Bakteri (İngilizce telaffuz: [bækˈtɪəriə] (
dinle); tekil isim: bacterium), tek hücreli mikroorganizma grubudur. Tipik olarak birkaç mikrometre uzunluğunda olan bakterilerin çeşitli şekilleri vardır, kimi küresel, kimi spiral şekilli, kimi çubuksu, kimi virgül şeklinde olabilir. Yeryüzündeki her ortamda bakteriler mevcuttur. Toprakta, deniz suyunda, okyanusun derinliklerinde, yer kabuğunda, deride, hayvanların bağırsaklarında, asitli sıcak su kaynaklarında, radyoaktif atıklarda büyüyebilen tipleri vardır. Tipik olarak bir gram toprakta bulunan bakteri hücrelerinin sayısı 40 milyon, bir mililitre tatlı suda ise bir milyondur; toplu olarak dünyada beş nonilyon (5×1030) bakteri bulunmaktadır, bunlar dünyadaki biyokütlenin çoğunu oluşturur. Bakteriler gıdaların geri dönüşümü için hayati bir öneme sahiptirler ve gıda döngülerindeki çoğu önemli adım, atmosferden azot fiksasyonu gibi, bakterilere bağlıdır. Ancak bu bakterilerin çoğu henüz tanımlanmamıştır ve bakteri şubelerinin sadece yaklaşık yarısı laboratuvarda kültürlenebilen türlere sahiptir. Bakterilerin araştırıldığı bilim bakteriyolojidir, bu, mikrobiyolojinin bir dalıdır.
Penisilinler aslen Penicillium küflerinden, özellikle de P. chrysogenum ve P. rubens'ten elde edilen bir grup β-laktam antibiyotiktir. Klinik kullanımdaki penisilinlerin çoğu P. chrysogenum tarafından derin tank fermantasyonu kullanılarak sentezlenir ve daha sonra saflaştırılır. Bir dizi doğal penisilin keşfedilmiştir, ancak sadece iki saflaştırılmış bileşik klinik kullanımdadır: penisilin G ve penisilin V. Penisilinler, stafilokok ve streptokokların neden olduğu birçok bakteriyel enfeksiyona karşı etkili olan ilk ilaçlar arasındaydı. Günümüzde farklı bakteriyel enfeksiyonlar için hala yaygın olarak kullanılmaktadırlar, ancak birçok bakteri türü yoğun kullanımın ardından direnç geliştirmiştir.
Neisseria, Proteobacteria şubesine dahil, gram negatif, aerob, diplokok bir bakteri cinsidir. Mikroskopla incelendiğinde kahve tanesine benzer bir yapıda olduğu gözlemlenmektedir.
Clostridium, gram pozitif, çoğu hareketli, zorunlu anaerob, katalaz negatif, fermentatif, endospor üreten çubuk şeklinde bakterilerden oluşan bir bakteri cinsidir. Bilimsel yayınlarla doğrulanmış 151 türü bulunmaktadır. Karbonhidratları parçalayarak, butirik asit, asetik asit, aseton, bütanol, izopropanol, etil alkol ve karbondioksit oluştururlar. Ayrıca, proteolitik etkiye sahip türleri de mevcuttur. Psikrotrof, mezofil ve termofil türlere sahiptirler. Endosporlar ısıya karşı çok dayanıklı olduklarından konserve besinlerin üretim teknolojisinde önem taşırlar. Bu özellikleri dolayısıyla bazı besinlerin sterilizasyonu için gerekli ısı-zaman düzenlerinin belirlenmesinde indikatör mikroorganizma olarak kullanılmaktadır.
Legionella, lejyoner hastalığına sebep olan bakterilerin yer aldığı bakteri cinsidir. Legionellaceae familyası sadece Legionella cinsinden ibarettir ve bu cinse ait bugüne kadar bildirilmiş 62 tür bulunmaktadır. En iyi bilinen türü olan Legionella pneumophila, gram negatif, kokobasil formunda, optimum üreme sıcaklığı 20-42 °C olan bir bakteridir. Ribozomal RNA analizi çalışmaları Legionellaceae familyasının Gamma Proteobacteria şubesine dahil olduğunu göstermiştir.
Chlamydia pneumoniae, Chlamydiae şubesinin Chlamydiaceae familyasında yer alan Chlamydia cinsine ait bir bakteri türüdür.
Agrobacterium, H. J. Conn tarafından keşfedilmiş, yatay gen transferini kullanarak bitkilerde tümörlere sebep olan bir Gram- negatif bakteri cinsidir. Geçerli 11 türü bulunmaktadır ve bunlar arasında üzerinde en çok çalışma yapılanı ve bilineni A. radiobacter 'dir. Agrobacterium türleri aynı zamanda kendi DNA'larını bitkilerin DNA'sına aktarma yeteneği ile de iyi bilinirler ve bu sebepten dolayı genetik mühendisliğinde önemli bir araç haline gelmişlerdir.
Paenarthrobacter nicotinovorans, Paenarthrobacter cinsine ait aerobik bir Gram-pozitif bakteri türüdür. Arthrobacter oxydans 2016' dan önce Arthrobacter cinsi içinde sınıflandırılan bu tür, 2016 yılında Paenarthrobacter cinsi içinde sınıflandırılarak Paenarthrobacter nicotinovorans ismini almıştır. Bu bakteri türü atrazin, nikotin ve kreatin sindirebilme yeteneğine sahiptir ve nikotin dehidrogenaz üretir.
