Zatürre, pnömoni ya da batar, akciğerde görülen yangılardır. Klasik pnömonilerde, akciğerlerin hava geçitlerindeki son bölüm ve hava kesecikleri (alveoller) etkilenir. İnterstisiyel pnömonilerde, hava kesecikleri (alveoller) arasındaki bölmeler yoğunlukla etkilenen alanlardır. Akciğerler günde 10.000 litre havayı süzer. Kan dolaşımına oksijen taşıyan solunum havasıyla birlikte çok sayıda katı ve sıvı partikül ile zararlı gazlar da akciğerlere ulaşır. Solunum havası içindeki zararlı etkilere verilen tepkilerin büyük bölümü canlı etkenlerden kökenli infeksiyon hastalıklarıdır. Toksik gazların ve sıvıların büyük bölümü “kimyasal pnömoniler” olarak nitelenir.

AIDS, ilk kez 1980'lerin başında Orta ve Güney Afrika'da gündeme gelen ve giderek ürkütücü boyutlara ulaşan, etkeni HIV (İngilizce: Human Immunodeficiency Virus / Türkçe: İnsan bağışıklık yetmezliği virüsü) olan bir enfeksiyon hastalığıdır. HIV, bağışıklık sistemindeki akyuvarların (özellikle CD4+ lenfositler) yapısını bozarak ve sayısını azaltarak vücudun enfeksiyonlara karşı direncini ortadan kaldırır.

Mikrobiyoloji, mikrorganizmaları inceleyen bilim dalıdır. Bakteriler, archaea, virüsler, protistler, mayalar ve küfler gibi mikroorganizmalar mikrobiyolojinin konu alanını oluştururlar. Mikrobiyoloji bilim dalının aktif olarak kullanıldığı uygulama alanları tıp, tarım ve endüstridir.

Virüs, sadece canlı hücreleri enfekte edebilen ve böylece replike olabilen mikroskobik enfeksiyon etkenleri. Virüsler; hayvanlardan ve bitkilerden, bakterilerin ve arkelerin de içinde bulunduğu mikroorganizmalara kadar her türlü canlı şekillerine bulaşabilirler.

Herpes simpleks, Herpesviridae familyasına ait, uçuk nedeni olan bir virüstür. Herpes ismi Yunancadan ("Herpeine") gelmektedir ve de anlamı sürünmek ya da emeklemektir. Antik Yunan zamanından beri tanınan bu virüs sık sık insanları enfekte etmektedir. Bu enfeksiyonlar; hafif komplikasyonsuz mukokutanözif hastalıklardan, ölümcül olan enfeksiyonlara kadar değişebilir.

Çiçek virüsü veya Variola virus Poxviridae familyasına, Chordopoxvirinae alt familyasına, Orthopoxvirus cinsine ait olan bir DNA virüsüdür ve çiçek hastalığına sebep olur.

Rosalind Elsie Franklin DNA, RNA, virüs, kömür ve grafitin yapılarının anlaşılmasında büyük katkılarda bulunan İngiliz kimyager ve X ışını kristalografçısıdır. Kömür ve virüslerle ilgili eserleri hayatı boyunca takdir edilmesine rağmen, DNA yapısının keşfine yaptığı katkılar büyük oranda ölümünden sonra fark edildi.

Model canlı veya model organizma, belirli biyolojik olayların anlaşılması için yapılan deneylerde yaygın olarak kullanılan canlılara verilen genel isimdir. Bu canlılarda çalışılarak bulunması ümit edilen keşiflerle, canlılardaki diğer süreçlerin de açıklanacakları düşünülmektedir.

