İçeriğe atla

İzomeraz

Biyokimyada, izomeraz, izomerlerin yapısal olarak yeniden düzenlenmesini sağlayan bir enzimdir. Yani izomerazlar aşağıdaki tip reaksiyonları katalizler:

A → B

Burada A ve B birbirlerinin izomerlerdir.

Adlandırma sistemi

İzomerazlar için adlar "substrat izomeraz" (örneğin enoyl KoA izomeraz) veya "substrat izomeraz tipi (örneğin fosfoglukomutaz) biçiminde oluşturulur .

Sınıflandırma

izomerazlar EC numara sınıflamasına göre "EC 5" olarak sınıflanırlar. Bu sistemde liyazlar aşağıdaki gruplara ayrılırlar:

  • EC 5.1, rasemizasyon katalizleyen enzimleri (rasemazlar) ve epimerizasyon katalizleyen enzimleri (epimerazları) içerir
  • EC 5.2, geometrik izomerlerin izomerizasyonunu katalizleyen enzimleri (cis-trans izomerazları) içerir
  • EC 5.3, intramoleküler (molekül içi) oksidoredüktazları içerir
  • EC 5.4, intramoleküler transferazları (mutazları)
  • EC 5.5, intramoleküler liyazları içerir
  • EC 5.99, diğer isomerazları içerir (topoizomerazlar dahil)

Kaynakça

İlgili Araştırma Makaleleri

CAS kayıt numaraları kimyasal bileşikler, polimerler, biyolojik dizinler, karışımlar ve alaşımlar için kullanılan tek tanımlayıcı (unique) sayılardır. CAS numarası olarak da bilinirler.

Enzim Komisyonu numarası enzimleri katalizledikleri kimyasal reaksiyonlarına bağlı bir numaralandırma sistemidir. Enzim adlandırma sistemi sonucunda her EC numarası ona karsılık gelen enzim için bir isimle eşlendirilmiştir.

<span class="mw-page-title-main">Enzim</span> biyomoleküller

Enzimler, kataliz yapan biyomoleküllerdir. Neredeyse tüm enzimler protein yapılıdır. Enzim tepkimelerinde, bu sürece giren moleküllere substrat denir ve enzim bunları farklı moleküllere, ürünlere dönüştürür. Bir canlı hücredeki tepkimelerin neredeyse tamamı yeterince hızlı olabilmek için enzimlere gerek duyar. Enzimler substratları için son derece seçici oldukları için ve pek çok olası tepkimeden sadece birkaçını hızlandırdıklarından dolayı, bir hücredeki enzimlerin kümesi o hücrede hangi metabolik yolakların bulunduğunu belirler.

<span class="mw-page-title-main">Oksijenli solunum</span> Hücresel solunum

Oksijenli solunum, organik besinlerden oksijen yoluyla ATP elde etme işidir. Hücrelerdeki bazı kimyasal tepkimelerde kullanılan enerjinin oksijen kullanılarak açığa çıkarılması demektir. Biyoloji ders kitapları sık sık hücresel solunum sırasında glikoz molekülü başına 38 ATP molekülü üretildiğini söylese de sızıntılı zarların yanı sıra mitokondriyal matrikse pirüvat ve ADP hareketinin maliyetinden dolayı %100 verim olamayacağından bu sayıya asla ulaşılmaz, mevcut tahminler glikoz başına 29 ilâ 30 ATP dolayındadır.

<span class="mw-page-title-main">Hidrolaz</span>

Biyokimyada, hidrolaz, bir kimyasal bağın hidrolizini katalizleyen bir enzimdir. Örneğin, aşağıdaki tip bir reaksiyonu katalizleyen enzim bir hidrolazdır. Hücre içerisinde en çok lizozom içerisinde bulunur ve Golgi Aygıtı'nda sentezlenir.

A–B + H2O → A–OH + B–H
<span class="mw-page-title-main">İzomer</span>

İzomer aynı kimyasal bileşime sahip olup, atomları arasındaki bağlantı yapıları farklı olan moleküller. Sözcük, Eski Yunan dilinde eşit anlamındaki isos ve parça anlamındaki meros sözcüklerinin birleşiminden türetilmiştir. İzomerlerin kullanıldığı enzimlere ise izomeraz denmektedir.

Topoizomeraz, DNA'nın topolojisinde görülen bir izomeraz enzimidir. Bu enzimler ilk kez Harvard Üniversitesi profesörü James C. Wang tarafından keşfedilmiştir.

Biyokimyada, transferaz, verici bir molekülden alıcı bir moleküle bir fonksiyonel grubu aktaran bir enzimdir. Örneğin, aşağıdaki tip bir reaksiyonu katalizleyen enzim bir transferazdır.

A–X + B → A + B–X

Esteraz, esterleri bir su molekülü ile kimyasal tepkimeye sokarak onlardan bir asit ve bir alkol molekülü üreten, hidrolaz tipi bir enzimdir.

Biyokimyada, oksidoredüktaz, bir elektronun bir molekülden (indirgenden) bir diğerine aktarılmasını katalizleyen enzimdir. İndirgen için elektron veya hidrojen vericisi olarak da değinilir. Yükseltgen için hidrojen veya elektron alıcısı olarak da değinilir.

