İçeriğe atla

Ab initio kuantum kimyasal yöntemler

Deneysel verilerin kullanılmadığı, teorik ilkeler üzerine kurulu kuantum kimyasal hesaplamalara ab initio denir. Ab initio yönteminde genellikle karmaşık bir fonksiyonun daha basit fonksiyonlara indirgenmesi gibi matematiksel yaklaşımlar kullanılır.

Ab initio hesapları genel olarak çok iyi nitel sonuçlar verir ve molekül küçüldükçe nitel sonuçların kesinliği artar. Ab initio yöntemlerinin avantajı, bütün yaklaşımlar yeterli küçüklükten yola çıkılarak yapıldığında kesin bir sonuca yaklaşıyor olmasıdır. Göreceli kesinlik genel olarak şu şekildedir; HF << MP2 < CISD ≈ MP4 ≈ CCSD < CCSD(T) < CCSDT < Tam CI

Hartree-Fock Yöntemi

En yaygın ab initio hesabı, temel yaklaşımın merkezi alan yaklaşımı olduğu Hartree-Fock (HF) yöntemidir. Merkezi alan yaklaşımında, elektronların potansiyellerinin sadece çekirdekten uzaklıklarına göre değiştiği varsayılır. Bu yaklaşımdan dolayı HF'de hesaplanan değerler, gerçek değerlerden her zaman daha fazla çıkar. Burada enerji birimi olarak Hartree kullanılır (1 Hartree= 27.2116 eV). Yöntemin avantajlarından biri, çok elektronlu Schrödinger denklemini çok daha basit tek elektronlu denklemlere dönüştürmesidir.

HF'de dalga fonksiyonları Gauss tipi orbitallerin lineer kombinasyonları ile tanımlanır (exp(-ar2)) ve s, p, d gibi orbital simetrilerini vermesi üzere açısal bir fonksiyon ile çarpılır. Tek bir açısal terim s simetrisini; x,y ve z açısal terimleri p'yi; xy, yz, xz, x2 – y2 ve 4z2 – 2x2 – 2y2 açısal terimleri ise d simetrisini verir. Ardından bu orbitaller, kuantum mekaniğinin iki gereğine uyması için, bir determinanta dönüştürülür. Bu iki gereklilik; elektronların birbirlerinden ayırt edilememeleri ve yer değiştiren iki fermiyonun (elektron da bir fermiyondur) antisimetrik olmalarıdır (yani değişimin ardından dalga fonksiyonunun işareti değişmelidir).

HF hesabı, genellikle yarı deneysel yöntemler kullanılarak orbital katsayıları için bir tahminde bulunulmasıyla başlar. Bu fonksiyon yeni bir orbital katsayısı dizisi ve enerjisinin hesaplanması için kullanılır ve bu işlem, enerji ve orbital katsayıları sabit kalana kadar yinelenir. Ancak bu değerlerin sabitleşeceği kesin değildir.[1]

HF yönteminde orbitallerdeki elektronlar çiftleşmiş veya çiftleşmemiş olabilir. Eğer molekül singlet spine sahipse (elektronların hepsi eşleşmişse) her çiftteki α ve β spinli elektronlar için aynı orbital fonksiyonu kullanılabilir. Buna sınırlandırılmış HF yöntemi denir (RHF – restricted Hartree-Fock). Eşlenmemiş elektron barındıran moleküllerde HF dalga fonksiyonunu yazmak için iki yöntem vardır. Bunlardan ilki α ve β elektronları için birbirinden tamamen farklı iki orbital dizisi kullanmaktır. Buna da sınırlanmamış HF dalga fonksiyonu denir (UHF). Burada eşleşmiş elektronlar farklı uzaysal dağılımlara sahip olacaklarından, UHF, spin bozulması olarak adlandırılan bir hesap hatasına neden olacaktır. Bu hata kimyasal sistemin özelliğine göre önemsiz veya çok büyük olabilir. UHF uygulanması kolay ve etkin bir yöntem olduğundan yaygın olarak kullanılır. Dalga fonksiyonunu kurmak için bir diğer yöntem ise sınırlandırılmış açık kabuklu Hartree Fock yöntemidir. (ROHF). Bu yöntemde eşleşmiş elektronlar aynı orbitali paylaşır ve böylece spin bozulması ortaya çıkmaz. ROHF'nin uygulanabilirliği UHF'ye oranla daha zordur ve biraz daha fazla zaman gerektirir. Bundan dolayı ROHF genellikle, UHF'deki spin bozulmasının çok büyük olduğu durumlarda kullanılır. RHF sonucunda elektronların eşlenmiş halde bulunması zorunluluğundan dolayı, elektronların eşlenmemesi gereken durumlarda RHF hesabı işe yaramaz. Örneğin H2 için yapılan bir hesaplamada uzun bağlar H2'nin H+ ve H-‘ye bozunduğunu gösterecektir. Bu durum HF sonuçlarında, aktivasyon enerjilerinin yüksek, bağ uzunluklarının daha kısa, titreşim frekanslarının daha yüksek ve dipol momentler ile atom yüklerinin daha büyük çıkmasına neden olur.

