Oksijen atom numarası 8 olan ve O harfi ile simgelenen kimyasal elementtir. Oksijen ismi Yunanca ὀξύς (oxis - "asit", tam anlamıyla "keskin", asitlerin acı tadı kastedilir) ve -γενής (-genēs) ("üretici", tam anlamıyla "sebep olan şey") köklerinden gelmektedir, çünkü isimlendirildiği zamanlarda tüm asitlerin oksijen içerikli olduğu sanılırdı. Standart şartlar altında, elementin iki atomu bağlanarak çok soluk mavi renkte, kokusuz, tatsız, diatomik yapıdaki, O2 formülüne sahip dioksijen gazını oluşturur.
Bir ototrof, karbondioksit gibi basit maddelerden karbon kullanarak, genellikle ışıktan (fotosentez) veya inorganik kimyasal reaksiyonlardan (kemosentez) gelen enerjiyi kullanarak karmaşık organik bileşikler üreten bir organizmadır. Abiyotik bir enerji kaynağını organik bileşiklerde depolanan ve diğer organizmalar tarafından kullanılabilen enerjiye dönüştürürler. Ototroflar canlı bir karbon veya enerji kaynağına ihtiyaç duymazlar ve karadaki bitkiler veya sudaki algler gibi bir besin zincirindeki üreticilerdir. Ototroflar karbondioksiti indirgeyerek biyosentez için organik bileşikler ve depolanmış kimyasal yakıt yapabilirler. Çoğu ototrof indirgeyici madde olarak su kullanır, ancak bazıları hidrojen sülfür gibi diğer hidrojen bileşiklerini de kullanabilir.
Fermantasyon, hücre içinde oksijen yokluğunda meydana gelen metabolik bir faaliyet olarak ‘NAD+'yi yeniden oluşturmak için glikozun glikoliz yoluyla kısmi oksidasyonunu takip eden metabolik adımlar’ şeklinde tanımlanmaktadır. Fermantasyon anaerobik şartlarda, yani oksidatif fosforilasyon olamadığı durumlarda, glikoliz yoluyla ATP üretimini sağlayan önemli bir biyokimyasal süreçtir. Biyokimyanın fermantasyonla ilgilenen dalı zimolojidir.
Mitokondri, hücre organellerinden biridir. Yunanca mitos (iplik) ve khondrion (tane) sözcüklerinden türetilmiştir. Boyları 0,2-5 mikron arasında değişir. Şekilleri ise ovalden çubuğa kadar değişkenlik göstermektedir. Bazı hücreler tek bir büyük mitokondri içerebilse de mitokondriler hücrelerde çoğunlukla fazla sayılardadır. Sayıları hücrenin enerji ihtiyacına göre değişir. Özellikle kas ve sinir hücreleri gibi enerji ihtiyacı fazla olan hücrelerde çok sayıda mitokondri bulunur. Bir karaciğer hücresinde sayıları 2500 civarına ulaşabilir.
- Bölünüp çoğalma özelliğine sahiptirler.
- Solunum sırasında monomer organik besinler, inorganik besinlere dönüşürler.
- Görevi: Oksijenli solunum ile ATP sentezini gerçekleştirmek
- Mitokondriler, oksijenli solunum yapan ökaryotik hücrelerde bulunur. Prokaryotik hücrelerde ve memelilerin alyuvarlarında bulunmaz.
- Mitokondri hücrede enerji üreten organeldir.
- Mitokondrilerin büyüklük ve şekilleri bakterilerinkiyle benzerlik gösterir.
- Kendilerine ait ribozom, DNA ve RNA ları vardır. Mitokondriyal DNA bakterilerde olduğu gibi daireseldir ve 16,569 baz çiftinden oluşur. Mitokondri ribozomları yaklaşık olarak bakteri ribozomlarının büyüklüğündedir. Tüm bunlar Endosimbiyoz Kuramını desteklemektedir. Endosimbiyoz Kuramına göre mitokondri bir aerob prokaryotun ökaryotik hücre içine girerek simbiyotik olarak yaşayamaya başlaması sonucu gelişmiş bir organeldir.
- Mitokondriler kloroplastlar gibi çift zara sahip organellerdir.
Bacillus, çubuk ya da çomak şekilli, gram pozitif ve sporlu bir bakteri cinsidir. Bacillaceae familyasına dahildir. Sporları ısıya dayanıklıdır. Havada suda tozlarda dışkıda ve genellikle toprakta bulunur. Bacillus türleri zorunlu aerob veya fakültatif anaerob'durlar. Kültürde gelişen türleri oksijen varlığında katalaz pozitiftirler.
Rigor mortis veya ölüm sertliği, kaslardaki biyokimyasal bir değişiklikten kaynaklanan ve ölünün uzuvlarını katılaştıran bir ölüm belirtisidir. Bu olgu, oda sıcaklığındaki bir insanda ölümden 3-4 saat sonra görülmeye başlar, 12 saat sonra doruk noktasına ulaşır ve 36 saat sonra ortadan kalkar.
