklerde bozulmayla karakterize edilmiş, nöropsikiyatrik belirtilerin ve davranış değişikliklerinin eşlik ettiği nörodejeneratif bir hastalık

Alzheimer hastalığı (AH), genellikle yavaş yavaş başlayan ve giderek kötüleşen nörodejeneratif bir hastalıktır ve demans vakalarının %60-70'inin nedenidir. En sık görülen erken belirti yakın zamanda yaşanan olayları hatırlamada zorluktur.

<span class="mw-page-title-main">Peter Medawar</span> İngiliz-Brezilyalı biyolog (1915 – 1987)

Sir Peter Brian Medawar, Brezilyalı/İngiliz biyolog. Graft reddi ve kazanılmış immün tolerans ile ilgili keşifleri organ nakli uygulamalarında önemli bir yer edinmiştir. 1960 yılında Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülü'ne Sir Frank Macfarlane Burnet ile birlikte layık görüldü.

<span class="mw-page-title-main">BrainMaps</span>

BrainMaps, ABD Sağlık ve İnsan Servisleri Departmanına bağlı National Institutes of Health (NIH) tarafından oluşturulmuş interaktif, büyütülebilir, yüksek çözünürlüklü dijital beyin görüntülerinin yer aldığı bir atlas ve sanal mikroskopi veri tabanı sitesidir. Sitede 20 milyon megapiksel 'dan fazla primat ve primat dışı beyinlerini içeren seri görüntüler, mikroskopik imajlar, histopatolojik örnekler mevcuttur. Sitede beyin yapısı ve fonksiyonlarına ilişkin bilgiler yüksek hızlı bir veritabanı ile sunulur. BrainMaps yapılmış en kapsamlı online nöroloji veritabanı, görüntü deposu ve tüm beyin yapılarını içeren görüntü atlaslarından birisidir.

<span class="mw-page-title-main">Hepatit</span> Karaciğer inflamasyonu

Hepatit, karaciğer hücrelerinde inflamasyon ile karakterize tıbbi durumdur. İsim Yunanca hepar (ἧπαρ); hepat- (ἡπατ-), karaciğer kökünden ve sonek -itis, "inflamasyon" 'dan türemiştir (c. 1727) Karaciğerdeki inflamasyon zamanla kendini sınırlayabilir ya da fibrozis ve siroza ilerleyebilir.

<span class="mw-page-title-main">Phillip Allen Sharp</span> Amerikalı biyolog

Phillip Allen Sharp, Amerikan genetikçi ve moleküler biyolog. RNA bağlanmasının kaşiflerinden biridir. Richard J. Roberts ile birlikte ökaryot hücrelerinin DNA dizelerindeki genlerin bitişik sırada olmadığını, aralarda intron denilen okunmayan ve protein sentezine katılmayan bölümlerin olduğunu keşfettiler. Bu sayede mRNA'lar aynı DNA dizesinden bu bölümleri farklı şekilde silmeleri ile farklı proteinleri kodlayabilmektedir. İkili bu keşifleri ile 1993 Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülünü kazanmışlardır.

<span class="mw-page-title-main">Frederick Sanger</span>

Frederick Sanger, İngiliz biyokimyager. 1958 ve 1980 yıllarında 2 kez Nobel Kimya Ödülü kazanmıştır. 1958 yılında "proteinlerin, özellikle de insülinin yapısı üzerine çalışmaları için" Nobel Kimya Ödülü kazanmıştır ve bu ödülü aynı kategoride 2 kez kazanan tek kişidir. 1980 yılında da "nükleik asitlerdeki baz dizilerinin belirlenmesiyle ilgili katkıları nedeniyle" Walter Gilbert ile birlikte bu ödülü kazanmıştır. Aynı yıl ayrıca Paul Berg, "nükleik asitlerin, özellikle de rekombinant DNA'nın biyokimyası üzerine temel çalışmaları için" ödülü kazanan diğer isim olmuştur.

Bu liste, nükleik asit simülasyonları için kullanılan bilgisayar programlarının bir listesidir.

<span class="mw-page-title-main">Unikonta</span>

Amorphea veya Unikonta, Amoebozoa ve Obazoa'yı içeren taksonomik bir grupdur. Bu sınıfın üyelerinin taksonomik yakınlıkları ilk olarak 2002 yılında Thomas Cavalier-Smith tarafından açıklanmıştır.