Korelasyon

HF hesaplamalarındaki sınırlamalardan biri elektron-elektron etkileşimlerini (elektron korelasyonunu) içermemesidir. Elektronların belirli bir bölgede bulunma olasılıkları sadece çekirdeğe olan uzaklıklarının bir fonksiyonu olarak tanımlanır, oysa bu fiziksel açıdan doğru değildir. Korelasyon hesabı, elektron-elektron etkileşimlerinin de hesaba katılmasıdır. Bu yöntemlerde önce HF hesabıyla başlanır ve daha sonra korelasyona geçilir. Korelasyonu önemli kılan farklı nedenler vardır. Bunlardan biri hesaplanan enerjilerin ve moleküler geometrilerin kesinliğinin artmasıdır.

Møller–Plesset Pertürbasyon Teorisi

Hartree-Fock yöntemi elektron korelasyonu eklenerek ikinci (MP2), üçüncü (MP3), dördüncü (MP4) vb. derecelere yükseltilir. Derece ne kadar yüksekse sonuç o kadar kesin, ama bilgisayar hesaplaması da bir o kadar uzundur. MP4 hesabının kesinliği CISD hesabının kesinliğine yakındır.

Konfigürasyon Etkileşimi

Konfigürasyon etkileşimi dalga fonksiyonu çok determinantlı bir dalga fonksiyonudur. HF dalga fonksiyonu ile başlanır ve elektronlar dolu orbitallerden boş orbitallere atlatılarak başka determinantlar eklenir. Bu hesaplamanın kesinliği çok yüksek olmakla birlikte harcanan zaman oldukça uzundur. Konfigürasyon etkileşimi hesaplamaları, her determinantı kurmak üzere yapılan uyarma sayısına göre sınıflandırılır. Her determinant için sadece bir elektron uyarılmışsa buna konfigürasyon etkileşimi tek-uyarma (CIS) denir. CIS hesabı uyarılmış durumlar için bir yaklaşım sunarken temel enerji seviyesini değiştirmez. Tekli ve ikili uyarma (CISD), korelasyon düzeltmesi yapılmış bir temel-düzey enerjisi verir. Üçlü-uyarma (CISDT) ve dörtlü uyarma(CISDTQ) sadece çok yüksek kesinliğe ulaşmak istendiğinde kullanılır. Olası bütün uyarılmalar hesaba katılarak yapılan konfigürasyon etkileşimi hesabına tam CI denir ve bu hesap kesin bir kuantum mekaniksel sonuç verir. Ancak tam CI hesabı için aşırı bir bilgisayar gücü gerektiğinden bu hesap çok ender kullanılır.

Çoklu-Konfigürasyonlu Uyumlu Alan

MCSCF hesaplamaları da çoklu determinantları kullanır. Ancak MCSCF'de orbitaller, çok determinantlı dalga fonksiyonlarını kullanmak üzere optimize edilir. Bu hesaplama birim zamanda daha kesin sonuçlar verir. CI ile kıyaslandığında MCSCF daha fazla korelasyon enejisini daha az konfigürasyon ile verir. Ancak CI'da çok fazla kongigürasyon olduğundan, korelasyon enerjisi toplamda daha yüksektir. HF sistem için kötü kalitede bir tanım sunduğunda MCSCF'nin kullanılması beklenir. Ancak bu yöntemler programı kullanan kişi için karmaşık işlemler barındırır çünkü hesaplamada hangi hesaplamanın kullanılacağına dair tamamen otomatikleşmiş bir yol yoktur ve kullanıcı bu yolu kendi tayin etmelidir.