'Adenozin trifosfat, hücre içinde bulunan çok işlevli bir nükleotittir. İngilizce Adenosine Triphosphateden ATP olarak kısaltılır. En önemli işlevi hücre içi biyokimyasal reaksiyonlar için gereken kimyasal enerjiyi taşımaktır. Fotosentez ve hücre solunumu sırasında oluşur. ATP bunun yanı sıra RNA sentezinde gereken dört monomerden biridir. Ayrıca ATP, hücre içi sinyal iletiminde protein kinaz reaksiyonu için gereken fosfatın kaynağıdır. 3 tane fosfattan oluşur.
Enterobacteriaceae, Salmonella ve Escherichia coli gibi ünlü hastalık etkenlerini de içeren büyük bir bakteri ailesidir. Genetik araştırmalar, bu aileyi, Proteobacteria şubesine koyar. Enterobacteriales takımının içinde yer alan tek familyadır. Bilimsel yayınlarla doğrulanmış 32 cinsi mevcuttur.
Oksijenli solunum, organik besinlerden oksijen yoluyla ATP elde etme işidir. Hücrelerdeki bazı kimyasal tepkimelerde kullanılan enerjinin oksijen kullanılarak açığa çıkarılması demektir. Biyoloji ders kitapları sık sık hücresel solunum sırasında glikoz molekülü başına 38 ATP molekülü üretildiğini söylese de sızıntılı zarların yanı sıra mitokondriyal matrikse pirüvat ve ADP hareketinin maliyetinden dolayı %100 verim olamayacağından bu sayıya asla ulaşılmaz, mevcut tahminler glikoz başına 29 ilâ 30 ATP dolayındadır.
Stafilokoklar (Staphylococcus) Bacillales takımı içindeki Staphylococcaceae familyasına ait Gram-pozitif bakteri cinsidir. Mikroskop altında yuvarlak üzüm taneleri gibi görünürler. Staphylococcus türleri fakültatif anaerobik organizmalardır. Bu cins, çoğu insanlarda bulunabilen 40 tür ve 24 alt tür içermektedir. Çoğu zararsızdır ve normalde insanların ve diğer organizmaların cilt ve mukozalarında bulunur. Bazı türler spesifik olarak bazı ortamlarda bulunabilmektedirler. Örneğin Staphylococcus aureus insanda burun deliklerinde, Staphylococcus capitis yağ bezlerinin bulunduğu yerlerde, Staphylococcus haemolyticus ve Staphylococcus hominis apokrin bezlerin olduğu yerlerde bulunurlar. Ayrıca tüm dünyada rastlanan ve toprakta bulunan mikroorganizma florasının ufak bir kısmını oluştururlar.
Anaerobik solunum veya oksijensiz solunum, oksijen (O2) yerine ETS elemanlarının kullanılıp oksidasyon (yükseltgenme) sonucu ATP elde edilmesidir. Aerobik solunum (Oksijenli solunum) ile temel farkı, oksijen kullanılmamasıdır. Fermantasyon ile karıştırılmamalıdır. Anaerobik solunum yapan mikroorganizmalarda elektron taşıma zincirinin sonunda elektron alıcısı olarak oksijen yerine sülfat (SO4), nitrat (NO3) veya kükürt (S) kullanılır. Moleküler oksijenin elektron alma isteğine oranla bu maddelerin elektron alma isteği daha az olduğundan oksijeniz solunumda ortama verilen enerji de oksijenli solunumdan daha düşüktür.
Seçmeli anaerobik canlı veya fakültatif anaerobik canlı, eğer oksijen varsa aerobik solunum ile ATP yapan, yoksa fermantasyon yoluna geçebilen bir canlı. Buna karşın zorunlu anaeroblar oksijen varlığında ölürler.
Mayalar ökaryot, tek hücreli, fungi (mantarlar) alemi içerisinde sınıflandırılan mikroorganizmalardır. Kökenleri 300 milyon yıl öncesine kadar uzanmaktadır ve bilinen en az 1500 türü bulunmaktadır. Tanımlanmış tüm mantar türlerinin tahminen %1'i mayalardır. Mayalar çok hücreli atalardan evrimleşmiş, tek hücreli organizmalardır, fakat bazı türleri, pseudohif olarak bilinen, birbirine zincirleme eklenen tomurcuklanmış hücre dizileri oluşturarak, çok hücreli organizma benzeri özellikler gösterme yeteneğine sahiptirler. Maya hücreleri, türe ve çevresel ortama göre, genellikle 3–4 µm (mikrometre) olsalar da, 40 µm'ye kadar varan farklı boyutlarda olabilirler.
