Bakteri (İngilizce telaffuz: [bækˈtɪəriə] (
dinle); tekil isim: bacterium), tek hücreli mikroorganizma grubudur. Tipik olarak birkaç mikrometre uzunluğunda olan bakterilerin çeşitli şekilleri vardır, kimi küresel, kimi spiral şekilli, kimi çubuksu, kimi virgül şeklinde olabilir. Yeryüzündeki her ortamda bakteriler mevcuttur. Toprakta, deniz suyunda, okyanusun derinliklerinde, yer kabuğunda, deride, hayvanların bağırsaklarında, asitli sıcak su kaynaklarında, radyoaktif atıklarda büyüyebilen tipleri vardır. Tipik olarak bir gram toprakta bulunan bakteri hücrelerinin sayısı 40 milyon, bir mililitre tatlı suda ise bir milyondur; toplu olarak dünyada beş nonilyon (5×1030) bakteri bulunmaktadır, bunlar dünyadaki biyokütlenin çoğunu oluşturur. Bakteriler gıdaların geri dönüşümü için hayati bir öneme sahiptirler ve gıda döngülerindeki çoğu önemli adım, atmosferden azot fiksasyonu gibi, bakterilere bağlıdır. Ancak bu bakterilerin çoğu henüz tanımlanmamıştır ve bakteri şubelerinin sadece yaklaşık yarısı laboratuvarda kültürlenebilen türlere sahiptir. Bakterilerin araştırıldığı bilim bakteriyolojidir, bu, mikrobiyolojinin bir dalıdır.
Biyolojik sınıflandırmada alt tür, bir türün dağılım alanı içinde farklı bölümlenmelerde yaşayan ve birbirlerinden morfolojik özelliklerinin farklılıkları ile ayrılan iki ya da daha fazla popülasyondan her biri için kullanılan terimdir. Tek bir alt tür kendi başına tanınamaz: Bir türün ya hiç alt türü yoktur ya da soyu tükenmiş dahi olsa en az iki alt türü olabilir. Bilimsel literatürde alt tür için subsp. ya da ssp. kısaltması kullanılır.
Biyolojide taksonomi , ortak özelliklere dayalı olarak biyolojik organizma gruplarını adlandırma, tanımlama (sınırlandırma) ve sınıflandırma bilimsel çalışmasıdır. Organizmalar taksonlar halinde gruplandırılır ve bu gruplara taksonomik bir seviye verilir; belirli bir seviyedeki gruplar daha yüksek rütbeli daha kapsayıcı bir grup oluşturmak için toplanabilir, böylece taksonomik bir hiyerarşi oluşturulur. Modern kullanımdaki başlıca sıralamalar üst âlem, âlem, şube, sınıf, takım, familya, cins ve türdür. İsveçli botanikçi Carl Linnaeus, organizmaları kategorize etmek için Linnaean taksonomisi olarak bilinen sıralı bir sistem ve organizmaları adlandırmak için ikili adlandırma geliştirdiği için mevcut taksonomi sisteminin kurucusu olarak kabul edilir.
Enterobacteriaceae, Salmonella ve Escherichia coli gibi ünlü hastalık etkenlerini de içeren büyük bir bakteri ailesidir. Genetik araştırmalar, bu aileyi, Proteobacteria şubesine koyar. Enterobacteriales takımının içinde yer alan tek familyadır. Bilimsel yayınlarla doğrulanmış 32 cinsi mevcuttur.
Proteobakteriler (Proteobacteria), bakteriler üstaleminin ana gruplarından birisini meydana getiren ve önemli cins ve türleri içeren şubesidir. Çeşitli hastalık etmenleri ve başka çok bilinen cinsler bu gruba dahildir. Ayrıca doğada serbest yaşayan türleri ve azot fiksasyonundan sorumlu pek çok bakteri türünü de içerir. Bu grup ribozomal RNA (rRNA) dizinlerine göre tanımlanmıştır. Bakteri biçimlerinin çeşitliliğinden dolayı grup, ismini Yunan mitolojisinde yer alan, her şekle girebilen tanrı Proteus'tan almıştır.
Enterobacterales, enterik bakterileri içeren 7 adet familyadan oluşan, Proteobacteria şubesi, Gammaproteobacteria sınıfının içinde yer alan bakteri takımıdır. Takıma ait tipik özellikleri taşıyan familyası Enterobacteriaceae'dir
Shigella dysenteriae, enterobakteriler (Enterobacteriaceae) familyasına ait, dizanteriye sebep olan bir bakteri türü.
Caulobacteraceae Proteobacteria şubesinden bir bakteri familyasıdır. Diğer Proteobakteriler gibi, Caulobacteraceae familyası üyeleri de gram negatiftirler. Familyanın karakteristik özellikleri bakımından tip cinsi olan Caulobacter, ismini Caulobacterales takımına ve yakın zamanda oluşturulan Caulobacteridae altsınıfına da vermiştir.