Çok Referanslı Konfigürasyon Etkileşimi

Bir CI dalga fonksiyonu HF dalga fonksiyonu yerine MCSCF hesabıyla başlanarak da kurulabilir. Bu başlangıç dalga fonksiyonuna referans durum, hesaplamaya da çok referanslı konfigürasyon etkileşimi hesabı denir. Burada, normal CI'da bulunandan daha fazla sayıda CI determinantı vardır. Bilgisayarda hesap zaman alsa da bazı sorunlar için uygun korelasyonlar sağlar.

Eşleşmiş Grup

Eşleşmiş grup (CC) hesaplamarında dalga fonksiyonları, CI'dakine benzer şekilde, çoklu determinantların lineer birleşimidir. Ancak CC'deki determinant seçimleri CI'dakinden daha zordur. Ve yine CI'daki gibi CC hesaplamarının da dereceleri vardır (CCSD, CCSDT gibi). Bu iki yöntemin kesinlikleri de oldukça benzerdir. Bütün olası konfigürasyonlar hesaba katıldığında tam CC ve tam CI hesapları eşdeğerdir. İkinci dereceden konfigürasyon etkileşimi (QCI) adı verilen hesaplamada CC ve CI algoritmalarının birleşimi olan bir algoritma kullanılır. Bu hesap oldukça yaygındır çünkü CC'ye kıyasla daha az zamanda, organik moleküllerin yüksek kesinlikli hesaplamalar için uygun korelasyon verir.

Kuantum Monte Carlo Yöntemleri

Hesaplamanın ilk bölümünde HF'dan kaynaklanan hataların engellendiği yönteme kuantum Monte Carlo denir (QMC). QMC'nin Varyasyonal, difüzyon ve Greens fonksiyonu gibi üç türü vardır. Varyasyonal QMC fonkisyonel olarak şöyle tanımlanır:

Ψ= DαDβПf(rij)

Burada Dα ve Dβ, α ve β spinli elektronların determinantlarıdır. Hamiltonian'da spin terimleri olmadığı sürece, bu determinantların böyle kullanımı fazladan bir hataya yol açmaz. f(rij) terimi elektron korelasyonunu tanımlar. Difüzyon ve Greens fonksiyonu Monte Carlo öntemleri ise sayısal dalga fonksiyonlarını kullanır. QMC yöntemleri şu anda bilinen en kesin sonuçlu yöntemler olmakla birlikte aşırı zaman alırlar.

Kullanılabilirlik

Ab initio hesaplarındaki hataların dört kaynağı vardır 1-Born-Oppenheimer yaklaşımı 2-Tamamlanmamış bir temel dizinin kullanımı 3-Tamamlanmamış korelasyon 4-Göreceli etkilerin hesaba katılmaması

Ab inito'nun dezavantajı ise aşırı CPU zamanı, bellek ve hafıza kullanımıdır. Bir hesabın 2 katı büyüklüğünde başka bir hesap, ilkinden 16 kat daha fazla zaman alır. Korelasyonlu hesaplar için durum daha da kötüdür. Pratikte, son derece kesin sonuçlar, eğer molekül bir düzine veya daha az elektron içeriyorsa mümkündür.

Kaynakça

  1. ^ Young, David C.: Computational Chemistry: A Practical Guida for Aplying Tecniques to Real-World Problems, sayfa 19. 2001

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Elektron dizilimi</span>

Elektron dizilimi, atom fiziği ve kuantum kimyasında, bir atom ya da molekülün elektronlarının atomik ya da moleküler orbitallerdeki dağılımıdır. Örneğin Neon atomunun elektron dizilimi 1s2 2s2 2p6 olarak gösterilir.

Fotoelektrik etki ya da fotoemisyon, ışık bir maddeyi aydınlattığında elektronların ya da diğer serbest taşıyıcıların ortaya çıkmasıdır. Bu bağlamda ortaya çıkan elektronlar, fotoelektronlar olarak adlandırılır. Bu olay genellikle elektronik fiziğinde hatta kuantum kimyası ya da elektrokimya gibi alanlarda çalışılır.