Hastalık yapıcı mikrop teorisi, birçok hastalık için şu anda kabul edilen bilimsel teoridir. Patojen veya "mikrop" olarak bilinen mikroorganizmaların hastalığa neden olabileceğini belirtir. Büyütülmeden görülemeyecek kadar küçük olan bu organizmalar insanları, diğer hayvanları ve diğer canlı konakları istila eder. Konakları içinde büyümeleri ve çoğalmaları hastalığa neden olabilir. "Mikrop" sadece bir bakteriyi değil, protistler veya mantarlar gibi herhangi bir mikroorganizma türünü ve hatta virüsler, prionlar veya viroidler gibi hastalığa neden olabilen canlı olmayan patojenleri ifade eder. Patojenlerin neden olduğu hastalıklara bulaşıcı hastalıklar denir. Bir patojen bir hastalığın temel nedeni olsa bile, çevresel ve kalıtsal faktörler genellikle hastalığın şiddetini ve potansiyel bir konakçı bireyin patojene maruz kaldığında enfekte olup olmayacağını etkiler. Patojenler, hem insanlarda hem de hayvanlarda bir bireyden diğerine geçebilen hastalık taşıyıcı ajanlardır. Bulaşıcı hastalıklara patojen mikroorganizmalar ve parazitler gibi biyolojik ajanlar neden olmaktadır.

Çocuk felcinin etkeni olan poliovirüs veya çocuk felci virüsü, Picornaviridae ailesinde yer alan Enterovirüs C türünün bir serotipidir. Üç poliovirüs serotipi vardır: tip 1, 2 ve 3.

Bir mikroorganizma veya mikrop mikroskobik bir organizmadır. Mikroorganizmaları inceleyen, Anton van Leeuwenhoek'un kendi tasarımı olan bir mikroskop kullanarak 1675'te mikroorganizmaları keşfetmesi ile başlayan bilim dalına mikrobiyoloji denir.

Herpes virüs ensefaliti, herpes simpleks virüsüne bağlı ensefalittir.

Koronavirüs ya da korona virüsü, kuşlarda ve memelilerde hastalıklara sebep olan ve Coronaviridae familyasının iki alt familyasından birini oluşturan virüslerdir. İnsanlarda genellikle ciddi olmayan virüs, nezle vakalarının önemli bir bölümüne yol açmasıyla birlikte, aralarında MERS-CoV, SARS-CoV ve COVID-19 (2019-nCoV)'un bulunduğu bazı nadir koronavirüs çeşitleri ölüm riski bulunduran solunum yolu enfeksiyonlarına neden olabilir. Koronavirüsler ineklerde ve domuzlarda ishal, tavuklarda ise üst solunum yolu hastalıklarına sebep olur.

Hepatit B hastalığı (sarılık), karaciğeri etkileyen hepatit B virüsünün (HBV) neden olduğu bulaşıcı bir hastalıktır ve bir tür viral hepatittir. Hem akut hem de kronik enfeksiyona neden olabilir. Virüs bulaştıktan sonra hastalık bulgularını yaratması, sonrasında iyileşmesi ve virüse ait vücutta bir iz kalmaması akut enfeksiyon iken, virüsün karaciğer hücrelerine yerleşerek orada uzun süreli bulunması ve çoğalması ise kronik enfeksiyondur.

Hepatit D, hem viroid hem de virüsoid ile benzerlikler paylaşan küçük, küresel zarflı bir partikül olan hepatit delta virüsünün (HDV) neden olduğu bir viral hepatittir HDV, bilinen beş hepatit virüsünden biridir: A, B, C, D ve E. HDV, yalnızca hepatit B virüsü (HBV) varlığında yayılabildiği için bir uydu virüs olarak kabul edilir. HDV bulaşı eş zamanlı olarak HBV enfeksiyonu yoluyla gerçekleşebilir (birlikte-enfeksiyon) ya da kronik hepatit B veya hepatit B taşıyıcılığında sonradan gelişebilir.