Biyokimyada, liyaz, hidroliz ve yükseltgenme (oksidasyon) harici yollarla çeşitli kimyasal bağları kırabilen, çoğu zaman bunu yeni bir çift bağ veya halka yapısı oluşturarak gerçekleştiren bir enzimdir. Örneğin bu reaksiyonu katalizleyen enzim bir liyazdır.

ATP → cAMP + PPi

Biyokimyada, ligaz, iki büyük molekül arasında bir kimyasal bağ oluşturarak onları birleştiren bir enzimdir; genelde reaksiyonu sırasında bu büyük moleküllerden birine ait küçük bir kimyasal grup hidroliz olur. Genelde ligazlar aşağıdaki tip reaksiyonu katalizler:

Ab + C → A–C + b
<span class="mw-page-title-main">Nükleaz</span>

Nükleaz, nükleik asitleri kısmen veya tamamen parçalayan bir enzim tipidir. Bu enzimler gerek sindirim sisteminde, gerek de hücre içinde, örneğin hata tamiri, gen regülasyonu, viral savunma gibi önemli işlevlerin gerçekleşmesinde rol oynarlar. Nükleazlar, tiplerine bağlı olarak, DNA ve RNA zincirlerini çeşitli biçimlerde kesebilirler. Gen mühendisliğinde farklı nükleazlar DNA moleküllerinin arzu edilen biçime sokulmasında, ayrıca DNA ve RNA moleküllerinin yapılarının anlaşılmasında birer araç olarak kullanılır.

Endonükleazlar bir polinükleotit zincirindeki fosfodiester bağını kesen enzimlerdir. Buna karşın eksonükleazlar polinükleotit zincirinin sadece en ucundaki fosfodiester bağını keser. Doğada endonükleazlar çeşitli hücresel işlevlere sahiptir. Bu enzimlerin bazıları moleküler biyoloji laboratuvarlarında birer araç olarak da kullanılır.

<span class="mw-page-title-main">Enzim inhibitörü</span>

Enzim inhibitörü, bir enzime bağlanan ve onun etkinliğini azaltan bir moleküldür. Bir enzimin aktivitesini engellemek, bir patojeni öldürebildiği veya bir metabolik dengesizliği düzeltebildiği için, çoğu ilaç aslında birer enzim inhibitörüdür. Ayrıca herbisit ve pestisit olarak da kullanılırlar. Enzimlere bağlanan her molekül inhibitör değildir; enzim aktivatörleri enzimlere bağlanıp onların enzim aktivitesini artırırlar.

<span class="mw-page-title-main">Enzim kinetiği</span>

Enzim kinetiği enzimler tarafından katalizlenen kimyasal reaksiyonların bilimidir. Enzim kinetiğinde reaksiyon hızı ölçülür ve reaksiyon şartlarını değiştirmenin etkisi araştırılır. Bir enzimin kinetiğinin bu şekilde çalışılması enzimin katalitik mekanizmasını, metabolizmadaki rolünü, aktivitesinin nasıl kontrol edildiğini ve bir ilaç veya zehrin enzimi nasıl inhibe edebileceğini ortaya koyabilir.

Bu sayfa, enzimlerin EC numaralarına ve alt kategorilerine göre sınıflandırıldığı bir listedir.

Ribonükleaz, RNA'nın daha küçük bileşenlere parçalanmasını katalize eden bir nükleaz türüdür. Ribonükleazlar, endoribonükleazlar ve ekzoribonükleazlar adlı iki gruba ayrılabilir ve EC 2.7 ve 3.1 enzim sınıfları dahilinde çeşitli alt sınıfları içerir.

<span class="mw-page-title-main">Enzim katalizi</span>

Enzim katalizi, biyolojik bir molekül olan "enzim" tarafından sağlanan, bir sürecin hızındaki artıştır. Enzimlerin çoğu proteindir ve bu tür işlemlerin çoğu kimyasal reaksiyonlardır. Enzim içinde, genellikle kataliz aktif bölge olarak adlandırılan lokalize bir bölgede gerçekleşir.

İnvertaz, sükrozun, fruktoz ve glukoza hidrolizini (parçalanmasını) katalizleyen bir enzimdir. İnvertaz enziminin sistematik ismi: beta fruktofuranosidaz, EC Numarası: EC 3.2.1.26 ve alternatif isimleri: sakraz, glukosukraz, beta-h-fruktosidaz, beta-fruktosidaz, invertin, sukraz, maxinvert L 1000, fruktosilinvertaz, alkalin invertaz, asit invertaz'dır. Katalizlediği reaksiyon sonucu elde edilen fruktoz ve glukoz karışımına invert şeker şurubu denir. İnvertazlarla sükrazların işlevi ortaktır, yani sukrozu hidrolize ederek aynı glukoz ve fruktoz karışımının oluşmasını sağlarlar. İnvertazlar O-C (fruktoz) bağını keserlerken, sükrazlar O-C (glikoz) bağını keserler.