<span class="mw-page-title-main">Dalga fonksiyonu</span>

Kuantum fiziğinde dalga fonksiyonu izole bir kuantum sistemindeki kuantum durumunu betimler. Dalga fonksiyonu karmaşık değerli bir olasılık genliğidir ve sistem üzerindeki olası ölçümlerin olasılıklarının bulunmasını sağlar. Dalga fonksiyonu için en sık kullanılan sembol Yunan psi harfidir ψ ve Ψ.

<span class="mw-page-title-main">Kuantum mekaniği</span> atom altı seviyede çalışmalar yapan bilim dalı

Kuantum mekaniği veya kuantum fiziği, atom altı parçacıkları inceleyen bir temel fizik dalıdır. Nicem mekaniği veya dalga mekaniği adlarıyla da anılır. Kuantum mekaniği, moleküllerin, atomların ve bunları meydana getiren elektron, proton, nötron, kuark, gluon gibi parçacıkların özelliklerini açıklamaya çalışır. Çalışma alanı, parçacıkların birbirleriyle ve ışık, x ışını, gama ışını gibi elektromanyetik ışınımlarla olan etkileşimlerini de kapsar.

Yoğun madde fiziği, maddenin yoğun hallerinin fiziksel özellikleriyle ilgilenen bir fizik dalıdır. Yoğun madde fizikçileri bu hallerin davranışını fizik kurallarını kullanarak anlamaya çalışır. Bunlar özellikle kuantum mekaniği kuralları, elektromanyetizma ve istatistiksel mekaniği içerir. En bilinen yoğun fazlar katı ve sıvılardır, harici yoğun fazlar ise düşük sıcaklıktaki bazı materyaller tarafından gösterilen üstünileten faz, atom kafeslerindeki dönüşlerin ferromanyetik ve antiferromanyetik fazları ve soğuk atom sistemlerinde bulunan Bose-Einstein yoğunlaşması. Araştırma için uygun sistemlerin ve fenomenlerin çeşitliliği yoğun madde fiziğini modern fiziğinin en aktif alanı yapıyor. Her 3 Amerikan fizikçiden biri kendini yoğun madde fizikçisi olarak tanımlıyor ve Yoğun Madde Fiziği Bölümü Amerikan Fizik Topluluğu’ndaki en geniş bölümdür. Bu alan kimya, malzeme bilimi ve nano teknoloji ile örtüşür ve atom fiziği ve biyofizikle de yakından ilgilidir. Teorik yoğun madde fiziği teorik parçacık ve nükleer fizikle önemli kavramlar paylaşır.

Kuantum Kimyası diğer adıyla Yeni Nicem, Kuantum mekaniğinin atom ve moleküllere uygulanması ile ilgilenen Kimya altdalıdır. Temel bir dal, yani saf Kimya olan Kuantum Mekaniği'nin bir uygulaması olduğundan uygulamalı Kimya dalı olarak değerlendirilebilir. Kuantum Kimyası'nda Schrödinger, Dirac, vb dalga denklemlerinin çözümüyle ilgilenilir. Ancak genellikle en çok tercih edilen, EM alan yokluğunda, spinsiz ve rölativistik olmayan Schrödinger denkleminin çözümüdür. Tek elektronlu sistemler dışında Schrödinger denklemi analitik olarak çözülemediğinden, çok elektronlu sistemler için nümerik çözümler yapılır. Kuantum Kimyası'nda bu nümerik çözümleri yapmak üzere çeşitli yöntemler vardır. Bunlar;

<span class="mw-page-title-main">Moleküler orbital</span>

Kimyada moleküler orbital, bir molekül içindeki elektronların dalga benzeri davranışını tanımlayan matematiksel işlevdir. Molekülün herhangi bir bölümünde bir elektron bulma olasılığı gibi kimyasal ve fiziksel özellikleri hesaplamaya yarar.

<span class="mw-page-title-main">Elektronik bant yapısı</span>

Katı hal fiziğinde, bir katının elektron kuşak yapısı ; katıdaki bir elektronun sahip olabileceği enerji aralıkları ya da sahip olamayacağı enerji aralıkları olarak tanımlanır. Enerji bant teorisi bu bant ve bant boşluklarını atom veya moleküllerin büyük periyodik kafeslerindeki bir elektron için, izinli kuantum mekaniksel dalga fonksiyonlarını inceleyerek çıkarır. Bant teorisi katıların birçok fiziksel özelliklerini; örneğin elektriksel direnç ve optik soğurum gibi, açıklamak için başarılı bir biçimde kullanılmaktadır ve katı hal cihazları anlamanın temelini oluşturmaktadır.