Nefes almak, soluk almak ya da Teneffüs havanın akciğerlere alınıp verilme işlemidir. Aerobik organizmalar enerji açığa çıkarabilmek için solunum yoluyla oksijene ihtiyaç duyar. Nefes almak vücudun ihtiyacı olan oksijenin alınıp karbondioksidin atıldığı tek işlemdir. Gaz değişimi, akciğer alveolleri ve akciğer kılcal damarlarındaki kan arasında, gazların pasif difüzyonuyla meydana gelir. Kandaki çözünmüş gazlar, kalbin kanı pompalamasıyla dolaşım sistemi yoluyla tüm vücuda yayılır. Nefes alma işlemi, nefes alma (inspirasyon) ve nefes verme (expirasyon) aşamalarından oluşur.
Oksijen doygunluğu, kandaki oksijen derişimini belirten bir terimdir. İnsan vücudu, kandaki oksijen düzeyinin çok duyarlı olarak özellikli bir değerde bulunmasına ihtiyaç duyar ve vücut bunun için gerekli düzenlemeleri yapar. İnsan kanındaki oksijen düzeyinin yüzde 97 ile 100 arasında olması olağan kabul edilir. Yüzde 90'ın altındaki oksijen düzeyi düşük olarak kabul edilir ve bu, hipoksemiye neden olabilir. Yüzde 80'in altındaki oksijen düzeyleri, bu düzeylerde beyin ve kalp gibi organların çalışması bozulabileceğinden, gecikmeksizin müdahale gerektirir. Düşük oksijen düzeyinin sürekli olması, solunum krizi ya da kalp krizi ile sonuçlanabilir.
Pastör (Pasteur) etkisi, oksijenin fermantasyon olayı üzerine olan inhibitör etkisidir.
Halofiller, yüksek tuz konsantrasyonlarında gelişen ekstremofil organizmalardır. Halofil adı, Yunanca "tuz seven" kelimesinden gelmektedir. Çoğu halofil Arkea aleminde sınıflandırılırken; bakteriyel olan halofiller de vardır. Bir alg türü olan Dunaliella salina ile Wallemia ichthyophaga mantar türü gibi bazı ökaryot halofiller de bulunmaktadır.
Fototroflar (Yunanca: φῶς, φωτός = ışık, τροϕή = beslenme) karmaşık organik bileşikler (karbonhidratlar gibi) üretmek ve bundan enerji elde etmek için foton yakalayan organizmalardır. Hücresel çeşitli metabolik süreçleri gerçekleştirmek için ışıktan gelen enerjiyi kullanırlar. Fototrofların zorunlu olarak fotosentetik olduğu yaygın bir yanılgıdır. Hepsi olmasa da birçok fototrof sıklıkla fotosentez yapar: karbon dioksiti yapısal olarak, fonksiyonel olarak veya daha sonraki katabolik süreçler için bir kaynak olarak (örneğin nişasta, şeker ve yağ şeklinde) kullanılmak üzere anabolik olarak organik maddeye dönüştürürler. Tüm fototroflar, hücrenin moleküler enerji birimini(ATP) oluşturmak adına ATP sentaz tarafından kullanılan elektrokimyasal bir devinim oluşturmak için elektron taşıma sistemini veya doğrudan proton pompalamayı kullanır. Fototroflar, ototrof ya da heterotrof olabilir. Elektron ve hidrojenin kaynağı inorganik bileşikler ise (örn. Na2S2O3, bazı mor kükürt bakterilerinde olduğu gibi veya H2S, bazı yeşil kükürt bakterilerinde olduğu gibi) bunlara litotroflar da denebilir ve bu nedenle bazı fotoototroflara fotoliotoototroflar da denir. Fototrof organizmalarına örnekler: Rhodobacter capsulatus, Chromatium, Chlorobium vb.
Pelvik inflamatuar hastalık (PİH), kadın üreme sisteminin üst kısmının, yani uterus, fallop tüpleri ve overlerin ve pelvis içinin enfeksiyonudur. Sıklıkla semptomsuz olabilir. Eğer bulgu ve semptomlar varsa, alt karın ağrısı, vajinal akıntı, ateş, idrara çıkma ile yanma, ağrılı cinsel ilişki, cinsel ilişki sonrası kanama veya düzensiz adet kanaması olabilir. Tedavi edilmeyen PİH, infertilite, ektopik gebelik, kronik pelvik ağrı ve kanser gibi uzun süreli komplikasyonlara neden olabilir.
Mikrobiyoloji, mikroorganizmaları inceleyen biyolojinin alt dallarından biridir. Mikro; gözle görülemeyecek kadar küçük, -biyo; canlı ve -loji; bilim anlamına gelmektedir. Mikrobiyoloji; mikroorganizmaların yapısı, çeşitliliği ve bunların toprak, su, bitki, gıda, hayvan ve insan vücudundaki faaliyetleriyle ilgilenmektedir.