Agrobacterium radiobacter, dikotiledonların 140 türünden fazlasında Taç uru hastalığına neden olan bir ajandır. Çubuk şeklinde gram negatif bir bakteridir. Semptomlar küçük bir DNA parçasının bitki hücresi içindeki bitki genomuyla yarı-rastgele bir bölgeden birleşir.
Pseudomonadaceae bakteriler âleminde bir familyadır, bu familyaya Azomonas, Azorhizophilus, Azotobacter, Entomomonas, Mesophilobacter, Oblitimonas, Permianibacter, Pseudomonas, Rugamonas ve Thiopseudomonas' cinsleri dahildir. Yakın zamanda Azotobakterilerin de bu familyaya ait olduğuna karar verilmiş, ve bu familya'ya ait olan ait olan Cellvibrio cinsi ayrı bir familya olarak ayrılmıştır.
Bacteroides, gram-negatif, çubuk şekilli bakterilerdir. Doğrulanmış toplam 41 türü mevcuttur. Bacteroides türleri endospor oluşturmayan, anaerop ve bağımsız veya bir şeye bağlı hareket edebilen türlerdir. DNA baz düzenlemesinin, %40-48'i GC'dir. Bacteroides, zarları sfingolipidleri içeren nadir bakteriyal organizmalardandır. Hem de, onların peptidoglikan tabakası meso diaminopimelik asitini içerir.
Antimikrobiyal peptidler yaşamın bütün sınıflarında bulunan doğuştan gelen bağışıklık sisteminin evrimsel olarak korunmuş bileşenleridir. Bu peptidler normalden farklı olan, terapötik ajanlar gibi potansiyellere etki edebilen kuvvetli, geniş etkili antibiyotiklerdir.
Hayıt, mine çiçeğigiller (Verbenaceae) familyasından çok yıllık tıbbi bitki türü.
Spirillum, Proteobacteria şubesinden, sarmal şeklinde kıvrılmış hücre morfolojisine sahip bir bakteri cinsidir. Bu hücre morfolojisi tipi, bakteriler için, koklar ve basiller ile birlikte üçüncü belirgin hücre tipidir. Spirillum türleri mikroaerofildirler ve organik madde bakımından zengin, durgun, tatlı sularda bol bulunurlar.
Yeşil kükürt bakterileri, hareketsiz, anoksijenik, fotoototrofik bakterilerdir. Bu yüzden onlar filogenetik olarak farklı gruplandırılırlar.
Micrococcaceae, Micrococcineae alttakımına bağlı bir bakteri familyasıdır.
Actinobacteria bir Gram-pozitif bakteri şubesi. Toprakta ve suda bulanabilirler. Toprak sistemine yaptıkları katkıdan ötürü insanlar için tarım ve orman yönünden önem ifade eder. Toprakta, daha çok mantar gibi davranıp organik maddenin bir bitkinin alımı için parçalanmasını sağlarlar. Bu rolde koloniler mantarlarında yaptığı gibi genişçe miselyumlar oluştururlar. İçerdiği Actinomycetales takımının yıllarca bir mantar grubu olduğu düşünülmekteydi ve bu yüzden isminde miselyum anlamını barındıran "mycetales" vardır. Bazı toprak actinobacteria üyeleri(Frankia gibi) bitkilerle simbiyotik ilişki içinde yaşarlar. Bitki kökleri ile bakterinin bulunduğu toprağı işgal eder, bakteri nitrojeni tutar ve kullanabileceği bitkinin kullanabileceği biçimde bitkiye sunar. Bunun yanında bitki bakteriye bazı sakkaritler sağlar. Mycobacterium'un birçok üyesi gibi diğer türleri önemli patojenlerdir.
Başlangıçta üretildiğinde, doğal kauçuk, diğer organik bileşiklerin oluşturduğu az miktarda safsızlıkları, su ve organik bileşik izopren polimerlerinden oluşur. Tayland ve Endonezya önde gelen kauçuk üreticilerinden ikisidir. Doğal kauçuk olarak kullanılan poliizopren türleri elastomer olarak sınıflandırılır. Sonradan yerini sentetik kauçuk türlerine bırakmıştır.
Alphaproteobacteria, Proteobacteria şubesinde bir bakteri sınıfıdır. Üyeleri son derece çeşitlidir ve çok az benzerliğe sahiptir ancak yine de ortak bir atadandırlar. Tüm Proteobakteriler gibi, üyeleri gram-negatiftir fakat bazı hücre içi parazit üyeleri peptidoglikandan yoksundur ve bu nedenle gram değişkendir.
LPSN, Prokaryotların nomenklatür ve taksonomileri hakkında bilgi sağlayan, taksonomik gereklilikleri ve Prokaryotların isimlendirilmesi için Uluslararası kuralları izleyen online bir veritabanıdır