Hesaplamalı kimya, kimya problemlerini çözmeye yardımcı olmak için bilgisayar simülasyonunu kullanan bir kimya dalıdır. Moleküllerin, katıların yapı ve özelliklerini hesaplamak için verimli bilgisayar programlarına dahil edilmiş teorik kimya yöntemlerini kullanır. Bu yöntemlerin kullanılmasının nedeni, hidrojen moleküler iyonu ile ilgili nispeten yeni sonuçlar dışında, kuantum çok-gövdeli(many-body) problemlerin analitik olarak çözülemez oluşudur. Hesaplama sonuçları normal olarak kimyasal deneylerle elde edilen bilgileri tamamlarken, bazı durumlarda gözlemlenmeyen kimyasal olayları da tahmin edebilmektedir. Yeni ilaç ve materyallerin tasarımında yaygın olarak kullanılmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Yöresizleşmiş elektron</span> bir katı metal, iyon veya molekülde bulunan elektronların tek bir atom veya kovalent bağ ile ilişkili olmaması

Yöresizleşmiş elektronlar veya delokalize elektronlar bir katı metal, iyon veya molekülde bulunan elektronların tek bir atom veya kovalent bağ ile ilişkili olmamasını tanımlar.

Kuantum kimyası bilgisayar programları, kuantum kimyası metodlarını uygulamak için bilgisayarlı kimyada kullanılır. Çoğu program, Hartree-Fock (HF) ve bazı post Hartree-Fock yöntemlerini içerir ve ayrıca yoğunluk fonksiyonları teorisi (DFT), moleküler mekanik veya yarı-ampirik kuantum kimyası metotlarını da içerebilirler. Bahsi geçen programlar arasında açık kaynaklı ve ticari yazılımlar bulunur. Bunların çoğu büyüktür, çoğu zaman birkaç ayrı program içerir ve uzun yıllar boyunca geliştirilmiştir.

<span class="mw-page-title-main">Spartan (kimya yazılımı)</span>

Spartan, Wavefunction'ın moleküler modelleme ve bilgisayarlı kimya uygulamasıdır. Moleküler mekanik, yarı-ampirik yöntemler, ab initio modeller, yoğunluklu fonksiyonel modeller, post Hartree-Fock modeller, G3 (MP2) ve T1 içeren termokimyasal tarifler için kodlar içerir.

Katı hâl fiziğindeki hesaplamalı kimya yöntemleri, moleküller için uyguladıkları aynı yaklaşımı katı hâl fiziğinde de takip eder, ancak bu durumda iki farklılık gösterirler. Birincisi, katının translasyon simetrisinin kullanılması şarttır ve ikincisi, moleküler atom merkezli temel fonksiyonlara bir alternatif olarak düzlem dalgalar gibi tamamen dağılmış taban fonksiyonlarını kullanmak mümkündür. Bir kristalin elektronik yapısı genel olarak Brillouin kuşağındaki her nokta için elektron orbitallerinin enerjilerini tanımlayan bir bant yapısı ile tanımlanmaktadır. Ab initio ve yarı-ampirik hesaplamalar yörünge enerjilerini verir, bu nedenle bant yapı hesaplamalarına uygulanabilirler. Bir molekül için enerjiyi hesaplamak zaman alıcı olduğu için, Brillouin bölgesindeki tüm noktaların listesi için hesap yapmak daha da zaman alıcıdır.

Jaguar hem gaz hem de çözelti fazları için ab initio kuantum kimya hesaplamalar yapmak amacıyla kullanılan bir bilgisayar yazılımı paketidir. Schrödinger şirketi tarafından pazarlanan ticari bir yazılımdır. Program, Richard Friesner ve William Goddard'ın araştırma grupları tarafından üretildi ve başlangıçta PS-GVB olarak adlandırıldı.