<span class="mw-page-title-main">Viridiplantae</span>

Viridiplantae, yaklaşık 450.000-500.000 tür içeren ve hem karasal hem de sucul ekosistemlerde önemli roller oynayan ökaryotik canlılar grubudur. Öncelikle sucul olan yeşil algler ve içlerinden çıkan kara bitkilerinden oluşurlar. Yeşil algler, geleneksel sınıflandırmada kara bitkilerini içermez ve bu da yeşil algleri parafiletik bir grup yapar. Kara bitkilerinin yeşil alglerin içinden çıktığının anlaşılmasından bu yana, bazı yazarlar bitkileri de yeşil alglere atıyorlar. Hücre duvarlarında selüloz bulunan hücrelere ve klorofil a ve b içeren ve fikobilin içermeyen siyanobakterilerle endosimbiyozdan türetilen birincil kloroplastlara sahiptirler.

<span class="mw-page-title-main">Holozoa</span>

Holozoa, hayvanları ve en yakın tek hücreli akrabalarını içeren ancak mantarları hariç tutan bir canlı grubudur. Holozoa ayrıca tunik cinsi Distaplia için kullanılan eski bir isimdir.

<span class="mw-page-title-main">Filasterea</span>

Filasterea, Ministeria ve Capsaspora'yı içeren önerilen bir bazal Filozoan kladıdır. Choanoflagellatea ve Hayvanların grubu olan Choanozoa'nın kardeş grubudur. İlk 2008'de olarak Shalchian-Tabrizi ve diğerleri tarafından, düzinelerce gen ile filogenomik bir analize dayanarak önerilmiştir. Filasterea'nın Opisthokonta'da Metazoa ve Choanoflagellata'dan oluşan klanın kardeş grubu olduğu bulundu; bu bulgu, ek, daha fazla takson açısından zengin, filogenetik analizlerle daha da doğrulandı.

3D Slicer , görüntü analizi ve bilimsel görselleştirme için ücretsiz ve açık kaynaklı bir yazılım paketidir. Dilimleyici, otizm, multipl skleroz, sistemik lupus eritematozus, prostat kanseri, akciğer kanseri, meme kanseri, şizofreni, ortopedik biyomekanik, KOAH, kardiyovasküler hastalık ve beyin cerrahisi dahil olmak üzere çeşitli tıbbi uygulamalarda kullanılmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Novialoidea</span> teruzor kladı

Novialoidea en geç Erken Jura'dan en geç Geç Kretase'ye kadar yaşamış, fosilleri Antarktika hariç tüm kıtalarda bulunmuş, soyu tükenmiş bir macronychopteran teruzor kladıdır.

<span class="mw-page-title-main">Laurasiatheria</span> memeli üst takımı

Laurasiatheria, Eulipotyphla takımı ile Scrotifera kladını içeren bir plasentalı memeliler üst takımıdır. Kardeş grubu Euarchontoglires ile birlikte Boreoeutheria magna takımını oluşturur. Laurasiatheria taksonu içinde sınıflandırılan hayvanların benzer gen dizilimlerine dayanarak keşfedildi. Grubu birleştirmek için ortak anatomik özellikler henüz ortaya konmadı. Laurasiatheria kladı DNA dizilim analizleri ve retrotranspozon varlık/yokluk verilerine göre temellendirildi. Üst takım, Pangea bölünmeye başladıktan sonra Gondvana'dan ayrılan Lavrasya süperkıtasında ortaya çıktı. En son ortak atasının yaklaşık olarak 76 ila 90 milyon yıl önce soyunun ayrıldığı varsayılmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Modern insanın yakın zamanlı Afrika kökeni</span>

Paleoantropolojide, "Afrika'dan Çıkış" teorisi, yeni tek köken hipotezi, yer değiştirme hipotezi veya yakın zamanlı Afrika kökeni modeli olarak da adlandırılan modern insanın yakın zamanlı Afrika kökeni, anatomik olarak modern insanların, coğrafi kökeni ve ilk göçlerinin bilim dünyasında yaygın kabul gören modelidir. Homo erectus ve daha sonra da Homo neanderthalensis'in, kısaca homininlerin Afrika dışına ilk yayılışlarının izini süren bir modeldir.

Bu, makromolekülleri görselleştirmek için kullanılan önemli yazılım sistemlerinin bir listesidir.


Bu sayfa, bu Vikipedi makalesine dayanmaktadır.
Metin, CC BY-SA 4.0 lisansı altında mevcuttur; ek koşullar uygulanabilir.
Görseller, videolar ve sesler kendi lisansları altında mevcuttur.