Tıbbi mikrobiyoloji veya Klinik Mikrobiyoloji mikroorganizmaları inceleyen bilim dalı olan mikrobiyoloji'nin, insan sağlığı ve tıp alanındaki uygulamalarını içeren dalıdır. Özellikle enfeksiyon hastalıklarının önlenmesi, teşhisi (diagnostik) ve tedavisi konuları üzerine odaklanır. Ayrıca, mikroorganizmaların insan sağlığını geliştirmek için kullanılmasını amaçlayan pek çok uygulamaları da içerir. İnsanlarda hastalığa sebep olan ve Tıbbi mikrobiyolojinin konu alanına giren mikroorganizmalar: bakteriler, mantarlar, Protistler ve virüslerdir. Ayrıca mikroorganizma olmasalar da, enfesiyöz proteinler olan prionlar ve insanlarda parazit olan bitki ve hayvan türleri de Tıbbi mikrobiyoloji'nin çalışma alanına girerler.

Kedi immün yetmezlik virüsü (FIV) dünya'da kedileri etkileyen bir Lentivirüs 'tür ve kedigillerin %2,5 ila %4,4'üne bulaşır. FIV, diğer iki kedi retrovirüsünden, kedi lösemi virüsünden (FeLV) ve kedi köpüklü virüsten (FFV) taksonomik olarak farklıdır ve insan bağışıklık yetmezlik virüsü (HIV) ile daha yakından ilişkilidir. FIV içinde, viral zarf (env) veya polimeraz (pol) için kodlama yapan nükleotid dizi farklılıklarına dayalı olarak beş alt tip tanımlanmıştır. FIV, AIDS benzeri bir sendroma neden olan tek primat olmayan lentivirüstür, ancak FIV, hastalığın taşıyıcıları ve aktarıcıları olarak uzun yıllar nispeten sağlıklı yaşayabildikleri için kediler için genellikle ölümcül değildir. Etkinliği belirsizliğini korusa da bir aşısı vardır. Kediler aşılamadan sonra FIV antikorları için pozitif test yapacaktır.

Maymun çiçeği virüsü, insanlarda ve diğer memelilerde maymun çiçeği hastalığına neden olan çift sarmallı bir DNA virüsü türüdür. Ortopoksvirüs cinsine ait zoonotik bir virüstür ve variola, cowpox ve vaccinia virüsleriyle yakından ilişkilidir. Maymun çiçeği virüsü oval yapıdadır ve lipoprotein bir dış membrana sahiptir. Genomu yaklaşık 190 kb'dir. Çiçek ve maymun çiçeği virüslerinin her ikisi de ortopoksvirüslerdir ve çiçek aşısı, hastalığa yakalanmadan önceki 3-5 yıl içinde yapılırsa maymun çiçeğine karşı etkilidir. İnsanlarda maymun çiçeğinin belirtileri arasında kabarcıklar oluşturan ve daha sonra kabuk bağlayan döküntü, ateş ve şişmiş lenf düğümleri bulunur. Virüs, hayvanlar ve insanlar arasında lezyonlara veya vücut sıvılarına doğrudan temas yoluyla bulaşabilir. Virüse maymunlardan izole edildikten sonra maymun çiçeği virüsü adı verildi, ancak bu virüsün taşıyıcılarının çoğu daha küçük memelilerdir.

Viral uyku, patojenik bir virüsün, viral yaşam döngüsünün lizojenik kısmı olarak belirtilen, bir hücre içinde uykuda kalma yeteneğidir. Gizli bir viral enfeksiyon, kronik bir viral enfeksiyondan ayrılan bir tür kalıcı viral enfeksiyondur. Gecikme, belirli virüslerin yaşam döngülerinde, ilk enfeksiyondan sonra virüs parçacıklarının çoğalmasının durduğu aşamadır. Bununla birlikte, viral genom ortadan kaldırılmamıştır. Virüs, konakçının dışarıdan yeni bir virüs ile tekrar enfekte olmasına gerek duymadan yeniden aktifleşebilir ve büyük miktarlarda viral nesil üretmeye başlayabilir ve süresiz olarak konakçı içinde kalabilir.

Martinus Willem Beijerinck, viroloji ve çevresel mikrobiyolojinin kurucularından biri olan Hollandalı mikrobiyolog ve botanikçidir. "Contagium vivum liquidum" adını verdiği virüslerin keşfiyle tanınır.