Gaussian ilk kez Gauss 70 adında 1970 yılında Carnegie Mellon Üniversitesi'ndeki John Pople ve araştırma grubu tarafından yayınlanan genel amaçlı bilgisayarlı kimya yazılım paketi. 1970'ten beri sürekli olarak güncellendi. Programın güncel sürümü Gaussian 16'dır. Başlangıçta Quantum Chemistry Program Exchange aracılığıyla yayınlanan program, daha sonra Carnegie Mellon Üniversitesi'ne lisanslanmıştır ve 1987'den beri Gaussian, Inc. tarafından geliştirilmiştir.

NWChem, hem kuantum kimyasal ve hem de moleküler dinamik işlevselliği içeren ab initio bilgisayarlı kimya yazılımıdır. Geleneksel iş istasyonu kümelerinin yanı sıra yüksek performanslı paralel süper bilgisayarlarda da çalışacak şekilde tasarlanmıştır.

Teorik ve hesaplamalı kimyada temel seti, Hartree Fock yöntemi veya yoğunluk fonksiyonel teorisinde kullanılan bir dizi fonksiyondur. Temel setleri Hartree Fock yöntemi veya yoğunluk fonksiyonel teorisindeki elektronik dalga fonksiyonunu temsil etmeyi amaçlarlar. Modelin kısmi diferansiyel denklemlerinin bilgisayarda verimli uygulanması amacı ile uygun cebirsel denklemlere dönüştürülmesinde kullanılırlar.

<span class="mw-page-title-main">SIESTA (bilgisayar programı)</span>

SIESTA, moleküller ve katıların üzerine ab initio moleküler dinamik simülasyonlarını gerçekleştirmek ve etkilielektronik yapı hesaplamalarını yapabilmek için tasarlanmış orijinal bir yöntem ve bu yöntemin bilgisayar programı uygulamasıdır. SIESTA'nın verimliliği, kesinlikle yerelleştirilmiş temel kümelerin kullanılmasından ve uygun sistemlere uygulanabilen doğrusal ölçekleme algoritmalarının varlığından kaynaklanmaktadır. Kodun çok önemli bir özelliği, doğruluk ve maliyetinin, hızlı keşif hesaplamalarından- düzlem dalga ve tüm elektron yöntemleri gibi diğer yaklaşımların kalitesiyle eşleşen- son derece hassas simülasyonlara kadar geniş bir aralıkta ayarlanabilmesidir.

Psi, başlangıçta Henry F. Schaefer, III araştırma grubu tarafından yazılan ab initio hesaplamalı kimya paketİ. Psi kullanılarak, Hartree-Fock, Post-Hartree-Fock elektron korelasyon yöntemleri ve Yoğunluk fonksiyonel teorisi gibi çeşitli yöntemlerle bir moleküler sistem üzerinde hesaplamalar yapılabilir. Program enerjileri hesaplayabilir, moleküler geometrileri optimize edebilir ve titreşim frekanslarını hesaplayabilir. Programın büyük kısmı C++ ile yazılırken, kullanıcıların karmaşık hesaplamalar yapmasına veya görevleri kolayca otomatikleştirmesine olanak tanıyan Python API de mevcuttur.

Atom fiziğinde, etkin nükleer yük, çok elektronlu bir atomda bir elektronun yaşadığı gerçek pozitif (nükleer) yük miktarıdır. "Etkili" terimi, negatif yüklü elektronların koruyucu etkisi, daha yüksek enerjili elektronların, iç katmanın itici etkisi nedeniyle çekirdeğin tam nükleer yükünü deneyimlemesini engellediği için kullanılır. Bir elektronun deneyimlediği etkin nükleer yüke çekirdek yükü de denir. Atomun oksidasyon sayısı ile nükleer yükün gücünü belirlemek mümkündür. Elementlerin fiziksel ve kimyasal özelliklerinin çoğu, elektronik konfigürasyon temelinde açıklanabilir. İyonlaşma enerjilerinin davranışını düşününperiyodik tabloda. İyonizasyon potansiyelinin büyüklüğünün aşağıdaki faktörlere bağlı olduğu bilinmektedir:

  1. atomun boyutu;
  2. nükleer yük;
  3. İç kabukların eleme etkisi ve
  4. En dıştaki elektronun, içteki elektron tarafından kurulan yük bulutuna nüfuz etme derecesi.