Paenarthrobacter nitroguajacolicus, Paenarthrobacter cinsine ait bir bakteri türü. Çekya'da topraktan izole edilmiştir. Arthrobacter nitroguajacolicus 4-nitroguayiyakol isimli maddeyi sindirme yeteneğine sahiptir.
Arthrobacter bambusae bir Gram-pozitif, aerobik ve çubuk şeklinde olan bir Arthrobacter cinsi üyesi. Kore'de bir bambu koruluğunda izole edilmiştir. Açık gri bir renge sahiptir.
Paeniglutamicibacter cryotolerans, Aktinobakteriler sınıfından bir bakteri türüdür. Psikrotolerant, halotolerant, Gram-pozitif, hareketli ve fakültatif anaerobiktir. Bir basil-kok döngüsüne sahiptir.
Falsarthrobacter nasiphocae, yaygın fokun burun boşluğundan izole edilmiş Arthrobacter cinsinden Gram pozitif, zorunlu aerobik ve çubuk şeklinde bir bakteri türü.
Pseudoglutamicibacter cumminsii, Gram pozitif bir bakteri türüdür.
Mikrobiyota, "kommensal, simbiyotik ve patojenik mikroorganizmaların oluşturduğu ekolojik komünitelerdir" ve bitkilerden hayvanlara kadar incelenmiş tüm çok hücreli organizmaların iç ve dış yüzeylerinde bulunurlar. Mikrobiyota, bakteriler, arkeler, protistler, mantarlar ve virüsleri içerir. Mikrobiyotanın, konak canlının immünolojik, hormonal ve metabolik homeostazı açısından çok önemli olduğu bulunmuştur. Mikrobiyom terimi, ekolojik bir nişteki yaşayan mikroorganizmaların genomlarının toplamını ya da mikroorganizmaların kendilerini tanımlamak amacıyla kullanılmaktadır.
Enterococcus gram pozitif, kok şeklinde, çok fazla tür içeren bir bakteri cinsidir. Firmicutes şubesinde, Lactobacillales takımında yer alır. Enterokoklar veya eski isimleriyle Fekal Streptokoklar olarak da bilinirler. Genellikle diplokok veya kısa zincirler halinde bulurlar. Sadece fiziksel özellikleri kullanılarak streptokoklardan ayırt edilmeleri zordur. İki türünün, E.faecalis ve E.faecium, insan bağırsaklarında kommensal olarak yaşadığı ve fırsatçı enfeksiyonlara neden olabildikleri bilinmektedir. Ayrıca E. casseliflavus, E. gallinarum ve E. raffinosus gibi diğer türleri de nadiren enfeksiyonlara sebep olabilirler.
Enterobacter Gram negatif, fakültatif anaerobik, çubuk şeklinde, spor oluşturmayan, Enterobacteriaceae familyasına ait bakteri cinsidir. Enterobacterales takımının tip özelliklerini taşıyan cinsidir. 20 türü bulunmaktadır. Yakın zamanlı çalışmalarla bu cinse ait bazı türler farklı cinsler altında sınıflandırılmıştır, örneğin E. aerogenes, Klebsiella aerogenes olarak değiştirilmiştir. Bu cinsin klinik öneme sahip tek türü E. cloacae'dir.
.
Pleomorfizm mikrobiyolojide bazı mikroorganizmaların çevresel koşullara tepki olarak morfolojilerini, biyolojik işlevlerini veya üreme modlarını değiştirme yeteneğidir. Deinococcaceae bakteri ailesinin bazı üyelerinde pleomorfizm gözlenmiştir. Bakteriyoloji bağlamında pleomorfizmin modern tanımı daha önce sanıldığı gibi bu karakterlerin kalıtsal bir değişikliğinden ziyade tek tek hücrelerin morfolojisinin veya fonksiyonel işlevlerinin varyasyonuna dayanmaktadır.
Vajinal flora, vajinal mikrobiyota veya vajinal mikrobiyom, vajinayı kolonize eden mikroorganizmalardır. Alman jinekolog Albert Döderlein tarafından 1892'de keşfedildi ve genel insan florasının bir parçasıdır. Mevcut bakteri miktarı ve türü, bireyin genel sağlığı için önemli etkilere sahiptir. Sağlıklı bir bireyin birincil kolonize edici bakterileri L. crispatus gibi, Lactobacillus cinsindendir ve ürettikleri laktik asidin, patojenik türlerin neden olduğu enfeksiyona karşı koruduğu düşünülmektedir.
Mor bakteri veya mor fotosentetik bakteri, fototrofik olan ve fotosentez yoluyla kendi besinlerini üretebilen gram-negatif proteobakterilerdir. Mor, kırmızı, kahverengi ve turuncu arasında değişen renkleri veren çeşitli karotenoidler ile bakteriyoklorofil a veya b ile pigmentlenirler. Mor kükürt bakterileri ve mor kükürtsüz bakteriler (Rhodospirillaceae) olmak üzere iki gruba ayrılabilirler. Mor bakteriler, doğada yaygın görülen bir anoksijenik fototroftur ve özellikle pigmentlerinin sentezini destekleyen anoksik koşulların olduğu sucul ortamlarda yaşarlar.
